BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-182B20
Chromosome13 (Build37)
Map Location 50,239,578 - 50,381,461
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040159, LOC100040176, LOC100040118, Gm906, 2310081J21Rik
Upstream geneWnk2, Ninj1, 1110007C09Rik, Susd3, Fgd3, Bicd2, Ippk, Cenpp, Tes3-ps, Ecm2, Aspn, Omd, Ogn, Nol8, Iars, LOC667488, LOC670357, EG638833, Gm272, EG667503, EG667507, LOC100040099, LOC625110, LOC676907, LOC667546, LOC667552, LOC100040085
Downstream geneLOC676954, LOC667625, LOC667632, EG667637, Fbxw17, Gm806, EG639044, Gm904, LOC100040315, EG667693, LOC100040161, LOC100040190, EG667712, LOC676997, EG667717, Spin1, 4930519N16Rik, EG667728, LOC667733
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-182B20.bB6Ng01-182B20.g
ACCGA008096GA008097
length1,1481,172
definitionB6Ng01-182B20.b B6Ng01-182B20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,239,578 - 50,240,711)(50,380,305 - 50,381,461)
sequence
gaattcctagagggctttaacctcagtgtgtgtcgtggattgtggagggt
gtccagaaggatctcaaaatggcactatatgtggggcttcatcagggtac
aagctgtagggcctgatagcttgcttgtgtttttcagatagcagcaggga
gtttgtgtggtccagtagcatctgtcatctggtatagtaagtggtgtagc
cagtctggtgtgttgtcctttgagtcctgacaccttaaacattacatggg
ttctagatgagtgtgtccaaccctgcctgaaaattatcattgtatttggg
gcagcagcaagggagagtgaatattataaagttttaggtatcaggccttg
ctgacacctccttcacagatacaccatatacactggaagctatcaacgcc
agctgcatattcctgggtgaatacaatcttccataactcaggacctaatg
ggccctaccccacataaactggtagaagctgctgaccttcacttagagcc
ctatatatactgtcataaaactgatgctgctggaaccctagccgcactat
tgggtattgggttttttatctgaccctgctggacacattccctccctgtc
cccatcactcaaaagatgctgctatgttttggtctatgccggtaaatcca
ctgtacctcaccccacaatactaagtcttataccctgtgagaccacccta
cctcacatacattgctaggaatcagaccctgctgttcctaacctcctgtg
ttcactgctaaggtttagtcttattaggaattcaactaccaaactccagg
cactctgaagaatcaggagcccctcctcctgccaccactgtgctgtgtgt
caggtcctactggacatacccaatacacaaaatgtggagggacaggacct
tagggagtcatgctccccttttaccctgtcatttccatctgcacacattg
cacattggtcaagaacatggtgggacactgccctgctgttttcccaatag
gaactctagggtatccagccttcccccagtggccagcttgtccattgtat
actagtatatcagagcctatttggattccttggatcctgttagcttaacg
cacattcttctggccaagtttctcttaacatactgggtaaatttctga
gaattctttgcttgtatgcaaaagcctgggattcagcaggagacatgaac
cttgaagcaattgcacctggatgctgttgtatagtagtattttgcaacat
gtaagagcagagcgtcctggtcccttggcaagcaaatctctggcacacct
ggcatcaccagcacggaagactgcattcgaatccacagacacacctttag
atgaagaagtcaggagggagatgagtctgctacaggaggctagatacaga
cctggaatttaagagaccctgggtgagtgcttccccttccctgaacctgg
ttgctttcgataaatatggcagaggaacaaagagcagcctcttccagagc
attgatgctcatgccaagcacacgacagtgggaccctgccaacccagggc
tgagagctgcagtttacacagagatatgccagctttcaggtccagaagac
atgaggtgagagtgaccagaggcatggtgatccctacactagtacacttt
aagcatggctgacagcctggcaacactgcacctcccagctggacttccca
ggcctctgctcatgaagatgatggacaagcaattaaggcctgtcctcttc
ccatgccagttacaataaactcgggcttgcagggaataggaatagtgttt
gacaccaatttagagacagaaataatcagcatttgtatgagcccatagcc
tgctgcatcagctgtgtaggccaccacatctagcagagcagctgacaaca
gggtgtagtggctgtccttcatgcttcccatataaacaacctctctgcaa
gctcctctccctgaatgcacccaaggacagcacccaccacttatcaaaga
gactcctggtctttttttagttactagtcagcaaaacaagtcccaggaat
gctgtttctcgaatcccgtctatggcagaattgctccagccagggcaagc
tctcacctcccaacatctcggttcatgatgtccagaactccatagaatgg
tggagaataaagcagaggttgacttcattccacttcttctgagaagaaaa
aaagaggcatatgatttccttttttttgttgatttcaaggcagggttttc
tctgtatagccttgactgtcctgtgaacctcacttggttgaaccagtcct
tggctttgaatttcagaaatct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_50239578_50240711
seq2: B6Ng01-182B20.b_44_1191

seq1  GAATTCCTAGAGGGCTTTAACCTCAGTGTGTGTCGTGGATTGTGGAGGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGAGGGCTTTAACCTCAGTGTGTGTCGTGGATTGTGGAGGGT  50

seq1  GTCCAGAAGGATCTCAAAATGGCACTATATGTGGGGCTTCATCAGGGTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGAAGGATCTCAAAATGGCACTATATGTGGGGCTTCATCAGGGTAC  100

seq1  AAGCTGTAGGGCCTGATAGCTTGCTTGTGTTTTTCAGATAGCAGCAGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTAGGGCCTGATAGCTTGCTTGTGTTTTTCAGATAGCAGCAGGGA  150

seq1  GTTTGTGTGGTCCAGTAGCATCTGTCATCTGGTATAGTAAGTGGTGTAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTGTGGTCCAGTAGCATCTGTCATCTGGTATAGTAAGTGGTGTAGC  200

seq1  CAGTCTGGTGTGTTGTCCTTTGAGTCCTGACACCTTAAACATTACATGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTGGTGTGTTGTCCTTTGAGTCCTGACACCTTAAACATTACATGGG  250

seq1  TTCTAGATGAGTGTGTCCAACCCTGCCTGAAAATTATCATTGTATTTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGATGAGTGTGTCCAACCCTGCCTGAAAATTATCATTGTATTTGGG  300

seq1  GCAGCAGCAAGGGAGAGTGAATATTATAAAGTTTTAGGTATCAGGCCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGCAAGGGAGAGTGAATATTATAAAGTTTTAGGTATCAGGCCTTG  350

seq1  CTGACACCTCCTTCACAGATACACCATATACACTGGAAGCTATCAACGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACACCTCCTTCACAGATACACCATATACACTGGAAGCTATCAACGCC  400

seq1  AGCTGCATATTCCTGGGTGAATACAATCTTCCATAACTCAGGACCTAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCATATTCCTGGGTGAATACAATCTTCCATAACTCAGGACCTAATG  450

seq1  GGCCCTACCCCACATAAACTGGTAGAAGCTGCTGACCTTCACTTAGAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTACCCCACATAAACTGGTAGAAGCTGCTGACCTTCACTTAGAGCC  500

seq1  CTATATATACTGTCATAAAACTGATGCTGCTGGAACCCTAGCCGCACTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATATACTGTCATAAAACTGATGCTGCTGGAACCCTAGCCGCACTAT  550

seq1  TGGGTATTGGGTTTTTTATCTGACCCTGCTGGACACATTCCCTCCCTGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTATTGGGTTTTTTATCTGACCCTGCTGGACACATTCCCTCCCTGTC  600

seq1  CCCATCACTCAAAAGATGCTGCTATGTTTTGGTCTATGCCGGTAAATCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCACTCAAAAGATGCTGCTATGTTTTGGTCTATGCCGGTAAATCCA  650

seq1  CTGTACCTCACCCCACAATACTAAGTCTTATACCCTGTGAGACCACCCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACCTCACCCCACAATACTAAGTCTTATACCCTGTGAGACCACCCTA  700

seq1  CCTCACATACATTGCTAGGAATCAGACCCTGCTGTTCCTAACCTCCTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACATACATTGCTAGGAATCAGACCCTGCTGTTCCTAACCTCCTGTG  750

seq1  TTCACTGCTAAGGTTTAGTCTTATTAGGAATTCAACTACCAAACTCCAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTGCTAAGGTTTAGTCTTATTAGGAATTCAACTACCAAACTCCAGG  800

seq1  CACTCTGAAGAATCAGGAGCCCCTCCTCCTGCCACCACTGTGCTGTGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGAAGAATCAGGAGCCCCTCCTCCTGCCACCACTGTGCTGTGTGT  850

seq1  CAGGTCCTACTGGACATACCCAATACACAAAATGTGGAGGGACAGGACC-  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAGGTCCTACTGGACATACCCAATACACAAAATGTGGAGGGACAGGACCT  900

seq1  TAGGGAGTCATGCTCCCC-TTTACCCTGTCATTTCCATCTGCACACATTG  948
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAGTCATGCTCCCCTTTTACCCTGTCATTTCCATCTGCACACATTG  950

seq1  CACATT-GTCAAG-ACATGGT-GGACACTGCCCTGCTGTTTTCCC-ATAG  994
      |||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CACATTGGTCAAGAACATGGTGGGACACTGCCCTGCTGTTTTCCCAATAG  1000

seq1  GAACTCCTAGGTATCCAGCCTTTCCCCCAGTGCCCAGCTTGTCCCATGTA  1044
      ||||||   ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||
seq2  GAACTCTAGGGTATCCAGCC-TTCCCCCAGTGGCCAGCTTGTCCATTGTA  1049

seq1  TACTAGTATATCAGAGCCTA-TTGGATTCCCTTGATCCCTGTAGC-TAAC  1092
      |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||   |||| ||||
seq2  TACTAGTATATCAGAGCCTATTTGGATTCCTTGGATCCTGTTAGCTTAAC  1099

seq1  GCACA-TCTTCT-GCCA--GTTCTCCTAACATACTGGG---AATTCTGA  1134
      ||||| |||||| ||||   ||||| ||||||||||||   | ||||||
seq2  GCACATTCTTCTGGCCAAGTTTCTCTTAACATACTGGGTAAATTTCTGA  1148

seq1: chr13_50380305_50381461
seq2: B6Ng01-182B20.g_65_1236 (reverse)

seq1  AGATTTCTG-AATTCAAGGCCA--GCCTGG-TCTACAGAGTGAGGT--CC  44
      ||||||||| ||||||| ||||  | |||| || ||  ||||||||   |
seq2  AGATTTCTGAAATTCAAAGCCAAGGACTGGTTCAACCAAGTGAGGTTCAC  50

seq1  AGGACAGCCAGGGCTATACAGAG-AAACCCTGCCTTGAAAAACAAAACAA  93
      ||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||     |||||
seq2  AGGACAGTCAAGGCTATACAGAGAAAACCCTGCCTTGAAA---TCAACAA  97

seq1  AAAAAAAG-AATCATATGCCTTCTTTTTTC-TCTCAGGAG-AGTGGAATG  140
      |||||| | ||||||||||||  ||||||| |||||| || |||||||||
seq2  AAAAAAGGAAATCATATGCCTCTTTTTTTCTTCTCAGAAGAAGTGGAATG  147

seq1  AAGTCAACCTCTGCTTTATTCTC--ACATTCTAT-GAG-TCTGGACATCA  186
      |||||||||||||||||||||||   |||||||| ||| |||||||||||
seq2  AAGTCAACCTCTGCTTTATTCTCCACCATTCTATGGAGTTCTGGACATCA  197

seq1  TGAACGAGGATGTTGGGAGGTGAGAGC-TGGCCTGGCTGGAGC-ATTCTG  234
      |||||   ||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||
seq2  TGAACCGAGATGTTGGGAGGTGAGAGCTTGCCCTGGCTGGAGCAATTCTG  247

seq1  CCATAGACGGGATTCGAGAAACAGCATTCCTGGGACTTG-TTTGCTGACT  283
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCATAGACGGGATTCGAGAAACAGCATTCCTGGGACTTGTTTTGCTGACT  297

seq1  AGTAACT-AAAAAAGACCAGGAGTCTCTTTGATAAGTGGTGGGTGCTGTC  332
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACTAAAAAAAGACCAGGAGTCTCTTTGATAAGTGGTGGGTGCTGTC  347

seq1  CTTGGGTGCATTCAGGGAGAGGAGCTTGCAGAGAGGTTGTTTATATGGGA  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGTGCATTCAGGGAGAGGAGCTTGCAGAGAGGTTGTTTATATGGGA  397

seq1  AGCATGAAGGACAGCCACTACACCCTGTTGTCAGCTGCTCTGCTAGATGT  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGAAGGACAGCCACTACACCCTGTTGTCAGCTGCTCTGCTAGATGT  447

seq1  GGTGGCCTACACAGCTGATGCAGCAGGCTATGGGCTCATACAAATGCTGA  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCCTACACAGCTGATGCAGCAGGCTATGGGCTCATACAAATGCTGA  497

seq1  TTATTTCTGTCTCTAAATTGGTGTCAAACACTATTCCTATTCCCTGCAAG  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCTGTCTCTAAATTGGTGTCAAACACTATTCCTATTCCCTGCAAG  547

seq1  CCCGAGTTTATTGTAACTGGCATGGGAAGAGGACAGGCCTTAATTGCTTG  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGAGTTTATTGTAACTGGCATGGGAAGAGGACAGGCCTTAATTGCTTG  597

seq1  TCCATCATCTTCATGAGCAGAGGCCTGGGAAGTCCAGCTGGGAGGTGCAG  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCATCTTCATGAGCAGAGGCCTGGGAAGTCCAGCTGGGAGGTGCAG  647

seq1  TGTTGCCAGGCTGTCAGCCATGCTTAAAGTGTACTAGTGTAGGGATCACC  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCCAGGCTGTCAGCCATGCTTAAAGTGTACTAGTGTAGGGATCACC  697

seq1  ATGCCTCTGGTCACTCTCACCTCATGTCTTCTGGACCTGAAAGCTGGCAT  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTCTGGTCACTCTCACCTCATGTCTTCTGGACCTGAAAGCTGGCAT  747

seq1  ATCTCTGTGTAAACTGCAGCTCTCAGCCCTGGGTTGGCAGGGTCCCACTG  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGTGTAAACTGCAGCTCTCAGCCCTGGGTTGGCAGGGTCCCACTG  797

seq1  TCGTGTGCTTGGCATGAGCATCAATGCTCTGGAAGAGGCTGCTCTTTGTT  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGTGCTTGGCATGAGCATCAATGCTCTGGAAGAGGCTGCTCTTTGTT  847

seq1  CCTCTGCCATATTTATCGAAAGCAACCAGGTTCAGGGAAGGGGAAGCACT  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCCATATTTATCGAAAGCAACCAGGTTCAGGGAAGGGGAAGCACT  897

seq1  CACCCAGGGTCTCTTAAATTCCAGGTCTGTATCTAGCCTCCTGTAGCAGA  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAGGGTCTCTTAAATTCCAGGTCTGTATCTAGCCTCCTGTAGCAGA  947

seq1  CTCATCTCCCTCCTGACTTCTTCATCTAAAGGTGTGTCTGTGGATTCGAA  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTCCCTCCTGACTTCTTCATCTAAAGGTGTGTCTGTGGATTCGAA  997

seq1  TGCAGTCTTCCGTGCTGGTGATGCCAGGTGTGCCAGAGATTTGCTTGCCA  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTCTTCCGTGCTGGTGATGCCAGGTGTGCCAGAGATTTGCTTGCCA  1047

seq1  AGGGACCAGGACGCTCTGCTCTTACATGTTGCAAAATACTACTATACAAC  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACCAGGACGCTCTGCTCTTACATGTTGCAAAATACTACTATACAAC  1097

seq1  AGCATCCAGGTGCAATTGCTTCAAGGTTCATGTCTCCTGCTGAATCCCAG  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCAGGTGCAATTGCTTCAAGGTTCATGTCTCCTGCTGAATCCCAG  1147

seq1  GCTTTTGCATACAAGCAAAGAATTC  1157
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTGCATACAAGCAAAGAATTC  1172