BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-176D04
Chromosome13 (Build37)
Map Location 80,017,577 - 80,055,045
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG666883, LOC666925
Downstream geneLOC382780, EG666933, Arrdc3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-176D04.bB6Ng01-176D04.g
ACCGA003799GA003800
length1,2031,184
definitionB6Ng01-176D04.b B6Ng01-176D04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,017,577 - 80,018,799)(80,053,844 - 80,055,045)
sequence
gaattctaggggtaaggaataaagaatgaaacacagaagagtacaatcct
aaaataaaatcaattttgctaagtcttgtataaaactagtttttggaaag
aacatattataatatcaaaggtaggtaccagggtctgcaccaaaacatgg
cagaggctgggtccaagtcagtactgttcatgtattccagtatcatttgc
caatcacccattgcagaagcagttttcagaaaaattggtaactgaagaaa
agctttcagataattggaccatttaaagcagtgtcctttctgactgaacc
atgggccaggctccagacccgagagctatcagctgcctaagaaatcatga
cattaacacagcccataaagcaatacagattacaagatactttgatgcat
ttgattatacactatgtatggatgaaggcaatctgagagatttgaatgaa
aaaaaataatcaagctaaaaactgcaaagctaaaattgaactactcggga
gctatgatccacaggaagaactcattactgaatttccctattatggcaat
gactctgactctaagttgttgtatcagcaatgccttatgtgcagcaaggc
cttcctggagaagacttattagcacatcttaaccaccacctttgagcaac
ttactcatcagtgctatgcccaagagtggtagcagtcatcaaacccatac
tccacccctcttttcagatgatttaatgtatatcttttaaattattgtag
gtggaagctagagaatgttcagaagaataaaaatacttgagttaggcagt
ttaatgtatggctaagtgttctctgactaaattctgaccttgccataaat
ccagaatagtggaacaaggatatatggaacaaaagaaaacccaataaagt
aagaatgacctacaatgtccaaattagcctctgtgcccagcaaggctgag
tttttgtttttccatatgaagttgatgattgctctttgaatgcttgagaa
gaagtgtgttggaatctgatgagattgtgctgatctgtagattgctttgg
tagatgtcattttacatataatctactgatccctaagcatgagattttgc
atcttctgagtttcttccactctttctcagtacttgaaggttcttgtcat
acagatcttacttgttgctagagttacatggagaattaatatattaattt
tcg

gaattcaaggaacgggacataactaaaccaaataacccaattaaaaatgg
ggtgaaaatatgtggagcattctcaacagtgaaatattgatttgaattga
gagctttaagaatgcctagaaatttgaaacagagaatgtaggagagagta
gtatgccaaaaagaatagctagtcgtagtggttacccatcctaaatgacc
accatggccaagttgaagaaatcctggtccatacaaagatagttaaataa
gtgtctcatgcttgaggataagtgaacaaatatggttctaaactgtactt
ttggtcctttattactatttggcatcatataattaaaaatcaacagttat
ctaaaatcaaaagtaaatattttgtctgatgtgtacccctttttgtcaac
attgaacatggttatcaccatgcaaaaattaaaacatgaaatatttatat
atctcagaatttaattattcactcattttatatactatgtgtcttaaaac
ctgtgttaaaccatgctaaaattaaaagaagagtaagggttgctttcccc
tgaaatgtgactatactcaaaaaggaaacattttcacataaaagatgtac
agtcaaatatcataaagttcaacaatcattaaacaagggaataaattatt
ctcttaagtaatgggtaaaaagcagaaatactactttttgagtgagtaat
gggagttttgcttagaggtatgtctgaaatacctgcatgctcatggctcg
tggagaatttaagagtgtatcagagtcattggaattgaaattgcaaataa
ttgttagatgtcatgtaggttctgagaatcaaagcaatgttatgtaagat
cagcaagttcttgtaaaagctgacccatcttctagtccttatcagacttt
tcattaatatgatgaacagaatcattgccaggggcaggtcttgtatgtga
tattttgacattaattttctgaaaattccatattgatggctttatgtcat
agccaaacataaaaggttattgttcataaaggttatacttgattttctaa
taaaatatagctatttgtgatatagagtacttatttttgaatgtagcata
tacaagaattagtctggcaaatgctcacgttagacactgactgccagctg
ggactaggaaggaacttcttgaaaattccagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_80017577_80018799
seq2: B6Ng01-176D04.b_43_1245

seq1  GAATTCTAGGGGTAAGGAATAAAGAATGAAACACAGAAGAGTACAATCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGGGTAAGGAATAAAGAATGAAACACAGAAGAGTACAATCCT  50

seq1  AAAATAAAATCAATTTTGCTAAGTCTTGTATAAAACTAGTTTTTGGAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAAATCAATTTTGCTAAGTCTTGTATAAAACTAGTTTTTGGAAAG  100

seq1  AACATATTATAATATCAAAGGTAGGTACCAGGGTCTGCACCAAAACATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATATTATAATATCAAAGGTAGGTACCAGGGTCTGCACCAAAACATGG  150

seq1  CAGAGGCTGGGTCCAAGTCAGTACTGTTCATGTATTCCAGTATCATTTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCTGGGTCCAAGTCAGTACTGTTCATGTATTCCAGTATCATTTGC  200

seq1  CAATCACCCATTGCAGAAGCAGTTTTCAGAAAAATTGGTAACTGAAGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCACCCATTGCAGAAGCAGTTTTCAGAAAAATTGGTAACTGAAGAAA  250

seq1  AGCTTTCAGATAATTGGACCATTTAAAGCAGTGTCCTTTCTGACTGAACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTCAGATAATTGGACCATTTAAAGCAGTGTCCTTTCTGACTGAACC  300

seq1  ATGGGCCAGGCTCCAGACCCGAGAGCTATCAGCTGCCTAAGAAATCATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCCAGGCTCCAGACCCGAGAGCTATCAGCTGCCTAAGAAATCATGA  350

seq1  CATTAACACAGCCCATAAAGCAATACAGATTACAAGATACTTTGATGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAACACAGCCCATAAAGCAATACAGATTACAAGATACTTTGATGCAT  400

seq1  TTGATTATACACTATGTATGGATGAAGGCAATCTGAGAGATTTGAATGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTATACACTATGTATGGATGAAGGCAATCTGAGAGATTTGAATGAA  450

seq1  AAAAAATAATCAAGCTAAAAACTGCAAAGCTAAAATTGAACTACTCGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATAATCAAGCTAAAAACTGCAAAGCTAAAATTGAACTACTCGGGA  500

seq1  GCTATGATCCACAGGAAGAACTCATTACTGAATTTCCCTATTATGGCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGATCCACAGGAAGAACTCATTACTGAATTTCCCTATTATGGCAAT  550

seq1  GACTCTGACTCTAAGTTGTTGTATCAGCAATGCCTTATGTGCAGCAAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGACTCTAAGTTGTTGTATCAGCAATGCCTTATGTGCAGCAAGGC  600

seq1  CTTCCTGGAGAAGACTTATTAGCACATCTTAACCACCACCTTTGAGCAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGGAGAAGACTTATTAGCACATCTTAACCACCACCTTTGAGCAAC  650

seq1  TTACTCATCAGTGCTATGCCCAAGAGTGGTAGCAGTCATCAAACCCATAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCATCAGTGCTATGCCCAAGAGTGGTAGCAGTCATCAAACCCATAC  700

seq1  TCCACCCCTCTTTTCAGATGATTTAATGTATATCTTTTAAATTATTGTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCCCTCTTTTCAGATGATTTAATGTATATCTTTTAAATTATTGTAG  750

seq1  GTGGAAGCTAGAGAATGTTCAGAAGAATAAAAATACTTGAGTTAGGCAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAGCTAGAGAATGTTCAGAAGAATAAAAATACTTGAGTTAGGCAGT  800

seq1  TTAATGTATGGCTAAGTGTTCTCTGACTAAATTCTGACCTTGCCATAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTATGGCTAAGTGTTCTCTGACTAAATTCTGACCTTGCCATAAAT  850

seq1  CCAGAATAGTGGAACAAGGATATATGGAACAAAAGAAAACCCAATAAAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAATAGTGGAACAAGGATATATGGAACAAAAGAAAACCCAATAAAGT  900

seq1  AAGAATGACCTACAATGTCCAAATTAGCCTCTGTGCCCAGCAAGGCTGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGACCTACAATGTCCAAATTAGCCTCTGTGCCCAGCAAGGCTGAG  950

seq1  TTTTTGTTTTTCCATATGAAGTTGATGATTGCTCTTTGAATGCTTGAGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTTTTTCCATATGAAGTTGATGATTGCTCTTTGAATGCTTGAGAA  1000

seq1  GAAGTGTGTTGGAATCTTGATGAGGATTGTGCTGAATCTGTAGATTGCTT  1050
      |||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||| |
seq2  GAAGTGTGTTGGAATC-TGATGA-GATTGTGCTG-ATCTGTAGATTGC-T  1046

seq1  TTGGTAAGATTGTCATTTTTACCATATTAATCCTACTGATCCCTAAGCAT  1100
      ||||| ||| |||||||||   |||| |||| ||||||||||||||||||
seq2  TTGGT-AGA-TGTCATTTT--ACATA-TAAT-CTACTGATCCCTAAGCAT  1090

seq1  GGAAGATTTTTGCATCTTCTGAGGTTTTCTTCAATTTCTTTCTTCAGGTA  1150
      |  ||| ||||||||||||||||  ||||||| |  |||||| ||| |||
seq2  G--AGA-TTTTGCATCTTCTGAG--TTTCTTCCA-CTCTTTC-TCA-GTA  1132

seq1  CTTGAA-GTTCTTGTCATACAGATCTTTCACTTGGTTGGTTAGAGTTACA  1199
      |||||| ||||||||||||||||||||  |||||  | | ||||||||||
seq2  CTTGAAGGTTCTTGTCATACAGATCTT--ACTTG--TTGCTAGAGTTACA  1178

seq1  TGAAGATATTATATATT-ATTTTCG  1223
      || |||  | ||||||| |||||||
seq2  TGGAGAATTAATATATTAATTTTCG  1203


seq1: chr13_80053844_80055045
seq2: B6Ng01-176D04.g_62_1245 (reverse)

seq1  TCTCTGGAATTTTCTAGAGGTTCC-TCCTAGTCCCCAACCTTGGCAGTCA  49
      |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||  | | |||||||||
seq2  TCTCTGGAATTTTCAAGAAGTTCCTTCCTAGTCCC--AGC-TGGCAGTCA  47

seq1  GTGCTCTTAACCGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCTTATTCTTGTATATGCT  99
      ||| || ||||   |||| ||| |  ||||  || |||||||||||||||
seq2  GTG-TC-TAAC--GTGAG-CAT-TTGCCAG-ACTAATTCTTGTATATGCT  90

seq1  AACATTCAAAAATAAGTTACTCTAATAATCACAAAATTAGCTTATATTTT  149
       ||||||||||||||| |||||||   ||||||||  |||| ||||||||
seq2  -ACATTCAAAAATAAG-TACTCTA--TATCACAAA--TAGC-TATATTTT  133

seq1  ATTAGAAAAATCAAGTATAACCTTTATGAAC-ATAACCTTTTATGTTTGG  198
      ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATTAG-AAAATCAAGTATAACCTTTATGAACAATAACCTTTTATGTTTGG  182

seq1  CTATGAACATAAAGCCATCAATATGGAATTTTCAGAAAAATTAATGTCAA  248
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTATG-ACATAAAGCCATCAATATGGAATTTTCAG-AAAATTAATGTCAA  230

seq1  AATATCACATACAAGACCTGCCCCTGGCAATGATTCTGTTCATCATATTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCACATACAAGACCTGCCCCTGGCAATGATTCTGTTCATCATATTA  280

seq1  ATGAAAAGTCTGATAAGGACTAGAAGATGGGTCAGCTTTTACAAGAACTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAAGTCTGATAAGGACTAGAAGATGGGTCAGCTTTTACAAGAACTT  330

seq1  GCTGATCTTACATAACATTGCTTTGATTCTCAGAACCTACATGACATCTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATCTTACATAACATTGCTTTGATTCTCAGAACCTACATGACATCTA  380

seq1  ACAATTATTTGCAATTTCAATTCCAATGACTCTGATACACTCTTAAATTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTATTTGCAATTTCAATTCCAATGACTCTGATACACTCTTAAATTC  430

seq1  TCCACGAGCCATGAGCATGCAGGTATTTCAGACATACCTCTAAGCAAAAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACGAGCCATGAGCATGCAGGTATTTCAGACATACCTCTAAGCAAAAC  480

seq1  TCCCATTACTCACTCAAAAAGTAGTATTTCTGCTTTTTACCCATTACTTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATTACTCACTCAAAAAGTAGTATTTCTGCTTTTTACCCATTACTTA  530

seq1  AGAGAATAATTTATTCCCTTGTTTAATGATTGTTGAACTTTATGATATTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATAATTTATTCCCTTGTTTAATGATTGTTGAACTTTATGATATTT  580

seq1  GACTGTACATCTTTTATGTGAAAATGTTTCCTTTTTGAGTATAGTCACAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTACATCTTTTATGTGAAAATGTTTCCTTTTTGAGTATAGTCACAT  630

seq1  TTCAGGGGAAAGCAACCCTTACTCTTCTTTTAATTTTAGCATGGTTTAAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGGGAAAGCAACCCTTACTCTTCTTTTAATTTTAGCATGGTTTAAC  680

seq1  ACAGGTTTTAAGACACATAGTATATAAAATGAGTGAATAATTAAATTCTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTTTTAAGACACATAGTATATAAAATGAGTGAATAATTAAATTCTG  730

seq1  AGATATATAAATATTTCATGTTTTAATTTTTGCATGGTGATAACCATGTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATATAAATATTTCATGTTTTAATTTTTGCATGGTGATAACCATGTT  780

seq1  CAATGTTGACAAAAAGGGGTACACATCAGACAAAATATTTACTTTTGATT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTTGACAAAAAGGGGTACACATCAGACAAAATATTTACTTTTGATT  830

seq1  TTAGATAACTGTTGATTTTTAATTATATGATGCCAAATAGTAATAAAGGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATAACTGTTGATTTTTAATTATATGATGCCAAATAGTAATAAAGGA  880

seq1  CCAAAAGTACAGTTTAGAACCATATTTGTTCACTTATCCTCAAGCATGAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAGTACAGTTTAGAACCATATTTGTTCACTTATCCTCAAGCATGAG  930

seq1  ACACTTATTTAACTATCTTTGTATGGACCAGGATTTCTTCAACTTGGCCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTATTTAACTATCTTTGTATGGACCAGGATTTCTTCAACTTGGCCA  980

seq1  TGGTGGTCATTTAGGATGGGTAACCACTACGACTAGCTATTCTTTTTGGC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTCATTTAGGATGGGTAACCACTACGACTAGCTATTCTTTTTGGC  1030

seq1  ATACTACTCTCTCCTACATTCTCTGTTTCAAATTTCTAGGCATTCTTAAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTACTCTCTCCTACATTCTCTGTTTCAAATTTCTAGGCATTCTTAAA  1080

seq1  GCTCTCAATTCAAATCAATATTTCACTGTTGAGAATGCTCCACATATTTT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCAATTCAAATCAATATTTCACTGTTGAGAATGCTCCACATATTTT  1130

seq1  CACCCCATTTTTAATTGGGTTATTTGGTTTAGTTATGTCCCGTTCCTTGA  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCATTTTTAATTGGGTTATTTGGTTTAGTTATGTCCCGTTCCTTGA  1180

seq1  ATTC  1202
      ||||
seq2  ATTC  1184


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |