BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-204C18
Chromosome13 (Build37)
Map Location 79,599,319 - 79,689,329
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG666883
Downstream geneLOC666925, LOC382780, EG666933
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-204C18.bB6Ng01-204C18.g
ACCGA024194GA024195
length1,1801,096
definitionB6Ng01-204C18.b B6Ng01-204C18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,688,162 - 79,689,329)(79,599,319 - 79,600,416)
sequence
gaattcattagctatgctttttaatttgagtaaaagaactcaggtctaga
ttgacacatgatcagatgtacaacttgcattattgatcaaatgtaatctt
atggtgaaagagaatcaattacttcaactatatatgtaacacacaactaa
atatctaataaataatgttgacacgaagatgaacatgtacattaaggtgt
atttcatctcccagtgattcatgtgttggaaacttggcattgttgtgatt
ctcagagttggtggtaccttgagaaagtggagcctgttggaaaatccttg
gctgctcaagggattcctttggaattaattaaagtggtacttatagaatc
cacagttatctctcacaagaattgttataaaaagaaagcctctagccctt
cacacttgctctgacatcctgtctcacaggtggtggctccctcttacata
tacatatgctttcttgatgatactgtctgccaagagttcctcagacctga
gaaattttaaagacaaggcctacagcatccagaattgtgtgataaataaa
tgtttctttctaactgacatagacacagataagtcaatatgtaaaactta
ccagtgcaaatatggtgtaagtcagtttgcataaatttcaaatagaattg
taaataagaggatagtgatggctcttgtgatgcaaattaactattaggaa
actagggaatgttttcttcctatatatagcagctttatttttttttagat
tccttttgcttacattttatgtatttatggagatggggggagtcagagaa
catccatggaagtcagagcctagtccatcacaagactaggaatgggagtc
atatagcttctaccattcaggaaaagggattgacctcatgtgttcagggt
tggcagaaactgcctttacccactacccactgggtcaactcactggtaaa
gctggatattttaataaatgtgcaatgactgcatgtatttgtggcttaaa
acgtgatgttacatgtattggcaactttaaaatgtgttaaacatgtaatc
tcgtccaataactaggagtcttagattagaaaattcaaaatcctttaact
tctattttttatggcagttatatgattcaccattatcctgttacctaaca
ttactgaagaaaaccacctaattaaattat

gaattccaccctcattatctaaatacaagctcattaattcctccaaagtc
ctatatacaagtatagttgtactggatatagagcagaaagataagtttga
aaggtcacaattctttccataacaaaaatgaataagcatttcatttgcat
aacccttaggtacacagaagcctctataggcctaactttctcctaaataa
tgttacaaatatgctttcatttccagggattgaagacaattcctggttga
gagcacagttaattgtgagtagggctaggggtaatgtaatcaaaactctt
tcttactggagtaggtgtaaatattttcctctggtggtaactagtcatta
attaaattcgctaatcccagaagccagactttgctccagaatagaaaaca
tgaaggatttcaaatatgtaaaacaaaacaaaacaacaacaaaaaacccc
aaacaaatatacaaaaaaacctttaaaaatcaaaacacaaacaaaagtat
atatagctatctaggaaacaccaaagagtaatagctatgagtaggagtca
ctctgaatgtgttttaaaattgtatatggtctctagtcaagaccctctat
aataaaatatatatatatatatatatatggaacatcttttaaattttatc
agtacctagggcaaaatcttacccctagataaaggattataggtaacaaa
ggattgatgagaactggaatattattctttcccaaagacccaccactcaa
ttgattatctagtcctaaatggtgcatcctaagagcacatagatataaga
aacactaaacagactcaacaggttgtagttaaatatatatgcatacaaac
atatatatatatatatatatatatatagatagatagatagatagatagat
acatacgtacatacatacatacatacatacatatatacaaacgaaccatc
actcaaacacacatatagaaaaagaggacctagctctcagagggaagttt
ggtgtctcaggacttttggagggagcaagagaggagaaaaataatgaaaa
ttaatataatctttttaattagaaaaaatcagatctaagagttagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_79688162_79689329
seq2: B6Ng01-204C18.b_42_1221 (reverse)

seq1  ATAATTTA--TA-GTG--TTTC-TCAGT-ATGGTAGGT-ACA-GATAATG  41
      ||||||||  || |||  |||| ||||| ||| ||||| ||| |||||||
seq2  ATAATTTAATTAGGTGGTTTTCTTCAGTAATGTTAGGTAACAGGATAATG  50

seq1  GTG-ATCATAT-ACTGCCAT--AAAATAGGAG-TAAAGGATTTTTAATTT  86
      ||| ||||||| ||||||||  ||||||| || ||||||||||| |||||
seq2  GTGAATCATATAACTGCCATAAAAAATAGAAGTTAAAGGATTTTGAATTT  100

seq1  TCTTAATCTAAGACTCCTAGTTATTTGACGAGATTACATGTTTAACACAT  136
      || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| 
seq2  TC-TAATCTAAGACTCCTAGTTATTGGACGAGATTACATGTTTAACACA-  148

seq1  TTTTAAAGTTGCCAATACATGTAAACATCACGTTTTAAGCCACAAATACA  186
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAGTTGCCAATACATGT-AACATCACGTTTTAAGCCACAAATACA  197

seq1  TGCAGTCATTGCACATTTATTAAAAATATCCAGCTTTACCAGTGAGTTGA  236
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTCATTGCACATTTATT-AAAATATCCAGCTTTACCAGTGAGTTGA  246

seq1  CCCAGTGGGTAGTGGGTAAAGGCAGTTTCTGCCAACCCTGAACACATGAG  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTGGGTAGTGGGTAAAGGCAGTTTCTGCCAACCCTGAACACATGAG  296

seq1  GTCAATCCCTTTTCCTGAATGGTAGAAGCTATATGACTCCCATTCCTAGT  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATCCCTTTTCCTGAATGGTAGAAGCTATATGACTCCCATTCCTAGT  346

seq1  CTTGTGATGGACTAGGCTCTGACTTCCATGGATGTTCTCTGACT-CCCCC  385
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTTGTGATGGACTAGGCTCTGACTTCCATGGATGTTCTCTGACTCCCCCC  396

seq1  ATCTCCATAAATACATAAAATGTAAGCAAAAGGAATCT-AAAAAAAATAA  434
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATCTCCATAAATACATAAAATGTAAGCAAAAGGAATCTAAAAAAAAATAA  446

seq1  AGCTGCTATATATAGGAAGAAAACATTCCCTAGTTTCCTAATAGTTAATT  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCTATATATAGGAAGAAAACATTCCCTAGTTTCCTAATAGTTAATT  496

seq1  TGCATCACAAGAGCCATCACTATCCTCTTATTTACAATTCTATTTGAAAT  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCACAAGAGCCATCACTATCCTCTTATTTACAATTCTATTTGAAAT  546

seq1  TTATGCAAACTGACTTACACCATATTTGCACTGGTAAGTTTTACATATTG  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCAAACTGACTTACACCATATTTGCACTGGTAAGTTTTACATATTG  596

seq1  ACTTATCTGTGTCTATGTCAGTTAGAAAGAAACATTTATTTATCACACAA  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATCTGTGTCTATGTCAGTTAGAAAGAAACATTTATTTATCACACAA  646

seq1  TTCTGGATGCTGTAGGCCTTGTCTTTAAAATTTCTCAGGTCTGAGGAACT  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGATGCTGTAGGCCTTGTCTTTAAAATTTCTCAGGTCTGAGGAACT  696

seq1  CTTGGCAGACAGTATCATCAAGAAAGCATATGTATATGTAAGAGGGAGCC  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCAGACAGTATCATCAAGAAAGCATATGTATATGTAAGAGGGAGCC  746

seq1  ACCACCTGTGAGACAGGATGTCAGAGCAAGTGTGAAGGGCTAGAGGCTTT  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCTGTGAGACAGGATGTCAGAGCAAGTGTGAAGGGCTAGAGGCTTT  796

seq1  CTTTTTATAACAATTCTTGTGAGAGATAACTGTGGATTCTATAAGTACCA  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTATAACAATTCTTGTGAGAGATAACTGTGGATTCTATAAGTACCA  846

seq1  CTTTAATTAATTCCAAAGGAATCCCTTGAGCAGCCAAGGATTTTCCAACA  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATTAATTCCAAAGGAATCCCTTGAGCAGCCAAGGATTTTCCAACA  896

seq1  GGCTCCACTTTCTCAAGGTACCACCAACTCTGAGAATCACAACAATGCCA  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCACTTTCTCAAGGTACCACCAACTCTGAGAATCACAACAATGCCA  946

seq1  AGTTTCCAACACATGAATCACTGGGAGATGAAATACACCTTAATGTACAT  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCAACACATGAATCACTGGGAGATGAAATACACCTTAATGTACAT  996

seq1  GTTCATCTTCGTGTCAACATTATTTATTAGATATTTAGTTGTGTGTTACA  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATCTTCGTGTCAACATTATTTATTAGATATTTAGTTGTGTGTTACA  1046

seq1  TATATAGTTGAAGTAATTGATTCTCTTTCACCATAAGATTACATTTGATC  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAGTTGAAGTAATTGATTCTCTTTCACCATAAGATTACATTTGATC  1096

seq1  AATAATGCAAGTTGTACATCTGATCATGTGTCAATCTAGACCTGAGTTCT  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGCAAGTTGTACATCTGATCATGTGTCAATCTAGACCTGAGTTCT  1146

seq1  TTTACTCAAATTAAAAAGCATAGCTAATGAATTC  1168
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTCAAATTAAAAAGCATAGCTAATGAATTC  1180


seq1: chr13_79599319_79600416
seq2: B6Ng01-204C18.g_64_1159

seq1  GAATTCCACCCTCATTATCTAAATACAAGCTCATTAATTCCTCCAAAGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCCTCATTATCTAAATACAAGCTCATTAATTCCTCCAAAGTC  50

seq1  CTATATACAAGTATAGTTGTACTGGATATAGAGCAGAAAGATAAGTTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATACAAGTATAGTTGTACTGGATATAGAGCAGAAAGATAAGTTTGA  100

seq1  AAGGTCACAATTCTTTCCATAACAAAAATGAATAAGCATTTCATTTGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCACAATTCTTTCCATAACAAAAATGAATAAGCATTTCATTTGCAT  150

seq1  AACCCTTAGGTACACAGAAGCCTCTATAGGCCTAACTTTCTCCTAAATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTTAGGTACACAGAAGCCTCTATAGGCCTAACTTTCTCCTAAATAA  200

seq1  TGTTACAAATATGCTTTCATTTCCAGGGATTGAAGACAATTCCTGGTTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACAAATATGCTTTCATTTCCAGGGATTGAAGACAATTCCTGGTTGA  250

seq1  GAGCACAGTTAATTGTGAGTAGGGCTAGGGGTAATGTAATCAAAACTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACAGTTAATTGTGAGTAGGGCTAGGGGTAATGTAATCAAAACTCTT  300

seq1  TCTTACTGGAGTAGGTGTAAATATTTTCCTCTGGTGGTAACTAGTCATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACTGGAGTAGGTGTAAATATTTTCCTCTGGTGGTAACTAGTCATTA  350

seq1  ATTAAATTCGCTAATCCCAGAAGCCAGACTTTGCTCCAGAATAGAAAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATTCGCTAATCCCAGAAGCCAGACTTTGCTCCAGAATAGAAAACA  400

seq1  TGAAGGATTTCAAATATGTAAAACAAAACAAAACAACAACAAAAAACCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGATTTCAAATATGTAAAACAAAACAAAACAACAACAAAAAACCCC  450

seq1  AAACAAATATACAAAAAAACCTTTAAAAATCAAAACACAAACAAAAGTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAATATACAAAAAAACCTTTAAAAATCAAAACACAAACAAAAGTAT  500

seq1  ATATAGCTATCTAGGAAACACCAAAGAGTAATAGCTATGAGTAGGAGTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGCTATCTAGGAAACACCAAAGAGTAATAGCTATGAGTAGGAGTCA  550

seq1  CTCTGAATGTGTTTTAAAATTGTATATGGTCTCTAGTCAAGACCCTCTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAATGTGTTTTAAAATTGTATATGGTCTCTAGTCAAGACCCTCTAT  600

seq1  AATAAAATATATATATATATATATATATGGAACATCTTTTAAATTTTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAATATATATATATATATATATATGGAACATCTTTTAAATTTTATC  650

seq1  AGTACCTAGGGCAAAATCTTACCCCTAGATAAAGGATTATAGGTAACAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCTAGGGCAAAATCTTACCCCTAGATAAAGGATTATAGGTAACAAA  700

seq1  GGATTGATGAGAACTGGAATATTATTCTTTCCCAAAGACCCACCACTCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGATGAGAACTGGAATATTATTCTTTCCCAAAGACCCACCACTCAA  750

seq1  TTGATTATCTAGTCCTAAATGGTGCATCCTAAGAGCACATAGATATAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTATCTAGTCCTAAATGGTGCATCCTAAGAGCACATAGATATAAGA  800

seq1  AACACTAAACAGACTCAACAGGTTGTAGTTAAATATATATGCATACAAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTAAACAGACTCAACAGGTTGTAGTTAAATATATATGCATACAAAC  850

seq1  ATATATATATATATATATATATATATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATATATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT  900

seq1  ACATACATACATACATACATACATACATACATATATACAAACAAACAATC  950
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
seq2  ACATACGTACATACATACATACATACATACATATATACAAACGAACCATC  950

seq1  ACTCAAACACACATATAGAAAAAGAGGACCTAGCTCTCAGAGGG-AGTTT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACTCAAACACACATATAGAAAAAGAGGACCTAGCTCTCAGAGGGAAGTTT  1000

seq1  GGTGTCTCAGGGACTTTTGGAGGGAGCAAAGAGAAGGGAGAAAATAATGA  1049
      ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | || ||||||||||
seq2  GGTGTCTCA-GGACTTTTGGAGGGAGC-AAGAGAGGAGA-AAAATAATGA  1047

seq1  AA--TTATAT-ATCTTTTTAATTAAGGAAAAAATCAGAACCAAAGAGTTA  1096
      ||  | |||| |||||||||||||  ||||||||||| | | ||||||||
seq2  AAATTAATATAATCTTTTTAATTA--GAAAAAATCAG-ATCTAAGAGTTA  1094

seq1  GT  1098
      ||
seq2  GT  1096


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |