BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-172P21
Chromosome13 (Build37)
Map Location 9,576,508 - 9,620,110
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDip2c, LOC666986
Upstream geneAdarb2, Wdr37, LOC100039632, Idi1, EG382723, LOC100039655, Idi2, Gtpbp4, LOC667721, Larp5, EG667727, LOC100039719
Downstream geneZmynd11, Chrm3, LOC100039604
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-172P21.bB6Ng01-172P21.g
ACCGA001461GA001462
length749841
definitionB6Ng01-172P21.b B6Ng01-172P21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,619,365 - 9,620,110)(9,576,508 - 9,577,349)
sequence
gaattcctggttccacatgtcacagacatacatatgaatgcgaaggcggg
ttctgatgggatgtgcactggagtactttattaaggaacacattccctta
gctcacatttagcaaaacattcaccagtactgtttaatcacagcgaatcc
tatgaagctgagctgcagtcttggatgatactggatgatactgggagtgg
caggaccaggtaacagccaagccagccttcagacagctactaaagctgta
accagtgtttgattttagagatgcttaacttgatccttcaccaacactca
ttcctttgtatcaaattggtatgtaaaggagaggagtgagaggagtgcag
caaagatggctgactaggtgtaggtgtgtggggtgataggagtctaagaa
atacagactaacggttgtaatttggtgcctccaagattaagcattcctct
aagcatttactcatggacatgtctgtcagcataaatcaaaacacacacct
tactggacttaaagctcactgagctctttcaaagcacttatggggaaaac
tataaaagcaaatccgatggcagggctcctcatcaagcccacccttgaca
ctggagtatgagtagtctctttatgaggaaaagcatcatactaccttatg
atcatacatagaggatgagcttcatggcacactggaaatatgcctcaaaa
atgagctggcaggattgggtgtatttatctatccctactgagaatgtct
gaattctttcctgagttgttagaatgctatataggaagaaattgacttgg
catgattttcaggttttagcactcagttttcattggcttgtataaaaatt
ttaatttcggtatggatggaatgaagtaaatattcaaccatgaccctgga
tatgtggtttcattttcatctctactttctgtccctggggggggaaaaat
gtattttaagaaacgtagccagatgtagaagcacatacctttaatcatag
cactatgagtggcagaggcagctggatctctgtgggttcaagtcctatct
ggcctatagagtgaatttcaggcagccaaacattacataataagatcctg
ttgcaaaaataaaataaaataaaagcatgaaagagaaaaatgggaaggag
aggggaaaaaaccaacaagttggttttctgagctgttgagcggtatggtg
gcacatccagagatctgagtaccgtgaagacaagcaatctcacagcctgg
gggttgagcaccctgagatgcttttgctgggagcaacgttactcacggtt
ggtcataagttactccagcctgcttcagaacagcacagtacaggggggaa
gcagttttggagatgtaaaatttattctcctggagtgagaaaaggcgagc
cctgtaaatagacataaggaaagattacctgatcagcatcatcggtaatt
ggcgctggctgtcagtcactccggccctctcagttgccaacactaacata
aagaagtgttgacacatatccatctttgaaacgtgtaactttactttcat
tgctcttgggcccacctctaagtgggtttctattgtaagta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_9619365_9620110
seq2: B6Ng01-172P21.b_45_793 (reverse)

seq1  AGACATTCTCAGTAGGGATAGATAGATACA-CCAATCCTGCCAGCTCTTT  49
      |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||
seq2  AGACATTCTCAGTAGGGATAGATAAATACACCCAATCCTGCCAGCTCATT  50

seq1  TTTGAGGCATATTTCCAGTGTGCTATGAAGCTCATCCTCTCTGTATGATC  99
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTTGAGGCATATTTCCAGTGTGCCATGAAGCTCATCCTCTATGTATGATC  100

seq1  AT-AGGTAGTATGCTGCTTTTCCTCATAAAGAGACTACTCATACTCCAGT  148
      || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGTAGTATGATGCTTTTCCTCATAAAGAGACTACTCATACTCCAGT  150

seq1  GTCAAGGGTGGGCTTGATGAGGAGCCCTGCCATCGGATTTGCTTTTATAG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGGGTGGGCTTGATGAGGAGCCCTGCCATCGGATTTGCTTTTATAG  200

seq1  TTTTCCCCATAAGTGCTTTG-AAGAGCTCAGTGAGCTTTAAGTCCAGTAA  247
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCCATAAGTGCTTTGAAAGAGCTCAGTGAGCTTTAAGTCCAGTAA  250

seq1  GGTGTGTGTTTTGATTTATGCTGACAGACATGTCCATGAGTAAATGCTTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGTGTTTTGATTTATGCTGACAGACATGTCCATGAGTAAATGCTTA  300

seq1  GAGGAATGCTTAATCTTGGAGGCACCAAATTACAACCGTTAGTCTGTATT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAATGCTTAATCTTGGAGGCACCAAATTACAACCGTTAGTCTGTATT  350

seq1  TCTTAGACTCCTATCACCCCACACACCTACACCTAGTCAGCCATCTTTGC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGACTCCTATCACCCCACACACCTACACCTAGTCAGCCATCTTTGC  400

seq1  TGCACTCCTCTCACTCCTCTCCTTTACATACCAATTTGATACAAAGGAAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTCCTCTCACTCCTCTCCTTTACATACCAATTTGATACAAAGGAAT  450

seq1  GAGTGTTGGTGAAGGATCAAGTTAAGCATCTCTAAAATCAAACACTGGTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTTGGTGAAGGATCAAGTTAAGCATCTCTAAAATCAAACACTGGTT  500

seq1  ACAGCTTTAGTAGCTGTCTGAAGGCTGGCTTGGCTGTTACCTGGTCCTGC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTTTAGTAGCTGTCTGAAGGCTGGCTTGGCTGTTACCTGGTCCTGC  550

seq1  CACTCCCAGTATCATCCAGTATCATCCAAGACTGCAGCTCAGCTTCATAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCCAGTATCATCCAGTATCATCCAAGACTGCAGCTCAGCTTCATAG  600

seq1  GATTCGCTGTGATTAAACAGTACTGGTGAATGTTTTGCTAAATGTGAGCT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCGCTGTGATTAAACAGTACTGGTGAATGTTTTGCTAAATGTGAGCT  650

seq1  AAGGGAATGTGTTCCTTAATAAAGTACTCCAGTGCACATCCCATCAGAAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAATGTGTTCCTTAATAAAGTACTCCAGTGCACATCCCATCAGAAC  700

seq1  CCGCCTTCGCATTCATATGTATGTCTGTGACATGTGGAACCAGGAATTC  746
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCCTTCGCATTCATATGTATGTCTGTGACATGTGGAACCAGGAATTC  749

seq1: chr13_9576508_9577349
seq2: B6Ng01-172P21.g_64_904

seq1  GAATTCTTTCCTGAGTTGTTAGAATGCTATATAGGAAGAAATTGACTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCTGAGTTGTTAGAATGCTATATAGGAAGAAATTGACTTGG  50

seq1  CATGATTTTCAGGTTTTAGCACTCAGTTTTCATTGGCTTGTATAAAAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATTTTCAGGTTTTAGCACTCAGTTTTCATTGGCTTGTATAAAAATT  100

seq1  TTAATTTCGGTATGGATGGAATGAAGTAAATATTCAACCATGACCCTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTCGGTATGGATGGAATGAAGTAAATATTCAACCATGACCCTGGA  150

seq1  TATGTGGTTTCATTTTCATCTCTACTTTCTGTCCCTGGGGGGGGAAAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGTTTCATTTTCATCTCTACTTTCTGTCCCTGGGGGGGGAAAAAT  200

seq1  GTATTTTAAGAAACGTAGCCAGATGTAGAAGCACATACCTTTAATCATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTTAAGAAACGTAGCCAGATGTAGAAGCACATACCTTTAATCATAG  250

seq1  CACTATGAGTGGCAGAGGCAGCTGGATCTCTGTGGGTTCAAGTCCTATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATGAGTGGCAGAGGCAGCTGGATCTCTGTGGGTTCAAGTCCTATCT  300

seq1  GGCCTATAGAGTGAATTTCAGGCAGCCAAACATTACATAATAAGATCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTATAGAGTGAATTTCAGGCAGCCAAACATTACATAATAAGATCCTG  350

seq1  TTGCAAAAATAAAATAAAATAAAAGCATGAAAGAGAAAAATGGGAAGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAAAATAAAATAAAATAAAAGCATGAAAGAGAAAAATGGGAAGGAG  400

seq1  AGGGGAAAAAACCAACAAGTTGGTTTTCTGAGCTGTTGAGCGGTATGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAAAAAACCAACAAGTTGGTTTTCTGAGCTGTTGAGCGGTATGGTG  450

seq1  GCACATCCAGAGATCTGAGTACCGTGAAGACAAGCAATCTCACAGCCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATCCAGAGATCTGAGTACCGTGAAGACAAGCAATCTCACAGCCTGG  500

seq1  GGGTTGAGCACCCTGAGATGCTTTTGCTGGGAGCAACGTTACTCACGGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGAGCACCCTGAGATGCTTTTGCTGGGAGCAACGTTACTCACGGTT  550

seq1  GGTCATAAGTTACTCCAGCCTGCTTCAGAACAGCACAGTACAGGGGGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATAAGTTACTCCAGCCTGCTTCAGAACAGCACAGTACAGGGGGGAA  600

seq1  GCAGTTTTGGAGATGTAAAATTTATTCTCCTGGAGTGAGAAAAGGCGAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTTTGGAGATGTAAAATTTATTCTCCTGGAGTGAGAAAAGGCGAGC  650

seq1  CCTGTAAATAGACATAAGGAAAGATTACCTGATCAGCATCATCGGTAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAAATAGACATAAGGAAAGATTACCTGATCAGCATCATCGGTAATT  700

seq1  GGCGCTGGCTGTCAGTCACTCCGG-CCTCTCAAGTTGCCAACACTAACAT  749
      |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGCGCTGGCTGTCAGTCACTCCGGCCCTCTC-AGTTGCCAACACTAACAT  749

seq1  AAAGAAGTGTTGACAACATATCCATCTTTGAAACGTGTAACTTACTTTTC  799
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||
seq2  AAAGAAGTGTTGAC-ACATATCCATCTTTGAAACGTGTAACTTTACTTTC  798

seq1  ATTGCTCTTGGGCCCACCTCTAAGTGGGTTTCTATTGTAAGTA  842
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTCTTGGGCCCACCTCTAAGTGGGTTTCTATTGTAAGTA  841