BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-163K07
Chromosome13 (Build37)
Map Location 39,251,634 - 39,379,127
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDsp, 6530403A03Rik, Bmp6, Txndc5, Muted, Eef1e1, LOC621102, Slc35b3
Downstream geneEG666867, LOC100041779, LOC382747, A230103O09Rik, Ofcc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-163K07.bB6Ng01-163K07.g
ACCDH956178DH956179
length1,1351,200
definitionDH956178|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163K07, 5' end.DH956179|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163K07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,251,634 - 39,252,766)(39,377,927 - 39,379,127)
sequence
gaattcctgcaagctttaatttttctcctaaaatatcactatttgttcat
gaaagataattctcctgcacttggccctccctcgtggcttaagagacaat
gttcaaaagcaggtgtgaggcattgctatagtaatgtaaccatttagata
tggaccttaaggtagctaatagaagacagtgaagatagcctggaattttc
atgtattctgagaccagaaaagtgaatagatgcaagggaaaagaggagag
aaatctttctgggagatagagaccagaaaaagcataacacattgggcaaa
catggaagagtaccttataactgaatatcaagttcacaggaatgagcctg
aaacactggctctacaataggtctttagagtgatggcagagatgcagtag
atgcctagtgtgctgcttgtgccctaacaagattgttcctgtgatgcatg
tatgtgaagctaggacaaaaagttggaaactcagcagtcactcagggaga
gaagcaatgccaactggagctaggaagggatggcgagaatgaagagcagt
ggaaagagctgagagagacaagttggtaaatcccgagcttgctatttaac
cctctataaagaaatacatgagaagaccaagggaatgttaaccctttcct
gataggattcatttggctgaatatagtcaatacgtctgcaaacaagaaat
acatacgaaagaataagtttagcaagaaagaagacaggcctatgagctca
gttctacattgaatgtgtttgagggacacatgggacacccaccagggatt
tcaaagcagctgattacaaagcaaggcggatgctcagtaggtagatttga
gctagagtatagcacatgggtgtccttagcttgcacatggaagtcttggg
tggtgagatactcaaggagaatgaattaaattagaacataatgcaaaaag
ggtctgagtggcaggaggagcacctttctcgtcatcccaaactagctttc
tcaataaccatggaagtgcttcttaagcagtcttggagaaaagggagcag
aacacgggagaaatcactcttcagggaagtttctatctaactttcaaaac
acctggcttcatcaatggctctgcaggcttacttc
gaattcagattcacctgggacactaaaaaactgcccatctcttccaactc
ttatttaaaaaccactgtagccttcaaaacggtctttaaaactacaggca
agcagtcatctgcttcgactctttgagtgagggcgagagagcatcctttg
ctacaattagttacagcagggctagaatcgtgtcagggaaaagtgctaga
ttcaaactgtgcagcctgggccttcctcaggtcaagctaggagaaagaca
tctgtgggtaatgccatagagagaacaagcacacaacacgacaaggaagg
ctatgtccagagcacgccatttactttgagaactgcaagattgcttccca
ggaaatgatgtcaaacccaaagctcaacattagcaagtggtgcttagcta
ggggaacgaggaaggaactggcaaagctttcttagtaaaggttagtacac
ctgtgaaaaaagactcacaggtgcaaaagcctgttgtcatcgttacgatt
caaatcctaagagtcttttaaaaacccatatagcctagaggctgggtcat
tgtgttgtggcactattggaagtagtggagcctctaggagatggggtcta
gggaaggaacttaggtgattgacacatgcatatgaaagagactctaagac
tgccctccaccccacagttcctctttctactacctgtctgacatgaccag
atgaggcctcacctcttatatattcccttcatgatgtccgaggcttccca
ggttcaaagcactggctccaaccggctacagaatgacaggtctgaaattg
tataccaaaatctatttttcctctcttaagtttattttgtatagcaattt
tgtcacagtgattgggcactgattaaaccacaaccaccactgtcacttgg
aacactagcattgtcctaatcacagtcactgtcaccaccatcattgtcac
aatcactgtcaccattactttctgctatcatcccagtaggtattaccatt
actattaccatagcatcactattcatcatcatatcatcatcatcgtccac
cagccctaatttggcatattccagtctcctgatgcgctcttaatatttgg
aagaggatattacaattctcactctcaaagaataagacaatagtgttctt
taagtcatagtttatatagaccatttaggatagacgctatgaccatattt

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_39251634_39252766
seq2: B6Ng01-163K07.b_42_1176

seq1  GAATTCCTGCAAGCTTTAATTTTTCTCCTAAAATATCACTATTTGTTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCAAGCTTTAATTTTTCTCCTAAAATATCACTATTTGTTCAT  50

seq1  GAAAGATAATTCTCCTGCACTTGGCCCTCCCTCGTGGCTTAAGAGACAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATAATTCTCCTGCACTTGGCCCTCCCTCGTGGCTTAAGAGACAAT  100

seq1  GTTCAAAAGCAGGTGTGAGGCATTGCTATAGTAATGTAACCATTTAGATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAAAGCAGGTGTGAGGCATTGCTATAGTAATGTAACCATTTAGATA  150

seq1  TGGACCTTAAGGTAGCTAATAGAAGACAGTGAAGATAGCCTGGAATTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCTTAAGGTAGCTAATAGAAGACAGTGAAGATAGCCTGGAATTTTC  200

seq1  ATGTATTCTGAGACCAGAAAAGTGAATAGATGCAAGGGAAAAGAGGAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTCTGAGACCAGAAAAGTGAATAGATGCAAGGGAAAAGAGGAGAG  250

seq1  AAATCTTTCTGGGAGATAGAGACCAGAAAAAGCATAACACATTGGGCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTTCTGGGAGATAGAGACCAGAAAAAGCATAACACATTGGGCAAA  300

seq1  CATGGAAGAGTACCTTATAACTGAATATCAAGTTCACAGGAATGAGCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAAGAGTACCTTATAACTGAATATCAAGTTCACAGGAATGAGCCTG  350

seq1  AAACACTGGCTCTACAATAGGTCTTTAGAGTGATGGCAGAGATGCAGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTGGCTCTACAATAGGTCTTTAGAGTGATGGCAGAGATGCAGTAG  400

seq1  ATGCCTAGTGTGCTGCTTGTGCCCTAACAAGATTGTTCCTGTGATGCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTAGTGTGCTGCTTGTGCCCTAACAAGATTGTTCCTGTGATGCATG  450

seq1  TATGTGAAGCTAGGACAAAAAGTTGGAAACTCAGCAGTCACTCAGGGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGAAGCTAGGACAAAAAGTTGGAAACTCAGCAGTCACTCAGGGAGA  500

seq1  GAAGCAATGCCAACTGGAGCTAGGAAGGGATGGCGAGAATGAAGAGCAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAATGCCAACTGGAGCTAGGAAGGGATGGCGAGAATGAAGAGCAGT  550

seq1  GGAAAGAGCTGAGAGAGACAAGTTGGTAAATCCCGAGCTTGCTATTTAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGAGCTGAGAGAGACAAGTTGGTAAATCCCGAGCTTGCTATTTAAC  600

seq1  CCTCTATAAAGAAATACATGAGAAGACCAAGGGAATGTTAACCCTTTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTATAAAGAAATACATGAGAAGACCAAGGGAATGTTAACCCTTTCCT  650

seq1  GATAGGATTCATTTGGCTGAATATAGTCAATACGTCTGCAAACAAGAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGATTCATTTGGCTGAATATAGTCAATACGTCTGCAAACAAGAAAT  700

seq1  ACATACGAAAGAATAAGTTTAGCAAGAAAGAAGACAGGCCTATGAGCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACGAAAGAATAAGTTTAGCAAGAAAGAAGACAGGCCTATGAGCTCA  750

seq1  GTTCTACATTGAATGTGTTTGAGGGACACATGGGACACCCACCAGGGATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTACATTGAATGTGTTTGAGGGACACATGGGACACCCACCAGGGATT  800

seq1  TCAAAGCAGCTGATTACAAAGCAAGGCGGATGCTCAGTAGGTAGATTTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGCAGCTGATTACAAAGCAAGGCGGATGCTCAGTAGGTAGATTTGA  850

seq1  GCTAGAGTATAGCACATGGGTGTCCTTAGCTTGCACATGGAAGTCTTGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAGTATAGCACATGGGTGTCCTTAGCTTGCACATGGAAGTCTTGGG  900

seq1  TGGTGAGATACTCAAGGAGAATGAATTAAATTAGAACATAATGCAAAAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAGATACTCAAGGAGAATGAATTAAATTAGAACATAATGCAAAAAG  950

seq1  GGTCTGAGTGGCAGGAGGAGCACCTTTCTCCGTCATCCCAAACTAGCTTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  GGTCTGAGTGGCAGGAGGAGCACCTTTCT-CGTCATCCCAAACTAGCTTT  999

seq1  CCCATACACAATGG-AGTGCTTCTTAAGCAGTCTTGAAG-AGAGGGAGCA  1048
      | ||   || |||| ||||||||||||||||||||| || | ||||||||
seq2  CTCAATAACCATGGAAGTGCTTCTTAAGCAGTCTTGGAGAAAAGGGAGCA  1049

seq1  G-ACACGGCAGAGATCAACTC-TCAGGGAAGTTTCTATCTAAC-TTCAAA  1095
      | |||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GAACACGGGAGAAATC-ACTCTTCAGGGAAGTTTCTATCTAACTTTCAAA  1098

seq1  ACACCTTGCTTCATCAAATGCTCTGCCAGGCTTACTTC  1133
      |||||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||
seq2  ACACCTGGCTTCATCAATGGCTCTG-CAGGCTTACTTC  1135

seq1: chr13_39377927_39379127
seq2: B6Ng01-163K07.g_70_1269 (reverse)

seq1  AAATAT-GTCATCTGACGTCTATCCCTAAAATGGTCTATATAAACCATGA  49
      |||||| ||||  |  |||||||||   ||||||||||||||||| ||||
seq2  AAATATGGTCA--TAGCGTCTATCC--TAAATGGTCTATATAAACTATGA  46

seq1  CTATAAAAAGACAC-ATAGTCCTTATCTTTGAGA-TGAGAATTGTAATAC  97
      || |||| | |||| || ||| |  ||||||||| |||||||||||||| 
seq2  CT-TAAAGA-ACACTATTGTCTTATTCTTTGAGAGTGAGAATTGTAATA-  93

seq1  TACCCTTCAAAATTATAGGA-CGCATCA-GAGACTGGAATGATG-CAAAT  144
      | | |||| ||||  || || ||||||| ||||||||||| ||| |||||
seq2  TCCTCTTCCAAATATTAAGAGCGCATCAGGAGACTGGAAT-ATGCCAAAT  142

seq1  AAAGGCTGGTGGACGATGATGATGATATGATGATG-ATAGTGATGGTTAT  193
       | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||
seq2  TAGGGCTGGTGGACGATGATGATGATATGATGATGAATAGTGAT-GCTAT  191

seq1  GGTAGTAGTAATGGTGATACTTACTGGGATGATAGCAG-AAGTAATGGTG  242
      |||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GGTAATAGTAATGGTAATACCTACTGGGATGATAGCAGAAAGTAATGGTG  241

seq1  ACAGTGATTGTGACAATGATGGTGGTGACAGTGACTGTGATTAGGACAAT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGATTGTGACAATGATGGTGGTGACAGTGACTGTGATTAGGACAAT  291

seq1  GCTAGTGTTCCAAGTGACAGTGGTGGTTGTGGTTTAATCAGTGCCCAATC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTGTTCCAAGTGACAGTGGTGGTTGTGGTTTAATCAGTGCCCAATC  341

seq1  ACTGTGACAAAATTGCTATACAAAATAAACTTAAGAGAGGAAAAATAGAT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGACAAAATTGCTATACAAAATAAACTTAAGAGAGGAAAAATAGAT  391

seq1  TTTGGTATACAATTTCAGACCTGTCATTCTGTAGCCGGTTGGAGCCAGTG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTATACAATTTCAGACCTGTCATTCTGTAGCCGGTTGGAGCCAGTG  441

seq1  CTTTGAACCTGGGAAGCCTCGGACATCATGAAGGGAATATATAAGAGGTG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAACCTGGGAAGCCTCGGACATCATGAAGGGAATATATAAGAGGTG  491

seq1  AGGCCTCATCTGGTCATGTCAGACAGGTAGTAGAAAGAGGAACTGTGGGG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTCATCTGGTCATGTCAGACAGGTAGTAGAAAGAGGAACTGTGGGG  541

seq1  TGGAGGGCAGTCTTAGAGTCTCTTTCATATGCATGTGTCAATCACCTAAG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGGCAGTCTTAGAGTCTCTTTCATATGCATGTGTCAATCACCTAAG  591

seq1  TTCCTTCCCTAGACCCCATCTCCTAGAGGCTCCACTACTTCCAATAGTGC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCCCTAGACCCCATCTCCTAGAGGCTCCACTACTTCCAATAGTGC  641

seq1  CACAACACAATGACCCAGCCTCTAGGCTATATGGGTTTTTAAAAGACTCT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACACAATGACCCAGCCTCTAGGCTATATGGGTTTTTAAAAGACTCT  691

seq1  TAGGATTTGAATCGTAACGATGACAACAGGCTTTTGCACCTGTGAGTCTT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATTTGAATCGTAACGATGACAACAGGCTTTTGCACCTGTGAGTCTT  741

seq1  TTTTCACAGGTGTACTAACCTTTACTAAGAAAGCTTTGCCAGTTCCTTCC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCACAGGTGTACTAACCTTTACTAAGAAAGCTTTGCCAGTTCCTTCC  791

seq1  TCGTTCCCCTAGCTAAGCACCACTTGCTAATGTTGAGCTTTGGGTTTGAC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTCCCCTAGCTAAGCACCACTTGCTAATGTTGAGCTTTGGGTTTGAC  841

seq1  ATCATTTCCTGGGAAGCAATCTTGCAGTTCTCAAAGTAAATGGCGTGCTC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTCCTGGGAAGCAATCTTGCAGTTCTCAAAGTAAATGGCGTGCTC  891

seq1  TGGACATAGCCTTCCTTGTCGTGTTGTGTGCTTGTTCTCTCTATGGCATT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACATAGCCTTCCTTGTCGTGTTGTGTGCTTGTTCTCTCTATGGCATT  941

seq1  ACCCACAGATGTCTTTCTCCTAGCTTGACCTGAGGAAGGCCCAGGCTGCA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACAGATGTCTTTCTCCTAGCTTGACCTGAGGAAGGCCCAGGCTGCA  991

seq1  CAGTTTGAATCTAGCACTTTTCCCTGACACGATTCTAGCCCTGCTGTAAC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTGAATCTAGCACTTTTCCCTGACACGATTCTAGCCCTGCTGTAAC  1041

seq1  TAATTGTAGCAAAGGATGCTCTCTCGCCCTCACTCAAAGAGTCGAAGCAG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTAGCAAAGGATGCTCTCTCGCCCTCACTCAAAGAGTCGAAGCAG  1091

seq1  ATGACTGCTTGCCTGTAGTTTTAAAGACCGTTTTGAAGGCTACAGTGGTT  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTGCTTGCCTGTAGTTTTAAAGACCGTTTTGAAGGCTACAGTGGTT  1141

seq1  TTTAAATAAGAGTTGGAAGAGATGGGCAGTTTTTTAGTGTCCCAGGTGAA  1192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATAAGAGTTGGAAGAGATGGGCAGTTTTTTAGTGTCCCAGGTGAA  1191

seq1  TCTGAATTC  1201
      |||||||||
seq2  TCTGAATTC  1200