BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-198F02
Chromosome13 (Build37)
Map Location 73,853,363 - 73,953,278
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc12a7
Upstream geneLOC621486, Irx4, LOC100042864, Ndufs6, Mrpl36, Aytl2, Slc6a3, Clptm1l, Tert, Slc6a18, Slc6a19
Downstream geneNkd2, EG666360, Trip13, Brd9, Zdhhc11, LOC100042909, 2900041A09Rik, LOC621824, Cep72, Slc9a3, Exoc3, Ahrr, Pdcd6, Sdha, Ccdc127, AI595366, Zfp72, LOC666670, LOC634386, LOC100042547, LOC666683, LOC547136, BC012278, LOC434490, Arts1, Cast, LOC622204
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-198F02.bB6Ng01-198F02.g
ACCGA019945GA019946
length1,065305
definitionB6Ng01-198F02.b B6Ng01-198F02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,853,363 - 73,854,424)(73,952,974 - 73,953,278)
sequence
gaattcagaggaagctgatgtcaggtcttggcacaagcaggcttgtgaaa
acattacttggttgctgattctaaccctacatagtgagagagataaacaa
ctatctttaaaaacaactcacccttctacgtgtcaagttacaaagttcaa
agttaggcatttgagaaaaagcaacaagagaagcctgtggaatcttcaga
tattttgaaaataaaagaaactgtcacatgcaccatgtgagtttgcctcc
atgtgcttcacagaattccagtcagtcatgcaggctggacagccaaattc
tcagagtcaggggagctggaagtataggcccagggcctggctggacggaa
gccactgacacaagtgtcaggccctgttcctgtgtactgactgggaggcc
agggtgtgggggaaagaagcccttgagaactgtggtgtagcctcttttgc
tgcacacagacatcttcagagagaggcagagtcctcttgcttgtatttcc
acttctcctgtgtcctggatagtcccaggtctgcatacagagagaggtat
ggtaagggaggcaccctagcatctcaagtaagtgtgaacattcctagggt
tccaacattcaagagtgatgtacatggcctgagcccatcttaggagcagt
gtcagcctctctgtttgtggcacagtggtcctgggagccaatgtgtggtt
tatgggcctgtgggaagatcaggagatgaaatatcaacaaaactcaacct
tatatgcaagttgaagaacatggtctacagacataagatgttggtgtgta
gcctttgaatatagctgtgagtcccagaaagtcttggaagtgaactggtg
agccctttttggaactatttctgccctcacactccagtgagtggttctag
agagagggttaagccagggggctaagtatcctggcccaagccatcagccc
atgagatacttactccaagtagccttctagcttaagtaaggttcttttga
gtccatggctctggaaagcatcagagggaggatgagttggtacaagaatg
gatgactggatataa
tcagagttcctgccgtttgcttgttacactgtggctctccgtagtcacct
gcttgaagttcccagctcggtgcgtatgaaataaagtggctgagttccca
tgagaagagaaagcaggctagctgcagatagccctgcagaacaaaggttc
tctctgcaggagctcctagggcatcgactcagatgggaacacagctgtca
ggtaccactggttccaatggtgacccactcctaccctgtaaacactatct
cactttccagtggtaccctgagccatgtctgaggagggtgggggagagaa
tgagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_73853363_73854424
seq2: B6Ng01-198F02.b_46_1110

seq1  GAATTCAGAGGAAGCTGATGTCAGGTCTTGGCACAAGCAGGCTTGTGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGGAAGCTGATGTCAGGTCTTGGCACAAGCAGGCTTGTGAAA  50

seq1  ACATTACTTGGTTGCTGATTCTAACCCTACATAGTGAGAGAGATAAACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTACTTGGTTGCTGATTCTAACCCTACATAGTGAGAGAGATAAACAA  100

seq1  CTATCTTTAAAAACAACTCACCCTTCTACGTGTCAAGTTACAAAGTTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTTTAAAAACAACTCACCCTTCTACGTGTCAAGTTACAAAGTTCAA  150

seq1  AGTTAGGCATTTGAGAAAAAGCAACAAGAGAAGCCTGTGGAATCTTCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGGCATTTGAGAAAAAGCAACAAGAGAAGCCTGTGGAATCTTCAGA  200

seq1  TATTTTGAAAATAAAAGAAACTGTCACATGCACCATGTGAGTTTGCCTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGAAAATAAAAGAAACTGTCACATGCACCATGTGAGTTTGCCTCC  250

seq1  ATGTGCTTCACAGAATTCCAGTCAGTCATGCAGGCTGGACAGCCAAATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTTCACAGAATTCCAGTCAGTCATGCAGGCTGGACAGCCAAATTC  300

seq1  TCAGAGTCAGGGGAGCTGGAAGTATAGGCCCAGGGCCTGGCTGGACGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTCAGGGGAGCTGGAAGTATAGGCCCAGGGCCTGGCTGGACGGAA  350

seq1  GCCACTGACACAAGTGTCAGGCCCTGTTCCTGTGTACTGACTGGGAGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTGACACAAGTGTCAGGCCCTGTTCCTGTGTACTGACTGGGAGGCC  400

seq1  AGGGTGTGGGGGAAAGAAGCCCTTGAGAACTGTGGTGTAGCCTCTTTTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGTGGGGGAAAGAAGCCCTTGAGAACTGTGGTGTAGCCTCTTTTGC  450

seq1  TGCACACAGACATCTTCAGAGAGAGGCAGAGTCCTCTTGCTTGTATTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACAGACATCTTCAGAGAGAGGCAGAGTCCTCTTGCTTGTATTTCC  500

seq1  ACTTCTCCTGTGTCCTGGATAGTCCCAGGTCTGCATACAGAGAGAGGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTCCTGTGTCCTGGATAGTCCCAGGTCTGCATACAGAGAGAGGTAT  550

seq1  GGTAAGGGAGGCACCCTAGCATCTCAAGTAAGTGTGAACATTCCTAGGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGGGAGGCACCCTAGCATCTCAAGTAAGTGTGAACATTCCTAGGGT  600

seq1  TCCAACATTCAAGAGTGATGTACATGGCCTGAGCCCATCTTAGGAGCAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACATTCAAGAGTGATGTACATGGCCTGAGCCCATCTTAGGAGCAGT  650

seq1  GTCAGCCTCTCTGTTTGTGGCACAGTGGTCCTGGGAGCCAATGTGTGGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCCTCTCTGTTTGTGGCACAGTGGTCCTGGGAGCCAATGTGTGGTT  700

seq1  TATGGGCCTGTGGGAAGATCAGGAGATGAAATATCAACAAAACTCAACCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGCCTGTGGGAAGATCAGGAGATGAAATATCAACAAAACTCAACCT  750

seq1  TATATGCAAGTTGAAGAACATGGTCTACAGACATAAGATGTTGGTGTGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCAAGTTGAAGAACATGGTCTACAGACATAAGATGTTGGTGTGTA  800

seq1  GCCTTTGAATATAGCTGTGAGTCCCAGAAAGTCTTGGAAGTGAACTGGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTGAATATAGCTGTGAGTCCCAGAAAGTCTTGGAAGTGAACTGGTG  850

seq1  AGCCCTTTTTGGAACTATTTCTGCCCTCACACTCCAGTGAGTGGTTCTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTTTTTGGAACTATTTCTGCCCTCACACTCCAGTGAGTGGTTCTAG  900

seq1  AGAGAGGGTTAAGCCAGGGGGCTAAGTATCCTGGCCCAAGCCATCAGCCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGGTTAAGCCAGGGGGCTAAGTATCCTGGCCCAAGCCATCAGCCC  950

seq1  ATGAGATACTTAC-CCAAGTAGCCTTCTAGCTTAAGTAAGGTTC-TTTGA  998
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATGAGATACTTACTCCAAGTAGCCTTCTAGCTTAAGTAAGGTTCTTTTGA  1000

seq1  GTCCAAGGCTCT-GAAAGCATCAGAGGGAGGA-GAGTTGGGACAAAGAAA  1046
      ||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||   ||
seq2  GTCCATGGCTCTGGAAAGCATCAGAGGGAGGATGAGTTGGTACAA--GAA  1048

seq1  AGGATGAC-GGATATAA  1062
       ||||||| ||||||||
seq2  TGGATGACTGGATATAA  1065

seq1: chr13_73952974_73953278
seq2: B6Ng01-198F02.g_73_377 (reverse)

seq1  CCTCATTCTCTCCCCCACCCTCCTCAGACATGGCTCAGGGTACCACTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATTCTCTCCCCCACCCTCCTCAGACATGGCTCAGGGTACCACTGGA  50

seq1  AAGTGAGATAGTGTTTACAGGGTAGGAGTGGGTCACCATTGGAACCAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGATAGTGTTTACAGGGTAGGAGTGGGTCACCATTGGAACCAGTG  100

seq1  GTACCTGACAGCTGTGTTCCCATCTGAGTCGATGCCCTAGGAGCTCCTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTGACAGCTGTGTTCCCATCTGAGTCGATGCCCTAGGAGCTCCTGC  150

seq1  AGAGAGAACCTTTGTTCTGCAGGGCTATCTGCAGCTAGCCTGCTTTCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAACCTTTGTTCTGCAGGGCTATCTGCAGCTAGCCTGCTTTCTCT  200

seq1  TCTCATGGGAACTCAGCCACTTTATTTCATACGCACCGAGCTGGGAACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATGGGAACTCAGCCACTTTATTTCATACGCACCGAGCTGGGAACTT  250

seq1  CAAGCAGGTGACTACGGAGAGCCACAGTGTAACAAGCAAACGGCAGGAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAGGTGACTACGGAGAGCCACAGTGTAACAAGCAAACGGCAGGAAC  300

seq1  TCTGA  305
      |||||
seq2  TCTGA  305