BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-194A10
Chromosome13 (Build37)
Map Location 35,106,134 - 35,246,016
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRipk1, Bphl, Tubb2a, LOC100042686, Tubb2b, 2310047M15Rik, 3110004L20Rik, LOC620132, EG666666, 1300014I06Rik, D0H6S2654E, EG432746, LOC666677, Prpf4b, 4933417A18Rik, LOC666697, 1810022C23Rik, Peci
Downstream geneCdyl, Rpp40, LOC100041568, Ppp1r3g, Lyrm4, LOC100042773, Fars2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-194A10.bB6Ng01-194A10.g
ACCGA016831GA016832
length1,1001,158
definitionB6Ng01-194A10.b B6Ng01-194A10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,244,903 - 35,246,016)(35,106,134 - 35,107,299)
sequence
gaattctacatctgaatccaaaggcatccagcaagagacaatcttctgca
ggcaattaggaggaggtttgcttccacactgggtagagcttgagcataga
agcctcaaagcccaatcccacagtgatacacctcctccagcaaggccagg
cccacttcaacacctcctaatagtgtcacttcctgtaggccaagcattca
aacacatgagtctatggagggcaaacctattcaaaccactacagtcaccc
agcagtgtgctgaatgtaaatgttaacagtacgaatggaatcatcaggtc
cctcctttctatcctctgccagctgttattacaacagagaagaagaccat
agtggactgcatatggttctaggggcagagagggtacctcttcttccatt
cccacaacatttctgcaattactcttttgtaaatatttcctttccagtta
attaataggtgtttgctgaggatactgcattgagtctgaggtgaatagac
atgaaggaagcttgaaaagtcttaaccctttgagggatctgaggttctat
ttaccccacaaccaaccctatctttaaggggtataaagagagcagggatt
tgaggaaaggcctttataccttcctctcatggctaaaagaaaaccctttt
ttaaaaaatccttcatgactaattgtggaataagtttatcttaggacatc
taaggaacctaaggatttagttcatttggtagaacagtagcctagcaagg
cgcaaagccctgagttctattctaaggagagagaaagcacacagggaatg
gagggaaaagaggaaaaatggacagtaggaaaggggaacctcctgctgtt
taaattgcatttctcctgtgacattaaagtggagggctcaacagagatgc
ccaataaagaaagggcaacccaggcagagagcctgttggccaccagccag
ttgtaacctgatgctacctactacagatcttgatcttctgctgctgtact
ctctctagagatgacagaaagtgctgacttgtaaacatatgagacttagc
aacaaagccctaggatgaaaaaaacaaaacaaaacattttcagccagtgc

gaattcagagaggagacagtgtaaggaatttgaagagagcttttattaca
tggctaaaacactcaaggaacaagtgtgtgtattctcacagtgagtcaaa
tgtaccagcttctagaagctcatctatgagcttagtcgaatattgatgag
ttaagttggactgcagggacagatattctgaaattaaggagagtgtgttc
catactgttggactagggtttactccctttttctgtccctatgtagggtt
ttcagatgcactaagacatcagatgcttgatgggaacagacaacaccatt
gacaagttattataacaaatcaaaggacagctggctgttatgttagaggc
catgggaatctcacttggttctagtgaaggatcatcatcctggcctggga
cctgctgaaatcgctcagccatcttgtctgcctatggttggctagcctgc
ctcaggcacactgacagtactttctttatttcccatcttctgggcactcc
acaccacagataaaacaggaggaatttcccttatgtgcagaatttggagt
tcctctttcctttctttcagcacttaaagactttttgcattccggcatga
ctttgggtgactccttcatgtcctctcctgtctaatattggagctgttgc
tccgtgtacacatgcatcgtcttcctgctgtctttcccacctttttgttc
ttcttctaagatctttctattcttccaagaatctatggcactcagattgg
ctgccgttatacaatccccctgcctcaacttcccaggtgctgagattaaa
gttcatatatcctgcttatgatttttgaattgtctttgtccttcagctgt
ttggttttgatatatgtaatcatttttatcttgtttcggtgcttgttgag
attcctagatatgccaatttatctctcctactgcgttagagaagttttta
gtcaagagctctgtaatatcttgtctgtctcagttcagtgtccttacctt
ttctctgtgcatgcagtgctgatgagatgcctatcccacttcatgttagc
tctttacattttgtacatcattttggtatcttttttttccagaataactt
aacttactgctctacacttcaacttattgaatcgccttttgtttttttcc
aattgctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_35244903_35246016
seq2: B6Ng01-194A10.b_45_1144 (reverse)

seq1  GCACTGGCTGAAAATGTTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTCATCCTAGGGCTT  50
      ||||||||||||||||  |||||||||   ||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGCTGAAAATG--TTTTGTTTT--GTTTTTTTCATCCTAGGGCTT  46

seq1  TGTTTTGCCTAAGTCTCATAATGTTTTACAAGTCAGCACTTTCTGTCATC  100
      ||||    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTT---GCTAAGTCTCAT-ATG-TTTACAAGTCAGCACTTTCTGTCATC  91

seq1  TCTA-AGAGAAGAGGTACAGCAGCAGAAGATCAAGATCTTGTAGTAGGTT  149
      |||| |||||    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  TCTAGAGAGA----GTACAGCAGCAGAAGATCAAGATC-TGTAGTAGG-T  135

seq1  AGCATCAGGTTACAACTGGCTGGTGGCCAACAGGCTCTCTGCCTGGGTTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCAGGTTACAACTGGCTGGTGGCCAACAGGCTCTCTGCCTGGGTTG  185

seq1  CCCCTTCTTTATTGGGCATCTCTGTTGAGCCCTCCACTTTAATGTCACAG  249
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCTTTATTGGGCATCTCTGTTGAGCCCTCCACTTTAATGTCACAG  235

seq1  GAGAAATGCAATTTAAACAGCAGGAGGTTCCCCTTTCCTACTGTCCATTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAATGCAATTTAAACAGCAGGAGGTTCCCCTTTCCTACTGTCCATTT  285

seq1  TTCCTCTTTTCCCTCCATTCCCTGTGTGCTTTCTCTCTCCTTAGAATAGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTTTTCCCTCCATTCCCTGTGTGCTTTCTCTCTCCTTAGAATAGA  335

seq1  ACTCAGGGCTTTGCGCCTTGCTAGGCTACTGTTCTACCAAATGAACTAAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGGGCTTTGCGCCTTGCTAGGCTACTGTTCTACCAAATGAACTAAA  385

seq1  TCCTTAGGTTCCTTAGATGTCCTAAGATAAACTTATTCCACAATTAGTCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAGGTTCCTTAGATGTCCTAAGATAAACTTATTCCACAATTAGTCA  435

seq1  TGAAGGATTTTTTAAAAAAGGGTTTTCTTTTAGCCATGAGAGGAAGGTAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGATTTTTTAAAAAAGGGTTTTCTTTTAGCCATGAGAGGAAGGTAT  485

seq1  AAAGGCCTTTCCTCAAATCCCTGCTCTCTTTATACCCCTTAAAGATAGGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCCTTTCCTCAAATCCCTGCTCTCTTTATACCCCTTAAAGATAGGG  535

seq1  TTGGTTGTGGGGTAAATAGAACCTCAGATCCCTCAAAGGGTTAAGACTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGTGGGGTAAATAGAACCTCAGATCCCTCAAAGGGTTAAGACTTT  585

seq1  TCAAGCTTCCTTCATGTCTATTCACCTCAGACTCAATGCAGTATCCTCAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCTTCCTTCATGTCTATTCACCTCAGACTCAATGCAGTATCCTCAG  635

seq1  CAAACACCTATTAATTAACTGGAAAGGAAATATTTACAAAAGAGTAATTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACCTATTAATTAACTGGAAAGGAAATATTTACAAAAGAGTAATTG  685

seq1  CAGAAATGTTGTGGGAATGGAAGAAGAGGTACCCTCTCTGCCCCTAGAAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATGTTGTGGGAATGGAAGAAGAGGTACCCTCTCTGCCCCTAGAAC  735

seq1  CATATGCAGTCCACTATGGTCTTCTTCTCTGTTGTAATAACAGCTGGCAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGCAGTCCACTATGGTCTTCTTCTCTGTTGTAATAACAGCTGGCAG  785

seq1  AGGATAGAAAGGAGGGACCTGATGATTCCATTCGTACTGTTAACATTTAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAGAAAGGAGGGACCTGATGATTCCATTCGTACTGTTAACATTTAC  835

seq1  ATTCAGCACACTGCTGGGTGACTGTAGTGGTTTGAATAGGTTTGCCCTCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGCACACTGCTGGGTGACTGTAGTGGTTTGAATAGGTTTGCCCTCC  885

seq1  ATAGACTCATGTGTTTGAATGCTTGGCCTACAGGAAGTGACACTATTAGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACTCATGTGTTTGAATGCTTGGCCTACAGGAAGTGACACTATTAGG  935

seq1  AGGTGTTGAAGTGGGCCTGGCCTTGCTGGAGGAGGTGTATCACTGTGGGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTTGAAGTGGGCCTGGCCTTGCTGGAGGAGGTGTATCACTGTGGGA  985

seq1  TTGGGCTTTGAGGCTTCTATGCTCAAGCTCTACCCAGTGTGGAAGCAAAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCTTTGAGGCTTCTATGCTCAAGCTCTACCCAGTGTGGAAGCAAAC  1035

seq1  CTCCTCCTAATTGCCTGCAGAAGATTGTCTCTTGCTGGATGCCTTTGGAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCTAATTGCCTGCAGAAGATTGTCTCTTGCTGGATGCCTTTGGAT  1085

seq1  TCAGATGTAGAATTC  1114
      |||||||||||||||
seq2  TCAGATGTAGAATTC  1100

seq1: chr13_35106134_35107299
seq2: B6Ng01-194A10.g_65_1222

seq1  GAATTCAGAGAGGAGACAGTGTAAGGAATTTGAAGAGAGCTTTTATTACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGAGGAGACAGTGTAAGGAATTTGAAGAGAGCTTTTATTACA  50

seq1  TGGCTAAAACACTCAAGGAACAAGTGTGTGTATTCTCACAGTGAGTCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAAAACACTCAAGGAACAAGTGTGTGTATTCTCACAGTGAGTCAAA  100

seq1  TGTACCAGCTTCTAGAAGCTCATCTATGAGCTTAGTCGAATATTGATGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCAGCTTCTAGAAGCTCATCTATGAGCTTAGTCGAATATTGATGAG  150

seq1  TTAAGTTGGACTGCAGGGACAGATATTCTGAAATTAAGGAGAGTGTGTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTTGGACTGCAGGGACAGATATTCTGAAATTAAGGAGAGTGTGTTC  200

seq1  CATACTGTTGGACTAGGGTTTACTCCCTTTTTCTGTCCCTATGTAGGGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTGTTGGACTAGGGTTTACTCCCTTTTTCTGTCCCTATGTAGGGTT  250

seq1  TTCAGATGCACTAAGACATCAGATGCTTGATGGGAACAGACAACACCATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGATGCACTAAGACATCAGATGCTTGATGGGAACAGACAACACCATT  300

seq1  GACAAGTTATTATAACAAATCAAAGGACAGCTGGCTGTTATGTTAGAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGTTATTATAACAAATCAAAGGACAGCTGGCTGTTATGTTAGAGGC  350

seq1  CATGGGAATCTCACTTGGTTCTAGTGAAGGATCATCATCCTGGCCTGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGAATCTCACTTGGTTCTAGTGAAGGATCATCATCCTGGCCTGGGA  400

seq1  CCTGCTGAAATCGCTCAGCCATCTTGTCTGCCTATGGTTGGCTAGCCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTGAAATCGCTCAGCCATCTTGTCTGCCTATGGTTGGCTAGCCTGC  450

seq1  CTCAGGCACACTGACAGTACTTTCTTTATTTCCCATCTTCTGGGCACTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGCACACTGACAGTACTTTCTTTATTTCCCATCTTCTGGGCACTCC  500

seq1  ACACCACAGATAAAACAGGAGGAATTTCCCTTATGTGCAGAATTTGGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCACAGATAAAACAGGAGGAATTTCCCTTATGTGCAGAATTTGGAGT  550

seq1  TCCTCTTTCCTTTCTTTCAGCACTTAAAGACTTTTTGCATTCCGGCATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTTTCCTTTCTTTCAGCACTTAAAGACTTTTTGCATTCCGGCATGA  600

seq1  CTTTGGGTGACTCCTTCATGTCCTCTCCTGTCTAATATTGGAGCTGTTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGGTGACTCCTTCATGTCCTCTCCTGTCTAATATTGGAGCTGTTGC  650

seq1  TCCGTGTACACATGCATCGTCTTCCTGCTGTCTTTCCCACCTTTTTGTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTGTACACATGCATCGTCTTCCTGCTGTCTTTCCCACCTTTTTGTTC  700

seq1  TTCTTCTAAGATCTTTCTATTCTTCCAAGAATCTATGGCACTCAGATTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTAAGATCTTTCTATTCTTCCAAGAATCTATGGCACTCAGATTGG  750

seq1  CTGCCGTTATACAATCCCCCTGCCTCAACTTCCCAGGTGCTGAGATTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCGTTATACAATCCCCCTGCCTCAACTTCCCAGGTGCTGAGATTAAA  800

seq1  GTTCATATATCCTGCTTATGATTTTTGAATTGTCTTTGTCCTTCAGCTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATATATCCTGCTTATGATTTTTGAATTGTCTTTGTCCTTCAGCTGT  850

seq1  TTGGTTTTGATATATGTAATCATTTTTATCTTGTTTCGGTGCTTGTTGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTTGATATATGTAATCATTTTTATCTTGTTTCGGTGCTTGTTGAG  900

seq1  ATTCCTAGATATGCCAATTTATCTCTCCTACTGCGTTAGAGAAGTTTTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTAGATATGCCAATTTATCTCTCCTACTGCGTTAGAGAAGTTTTTA  950

seq1  GTCAGGAGCTCTGTAAATATCTTGTCTGTCTCAGTCCAGTGTCCTTACCT  1000
      |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTCAAGAGCTCTGT-AATATCTTGTCTGTCTCAGTTCAGTGTCCTTACCT  999

seq1  TTTCTCTGTGCATGCAGTGCTGATGAGATGCCTATCCCCACTTCATG-TA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  TTTCTCTGTGCATGCAGTGCTGATGAGATGCCTAT-CCCACTTCATGTTA  1048

seq1  GCTCTTTTACATTTTGTACATCATTTTGGTATCTTTTTTTTTCCAGATTA  1099
      |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  GCTC-TTTACATTTTGTACATCATTTTGGTATC-TTTTTTTTCCAGAATA  1096

seq1  ACTAAACTCTACTGCTCTACTTTCAAATTTATTGATACAGTCTTTTTTTT  1149
      ||| |||| |||||||||||  |  || ||||||| |  | ||||| |||
seq2  ACTTAACT-TACTGCTCTACACTTCAACTTATTGA-ATCGCCTTTTGTTT  1144

seq1  TTTTTCTCAATTTGCTG  1166
      |||   || | ||||||
seq2  TTT---TCCAATTGCTG  1158