BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-185G20
Chromosome13 (Build37)
Map Location 47,882,364 - 48,045,093
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneKif13a, LOC544928, Nhlrc1, Tpmt, Aof1, Dek, LOC100039761, Ibrdc2
Downstream gene4931429P17Rik, Id4, LOC667351, Zfp169, A830005F24Rik, AW456874, Barx1, Phf2, EG667415, BC010304
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-185G20.bB6Ng01-185G20.g
ACCGA010543GA010544
length1,1871,084
definitionB6Ng01-185G20.b B6Ng01-185G20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,043,922 - 48,045,093)(47,882,364 - 47,883,452)
sequence
gaattcaaccatgtttgtcatgtctgcatgagctccagttgtttctatgt
tacagcgctaaagatggtcacgagtataacctaactacaccaatgccact
gggctccacagagcctaaaacattattatctgcctctttatatacaaaga
cttgcaatgcctggttcaagtgtttgattgattatgggcacatcaatttc
ttctcacagcctcaatgacttcatcgatagaaagggattgaccacacagc
aaatcataggactattgtaaggaacaaatgaggtcattgattcccccaac
acttagaaggctcattgttaaaagtaaaggtggaacgactggttattagt
catgctgctctgagaatcgttttgttcctttactagtttcactggattta
tttttaaatagatgatggatgttctatgccatacctttacttgtgtgagt
atgactttaagattcgaaagaatcttaaagtcattcaaaagaatttattg
tttctaaatattcaattggctattattagtcaggtccttgtctcctgata
taggttatatgaaaatgaaagtcccctattctttcagagtcttccaggaa
catcttagagtcatatttataaaagtttccccctggctcccattgtggac
atatctacatgtttgttttcatcattcccagattgctgatgggagacaaa
gtaaactgtacattctccaatccagttgggcttttgcaagtggcttgcat
acagaatgaagggggaaattgggctatttattattctcatcaaacataaa
ttattttttatgtattttttttaaaaaatgcttaataggtttagggagag
gtcttcaaaaattccaccttaagtctgagcctgcaaactcatcccgtaga
taaaaatccaataaaagatttctctgctgacaggatgaagggcatttggc
tatgctgctaatgaaggagggaatagagggaaatccattggttattttct
gattcctgtccaaaagcaattgcctcccgctggtggtttggtctttgcgc
tcacacagcactgggccatgtccaagccctcatctattttggatctagga
ggagcttacttctttgatggtgtattctggtggccttcttaagggctggt
gcccaggtaatcaaaggtgctaaggcttcaggcaaaa
gaattccctgggttaatcaaatgcttctgccacttgggcatttaaagtat
ttgctactctgatctctaggaatactattttcttcccatattcaactcta
actcttggagaagaccttccagatgcagttgtgtctttccaactgtgctc
ctattccttccagggagagcatacatttaaaaggcaaacgtccaacatgg
attttggaacacgagatagtgacctcctttccctgaccatgatcatttaa
caatgcagtacaggagaaaaagctcagtcagcaaggtgccttggaagctc
agttgatatcaaggtttcacacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacaaaccaagacagacacagtgacgtgtacctggggaagc
aagagataggtagacctttgggtatctctactccagtcctaggggctgga
agacaaagagttgctagagcttactgctgccagcccagcttcaagctcaa
ggctcaggctcaaaggaacaatgcagacaatagtagcgcagggtgtccaa
tatccttcttcagccagtgcgtgttcaggcatgtgcttacacatccacat
tgcacacttgtgcatgcaacaaccacgcattatacaacacaaaaatacag
tccttcccccaccccctgccacacacatacaaatgttactagcacttgat
aatgacacccaaggctgtttatcttatgttttctgcatatgcgtatgact
aactctccattctggtaactgcttttctatttgggtgactactcctgcat
tcaggtgtctacccctctttctttcacctaggagcagtattgggaatgaa
gtcattcattcttcattgtggctccaaattgttatgcaaacagcactagt
tttctccagaccccactttcttcttgctgcttcttacagagctaaagtat
tttttatagatgccatttgcagaagatgaagtcatgtgtctgagttctgc
cagagaatgtgagagaaagcaaatgtttcccctttcagtcctgaccccag
agacctctgagaaatatgacttgtgctagactgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_48043922_48045093
seq2: B6Ng01-185G20.b_48_1234 (reverse)

seq1  TTTTG-CTGAAG-CTCTGCACCTTTGATTAAACCT-GGCA-CAGCCCTTT  46
      ||||| |||||| ||  ||||||||||||  |||| |||| |||||||| 
seq2  TTTTGCCTGAAGCCTTAGCACCTTTGATT--ACCTGGGCACCAGCCCTTA  48

seq1  AGGA-GCCA-CAG-ATACA-CATCAAAGAAGTTAGCT-CTCCTAGAT-CA  90
      || | |||| ||| ||||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||
seq2  AGAAGGCCACCAGAATACACCATCAAAGAAGTAAGCTCCTCCTAGATCCA  98

seq1  AAATAGATGGAGGGCTTGGACATGGCCCAGTGCTGTGTGAGCGCAAAGAA  140
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAATAGAT-GAGGGCTTGGACATGGCCCAGTGCTGTGTGAGCGCAAAGAC  147

seq1  CAAACCA-CAGCGGGAGGCAATTGCTTTTGGACAGGAATCAGAAAATAAC  189
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCACCAGCGGGAGGCAATTGCTTTTGGACAGGAATCAGAAAATAAC  197

seq1  CAAATGGATTT-CCTCTATTCCCTCCTTCATTAGCAGCATAG-CAAATG-  236
      | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  C-AATGGATTTCCCTCTATTCCCTCCTTCATTAGCAGCATAGCCAAATGC  246

seq1  CCTTCATCCTGTCAGCAGAGAAATC-TTTATTGGATTTTTATCTAC-GGA  284
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
seq2  CCTTCATCCTGTCAGCAGAGAAATCTTTTATTGGATTTTTATCTACGGGA  296

seq1  TGAGTTTGCAGGCTCAGACTTAAGGTGGAATTTTTGAAGACCTCT-CCTA  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGAGTTTGCAGGCTCAGACTTAAGGTGGAATTTTTGAAGACCTCTCCCTA  346

seq1  AA-CTATTAAGCATTTTTT-AAAAAAATACATAAAAAATAATTTATGTTT  381
      || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTATTAAGCATTTTTTAAAAAAAATACATAAAAAATAATTTATGTTT  396

seq1  GATGAGAATAATAAATAGCCCAATTTCCCCCTTCATTCTGTATGCAAGCC  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGAATAATAAATAGCCCAATTTCCCCCTTCATTCTGTATGCAAGCC  446

seq1  ACTTGCAAAAGCCCAACTGGATTGGAGAATGTACAGTTTACTTTGTCTCC  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCAAAAGCCCAACTGGATTGGAGAATGTACAGTTTACTTTGTCTCC  496

seq1  CATCAGCAATCTGGGAATGATGAAAACAAACATGTAGATATGTCCACAAT  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGCAATCTGGGAATGATGAAAACAAACATGTAGATATGTCCACAAT  546

seq1  GGGAGCCAGGGGGAAACTTTTATAAATATGACTCTAAGATGTTCCTGGAA  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCCAGGGGGAAACTTTTATAAATATGACTCTAAGATGTTCCTGGAA  596

seq1  GACTCTGAAAGAATAGGGGACTTTCATTTTCATATAACCTATATCAGGAG  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGAAAGAATAGGGGACTTTCATTTTCATATAACCTATATCAGGAG  646

seq1  ACAAGGACCTGACTAATAATAGCCAATTGAATATTTAGAAACAATAAATT  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGACCTGACTAATAATAGCCAATTGAATATTTAGAAACAATAAATT  696

seq1  CTTTTGAATGACTTTAAGATTCTTTCGAATCTTAAAGTCATACTCACACA  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGAATGACTTTAAGATTCTTTCGAATCTTAAAGTCATACTCACACA  746

seq1  AGTAAAGGTATGGCATAGAACATCCATCATCTATTTAAAAATAAATCCAG  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAGGTATGGCATAGAACATCCATCATCTATTTAAAAATAAATCCAG  796

seq1  TGAAACTAGTAAAGGAACAAAACGATTCTCAGAGCAGCATGACTAATAAC  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTAGTAAAGGAACAAAACGATTCTCAGAGCAGCATGACTAATAAC  846

seq1  CAGTCGTTCCACCTTTACTTTTAACAATGAGCCTTCTAAGTGTTGGGGGA  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCGTTCCACCTTTACTTTTAACAATGAGCCTTCTAAGTGTTGGGGGA  896

seq1  ATCAATGACCTCATTTGTTCCTTACAATAGTCCTATGATTTGCTGTGTGG  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATGACCTCATTTGTTCCTTACAATAGTCCTATGATTTGCTGTGTGG  946

seq1  TCAATCCCTTTCTATCGATGAAGTCATTGAGGCTGTGAGAAGAAATTGAT  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCCCTTTCTATCGATGAAGTCATTGAGGCTGTGAGAAGAAATTGAT  996

seq1  GTGCCCATAATCAATCAAACACTTGAACCAGGCATTGCAAGTCTTTGTAT  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCATAATCAATCAAACACTTGAACCAGGCATTGCAAGTCTTTGTAT  1046

seq1  ATAAAGAGGCAGATAATAATGTTTTAGGCTCTGTGGAGCCCAGTGGCATT  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGAGGCAGATAATAATGTTTTAGGCTCTGTGGAGCCCAGTGGCATT  1096

seq1  GGTGTAGTTAGGTTATACTCGTGACCATCTTTAGCGCTGTAACATAGAAA  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTAGTTAGGTTATACTCGTGACCATCTTTAGCGCTGTAACATAGAAA  1146

seq1  CAACTGGAGCTCATGCAGACATGACAAACATGGTTGAATTC  1172
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGGAGCTCATGCAGACATGACAAACATGGTTGAATTC  1187

seq1: chr13_47882364_47883452
seq2: B6Ng01-185G20.g_67_1150

seq1  GAATTCCCTGGGTTAATCAAATGCTTCTGCCACTTGGGCATTTAAAGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGGGTTAATCAAATGCTTCTGCCACTTGGGCATTTAAAGTAT  50

seq1  TTGCTACTCTGATCTCTAGGAATACTATTTTCTTCCCATATTCAACTCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTACTCTGATCTCTAGGAATACTATTTTCTTCCCATATTCAACTCTA  100

seq1  ACTCTTGGAGAAGACCTTCCAGATGCAGTTGTGTCTTTCCAACTGTGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTGGAGAAGACCTTCCAGATGCAGTTGTGTCTTTCCAACTGTGCTC  150

seq1  CTATTCCTTCCAGGGAGAGCATACATTTAAAAGGCAAACGTCCAACATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCCTTCCAGGGAGAGCATACATTTAAAAGGCAAACGTCCAACATGG  200

seq1  ATTTTGGAACACGAGATAGTGACCTCCTTTCCCTGACCATGATCATTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGAACACGAGATAGTGACCTCCTTTCCCTGACCATGATCATTTAA  250

seq1  CAATGCAGTACAGGAGAAAAAGCTCAGTCAGCAAGGTGCCTTGGAAGCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCAGTACAGGAGAAAAAGCTCAGTCAGCAAGGTGCCTTGGAAGCTC  300

seq1  AGTTGATATCAAGGTTTCACACACACACACACACACACACACACACACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGATATCAAGGTTTCACACACACACACACACACACACACACACACAC  350

seq1  ACACACACACACAAACCAAGACAGACACAGTGACGTGTACCTGGGGAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACAAACCAAGACAGACACAGTGACGTGTACCTGGGGAAGC  400

seq1  AAGAGATAGGTAGACCTTTGGGTATCTCTACTCCAGTCCTAGGGGCTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGATAGGTAGACCTTTGGGTATCTCTACTCCAGTCCTAGGGGCTGGA  450

seq1  AGACAAAGAGTTGCTAGAGCTTACTGCTGCCAGCCCAGCTTCAAGCTCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAAGAGTTGCTAGAGCTTACTGCTGCCAGCCCAGCTTCAAGCTCAA  500

seq1  GGCTCAGGCTCAAAGGAACAATGCAGACAATAGTAGCGCAGGGTGTCCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGGCTCAAAGGAACAATGCAGACAATAGTAGCGCAGGGTGTCCAA  550

seq1  TATCCTTCTTCAGCCAGTGCGTGTTCAGGCATGTGCTTACACATCCACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTTCTTCAGCCAGTGCGTGTTCAGGCATGTGCTTACACATCCACAT  600

seq1  TGCACACTTGTGCATGCAACAACCACGCATTATACAACACAAAAATACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACTTGTGCATGCAACAACCACGCATTATACAACACAAAAATACAG  650

seq1  TCCTTCCCCCACCCCCTGCCACACACATACAAATGTTACTAGCACTTGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCCCCACCCCCTGCCACACACATACAAATGTTACTAGCACTTGAT  700

seq1  AATGACACCCAAGGCTGTTTATCTTATGTTTTCTGCATATGCGTATGACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACACCCAAGGCTGTTTATCTTATGTTTTCTGCATATGCGTATGACT  750

seq1  AACTCTCCATTCTGGTAACTGCTTTTCTATTTGGGTGACTACTCCTGCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTCCATTCTGGTAACTGCTTTTCTATTTGGGTGACTACTCCTGCAT  800

seq1  TCAGGTGTCTACCCCTCTTTCTTTCACCTAGGAGCAGTATTGGGAATGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTGTCTACCCCTCTTTCTTTCACCTAGGAGCAGTATTGGGAATGAA  850

seq1  GTCATTCATTCTTCATTGTGGCTCCAAATTGTTATGCAAACAGCACTAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTCATTCTTCATTGTGGCTCCAAATTGTTATGCAAACAGCACTAGT  900

seq1  TTTCTCCAGACCCCACTTTCTTC-TGCTGCTTCTTACAGAGCTAAAGTA-  948
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTTCTCCAGACCCCACTTTCTTCTTGCTGCTTCTTACAGAGCTAAAGTAT  950

seq1  TTTTTATAGATGCCA-TTGCAGAAAGATGAAGTCATGTGTCTGAGTTCTG  997
      ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTTTTATAGATGCCATTTGCAG-AAGATGAAGTCATGTGTCTGAGTTCT-  998

seq1  GCCAGAGGAATGTGAGAGAAAGCAAAATGTTCCCCTTTCAGTCCTGACCC  1047
      |||||| |||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||
seq2  GCCAGA-GAATGTGAGAGAAAGCAAATGTTTCCCCTTTCAGTCCTGA-CC  1046

seq1  CCAGAGACCTCTTGAGATATTATTGACTTGTGCTTAGACTGC  1089
      ||||||||||| ||||| ||   |||||||||| ||||||||
seq2  CCAGAGACCTC-TGAGAAAT--ATGACTTGTGC-TAGACTGC  1084