BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-165B13
Chromosome13 (Build37)
Map Location 5,230,024 - 5,355,848
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAkr1c19, Akr1c12, Akr1c6, Akr1c20, Akr1c21, Akr1e1, EG432721, EG432723
Downstream gene1700016G22Rik, Klf6, LOC100039388, LOC100039395
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-165B13.bB6Ng01-165B13.g
ACCDH957246DH957247
length1,0741,005
definitionDH957246|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165B13, 5' end.DH957247|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165B13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,354,775 - 5,355,848)(5,230,024 - 5,231,027)
sequence
gaattcaagaagagacacatataaaaactcaacttgattaagataggcta
gctcagtgatctgagaacatccccattatcaaatagtcacagaactttgt
ttttgaagattttaatttaatgtttataatacaatgactattaccaaaca
gataattggctagaaaaatcaatggtgcatctgggtaaggggatcctagg
cagttgctacaacttaaatttgatctctgtgcactggcatcagtgctgcc
aatgatttagtcacaaaattaaaataatacattttataacaatgtatttt
caatgctcacatatatgcaaagcatgttaatataaacaaatttgtactta
cacactgacagtgtatcacctcaatacccaacaattgcaaaaaggcaaat
cacccaaactaaaactaaacagagagaggttggagctaactgatgtcata
agcccatgggcctaacatttcaatcaaacataaaagaatattcccttctt
ctcagcagctcatggaaccttctccaaaattgaccacatactcagacaca
aagccagtctcaatggatacaaagaaaattaaaatagcaacctattgtgt
cagaccacagtggattaaaaagctgaatatcatcactaacaaaaacatca
cattacacacattcctcagtatatttgttaaaatttgtggatattaggta
tttgttgttataattacattataggtaagggaatatcatagtgtttgaag
gggaaattgtgagttgtgcctgtatttgtagcaattctgcaaaaattaat
tttatatcctttcataaatatacttcaagtattttaaaatcattttgaag
attaagctcccactaatattctacattcttgtttcattaccaaatatcag
atatgcattttcctttcagctttatgcaaatggactagaaaatgaatccc
aagagtaaggactcattgctctgcaaattgacagaaaactgccattattg
ccaatgtaaataagtccgcatactttcattttggtttagagttttctcaa
agacagttttacatcatgattgcc

gaattcagcctcgtttcagcacacaacatgtacagattgcaagaataacc
cttcatccaacaaatcagagagccattaggaattctccagttgtattcaa
gaagaaagaggactatatgctgttcaggtcattttctatcaattccagca
cctgactcccaaatcagaataatgatgtgagacattttgcatccctttct
agatatttgatcatgacctgacaccatctctttctcctaggaagcacttg
ctagagatcatttgttccagatcctgtgagccgcaggctcagtgacagta
tagagttcatgaggaactgatttgtgtatctctgtaacactggtacgtag
cactggagactaatgagatagaaaacagactcatgtcgactggcttaacg
acacaagggtttcattcctatgtgtatttttggtaaaagaagaagttgaa
tatggaggatattactcagtggtgtgtgtttgactagctggatactcttc
tgtgtttgatccacagctccccaggaaaaaacataaccaaaaaccaaaaa
taaaataaaataaaataaaataaaataaaacaatcaaaaatgtcaagaac
agggagagtggcggagccatgtatatccaaccctctttacaaagatggct
ccatcaccaattatcaaaataattggctttaaagtcaccatataaacgta
tttcagagagtctctgaaaggatatttccagagacatttaactgatgtaa
ggaggctcatcatgaatatgggtgacgtcatctaaatgctgaggctcctg
tttaagtaaagagacatgccgatcacagctttcagcactttctgcttcag
tgctgaggatacaatggtaccagctacctcctgcttaccctttgaagcta
tgtctgccagaacatttgttaccagtttcactgtgacctaaaataaacat
ttatttctaaatactttgcttatctatatggtaatatatattatattata
taata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_5354775_5355848
seq2: B6Ng01-165B13.b_46_1119 (reverse)

seq1  GGCAATCATGATGTAAAACTGTCTGTGAGAAGAACTCTAAA-CAATATGA  49
      |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||
seq2  GGCAATCATGATGTAAAACTGTCTTTGAGAA-AACTCTAAACCAAAATGA  49

seq1  AAGTATGC-GACTTAATTTACATTGGCAATAATGGCAGTTTTCTGTCAAT  98
      |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATGCGGACTT-ATTTACATTGGCAATAATGGCAGTTTTCTGTCAAT  98

seq1  TTGCAGAGCAATGAGTCCTTACTCTTGGGATTCATTTTCTAGTCCATTTG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGAGCAATGAGTCCTTACTCTTGGGATTCATTTTCTAGTCCATTTG  148

seq1  CATAAAGCTGAAAGGAAAATGCATATCTGATATTTGGTAATGAAACAAGA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAGCTGAAAGGAAAATGCATATCTGATATTTGGTAATGAAACAAGA  198

seq1  ATGTAGAATATTAGTGGGAGCTTAATCTTCAAAATGATTTTAAAATACTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGAATATTAGTGGGAGCTTAATCTTCAAAATGATTTTAAAATACTT  248

seq1  GAAGTATATTTATGAAAGGATATAAAATTAATTTTTGCAGAATTGCTACA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTATATTTATGAAAGGATATAAAATTAATTTTTGCAGAATTGCTACA  298

seq1  AATACAGGCACAACTCACAATTTCCCCTTCAAACACTATGATATTCCCTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGGCACAACTCACAATTTCCCCTTCAAACACTATGATATTCCCTT  348

seq1  ACCTATAATGTAATTATAACAACAAATACCTAATATCCACAAATTTTAAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATAATGTAATTATAACAACAAATACCTAATATCCACAAATTTTAAC  398

seq1  AAATATACTGAGGAATGTGTGTAATGTGATGTTTTTGTTAGTGATGATAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATACTGAGGAATGTGTGTAATGTGATGTTTTTGTTAGTGATGATAT  448

seq1  TCAGCTTTTTAATCCACTGTGGTCTGACACAATAGGTTGCTATTTTAATT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTTTTTAATCCACTGTGGTCTGACACAATAGGTTGCTATTTTAATT  498

seq1  TTCTTTGTATCCATTGAGACTGGCTTTGTGTCTGAGTATGTGGTCAATTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGTATCCATTGAGACTGGCTTTGTGTCTGAGTATGTGGTCAATTT  548

seq1  TGGAGAAGGTTCCATGAGCTGCTGAGAAGAAGGGAATATTCTTTTATGTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAAGGTTCCATGAGCTGCTGAGAAGAAGGGAATATTCTTTTATGTT  598

seq1  TGATTGAAATGTTAGGCCCATGGGCTTATGACATCAGTTAGCTCCAACCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGAAATGTTAGGCCCATGGGCTTATGACATCAGTTAGCTCCAACCT  648

seq1  CTCTCTGTTTAGTTTTAGTTTGGGTGATTTGCCTTTTTGCAATTGTTGGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGTTTAGTTTTAGTTTGGGTGATTTGCCTTTTTGCAATTGTTGGG  698

seq1  TATTGAGGTGATACACTGTCAGTGTGTAAGTACAAATTTGTTTATATTAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAGGTGATACACTGTCAGTGTGTAAGTACAAATTTGTTTATATTAA  748

seq1  CATGCTTTGCATATATGTGAGCATTGAAAATACATTGTTATAAAATGTAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTTTGCATATATGTGAGCATTGAAAATACATTGTTATAAAATGTAT  798

seq1  TATTTTAATTTTGTGACTAAATCATTGGCAGCACTGATGCCAGTGCACAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTAATTTTGTGACTAAATCATTGGCAGCACTGATGCCAGTGCACAG  848

seq1  AGATCAAATTTAAGTTGTAGCAACTGCCTAGGATCCCCTTACCCAGATGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAAATTTAAGTTGTAGCAACTGCCTAGGATCCCCTTACCCAGATGC  898

seq1  ACCATTGATTTTTCTAGCCAATTATCTGTTTGGTAATAGTCATTGTATTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTGATTTTTCTAGCCAATTATCTGTTTGGTAATAGTCATTGTATTA  948

seq1  TAAACATTAAATTAAAATCTTCAAAAACAAAGTTCTGTGACTATTTGATA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATTAAATTAAAATCTTCAAAAACAAAGTTCTGTGACTATTTGATA  998

seq1  ATGGGGATGTTCTCAGATCACTGAGCTAGCCTATCTTAATCAAGTTGAGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGATGTTCTCAGATCACTGAGCTAGCCTATCTTAATCAAGTTGAGT  1048

seq1  TTTTATATGTGTCTCTTCTTGAATTC  1074
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATATGTGTCTCTTCTTGAATTC  1074


seq1: chr13_5230024_5231027
seq2: B6Ng01-165B13.g_70_1074

seq1  GAATTCAGCCTCGTTTCAGCACACAACATGTACAGATTGCAAGAATAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCCTCGTTTCAGCACACAACATGTACAGATTGCAAGAATAACC  50

seq1  CTTCATCCAACAAATCAGAGAGCCATTAGGAATTCTCCAGTTGTATTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATCCAACAAATCAGAGAGCCATTAGGAATTCTCCAGTTGTATTCAA  100

seq1  GAAGAAAGAGGACTATATGCTGTTCAGGTCATTTTCTATCAATTCCAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAAGAGGACTATATGCTGTTCAGGTCATTTTCTATCAATTCCAGCA  150

seq1  CCTGACTCCCAAATCAGAATAATGATGTGAGACATTTTGCATCCCTTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACTCCCAAATCAGAATAATGATGTGAGACATTTTGCATCCCTTTCT  200

seq1  AGATATTTGATCATGACCTGACACCATCTCTTTCTCCTAGGAAGCACTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTTGATCATGACCTGACACCATCTCTTTCTCCTAGGAAGCACTTG  250

seq1  CTAGAGATCATTTGTTCCAGATCCTGTGAGCCGCAGGCTCAGTGACAGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGATCATTTGTTCCAGATCCTGTGAGCCGCAGGCTCAGTGACAGTA  300

seq1  TAGAGTTCATGAGGAACTGATTTGTGTATCTCTGTAACACTGGTACGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTCATGAGGAACTGATTTGTGTATCTCTGTAACACTGGTACGTAG  350

seq1  CACTGGAGACTAATGAGATAGAAAACAGACTCATGTCGACTGGCTTAACG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGAGACTAATGAGATAGAAAACAGACTCATGTCGACTGGCTTAACG  400

seq1  ACACAAGGGTTTCATTCCTATGTGTATTTTTGGTAAAAGAAGAAGTTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAGGGTTTCATTCCTATGTGTATTTTTGGTAAAAGAAGAAGTTGAA  450

seq1  TATGGAGGATATTACTCAGTGGTGTGTGTTTGACTAGCTGGATACTCTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAGGATATTACTCAGTGGTGTGTGTTTGACTAGCTGGATACTCTTC  500

seq1  TGTGTTTGATCCACAGCTCCCCAGGAAAAAACATAACCAAAAACCAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTGATCCACAGCTCCCCAGGAAAAAACATAACCAAAAACCAAAAA  550

seq1  TAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAACAATCAAAAATGTCAAGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAACAATCAAAAATGTCAAGAAC  600

seq1  AGGGAGAGTGGCGGAGCCATGTATATCCAACCCTCTTTACAAAGATGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGAGTGGCGGAGCCATGTATATCCAACCCTCTTTACAAAGATGGCT  650

seq1  CCATCACCAATTATCAAAATAATTGGCTTTAAAGTCACCATATAAACGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCACCAATTATCAAAATAATTGGCTTTAAAGTCACCATATAAACGTA  700

seq1  TTTCAGAGAGTCTCTGAAAGGATATTTCCAGAGACATTTAACTGATGTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGAGAGTCTCTGAAAGGATATTTCCAGAGACATTTAACTGATGTAA  750

seq1  GGAGGCTCATCATGAATATGGGTGACGTCATCTAAATGCTGAGGCTCCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCTCATCATGAATATGGGTGACGTCATCTAAATGCTGAGGCTCCTG  800

seq1  TTTAAGTAAAGAGACATGCCGATCACAGCTTTCAGCACTTTCTGCTTCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTAAAGAGACATGCCGATCACAGCTTTCAGCACTTTCTGCTTCAG  850

seq1  TGCTGAGGATACAATGGTACCAGCTACCTCCTGCTTACCCTTTGAAGCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGGATACAATGGTACCAGCTACCTCCTGCTTACCCTTTGAAGCTA  900

seq1  TGTCTGCCAGAACATTTGTTACCAGTTTCAACTGTGACCTAAAATAAACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGCCAGAACATTTGTTACCAGTTTC-ACTGTGACCTAAAATAAACA  949

seq1  TTTATTTCTTAAATTACTTTGCTTATCTATATGGTAATA---ATAATATT  997
      |||||||||  || |||||||||||||||||||||||||   || |||||
seq2  TTTATTTCT--AAATACTTTGCTTATCTATATGGTAATATATATTATATT  997

seq1  A-ATAATA  1004
      | ||||||
seq2  ATATAATA  1005


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |