BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-194L23
Chromosome13 (Build37)
Map Location 83,269,849 - 83,420,860
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC238756, LOC667018
Downstream geneMef2c, LOC100043111, LOC623241, LOC432789, 2810049E08Rik, LOC100043119, LOC667081, LOC667101, Tmem161b, LOC666795
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-194L23.bB6Ng01-194L23.g
ACCGA017358GA017359
length1,1111,116
definitionB6Ng01-194L23.b B6Ng01-194L23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,269,849 - 83,270,970)(83,419,737 - 83,420,860)
sequence
gaattcatatcgattctactcatgaacacaagttcaatacactatcattt
atactctggttaacatccatataaacaacaatccacgaaagtaactccaa
aagaggtcctaaaagattcgacttcaaaatgttagaaatgggattccaga
atgggaattggcctaccacactaatagtgatataaccagaagataacaaa
tcttttaaaagtaaagtcaccaagattttagagcgttctttcatataaac
tggtatcaaatacctactagtaaggtgtttcatgatttagggaatgtgag
aactgatgtgaccaggcatcaagtagaagttaaaatttgtgctcatatga
tgctaattgataagctttaatcagagggtcctctgccctcgccctctgcc
ttcccttttccattgtccctttctcctgtccagctggtgctaatgctgct
aaatcttggggcagggtaattacaaagacacttgccattaaactctccac
agggtcctgacaacacaaaactgttgcttagagggagggctgcatcacag
aagagaactgtggaaagtattcagccttaatagggaagtgcttgggagcc
caagagaggagcagtaacctgccacctacacaggacttcctggttacctg
ggctgtcagcagcccagtgggaagtgcaacaggaccagagcaaagcaaag
gaggaatcagcctgccagagccagatatgcccacaattaggagggcagaa
aggaagttaaaggagcctgggtcttagtgcccatttcttcccttcctcat
ttctttttcatgttgaacttccctcattaaaagcatcctaactttctaac
taatgccttccctttgagtggcacaatgattttacagttctctgtaaagg
agaatataggaatcgcacactggctaggcggcctgctgagagcctctgtc
cgttctcagtgaactgcatgatatcctgttaacttcctatcagagtcatt
aaacaatttgaagctgttctctctcatcagagctgcatgcagaatcagaa
gcagtcagcagcaagacttaataacagccgttcacgcgttcctatgatct
tctgttgcttt

gaattcttataatgaaatgataccagtgcaaagaaaatgtaatatgagaa
aaactattaattattcgagggatgctcttaggtctgagtctctgtttcac
acaacattgtgccattttaccaccttataaaaacctactaagaagatggt
aaatgtgtaaagcaaaacaaaaacaaacaaaatgaaaatcaagtttttca
gtttaattgatgcatattttacaacaacattaatttgcagtgatgtaagc
tgagatttagggttaattctcttttttataaaattctaccagtctccaaa
caatactatggattaataaaacaagtcattcatggtcgaggaagatgcct
tagcagttgagagcacttgctactctttcagaggtcctggtttcagttac
ccacacctatacagagataacaaccatcttacttcagtatcataggatcc
gatgttgtcggcaggtactatgtagctgtacatacagtcaaaaatcaccc
atacatattttaaaaagctatttgtggggtttatgtgtgtctatatgcat
ccaaaacacttatttatagaaaacactagagaggaagcagaaataaagct
ggtggcaagttgtcttttcagtatcagtgtgtttaatcccatcagcagct
atagtaaaaacagccaccagcacaatgatccatgagtaagggggacagag
ggatgggacagctcaccaaaacaagacaggtttaaggcatcgaggcccta
tgagccttatttgttacaagattagccttgatagataagcttggtcttag
agacatacctgctgtagtcctgtctttgtgctctagctaagaaacttatg
cttcccaatggattgttatatttacgcattttatacagattttcccagat
agctgtaaagggcaattcataaaaacctgaattttcctaaatatttgtgc
ctgaattgcgtggcttacttgtacagaatggcactagatttttcagatgg
ctcttggccttgtctcggtttactccaagtaaaacttttcagatgacatt
gaactgggtaaaaaaaggtcaataagctaatatcatatttcaatcagtct
atgtaaatgtactcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_83269849_83270970
seq2: B6Ng01-194L23.b_47_1157

seq1  GAATTCATATCGATTCTACTCATGAACACAAGTTCAATACACTATCATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATCGATTCTACTCATGAACACAAGTTCAATACACTATCATTT  50

seq1  ATACTCTGGTTAACATCCATATAAACAACAATCCACGAAAGTAACTCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCTGGTTAACATCCATATAAACAACAATCCACGAAAGTAACTCCAA  100

seq1  AAGAGGTCCTAAAAGATTCGACTTCAAAATGTTAGAAATGGGATTCCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGTCCTAAAAGATTCGACTTCAAAATGTTAGAAATGGGATTCCAGA  150

seq1  ATGGGAATTGGCCTACCACACTAATAGTGATATAACCAGAAGATAACAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAATTGGCCTACCACACTAATAGTGATATAACCAGAAGATAACAAA  200

seq1  TCTTTTAAAAGTAAAGTCACCAAGATTTTAGAGCGTTCTTTCATATAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTAAAAGTAAAGTCACCAAGATTTTAGAGCGTTCTTTCATATAAAC  250

seq1  TGGTATCAAATACCTACTAGTAAGGTGTTTCATGATTTAGGGAATGTGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATCAAATACCTACTAGTAAGGTGTTTCATGATTTAGGGAATGTGAG  300

seq1  AACTGATGTGACCAGGCATCAAGTAGAAGTTAAAATTTGTGCTCATATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGATGTGACCAGGCATCAAGTAGAAGTTAAAATTTGTGCTCATATGA  350

seq1  TGCTAATTGATAAGCTTTAATCAGAGGGTCCTCTGCCCTCGCCCTCTGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAATTGATAAGCTTTAATCAGAGGGTCCTCTGCCCTCGCCCTCTGCC  400

seq1  TTCCCTTTTCCATTGTCCCTTTCTCCTGTCCAGCTGGTGCTAATGCTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTTTCCATTGTCCCTTTCTCCTGTCCAGCTGGTGCTAATGCTGCT  450

seq1  AAATCTTGGGGCAGGGTAATTACAAAGACACTTGCCATTAAACTCTCCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTGGGGCAGGGTAATTACAAAGACACTTGCCATTAAACTCTCCAC  500

seq1  AGGGTCCTGACAACACAAAACTGTTGCTTAGAGGGAGGGCTGCATCACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCCTGACAACACAAAACTGTTGCTTAGAGGGAGGGCTGCATCACAG  550

seq1  AAGAGAACTGTGGAAAGTATTCAGCCTTAATAGGGAAGTGCTTGGGAGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAACTGTGGAAAGTATTCAGCCTTAATAGGGAAGTGCTTGGGAGCC  600

seq1  CAAGAGAGGAGCAGTAACCTGCCACCTACACAGGACTTCCTGGTTACCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGAGGAGCAGTAACCTGCCACCTACACAGGACTTCCTGGTTACCTG  650

seq1  GGCTGTCAGCAGCCCAGTGGGAAGTGCAACAGGACCAGAGCAAAGCAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTCAGCAGCCCAGTGGGAAGTGCAACAGGACCAGAGCAAAGCAAAG  700

seq1  GAGGAATCAGCCTGCCAGAGCCAGATATGCCCACAATTAGGAGGGCAG-A  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GAGGAATCAGCCTGCCAGAGCCAGATATGCCCACAATTAGGAGGGCAGAA  750

seq1  AGGAAGTTAAAGGAGCCTGGGTCTTAGTGCCCATTTCTTCCCTTCCTCAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGTTAAAGGAGCCTGGGTCTTAGTGCCCATTTCTTCCCTTCCTCAT  800

seq1  TTCTTTTTCATGTTGAACTTCCCTCATTAAAAGCATCCTAACTTTCTAAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTTCATGTTGAACTTCCCTCATTAAAAGCATCCTAACTTTCTAAC  850

seq1  TAATGCCTT-CCTTTGAGTGGCACAATGATTTTACAGTTCTCTGTAAAGG  898
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCCTTCCCTTTGAGTGGCACAATGATTTTACAGTTCTCTGTAAAGG  900

seq1  AGAATATAGGAATCGCACACTGGCTAGGCGGCCTGCTGAGAGCCTCTGTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATAGGAATCGCACACTGGCTAGGCGGCCTGCTGAGAGCCTCTGTC  950

seq1  CGTTCTCCAGTGAACTGCATGATAATCCTGTTAACCTTCCTATCAGGAGG  998
      |||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||   |
seq2  CGTTCT-CAGTGAACTGCATGAT-ATCCTGTTAA-CTTCCTATCAG--AG  995

seq1  TCATTAAACAATTTTGAAAGCTGTTTCCTCTCTCATCAGAGCTGCATGCA  1048
      ||||||||||||||   ||||||||  |||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAAACAATTT--GAAGCTGTT--CTCTCTCATCAGAGCTGCATGCA  1041

seq1  GAATCAGAAGCCAGTCAGCAGCACAGACTTAAATAACAGCCCGTCACGCG  1098
      |||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||||
seq2  GAATCAGAAG-CAGTCAGCAGCA-AGACTT-AATAACAGCCGTTCACGCG  1088

seq1  TTCCCTATGGTCTTCCTGTGCTTT  1122
      || |||||| |||||   ||||||
seq2  TT-CCTATGATCTTCTGTTGCTTT  1111


seq1: chr13_83419737_83420860
seq2: B6Ng01-194L23.g_63_1178 (reverse)

seq1  ATGAGTAAACATTTTTACATAGACTGAT--GAATATGAATAATTAGCTTA  48
      ||||||| |    |||||||||||||||   |||||||   |||||||||
seq2  ATGAGTACA----TTTACATAGACTGATTGAAATATGA--TATTAGCTTA  44

seq1  ATGAACTTTTTTTACCCCAAGTCAAATGTCATCTTGAAAGTTTTACTTGG  98
       ||| ||||||||||||  |||  ||||||||||  |||||||||||| |
seq2  TTGACCTTTTTTTACCC--AGTTCAATGTCATCTGAAAAGTTTTACTT-G  91

seq1  GAGTAAA-CGAGACAA-GCCAAGAGCCCATCTGAAAAATCTAGTGCCATT  146
      ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAACCGAGACAAGGCCAAGAG-CCATCTGAAAAATCTAGTGCCATT  140

seq1  CTTGTACAAGTAAGCCACGCAATTCAGGCACAAATAATTTAGGAAAATTC  196
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  C-TGTACAAGTAAGCCACGCAATTCAGGCACAAAT-ATTTAGGAAAATTC  188

seq1  AGGTTTTTATGAATTGCCCTTTACAGCTATCTGGGAAAATCTGTATAAAA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTTTATGAATTGCCCTTTACAGCTATCTGGGAAAATCTGTATAAAA  238

seq1  TGCGTAAATATAACAATCCATTTGGAAGCATAAGTTTCTTAGCTAGAGCA  296
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTAAATATAACAATCCATTGGGAAGCATAAGTTTCTTAGCTAGAGCA  288

seq1  CAAAGACAGGACTACAGCAGGTATGTCTCTAAGACCAAGCTTATCTATCA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGACAGGACTACAGCAGGTATGTCTCTAAGACCAAGCTTATCTATCA  338

seq1  AGGCTAATCTTGTAACAAATAAGGCTCATAGGGCCTCGATGCCTTAAACC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAATCTTGTAACAAATAAGGCTCATAGGGCCTCGATGCCTTAAACC  388

seq1  TGTCTTGTTTTGGTGAGCTGTCCCATCCCTCTGTCCCCCTTACTCATGGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGTTTTGGTGAGCTGTCCCATCCCTCTGTCCCCCTTACTCATGGA  438

seq1  TCATTGTGCTGGTGGCTGTTTTTACTATAGCTGCTGATGGGATTAAACAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTGCTGGTGGCTGTTTTTACTATAGCTGCTGATGGGATTAAACAC  488

seq1  ACTGATACTGAAAAGACAACTTGCCACCAGCTTTATTTCTGCTTCCTCTC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATACTGAAAAGACAACTTGCCACCAGCTTTATTTCTGCTTCCTCTC  538

seq1  TAGTGTTTTCTATAAATAAGTGTTTTGGATGCATATAGACACACATAAAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTTTTCTATAAATAAGTGTTTTGGATGCATATAGACACACATAAAC  588

seq1  CCCACAAATAGCTTTTTAAAATATGTATGGGTGATTTTTGACTGTATGTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAAATAGCTTTTTAAAATATGTATGGGTGATTTTTGACTGTATGTA  638

seq1  CAGCTACATAGTACCTGCCGACAACATCGGATCCTATGATACTGAAGTAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTACATAGTACCTGCCGACAACATCGGATCCTATGATACTGAAGTAA  688

seq1  GATGGTTGTTATCTCTGTATAGGTGTGGGTAACTGAAACCAGGACCTCTG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTGTTATCTCTGTATAGGTGTGGGTAACTGAAACCAGGACCTCTG  738

seq1  AAAGAGTAGCAAGTGCTCTCAACTGCTAAGGCATCTTCCTCGACCATGAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGTAGCAAGTGCTCTCAACTGCTAAGGCATCTTCCTCGACCATGAA  788

seq1  TGACTTGTTTTATTAATCCATAGTATTGTTTGGAGACTGGTAGAATTTTA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTGTTTTATTAATCCATAGTATTGTTTGGAGACTGGTAGAATTTTA  838

seq1  TAAAAAAGAGAATTAACCCTAAATCTCAGCTTACATCACTGCAAATTAAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAGAGAATTAACCCTAAATCTCAGCTTACATCACTGCAAATTAAT  888

seq1  GTTGTTGTAAAATATGCATCAATTAAACTGAAAAACTTGATTTTCATTTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTGTAAAATATGCATCAATTAAACTGAAAAACTTGATTTTCATTTT  938

seq1  GTTTGTTTTTGTTTTGCTTTACACATTTACCATCTTCTTAGTAGGTTTTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTTTTTGTTTTGCTTTACACATTTACCATCTTCTTAGTAGGTTTTT  988

seq1  ATAAGGTGGTAAAATGGCACAATGTTGTGTGAAACAGAGACTCAGACCTA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGTGGTAAAATGGCACAATGTTGTGTGAAACAGAGACTCAGACCTA  1038

seq1  AGAGCATCCCTCGAATAATTAATAGTTTTTCTCATATTACATTTTCTTTG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCATCCCTCGAATAATTAATAGTTTTTCTCATATTACATTTTCTTTG  1088

seq1  CACTGGTATCATTTCATTATAAGAATTC  1124
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGTATCATTTCATTATAAGAATTC  1116


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |