BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-165D18
Chromosome13 (Build37)
Map Location 7,187,489 - 7,304,816
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039388, LOC100039395, Pitrm1, Pfkp, LOC100039532
Downstream geneLOC667611, EG623516, LOC791083, LOC382722, Adarb2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-165D18.bB6Ng01-165D18.g
ACCDH957349DH957350
length9641,074
definitionDH957349|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165D18, 5' end.DH957350|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165D18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,303,859 - 7,304,816)(7,187,489 - 7,188,560)
sequence
gaattctatgtacaacatagcagtcttaaacacagagatatcatctacct
atgacttctcagtgctgggactaaagacttgtgccatgtaccagcctgcc
tggttatatcttctttggatatatgttggggatgatgtatgtgtgtgtgt
gtacacattgtgcaaatgcaaatgcctacttacacacacttggatgtcag
gagacctttgccattgctctccatctcacttgtaaacaggatttatggct
aaaaatatgttttcacctatgtgtttgatggaaaatagttgcttagtgga
ttaaatcatttgaaaattagaatatgattgatacttgtcagcatctttct
cctcttctttgtcatttcacttttgattccttcatctttgctgccaaaga
aaactgtttacagcaggtctgcatgcaaatattggtacatcttgtagggc
tagcaatgttataaggtctctcccctgtcctcttatccaggggcaaaaaa
gaaaaaaaaaacatggaagacaattctgtaatctttgctatcaccatata
cccatagcacctagtgtataaaactcttgcatgcaaaagtatccttcaaa
gccagtcaagtgtgccttcaacatgatctctgtagttgaagatgttgagc
tgatcctaaatagttccaatagtcattggctcatggaatcaaaaaggtag
ggacaaactcacagttgcagcactatactacacatgctaaaatgattaag
aaagggagatggtttagataaatattgaagaagatcaaatagttcacacc
atgttaggcaaaaatcacgacttgggtctgggggagttctaatgattctt
tccaattttccctaaataatattataagatagttttataagtgttgtcat
ctaaaatggagaaactttccaaagaactgcactccttctgctacaaagta
gcctttatgttgag

gaattctattctagttcaagtgacatgttgattagacatacagactgttc
catacttcacccctgcaactcctgtgaaacttgcttttaattaactagac
agtgacctaggtataaaattggaagcactgcacttatgcatgacattgtg
aatacacatttttataatgtttgaatttttagccaagggctagagatgtg
actcagagtgtcctcctagaatatgtggaccctgttttcttctccagaaa
tgaaatgggtggaaaagaaatgaaggaaaaagaaaggaaagcaaaactta
tcaaatgcttccaaatatttgaaggcataaaagcttttatgttgcggtaa
ttctccaacccaaataagtccaggcaaagaaaacataattcaattaatat
gaatacaagctgcatgcctagattgggcagatctaccactacactaccat
cttccccatctatgagaccccttataacttgcagattctccaggccacat
ccttctgctaaactttcattccattaccaccatcttctcctcctcttcca
cctccttctcctcctcctcttcctccttctcttcctcaccccgctcctct
cttctgcccctcctctcaggagaacagaattagcatcaaaatgaaagtag
ccccagggctatccacaccacatttacatcattttattgttaatttatat
gaaaaattgactttgaaaaagaagggggtcttgaattttcaagttttatt
agtaagtattgtcaatagtgggatatgaagctgaggtaccatcatgttgc
tttatgcagcagcttcaagagttctgtttagagagttctcttattaggga
caggccagtataaatcaaaattgaaatttactaaggagaaatttaatctg
taaaattaaatctgctgcacttgttagtcaagagttcaaagccaagttca
gctacataatgagtttgaggacagtgtagagtacattagatttggtcttt
aaaaaagttcttttaacatttttatttatgaaggatgatgaataatggga
ggtgccatatgtgggcatgcatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_7303859_7304816
seq2: B6Ng01-165D18.b_44_1007 (reverse)

seq1  CTCAACAT-AAGGCTACTTTGTAGCAGAAGGAGTGCAGTTCTTTGG-AAG  48
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CTCAACATAAAGGCTACTTTGTAGCAGAAGGAGTGCAGTTCTTTGGAAAG  50

seq1  TTTCTCCATTTTAGATGACAACACTTATAAAACTATCTTATAATATTATT  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCATTTTAGATGACAACACTTATAAAACTATCTTATAATATTATT  100

seq1  TAGGGAAAATTGGAAAGAATCATTAGAACTCCCCAAGA-CCAAGTCGTGA  147
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  TAGGGAAAATTGGAAAGAATCATTAGAACTCCCCCAGACCCAAGTCGTGA  150

seq1  TTTTTGCCTAACATGGTGTGAACTATTTGATCTTCTTCAATATTTATCTA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCCTAACATGGTGTGAACTATTTGATCTTCTTCAATATTTATCTA  200

seq1  AACCATCTCCCTTTCTT-ATCATTTTAGCATGTGTAGTATAGTGCTGCAA  246
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATCTCCCTTTCTTAATCATTTTAGCATGTGTAGTATAGTGCTGCAA  250

seq1  CTGTGAGTTTGTCCCTACCTTTTTGATTCCATGAGCCAATGACTATTGGA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGTTTGTCCCTACCTTTTTGATTCCATGAGCCAATGACTATTGGA  300

seq1  ACTATTTAGGATCAGCTCAACATCTTC-ACTACAGAGATCATGTTGAAGG  345
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTTAGGATCAGCTCAACATCTTCAACTACAGAGATCATGTTGAAGG  350

seq1  CACACTTGACTGGCTTTGAAGGATACTTTTGCATGCAAGAGTTTTATACA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTTGACTGGCTTTGAAGGATACTTTTGCATGCAAGAGTTTTATACA  400

seq1  CTAGGTGCTATGGGTATATGGTGATAGC-AAGATTACAGAATTGTCTTCC  444
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTGCTATGGGTATATGGTGATAGCAAAGATTACAGAATTGTCTTCC  450

seq1  ATGTTTTTTTTTTCTTTTTTGCCCCTGGATAAGAGGACAGGGGAGAGACC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTTTTTTTCTTTTTTGCCCCTGGATAAGAGGACAGGGGAGAGACC  500

seq1  TTATAACATTGCTAGCCCTACAAGATGTACCAATATTTGCATGCAGACCT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAACATTGCTAGCCCTACAAGATGTACCAATATTTGCATGCAGACCT  550

seq1  GCTGTAAACAGTTTTCTTTGGCAGCAAAGATGAAGGAATCAAAAGTGAAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTAAACAGTTTTCTTTGGCAGCAAAGATGAAGGAATCAAAAGTGAAA  600

seq1  TGACAAAGAAGAGGAGAAAGATGCTGACAAGTATCAATCATATTCTAATT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAAGAAGAGGAGAAAGATGCTGACAAGTATCAATCATATTCTAATT  650

seq1  TTCAAATGATTTAATCCACTAAGCAACTATTTTCCATCAAACACATAGGT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATGATTTAATCCACTAAGCAACTATTTTCCATCAAACACATAGGT  700

seq1  GAAAACATATTTTTAGCCATAAATCCTGTTTACAAGTGAGATGGAGAGCA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACATATTTTTAGCCATAAATCCTGTTTACAAGTGAGATGGAGAGCA  750

seq1  ATGGCAAAGGTCTCCTGACATCCAAGTGTGTGTAAGTAGGCATTTGCATT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAAAGGTCTCCTGACATCCAAGTGTGTGTAAGTAGGCATTTGCATT  800

seq1  TGCACAATGTGTACACACACACACATACATCATCCCCAACATATATCCAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAATGTGTACACACACACACATACATCATCCCCAACATATATCCAA  850

seq1  AGAAGATATAACCAGGCAGGCTGGTACATGGCACAAGTCTTTAGTCCCAG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATATAACCAGGCAGGCTGGTACATGGCACAAGTCTTTAGTCCCAG  900

seq1  CACTGAGAAGTCATAGGTAGATGATATCTCTGTGTTTAAGACTGCTATGT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAGAAGTCATAGGTAGATGATATCTCTGTGTTTAAGACTGCTATGT  950

seq1  TGTACATAGAATTC  958
      ||||||||||||||
seq2  TGTACATAGAATTC  964


seq1: chr13_7187489_7188560
seq2: B6Ng01-165D18.g_66_1139

seq1  GAATTCTATTCTAGTTCAAGTGACATGTTGATTAGACATACAGACTGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTCTAGTTCAAGTGACATGTTGATTAGACATACAGACTGTTC  50

seq1  CATACTTCACCCCTGCAACTCCTGTGAAACTTGCTTTTAATTAACTAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTTCACCCCTGCAACTCCTGTGAAACTTGCTTTTAATTAACTAGAC  100

seq1  AGTGACCTAGGTATAAAATTGGAAGCACTGCACTTATGCATGACATTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACCTAGGTATAAAATTGGAAGCACTGCACTTATGCATGACATTGTG  150

seq1  AATACACATTTTTATAATGTTTGAATTTTTAGCCAAGGGCTAGAGATGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACACATTTTTATAATGTTTGAATTTTTAGCCAAGGGCTAGAGATGTG  200

seq1  ACTCAGAGTGTCCTCCTAGAATATGTGGACCCTGTTTTCTTCTCCAGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGAGTGTCCTCCTAGAATATGTGGACCCTGTTTTCTTCTCCAGAAA  250

seq1  TGAAATGGGTGGAAAAGAAATGAAGGAAAAAGAAAGGAAAGCAAAACTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGGGTGGAAAAGAAATGAAGGAAAAAGAAAGGAAAGCAAAACTTA  300

seq1  TCAAATGCTTCCAAATATTTGAAGGCATAAAAGCTTTTATGTTGCGGTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGCTTCCAAATATTTGAAGGCATAAAAGCTTTTATGTTGCGGTAA  350

seq1  TTCTCCAACCCAAATAAGTCCAGGCAAAGAAAACATAATTCAATTAATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCAACCCAAATAAGTCCAGGCAAAGAAAACATAATTCAATTAATAT  400

seq1  GAATACAAGCTGCATGCCTAGATTGGGCAGATCTACCACTACACTACCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACAAGCTGCATGCCTAGATTGGGCAGATCTACCACTACACTACCAT  450

seq1  CTTCCCCATCTATGAGACCCCTTATAACTTGCAGATTCTCCAGGCCACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCATCTATGAGACCCCTTATAACTTGCAGATTCTCCAGGCCACAT  500

seq1  CCTTCTGCTAAACTTTCATTCCATTACCACCATCTTCTCCTCCTCTTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTGCTAAACTTTCATTCCATTACCACCATCTTCTCCTCCTCTTCCA  550

seq1  CCTCCTTCTCCTCCTCCTCTTCCTCCTTCTCTTCCTCACCCCGCTCCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTCTCCTCCTCCTCTTCCTCCTTCTCTTCCTCACCCCGCTCCTCT  600

seq1  CTTCTGCCCCTCCTCTCAGGAGAACAGAATTAGCATCAAAATGAAAGTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGCCCCTCCTCTCAGGAGAACAGAATTAGCATCAAAATGAAAGTAG  650

seq1  CCCCAGGGCTATCCACACCACATTTACATCATTTTATTGTTAATTTATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGGCTATCCACACCACATTTACATCATTTTATTGTTAATTTATAT  700

seq1  GAAAAATTGACTTTGAAAAAGAAGGGGGTCTTGAATTTTCAAGTTTTATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATTGACTTTGAAAAAGAAGGGGGTCTTGAATTTTCAAGTTTTATT  750

seq1  AGTAAGTATTGTCAATAGTGGGATATGAAGCTGAGGTACCATCATGTTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTATTGTCAATAGTGGGATATGAAGCTGAGGTACCATCATGTTGC  800

seq1  TTTATGCAGCAGCTTCAAGAGTTCTGTTTAGAGAGTTCTCTTATAAGGGA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTTATGCAGCAGCTTCAAGAGTTCTGTTTAGAGAGTTCTCTTATTAGGGA  850

seq1  CAGGCCAGTATAAATCAAAATTGAAATTTACTAAGGAGAAATTTTAATCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAGGCCAGTATAAATCAAAATTGAAATTTACTAAGGAGAAA-TTTAATCT  899

seq1  GTAAAATTAAATCTGCTGCACTTGTTAGTCAAGAGTTCAAAGCCAAGTTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATTAAATCTGCTGCACTTGTTAGTCAAGAGTTCAAAGCCAAGTTC  949

seq1  AGCTACATAATGAGTTTGAGGACAGTGTAGAGTACATTAGATTTGGTCTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACATAATGAGTTTGAGGACAGTGTAGAGTACATTAGATTTGGTCTT  999

seq1  TAAAAAAGTTTCATTTAACA-TTTTATTTATG-AGGATGATG-ATAAT-G  1046
      |||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| |
seq2  TAAAAAAG-TTCTTTTAACATTTTTATTTATGAAGGATGATGAATAATGG  1048

seq1  GAGGTAGCATATGTGTGCATGCATGC  1072
      |||||  |||||||| ||||||||||
seq2  GAGGTGCCATATGTGGGCATGCATGC  1074


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |