BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-176N04
Chromosome13 (Build37)
Map Location 77,478,133 - 77,622,320
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMctp1, LOC666603, EG666607, Ankrd32, 2210408I21Rik, LOC631139
Downstream geneLOC675063, D13Mgi7, 1110033M05Rik, 1700013G10Rik, Nr2f1, EG666856, LOC268676, LOC100042683, LOC622365, LOC100043052
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-176N04.bB6Ng01-176N04.g
ACCGA004257GA004258
length7571,020
definitionB6Ng01-176N04.b B6Ng01-176N04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,621,565 - 77,622,320)(77,478,133 - 77,479,158)
sequence
gaattcctggcaggatactacaaggaaaattatcttcaagttcaactttt
gacttagttgtatggaacaagaagacatgacacataggaagctggaaaaa
aacaaacaaacaaaacaaaaaacaaacaaacaaaaaacaaccaaccaggg
gtcccctgatggaagactttcagaagtcttatttcactgagttatctgat
cacctttttgtcctgattagagaaatggtatcctactttggcacaatcaa
atctctgaaggccagcttgtcacatgaactcttaattctttcagttcaat
agtcattggtcatcatacactctatcaaatggaaatagatatgccttaaa
gaaaaatcaccaaggaataacagcctctagatcaagtccctgtggcacag
agttgggtcactcacagaataattattgaaacttaccacttgttatagaa
aattaaacctttaattagctttagcctcctttcctgggggaggggggtgt
agcaagaaagcagttggttacgaagagaaaggtcttgctacaatgtgggt
ttacctccaaagagatgatcagtaagatcacagccatactgtgctctaat
gcttcatgaacctacctatatgattatttttaaaaccttctgttaagtaa
atcctgctagacttgcaaataggattataagactttcccatgagccattg
aagctgacatgttctatggttgtacataggcaacttcatatgattactcc
tgctagt

gaattcccaagaattgtgttgaaaaatatctgtgaatacagtagagtgct
gtgctattttaactgtttaaatatactgcatatgagtttggcttcaagtt
gagaaaacacaattaaatatgatgacaggaacagccgaaggggtggtagt
ggcagatttctggctagtactttggggcctttccaggtggacaataacca
tgcatctgagaagaaagcaagattagaaaatgtgttgaaaaaaaaatctg
ttgatctgtggatttgctcacctttaataaaaattattaagagactttac
tctgtatcaaatgatagtgtgtaccctaccatgtatagtgaacaggaatt
attgtctctggcctcaaattgcacagcctacactcccaagtggccattag
taggcattgttgccattaatacaatgtttatagtggcttaaagcagtaaa
ttcctggctcagcagcaggctgcatggttataaagaactgtgcttaagag
gagatgcagatattataaatatacacctaccagttcctacatgcattacc
tatactttcagatttggtgtttggctatttgctgctgctgctgctgctgc
tgctgctgctgctgctgctgctgtttggttggatttttttggtcatgttt
ccattccacagaggaccagtttccctcctctccaccaaatggtttctgcc
tcagttattcacaccttgttttatcttcttagacagaaaactatgcttcc
atccagaatttctacagcagcatggtgtttacaaagagattgccacatat
aaacttaggatgaataaatttaactctgggctaaaggtacactaaccaaa
cagactcattcatactcattcaaacagactctacttcatacctgtctttc
atgtaatgaaagacaggtatgaagtagattgcaaatattaaatatcatga
caagtcaccagatataaatggcaactggtactcaatggagcatcctactt
ggctctggtgaattatatag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_77621565_77622320
seq2: B6Ng01-176N04.b_42_798 (reverse)

seq1  ACTAGCAGGAGTAATCATATGAAGTTGCCTATGTACAACCATAGAACATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCAGGAGTAATCATATGAAGTTGCCTATGTACAACCATAGAACATG  50

seq1  TCAGCTTCAATGGCTCATGGG-AAGTCTTATAATCCTATTTGCAAGTCTA  99
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTTCAATGGCTCATGGGAAAGTCTTATAATCCTATTTGCAAGTCTA  100

seq1  GCAGGATTTACTTAACAGAAGGTTTTAAAAATAATCATATAGGTAGGTTC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGATTTACTTAACAGAAGGTTTTAAAAATAATCATATAGGTAGGTTC  150

seq1  ATGAAGCATTAGAGCACAGTATGGCTGTGATCTTACTGATCATCTCTTTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGCATTAGAGCACAGTATGGCTGTGATCTTACTGATCATCTCTTTG  200

seq1  GAGGTAAACCCACATTGTAGCAAGACCTTTCTCTTCGTAACCAACTGCTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAAACCCACATTGTAGCAAGACCTTTCTCTTCGTAACCAACTGCTT  250

seq1  TCTTGCTACACCCCCCTCCCCCAGGAAAGGAGGCTAAAGCTAATTAAAGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTACACCCCCCTCCCCCAGGAAAGGAGGCTAAAGCTAATTAAAGG  300

seq1  TTTAATTTTCTATAACAAGTGGTAAGTTTCAATAATTATTCTGTGAGTGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTTTCTATAACAAGTGGTAAGTTTCAATAATTATTCTGTGAGTGA  350

seq1  CCCAACTCTGTGCCACAGGGACTTGATCTAGAGGCTGTTATTCCTTGGTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACTCTGTGCCACAGGGACTTGATCTAGAGGCTGTTATTCCTTGGTG  400

seq1  ATTTTTCTTTAAGGCATATCTATTTCCATTTGATAGAGTGTATGATGACC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCTTTAAGGCATATCTATTTCCATTTGATAGAGTGTATGATGACC  450

seq1  AATGACTATTGAACTGAAAGAATTAAGAGTTCATGTGACAAGCTGGCCTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTATTGAACTGAAAGAATTAAGAGTTCATGTGACAAGCTGGCCTT  500

seq1  CAGAGATTTGATTGTGCCAAAGTAGGATACCATTTCTCTAATCAGGACAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATTTGATTGTGCCAAAGTAGGATACCATTTCTCTAATCAGGACAA  550

seq1  AAAGGTGATCAGATAACTCAGTGAAATAAGACTTCTGAAAGTCTTCCATC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTGATCAGATAACTCAGTGAAATAAGACTTCTGAAAGTCTTCCATC  600

seq1  AGGGGACCCCTGGTTGGTTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTTGTTTTGTTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGACCCCTGGTTGGTTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTTGTTTTGTTT  650

seq1  GTTTGTTTTTTTCCAGCTTCCTATGTGTCATGTCTTCTTGTTCCATACAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTTTTTTTCCAGCTTCCTATGTGTCATGTCTTCTTGTTCCATACAA  700

seq1  CTAAGTCAAAAGTTGAACTTGAAGATAATTTTCCTTGTAGTATCCTGCCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTCAAAAGTTGAACTTGAAGATAATTTTCCTTGTAGTATCCTGCCA  750

seq1  GGAATTC  756
      |||||||
seq2  GGAATTC  757


seq1: chr13_77478133_77479158
seq2: B6Ng01-176N04.g_67_1086

seq1  GAATTCCCAAGAATTGTGTTGAAAAATATCTGTGAATACAGTAGAGTGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAAGAATTGTGTTGAAAAATATCTGTGAATACAGTAGAGTGCT  50

seq1  GTGCTATTTTAACTGTTTAAATATACTGCATATGAGTTTGGCTTCAAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTATTTTAACTGTTTAAATATACTGCATATGAGTTTGGCTTCAAGTT  100

seq1  GAGAAAACACAATTAAATATGATGACAGGAACAGCCGAAGGGGTGGTAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAACACAATTAAATATGATGACAGGAACAGCCGAAGGGGTGGTAGT  150

seq1  GGCAGATTTCTGGCTAGTACTTTGGGGCCTTTCCAGGTGGACAATAACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGATTTCTGGCTAGTACTTTGGGGCCTTTCCAGGTGGACAATAACCA  200

seq1  TGCATCTGAGAAGAAAGCAAGATTAGAAAATGTGTTGAAAAAAAAATCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCTGAGAAGAAAGCAAGATTAGAAAATGTGTTGAAAAAAAAATCTG  250

seq1  TTGATCTGTGGATTTGCTCACCTTTAATAAAAATTATTAAGAGACTTTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCTGTGGATTTGCTCACCTTTAATAAAAATTATTAAGAGACTTTAC  300

seq1  TCTGTATCAAATGATAGTGTGTACCCTACCATGTATAGTGAACAGGAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATCAAATGATAGTGTGTACCCTACCATGTATAGTGAACAGGAATT  350

seq1  ATTGTCTCTGGCCTCAAATTGCACAGCCTACACTCCCAAGTGGCCATTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCTCTGGCCTCAAATTGCACAGCCTACACTCCCAAGTGGCCATTAG  400

seq1  TAGGCATTGTTGCCATTAATACAATGTTTATAGTGGCTTAAAGCAGTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCATTGTTGCCATTAATACAATGTTTATAGTGGCTTAAAGCAGTAAA  450

seq1  TTCCTGGCTCAGCAGCAGGCTGCATGGTTATAAAGAACTGTGCTTAAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGCTCAGCAGCAGGCTGCATGGTTATAAAGAACTGTGCTTAAGAG  500

seq1  GAGATGCAGATATTATAAATATACACCTACCAGTTCCTACATGCATTACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGCAGATATTATAAATATACACCTACCAGTTCCTACATGCATTACC  550

seq1  TATACTTTCAGATTTGGTGTTTGGCTATTTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTTTCAGATTTGGTGTTTGGCTATTTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC  600

seq1  TGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTTGGTTGGATTTTTTTGGTCATGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTTGGTTGGATTTTTTTGGTCATGTTT  650

seq1  CCATTCCACAGAGGACCAGTTTCCCTCCTCTCCACCAAATGGTTTCTGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCCACAGAGGACCAGTTTCCCTCCTCTCCACCAAATGGTTTCTGCC  700

seq1  TCAGTTATTCACACCTTGTTTTATCTTCTTAGACAGAAAACTATGCTTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTATTCACACCTTGTTTTATCTTCTTAGACAGAAAACTATGCTTCC  750

seq1  ATCCAGAATTTCTACAGCAGCATGGTGTTTACAAAGAGATTGCCACATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGAATTTCTACAGCAGCATGGTGTTTACAAAGAGATTGCCACATAT  800

seq1  AAACTTAGGATGAATAAATTTAACTCTGGGCTAAAGGTACACTAACCAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTAGGATGAATAAATTTAACTCTGGGCTAAAGGTACACTAACCAAA  850

seq1  CAGACTCATTCATACTCATTCAAACAGACTCTACTTCATACCTGTCTTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTCATTCATACTCATTCAAACAGACTCTACTTCATACCTGTCTTTC  900

seq1  ATGTAATGAAAGACAGGTATGAAGTAGATTGCAAAATATTAAATATCATG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATGTAATGAAAGACAGGTATGAAGTAGATTGC-AAATATTAAATATCATG  949

seq1  GCCAAGGTCA-CAGATATTAAATGGCAACTGGTACTCAAATGGAGCAATC  999
       |  | |||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  AC--AAGTCACCAGATA-TAAATGGCAACTGGTACTC-AATGGAGC-ATC  994

seq1  CTTACTTGTGTCTGGTGATTTATATAG  1026
      | ||||||  |||||||| ||||||||
seq2  C-TACTTGGCTCTGGTGAATTATATAG  1020


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |