BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-167F01
Chromosome13 (Build37)
Map Location 114,993,026 - 115,136,879
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNdufs4
Upstream geneEsm1, BC067074, LOC100040888, Snag1, Hspb3, EG632832, LOC622701, LOC100040927, Arl15, A430090L17Rik
Downstream geneLOC100040958, Fst, 4930467J12Rik, Mocs2, Itga2, LOC100040975, Itga1, Pelo
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-167F01.bB6Ng01-167F01.g
ACCDH958846DH958847
length1,1371,071
definitionDH958846|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-167F01, 5' end.DH958847|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-167F01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,135,743 - 115,136,879)(114,993,026 - 114,994,100)
sequence
gaattctctttttagttcaaatgcagctttgttgcttgttgcgcatgtgt
ggctggctgtgtggatgtaagcttgcgcacctgtgtggctgtcctgtgtg
acgcgctgagaagccgggagtcagcctcagcagtggaggcctcaggggct
gcccacctttgttttgagacgaagctctcctgctactctggctatgctaa
ctggttgtggagtcccaggaatcccgcattctccacgtgtcgctgctgaa
attcccagtgtaagtcatgcctggcctttagcatggctgccgaggaactg
ggctctctcccttgcactttaccaactgagctcccactccagtcctgaaa
attacaattttatagatcttggttctgcttctgaccttaataaatttgat
gtctttgtagtactttatgcctacttggtgtgattggaattttcattaac
aaatgtaattttttttaaatgtgaaatatgtttggaatctgtatttggag
taaatatgcatatacatacataaaggcatacatacatgcatatacatatc
tagagtcagtataacaaatgcatggtaaagttttaaagtttaagataaca
atgaattatagccagataagaagctattgaagacttggtttttctgacta
atgtttatatgaaaatgcattgttttcatgtactggaaccagggcaacac
cccattaaaatgtatgagctcattagatgtcagaactcagtcaccttcca
gtaagcgagatgtctattaaagacagcttcaaaaataaaaaatatatcgc
aacttaagagtttgttataattttactgcattagaatttatcacagtgaa
tatctctagctatagcttataaacaaaacaaagcaaaacatctttggact
tccagtaacatctaaaagtgtaacaactcctgaggcagtaacaagtcatc
cctctgagtcttctccttggggaagcagcccagggctccgagttctcggg
agacccagggacttagcactgagtaccctggcgatcgcgctcatcctctt
aaatgctggaggccagcttttcttgcgccactacagtggtgcatgcaggt
gtgggtggcaggtattgctgcttttccatgacagcag
gaattcctcactagggctgatgacttctctactcagatggttttgatcac
gcacgggttctcttagggagcgggtctcaaatccaattggagcgattggt
tatgtgctgttctgttaggattgcacaatgttgtggatgggcctggtgct
gctcttgtgaaccaatcacctaatgaataaaggagtcaatcattgggcga
gtaggcgggacttccaggttggagagagaaagagaggaagccggagagag
ttagttcctctttggaacaggacagcagagcagttaaggtgtagcggcta
gagtttcccggtatcatggcagatccgcaaggattctccaccagaagatt
cagattttaatagggcttacaagattaggttttagttgtagcacccagtg
actgagttaccattgtttctgaactaagtctgtgttgagttttccttcac
acggcagtgtgtctaggttcaagagagaaaggtacatgccagatgtgcac
cacaaaagccatggggaatttgaagcatggggttggcatggtaacgactc
gccagtggatgagcaatctccacgagataaaagcgggtcagccattgccc
caccagtacatggtcaaccaggctgtaggggcagaggcacaagcctggga
atgtgtcctatcttttaaaaattttcccacaacagcatgaggggtgtggt
tgtgtgtttggcatcctttaacaatagtgtttccagcagttctggtggta
actaagagtgacaagagcctgtattatttagggactcctgaagctaacct
gacaagcaccatatgtatttacaggtgtcctatatcagtccagtgatgtc
caggggctgcatttccaaagaatggggaaagtaagacaagcatgaggggt
gggctcaatctgcatagaaagtggaacaaaatggtgagccgaaatgtgga
atagagtcgtcttcttaccttcctgttcctgatgcaccctgtgtcccatc
tgaggtattcaagaggcttcggacacacaggaagagagtatcagaacctc
tgagagcagtcggtgctttta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_115135743_115136879
seq2: B6Ng01-167F01.b_46_1182 (reverse)

seq1  CTGCTGTCATGGAAAGGCAGGCAATACCTGCCA-CCACACCTGCATGCAC  49
      ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTCATGGAAAAGCA-GCAATACCTGCCACCCACACCTGCATGCAC  49

seq1  AACTGTAGTGGCGCAAGAAAAGCTGGCCT-CAGCATTTTAGAGATTGAGC  98
       |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||
seq2  CACTGTAGTGGCGCAAGAAAAGCTGGCCTCCAGCATTTAAGAGGATGAGC  99

seq1  GCGATCG-CAGGGTACTCAGTGCTAAGTCCCTGGGTCTCCCGGAGAACTC  147
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GCGATCGCCAGGGTACTCAGTGCTAAGTCCCTGGGTCTCCC-GAGAACTC  148

seq1  GGAGCCCTGGGCTGCTTCCCCAAGGAGAAGACTCAGAGGGATGACTTGTT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCCTGGGCTGCTTCCCCAAGGAGAAGACTCAGAGGGATGACTTGTT  198

seq1  ACTGCCTCAGGAGTTTGTTACACTTTTAGATGTTACTGGAAGTCCAAAGA  247
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCTCAGGAG-TTGTTACACTTTTAGATGTTACTGGAAGTCCAAAGA  247

seq1  TGTTTTGCTTTGTTTTGTTTATAAGCTATAGCTAGAGATATTCACTGTGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGCTTTGTTTTGTTTATAAGCTATAGCTAGAGATATTCACTGTGA  297

seq1  TAAATTCTAATGCAGTAAAATTATAACAAACTCTTAAGTTGCGATATATT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTCTAATGCAGTAAAATTATAACAAACTCTTAAGTTGCGATATATT  347

seq1  TTTTATTTTTGAAGCTGTCTTTAATAGACATCTCGCTTACTGGAAGGTGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTTTGAAGCTGTCTTTAATAGACATCTCGCTTACTGGAAGGTGA  397

seq1  CTGAGTTCTGACATCTAATGAGCTCATACATTTTAATGGGGTGTTGCCCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTCTGACATCTAATGAGCTCATACATTTTAATGGGGTGTTGCCCT  447

seq1  GGTTCCAGTACATGAAAACAATGCATTTTCATATAAACATTAGTCAGAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCAGTACATGAAAACAATGCATTTTCATATAAACATTAGTCAGAAA  497

seq1  AACCAAGTCTTCAATAGCTTCTTATCTGGCTATAATTCATTGTTATCTTA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAGTCTTCAATAGCTTCTTATCTGGCTATAATTCATTGTTATCTTA  547

seq1  AACTTTAAAACTTTACCATGCATTTGTTATACTGACTCTAGATATGTATA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTAAAACTTTACCATGCATTTGTTATACTGACTCTAGATATGTATA  597

seq1  TGCATGTATGTATGCCTTTATGTATGTATATGCATATTTACTCCAAATAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTATGTATGCCTTTATGTATGTATATGCATATTTACTCCAAATAC  647

seq1  AGATTCCAAACATATTTCACATTTAAAAAAAATTACATTTGTTAATGAAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCCAAACATATTTCACATTTAAAAAAAATTACATTTGTTAATGAAA  697

seq1  ATTCCAATCACACCAAGTAGGCATAAAGTACTACAAAGACATCAAATTTA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAATCACACCAAGTAGGCATAAAGTACTACAAAGACATCAAATTTA  747

seq1  TTAAGGTCAGAAGCAGAACCAAGATCTATAAAATTGTAATTTTCAGGACT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGTCAGAAGCAGAACCAAGATCTATAAAATTGTAATTTTCAGGACT  797

seq1  GGAGTGGGAGCTCAGTTGGTAAAGTGCAAGGGAGAGAGCCCAGTTCCTCG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGGGAGCTCAGTTGGTAAAGTGCAAGGGAGAGAGCCCAGTTCCTCG  847

seq1  GCAGCCATGCTAAAGGCCAGGCATGACTTACACTGGGAATTTCAGCAGCG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCATGCTAAAGGCCAGGCATGACTTACACTGGGAATTTCAGCAGCG  897

seq1  ACACGTGGAGAATGCGGGATTCCTGGGACTCCACAACCAGTTAGCATAGC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGTGGAGAATGCGGGATTCCTGGGACTCCACAACCAGTTAGCATAGC  947

seq1  CAGAGTAGCAGGAGAGCTTCGTCTCAAAACAAAGGTGGGCAGCCCCTGAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTAGCAGGAGAGCTTCGTCTCAAAACAAAGGTGGGCAGCCCCTGAG  997

seq1  GCCTCCACTGCTGAGGCTGACTCCCGGCTTCTCAGCGCGTCACACAGGAC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCACTGCTGAGGCTGACTCCCGGCTTCTCAGCGCGTCACACAGGAC  1047

seq1  AGCCACACAGGTGCGCAAGCTTACATCCACACAGCCAGCCACACATGCGC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACACAGGTGCGCAAGCTTACATCCACACAGCCAGCCACACATGCGC  1097

seq1  AACAAGCAACAAAGCTGCATTTGAACTAAAAAGAGAATTC  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGCAACAAAGCTGCATTTGAACTAAAAAGAGAATTC  1137

seq1: chr13_114993026_114994100
seq2: B6Ng01-167F01.g_67_1137

seq1  GAATTCCTCACTAGGGCTGATGACTTCTCTACTCAGATGGTTTTGATCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCACTAGGGCTGATGACTTCTCTACTCAGATGGTTTTGATCAC  50

seq1  GCACGGGTTCTCTTAGGGAGCGGGTCTCAAATCCAATTGGAGCGATTGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGGGTTCTCTTAGGGAGCGGGTCTCAAATCCAATTGGAGCGATTGGT  100

seq1  TATGTGCTGTTCTGTTAGGATTGCACAATGTTGTGGATGGGCCTGGTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCTGTTCTGTTAGGATTGCACAATGTTGTGGATGGGCCTGGTGCT  150

seq1  GCTCTTGTGAACCAATCACCTAATGAATAAAGGAGTCAATCATTGGGCGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTGTGAACCAATCACCTAATGAATAAAGGAGTCAATCATTGGGCGA  200

seq1  GTAGGCGGGACTTCCAGGTTGGAGAGAGAAAGAGAGGAAGCCGGAGAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCGGGACTTCCAGGTTGGAGAGAGAAAGAGAGGAAGCCGGAGAGAG  250

seq1  TTAGTTCCTCTTTGGAACAGGACAGCAGAGCAGTTAAGGTGTAGCGGCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTCCTCTTTGGAACAGGACAGCAGAGCAGTTAAGGTGTAGCGGCTA  300

seq1  GAGTTTCCCGGTATCATGGCAGATCCGCAAGGATTCTCCACCAGAAGATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTCCCGGTATCATGGCAGATCCGCAAGGATTCTCCACCAGAAGATT  350

seq1  CAGATTTTAATAGGGCTTACAAGATTAGGTTTTAGTTGTAGCACCCAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTTTAATAGGGCTTACAAGATTAGGTTTTAGTTGTAGCACCCAGTG  400

seq1  ACTGAGTTACCATTGTTTCTGAACTAAGTCTGTGTTGAGTTTTCCTTCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGTTACCATTGTTTCTGAACTAAGTCTGTGTTGAGTTTTCCTTCAC  450

seq1  ACGGCAGTGTGTCTAGGTTCAAGAGAGAAAGGTACATGCCAGATGTGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCAGTGTGTCTAGGTTCAAGAGAGAAAGGTACATGCCAGATGTGCAC  500

seq1  CACAAAAGCCATGGGGAATTTGAAGCATGGGGTTGGCATGGTAACGACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAAGCCATGGGGAATTTGAAGCATGGGGTTGGCATGGTAACGACTC  550

seq1  GCCAGTGGATGAGCAATCTCCACGAGATAAAAGCGGGTCAGCCATTGCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTGGATGAGCAATCTCCACGAGATAAAAGCGGGTCAGCCATTGCCC  600

seq1  CACCAGTACATGGTCAACCAGGCTGTAGGGGCAGAGGCACAAGCCTGGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGTACATGGTCAACCAGGCTGTAGGGGCAGAGGCACAAGCCTGGGA  650

seq1  ATGTGTCCTATCTTTTAAAAATTTTCCCACAACAGCATGAGGGGTGTGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTCCTATCTTTTAAAAATTTTCCCACAACAGCATGAGGGGTGTGGT  700

seq1  TGTGTGTTTGGCATCC-TTAACAATAGTGTTTCCAGCAGTTCTGGTGGTA  749
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTTTGGCATCCTTTAACAATAGTGTTTCCAGCAGTTCTGGTGGTA  750

seq1  ACTAAGAGTGACAAGAGCCTGTATTATTTAGGGACTCCTGAAGCTAACCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGAGTGACAAGAGCCTGTATTATTTAGGGACTCCTGAAGCTAACCT  800

seq1  GACAAGCACCATATGTATTTACAGGTGTCCTATATCAGGTCCAGTGATGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GACAAGCACCATATGTATTTACAGGTGTCCTATATCA-GTCCAGTGATGT  849

seq1  CCAGGGGCTGCATTTCCAAAGAATGGGG-AAGTAAGACAAGCATGAGGGG  898
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGGCTGCATTTCCAAAGAATGGGGAAAGTAAGACAAGCATGAGGGG  899

seq1  TGGGCTCAATCTGCATAGAAAGTGGAACAAAATGGTGAGCCGAAATGTGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTCAATCTGCATAGAAAGTGGAACAAAATGGTGAGCCGAAATGTGG  949

seq1  AATAAGAGTCCGTCTTCTTACCTTCCTGTTCCTGATGCACCCTGTGTCCC  998
      ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAT-AGAGT-CGTCTTCTTACCTTCCTGTTCCTGATGCACCCTGTGTCCC  997

seq1  ATCTGAAGTTATTCAAAGAGCCTTCAGACACACCAGAAGAGAGTATCAG-  1047
      ||||| || ||||| ||||| |||| |||||||  |||||||||||||| 
seq2  ATCTG-AGGTATTC-AAGAGGCTTCGGACACACAGGAAGAGAGTATCAGA  1045

seq1  ACCTCTGGAAGAGCAGTCGGTGCTTTTA  1075
      |||||||  |||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTG--AGAGCAGTCGGTGCTTTTA  1071