BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-197K14
Chromosome13 (Build37)
Map Location 36,721,145 - 36,861,229
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrn1
Upstream geneCdyl, Rpp40, LOC100041568, Ppp1r3g, Lyrm4, LOC100042773, Fars2, LOC100041590, LOC666758
Downstream geneF13a1, Ly86, LOC100042794, LOC100042800, LOC100042802, LOC100041624
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-197K14.bB6Ng01-197K14.g
ACCGA019466GA019467
length1,111940
definitionB6Ng01-197K14.b B6Ng01-197K14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,860,119 - 36,861,229)(36,721,145 - 36,722,064)
sequence
gaattctcagttcctcctgcaccatgcctgcctggatgctgccatgctcc
tgtcttgatgataatggactgaacctctgaacctgtaagccagccccaat
taaatgttgtccttataagagttgccttggttatagtgtctgttcacaac
agtaaaaccctaactaagacatacatacaagaatatgattagtggatgta
ttcatttgcatagaacatgaggggtaaggatgttgtgaagacatcagcta
gttgtatcaaaaatgttactccaaaatcaaagctagacactgtgatcgtg
cacatgaaatcagaaacatttttcatagcattaagagcacattgaaaatc
aataaaccagcaccttgtgatttggggcagtaaatagctttctttgtgct
cattctttgacggcatagactttgaaccatatcagtattacttacagaat
gacagtctggaaacatcaagtatcctctcagaagtttagtcatttcttca
aaaattggataagtcacatcttctttgtaaaaggacaaattttgagagct
ctaaaaggctgattcgttacccaaatgcttataaaatgcattttatggat
gcccataaaattgcaatgtcacccactttacttctgtgaaacattttgta
gggactcataaaagttcagaacgtgcatggccgaatgcggtgcatgagac
accaacatcacatgtgcagagagagaaaatggttagcctagtagatggta
tatggataaaaggcagaagccacacagttggcatctcagccttgggaggt
gttcatgtctgagtcctatacatctaaaggtcctctgtttctctctctta
gaccatcattatattcctgacattgccaggagaaagcccttcttcagaaa
gttctgtagtagaaggtatagtgcaaaattgcccaaagagaagaggcttg
tgcccttgttgcaaccctggccaggtcttattgatggaacagcatcctgc
ggatatttctggaaatcgtagcatggattgtttcatacttaacctgatag
cacttaccttatgctaacagctacgtggactaccacatcatcctgactag
caataaccata

gaattccaatccatagtactgaagtgcatgaacaaacagaccttactaaa
ccacggacctgaaaagctcttagcaaaagtgacttaataagttttcagaa
tgctgggtggggcagtgatttcttagctatgtcaccaaagcactgagctg
tatgtatatgtatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtagtccttaaca
aaaatttaaaaagtgggtaaatgaattaaagaaaagttaacatattcata
tcaaggtatattagtattagcaagttttaataaggcgagctgttctgata
aacactatggtttaagagaatctttgatattgtgctaagcaaaataggcc
agtcataaaaggacaaaggctgtatgattactctcacataaagtatgtaa
aaagtagccagatttatagggacagaaagaacggtgctttcatggagatg
aaggagatggagacattaatatccagtatgtacgtggcctaagttttgga
atgaggacattctggagatggattgtagaaggtggttatatatgtgaata
tacttaatactactgaactactcacttgaaaatgtttgaaataataaagt
ttcatattgactctattttaccacagtgcatgagtgagtaaaataaaatc
tataaattgtttttaaaacaagtttttaaagcacaactctttttatattt
tctaaaaggcactcatcaagaaagcaagctgggcatgctctaggacagtg
gttctcaacctgtggggtcatgaccctttggtgggggtcaaatgatcctt
tcacattgggtcacatatccagatgttttacattatcatttcctaactgt
aatcaaaatttcagctattgaattagcaatggaaatgaattttatggttg
ggggtccccacacatgatgcactgtattaaagggtcctgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_36860119_36861229
seq2: B6Ng01-197K14.b_43_1153 (reverse)

seq1  TATGGTAATTGCTAGTCAAGATGATTGTGGTAGTCACCGTAGCTGTTTAA  50
      |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||  |
seq2  TATGGTTATTGCTAGTCAGGATGA-TGTGGTAGTCCACGTAGCTGTT--A  47

seq1  GCATAAGGTAAGTGCTATCAGGTTAAGTATGAAAC-ATCCATGCTACGAT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GCATAAGGTAAGTGCTATCAGGTTAAGTATGAAACAATCCATGCTACGAT  97

seq1  TTCCAG-AATATCCGCAGGATGCTGTTCCATCAATAGACCCTGGCCAGGG  148
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||
seq2  TTCCAGAAATATCCGCAGGATGCTGTTCCATCAATAAGACCTGGCCAGGG  147

seq1  TTGCAACAAGGGCACAAGCCTC-TCTCTTTGGGCAATTTTGCACTATACC  197
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAACAAGGGCACAAGCCTCTTCTCTTTGGGCAATTTTGCACTATACC  197

seq1  TTCTACTACAGAACTTTCTGAAGAAGGGCTTTCTCCTGGCAATGTCAGGA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACTACAGAACTTTCTGAAGAAGGGCTTTCTCCTGGCAATGTCAGGA  247

seq1  ATATAATGATGGTCTAAGAGAGAGAAACAGAGGACCTTTAGATGTATAGG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAATGATGGTCTAAGAGAGAGAAACAGAGGACCTTTAGATGTATAGG  297

seq1  ACTCAGACATGAACACCTCCCAAGGCTGAGATGCCAACTGTGTGGCTTCT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGACATGAACACCTCCCAAGGCTGAGATGCCAACTGTGTGGCTTCT  347

seq1  GCCTTTTATCCATATACCATCTACTAGGCTAACCATTTTCTCTCTCTGCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTTATCCATATACCATCTACTAGGCTAACCATTTTCTCTCTCTGCA  397

seq1  CATGTGATGTTGGTGTCTCATGCACCGCATTCGGCCATGCACGTTCTGAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGATGTTGGTGTCTCATGCACCGCATTCGGCCATGCACGTTCTGAA  447

seq1  CTTTTATGAGTCCCTACAAAATGTTTCACAGAAGTAAAGTGGGTGACATT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATGAGTCCCTACAAAATGTTTCACAGAAGTAAAGTGGGTGACATT  497

seq1  GCAATTTTATGGGCATCCATAAAATGCATTTTATAAGCATTTGGGTAACG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTTTATGGGCATCCATAAAATGCATTTTATAAGCATTTGGGTAACG  547

seq1  AATCAGCCTTTTAGAGCTCTCAAAATTTGTCCTTTTACAAAGAAGATGTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGCCTTTTAGAGCTCTCAAAATTTGTCCTTTTACAAAGAAGATGTG  597

seq1  ACTTATCCAATTTTTGAAGAAATGACTAAACTTCTGAGAGGATACTTGAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATCCAATTTTTGAAGAAATGACTAAACTTCTGAGAGGATACTTGAT  647

seq1  GTTTCCAGACTGTCATTCTGTAAGTAATACTGATATGGTTCAAAGTCTAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCAGACTGTCATTCTGTAAGTAATACTGATATGGTTCAAAGTCTAT  697

seq1  GCCGTCAAAGAATGAGCACAAAGAAAGCTATTTACTGCCCCAAATCACAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTCAAAGAATGAGCACAAAGAAAGCTATTTACTGCCCCAAATCACAA  747

seq1  GGTGCTGGTTTATTGATTTTCAATGTGCTCTTAATGCTATGAAAAATGTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTGGTTTATTGATTTTCAATGTGCTCTTAATGCTATGAAAAATGTT  797

seq1  TCTGATTTCATGTGCACGATCACAGTGTCTAGCTTTGATTTTGGAGTAAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATTTCATGTGCACGATCACAGTGTCTAGCTTTGATTTTGGAGTAAC  847

seq1  ATTTTTGATACAACTAGCTGATGTCTTCACAACATCCTTACCCCTCATGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTGATACAACTAGCTGATGTCTTCACAACATCCTTACCCCTCATGT  897

seq1  TCTATGCAAATGAATACATCCACTAATCATATTCTTGTATGTATGTCTTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGCAAATGAATACATCCACTAATCATATTCTTGTATGTATGTCTTA  947

seq1  GTTAGGGTTTTACTGTTGTGAACAGACACTATAACCAAGGCAACTCTTAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGGTTTTACTGTTGTGAACAGACACTATAACCAAGGCAACTCTTAT  997

seq1  AAGGACAACATTTAATTGGGGCTGGCTTACAGGTTCAGAGGTTCAGTCCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACAACATTTAATTGGGGCTGGCTTACAGGTTCAGAGGTTCAGTCCA  1047

seq1  TTATCATCAAGACAGGAGCATGGCAGCATCCAGGCAGGCATGGTGCAGGA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCATCAAGACAGGAGCATGGCAGCATCCAGGCAGGCATGGTGCAGGA  1097

seq1  GGAACTGAGAATTC  1111
      ||||||||||||||
seq2  GGAACTGAGAATTC  1111


seq1: chr13_36721145_36722064
seq2: B6Ng01-197K14.g_67_1006

seq1  GAATTCCAATCCATAGTACTGAAGTGCATGAACAAACAGACCTTACTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATCCATAGTACTGAAGTGCATGAACAAACAGACCTTACTAAA  50

seq1  CCACGGACCTGAAAAGCTCTTAGCAAAAGTGACTTAATAAGTTTTCAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGGACCTGAAAAGCTCTTAGCAAAAGTGACTTAATAAGTTTTCAGAA  100

seq1  TGCTGGGTGGGGCAGTGATTTCTTAGCTATGTCACCAAAGCACTGAGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGTGGGGCAGTGATTTCTTAGCTATGTCACCAAAGCACTGAGCTG  150

seq1  TATGTATATGTATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGTCCTTAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATATGTATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGTCCTTAACA  200

seq1  AAAATTTAAAAAGTGGGTAAATGAATTAAAGAAAAGTTAACATATTCATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTAAAAAGTGGGTAAATGAATTAAAGAAAAGTTAACATATTCATA  250

seq1  TCAAGGTATATTAGTATTAGCAAGTTTTAATAAGGCGAGCTGTTCTGATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGTATATTAGTATTAGCAAGTTTTAATAAGGCGAGCTGTTCTGATA  300

seq1  AACACTATGGTTTAAGAGAATCTTTGATATTGTGCTAAGCAAAATAGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTATGGTTTAAGAGAATCTTTGATATTGTGCTAAGCAAAATAGGCC  350

seq1  AGTCATAAAAGGACAAAGGCTGTATGATTACTCTCACATAAAGTATGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATAAAAGGACAAAGGCTGTATGATTACTCTCACATAAAGTATGTAA  400

seq1  AAAGTAGCCAGATTTATAGGGACAGAAAGAACGGTGCTTTCATGGAGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAGCCAGATTTATAGGGACAGAAAGAACGGTGCTTTCATGGAGATG  450

seq1  AAGGAGATGGAGACATTAATATCCAGTATGTACGTGGCCTAAGTTTTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGATGGAGACATTAATATCCAGTATGTACGTGGCCTAAGTTTTGGA  500

seq1  ATGAGGACATTCTGGAGATGGATTGTAGAAGGTGGTTATATATGTGAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGACATTCTGGAGATGGATTGTAGAAGGTGGTTATATATGTGAATA  550

seq1  TACTTAATACTACTGAACTACTCACTTGAAAATGTTTGAAATAATAAAG-  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TACTTAATACTACTGAACTACTCACTTGAAAATGTTTGAAATAATAAAGT  600

seq1  TTCATATTGACTCTATTTTACCACAGTGCATGAGTGAGTAAA--TAAATC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||
seq2  TTCATATTGACTCTATTTTACCACAGTGCATGAGTGAGTAAAATAAAATC  650

seq1  TATAAATTG-TTTTAAAACAAG-TTTTAAAGCACAACTC-TTTTATA-TT  693
      ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||
seq2  TATAAATTGTTTTTAAAACAAGTTTTTAAAGCACAACTCTTTTTATATTT  700

seq1  TCT-AAAGGCAC-CATCAAGAAAGCAAGCT-GGCATGCTCTAGGACAGTG  740
      ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAAGGCACTCATCAAGAAAGCAAGCTGGGCATGCTCTAGGACAGTG  750

seq1  GTTCTCAACCTGT-GGGTCATGACCCTTTGGT-GGGGTCAAATGATCCTT  788
      ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GTTCTCAACCTGTGGGGTCATGACCCTTTGGTGGGGGTCAAATGATCCTT  800

seq1  TCACA-TGGGTCACATAT-CAGATGTCTTACATTATCA-TTCATAACAGT  835
      ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||| ||
seq2  TCACATTGGGTCACATATCCAGATGTTTTACATTATCATTTCCTAACTGT  850

seq1  -AGCAAAATTACAGCTA-TGAAATAGCAATGG-AATG-ATTTTATGGTT-  880
       | ||||||| |||||| |||| ||||||||| |||| ||||||||||| 
seq2  AATCAAAATTTCAGCTATTGAATTAGCAATGGAAATGAATTTTATGGTTG  900

seq1  GGGGTCACCACAACACGAGGCACTGTATTAAAGGG-CCTGC  920
      |||||| |||| ||| || |||||||||||||||| |||||
seq2  GGGGTCCCCAC-ACATGATGCACTGTATTAAAGGGTCCTGC  940


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |