BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-198L21
Chromosome13 (Build37)
Map Location 112,984,823 - 113,129,169
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041161, LOC100041175, Ankrd55
Upstream gene4732495G21Rik, LOC100040640, EG621953, Gpbp1, LOC100040666, Mier3, Map3k1, LOC668181, LOC100040716
Downstream geneLOC100040725, Il6st, Il31ra, LOC100041240, Ddx4, 9130023D20Rik, Ppap2a, LOC100041282, Skiv2l2, Dhx29, LOC667756, Ccnu, EG622408, EG622422, 2310016C16Rik, Cdc20b, Gzma, 1700084D21Rik, Gzmk, Esm1, BC067074
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-198L21.bB6Ng01-198L21.g
ACCGA020262GA020263
length1,115942
definitionB6Ng01-198L21.b B6Ng01-198L21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,128,055 - 113,129,169)(112,984,823 - 112,985,763)
sequence
gaattcaaccaaatgagggttgaaactatttgtgaagatcagaagcccta
atcatgcacagacttctttcctgtcattaaacggtgccgtctaacaactg
ttacacatcccttgcagtgcctcagaaatttattgccatcactcttgaga
tctgaggtctgagaaaagatgagcataagttattggcaaaactactgttt
tatagactcgaacttctgattgttggtagagctcagggctagttccccat
aaatacagagatctgactctatattaaatttgcatgggttcatatagatg
cacacagtatggaaaacacgggtttggaaacattagaggaaccattatgt
gtaacttaaaaaccattttgtgtgacttagagtaagcctgtaagcctgcc
accaagaagctccggcaagaaatagaagcaagttctaatgtgttaatgga
gcagccatgtaccatcacaaagtgacaaattgatgtgttcgtgaactagc
cccaagctgtgaaccctgataactcccagtgaaatgatacacaacttgga
acttgggaaatgatctctaagatcttactgccatgcacccaagacagggc
ttccatagcctctgtgttgatgatactcatcggcagaggacctgaggctg
gcctctgtgtgtggtcctggctccagtgacctttgaacttctggcgcggt
tgctgaactcacatatatctgctcaactgctagcattagccattggccaa
gacctaaaacctgcaccagtgctgtgctgctggccacccacaatgaagga
ctctactgcggaggtgggttgagctggcaaagctcctgaagtgtcctcac
cttagaaaaatccccagtcacatccttcagtaatagttcctgcccaacca
atggttccttgcttggggagatgtctgtagcatagtattataagggtggt
ggataaaccaagctaaatttgaaagacaaatgttgtggtggccatcctaa
ctggccaaggtacctcactgcccacaggcacactcctgttttctacaata
ggaaagctattagagggtcgtttcagtttggatgcagactgcgagaacac
tggttagagggaact
gaattcttttactctgctaaaaaaaaaaaaaacaaaaaacccgcaactga
ctgggtctgctctgctctgtgtaacctgtgttcaagggctgtgtactaga
aaggccccattcatagcctttcataattgctggtgaccagatgacctccg
tccatggaaaatgagaataatttgagaacagctttgtgaaatgcacgggc
cccgacctcagccagtctttatgggctgaattgtcttcctcggattccca
tgttaaggccgtaatccctggtgagaaggctgtggagagctttaaggagc
agtgggtgttacagatgtcggcaggaatgtggttctaatccagaagctct
ggagaaagggaagaggagaaaagtgaggagaaggacgaggagagagaaga
aaagatcagactctgcaggcatataccgagaaaaggccatgaggcatcga
actggtgccaatccatgaagagaagtgtcagaaaaaactgaccttggcct
ccggactccagaacagtgaaaacctactttctgttgtgttagttgaccgt
ggtcccaaacagtctcacaggaagatccagcttaagctggatcacttcca
aagtgtggtcttgaatgcccaagtaggggtgtatgtgtgtgtgtgtatat
acaagcacatgtatgcatgatacacatgtctgtgaagcacacattgaggg
aagagattatattctgctctaaagcacactcctacatttattgctcattc
atagacagtaggttttcagtagcttgatggccttggtttagtcagttgtg
aaaggacaggttccggcccaagacaaagttctcagcgcgaagaagctgta
tttactgaaaaggaacaaaggtcagagaatcagagacaaagacaggagat
agaggatgagagagaaggggaaaggacctaagggggttgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_113128055_113129169
seq2: B6Ng01-198L21.b_42_1156 (reverse)

seq1  AGTTTCCTCTTAAACCAGTG-TCTCGGCAGGTCTGCATCC-AACTGAAAC  48
      |||| |||||  |||||||| |||| ||| |||||||||| |||||||||
seq2  AGTTCCCTCT--AACCAGTGTTCTC-GCA-GTCTGCATCCAAACTGAAAC  46

seq1  GACCCTCTAATTAGCTTTCCTATTGTAG-AAACAGGAGTGTGGCCTGTGG  97
      |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  GACCCTCTAA-TAGCTTTCCTATTGTAGAAAACAGGAGTGT-GCCTGTGG  94

seq1  GCAGTGAGGTACCTTGG-CAGTTAGGATGGCCA-CACAACATTTGTCTTT  145
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCAGTGAGGTACCTTGGCCAGTTAGGATGGCCACCACAACATTTGTCTTT  144

seq1  CAAATTTAGCTTGGTTTATCCA-CACCCTTATAATACTATGCTACAGACA  194
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTTAGCTTGGTTTATCCACCACCCTTATAATACTATGCTACAGACA  194

seq1  TCTCCCCAAGCAAGGAACCATTGGTTGGGCAGGAACTATTACTGAAGGAT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCCAAGCAAGGAACCATTGGTTGGGCAGGAACTATTACTGAAGGAT  244

seq1  GTGACTGGGGATTTTTCTAAGGTGAGGACACTTCAGGAGCTTTGCCAGCT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTGGGGATTTTTCTAAGGTGAGGACACTTCAGGAGCTTTGCCAGCT  294

seq1  CAACCCACCTCCGCAGTAGAGTCCTTCATTGTGGGTGGCCAGCAGCACAG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCACCTCCGCAGTAGAGTCCTTCATTGTGGGTGGCCAGCAGCACAG  344

seq1  CACTGGTGCAGGTTTTAGGTCTTGGCCAATGGCTAATGCTAGCAGTTGAG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGTGCAGGTTTTAGGTCTTGGCCAATGGCTAATGCTAGCAGTTGAG  394

seq1  CAGATATATGTGAGTTCAGCAACCGCGCCAGAAGTTCAAAGGTCACTGGA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATATATGTGAGTTCAGCAACCGCGCCAGAAGTTCAAAGGTCACTGGA  444

seq1  GCCAGGACCACACACAGAGGCCAGCCTCAGGTCCTCTGCCGATGAGTATC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGACCACACACAGAGGCCAGCCTCAGGTCCTCTGCCGATGAGTATC  494

seq1  ATCAACACAGAGGCTATGGAAGCCCTGTCTTGGGTGCATGGCAGTAAGAT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACACAGAGGCTATGGAAGCCCTGTCTTGGGTGCATGGCAGTAAGAT  544

seq1  CTTAGAGATCATTTCCCAAGTTCCAAGTTGTGTATCATTTCACTGGGAGT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAGATCATTTCCCAAGTTCCAAGTTGTGTATCATTTCACTGGGAGT  594

seq1  TATCAGGGTTCACAGCTTGGGGCTAGTTCACGAACACATCAATTTGTCAC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGGGTTCACAGCTTGGGGCTAGTTCACGAACACATCAATTTGTCAC  644

seq1  TTTGTGATGGTACATGGCTGCTCCATTAACACATTAGAACTTGCTTCTAT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGATGGTACATGGCTGCTCCATTAACACATTAGAACTTGCTTCTAT  694

seq1  TTCTTGCCGGAGCTTCTTGGTGGCAGGCTTACAGGCTTACTCTAAGTCAC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGCCGGAGCTTCTTGGTGGCAGGCTTACAGGCTTACTCTAAGTCAC  744

seq1  ACAAAATGGTTTTTAAGTTACACATAATGGTTCCTCTAATGTTTCCAAAC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATGGTTTTTAAGTTACACATAATGGTTCCTCTAATGTTTCCAAAC  794

seq1  CCGTGTTTTCCATACTGTGTGCATCTATATGAACCCATGCAAATTTAATA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGTTTTCCATACTGTGTGCATCTATATGAACCCATGCAAATTTAATA  844

seq1  TAGAGTCAGATCTCTGTATTTATGGGGAACTAGCCCTGAGCTCTACCAAC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTCAGATCTCTGTATTTATGGGGAACTAGCCCTGAGCTCTACCAAC  894

seq1  AATCAGAAGTTCGAGTCTATAAAACAGTAGTTTTGCCAATAACTTATGCT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGAAGTTCGAGTCTATAAAACAGTAGTTTTGCCAATAACTTATGCT  944

seq1  CATCTTTTCTCAGACCTCAGATCTCAAGAGTGATGGCAATAAATTTCTGA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTTCTCAGACCTCAGATCTCAAGAGTGATGGCAATAAATTTCTGA  994

seq1  GGCACTGCAAGGGATGTGTAACAGTTGTTAGACGGCACCGTTTAATGACA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTGCAAGGGATGTGTAACAGTTGTTAGACGGCACCGTTTAATGACA  1044

seq1  GGAAAGAAGTCTGTGCATGATTAGGGCTTCTGATCTTCACAAATAGTTTC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGAAGTCTGTGCATGATTAGGGCTTCTGATCTTCACAAATAGTTTC  1094

seq1  AACCCTCATTTGGTTGAATTC  1115
      |||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTCATTTGGTTGAATTC  1115

seq1: chr13_112984823_112985763
seq2: B6Ng01-198L21.g_67_1008

seq1  GAATTCTTTTACTCTGCTAAAAAAAAAAAAAACAAAAAACCCGCAACTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTACTCTGCTAAAAAAAAAAAAAACAAAAAACCCGCAACTGA  50

seq1  CTGGGTCTGCTCTGCTCTGTGTAACCTGTGTTCAAGGGCTGTGTACTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTCTGCTCTGCTCTGTGTAACCTGTGTTCAAGGGCTGTGTACTAGA  100

seq1  AAGGCCCCATTCATAGCCTTTCATAATTGCTGGTGACCAGATGACCTCCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCCCATTCATAGCCTTTCATAATTGCTGGTGACCAGATGACCTCCG  150

seq1  TCCATGGAAAATGAGAATAATTTGAGAACAGCTTTGTGAAATGCACGGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGGAAAATGAGAATAATTTGAGAACAGCTTTGTGAAATGCACGGGC  200

seq1  CCCGACCTCAGCCAGTCTTTATGGGCTGAATTGTCTTCCTCGGATTCCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGACCTCAGCCAGTCTTTATGGGCTGAATTGTCTTCCTCGGATTCCCA  250

seq1  TGTTAAGGCCGTAATCCCTGGTGAGAAGGCTGTGGAGAGCTTTAAGGAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAGGCCGTAATCCCTGGTGAGAAGGCTGTGGAGAGCTTTAAGGAGC  300

seq1  AGTGGGTGTTACAGATGTCGGCAGGAATGTGGTTCTAATCCAGAAGCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGTGTTACAGATGTCGGCAGGAATGTGGTTCTAATCCAGAAGCTCT  350

seq1  GGAGAAAGGGAAGAGGAGAAAAGTGAGGAGAAGGACGAGGAGAGAGAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAAGGGAAGAGGAGAAAAGTGAGGAGAAGGACGAGGAGAGAGAAGA  400

seq1  AAAGATCAGACTCTGCAGGCATATACCGAGAAAAGGCCATGAGGCATCGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATCAGACTCTGCAGGCATATACCGAGAAAAGGCCATGAGGCATCGA  450

seq1  ACTGGTGCCAATCCATGAAGAGAAGTGTCAGAAAAAACTGACCTTGGCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTGCCAATCCATGAAGAGAAGTGTCAGAAAAAACTGACCTTGGCCT  500

seq1  CCGGACTCCAGAACAGTGAAAACCTACTTTCTGTTGTGTTAGTTGACCGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGACTCCAGAACAGTGAAAACCTACTTTCTGTTGTGTTAGTTGACCGT  550

seq1  GGTCCCAAACAGTCTCACAGGAAGATCCAGCTTAAGCTGGATCACTTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCAAACAGTCTCACAGGAAGATCCAGCTTAAGCTGGATCACTTCCA  600

seq1  AAGTGTGGTCTTGAATGCCCAAGTAGGGGTGTATGTGTGTGTGTGTATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGGTCTTGAATGCCCAAGTAGGGGTGTATGTGTGTGTGTGTATAT  650

seq1  ACAAGCACATGTATGCATGATACACATGTCTGTGAAGCACACATTGAGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCACATGTATGCATGATACACATGTCTGTGAAGCACACATTGAGGG  700

seq1  AAGAGATTATATTCTGCTCTAAAGCACACTCCTACATTTATTGCTCATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGATTATATTCTGCTCTAAAGCACACTCCTACATTTATTGCTCATTC  750

seq1  ATAGACAGTAGGTTTTCAGTAGCTTGATGGCCTTGGTTTAGTCAGTTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACAGTAGGTTTTCAGTAGCTTGATGGCCTTGGTTTAGTCAGTTGTG  800

seq1  AAAGGACAGGTTCCGGCCCAAGACAAAGTTCTCAGCGCGAAGAAGCTGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGACAGGTTCCGGCCCAAGACAAAGTTCTCAGCGCGAAGAAGCTGTA  850

seq1  TTTACTGAAAAGGAACAAAGGTCAGAGAATCAGAGACAAAGACAGGAGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTGAAAAGGAACAAAGGTCAGAGAATCAGAGACAAAGACAGGAGAT  900

seq1  AGAGGATGAGAGAGAAGGGGAAAGGACC-AAGGGGGTGGGGG  941
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  AGAGGATGAGAGAGAAGGGGAAAGGACCTAAGGGGGTTGGGG  942