BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-206P10
Chromosome13 (Build37)
Map Location 36,978,586 - 37,141,986
singlet/doubletdoublet
Overlap geneF13a1
Upstream geneRpp40, LOC100041568, Ppp1r3g, Lyrm4, LOC100042773, Fars2, LOC100041590, LOC666758, Nrn1
Downstream geneLy86, LOC100042794, LOC100042800, LOC100042802, LOC100041624, Rreb1, Ssr1, Cage1, Riok1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-206P10.bB6Ng01-206P10.g
ACCGA026240GA026241
length796674
definitionB6Ng01-206P10.b B6Ng01-206P10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,978,586 - 36,979,379)(37,141,313 - 37,141,986)
sequence
gaattcttgttgctctatgatgcctcctttccgttatgcgaaccctgtta
ttcagctgtcctgagaggtgagacaggagtgcgcacatcagagccttgga
gctcacacagagtccagagtgacactgttttcactgtctcccttgacaga
cagctggggtcctgcctgactaacagccgtgggtgggtgtaagcacagaa
agctgtggaagaagcccctcatctggcatcctctgggagaagacaacttc
agagagaagaggcctccgtccctcctccttcccttgcccttagcgtcccc
ctcctgaaggagagggctaagttctggtgattgggccagagtcactgtgg
agcagggaggctaatgagtgtgggaggcttttttggttttgtttttttgt
tgttttaaattggatacatggaagatagtatggtttggatcttaaatatc
tcccagagggcttaggctacaagtgtgagatatggagacattaaggcttg
tggaagaaagttatgtcactaggggtatgttcttgaaggagataccagga
ccctggcatcttcctactttcatcttttcctggatattgtagtcctctgc
tatatgttccaaacattatgcagcataaacaactgaccagagactgatac
tctgaaactgtggtccagagtcatcttttcctccttttagttgatatata
tgaagtatatatcacatgatatatgtacacacatataaacaaaaatataa
caaacattaacatatattataaaatacatatttatattatgtatat
gaattcctaaccaatagcatctctttgaaatgtgaagattgcgtgtcaga
atcagacatctggagactatgagagcatttagatggatctgtggttaaaa
tcaatggttaaacatgtggccatatcaaaataaagataggcaaattctgg
ggtggataactttctttcctttctctgtaagtcttggagatacaccagaa
tgctccaaggcaaaacaaagcatttccagcttgggtgacactcttgaggg
tatctgtccatcagttctgacgctggacttcaatgtggctgtactacagg
aagttctgtggtttggctggggctggggctggggctggggctggggctgg
ggctggggctggggctggggctggggctggggctggatctgtgggggaat
tcaggacgcaattttctttgcacaagatggactcattgctctttctttat
gcatggtcaccactgtctgtgtgacctgtctgtgaaaaggcagatcctcc
cttctgccagctcaccaccctggcaaggcatttccacaggataaaaaaat
gtccctttagcccttctgacccagcaagagggcagaagagaggctggctc
acactccagtgccatttgccagttgctagtagtagccagaggaggggaaa
ggctgactgggggtctgggggtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_36978586_36979379
seq2: B6Ng01-206P10.b_45_840

seq1  GAATTCTTGTTGCTCTATGATGCCTCCTTTCCGTTATGCGAACCCTGTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTTGCTCTATGATGCCTCCTTTCCGTTATGCGAACCCTGTTA  50

seq1  TTCAGCTGTCCTGAGAGGTGAGACAGGAGTGCGCACATCAGAGCCTTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTGTCCTGAGAGGTGAGACAGGAGTGCGCACATCAGAGCCTTGGA  100

seq1  GCTCACACAGAGTCCAGAGTGACACTGTTTTCACTGTCTCCCTTGACAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACACAGAGTCCAGAGTGACACTGTTTTCACTGTCTCCCTTGACAGA  150

seq1  CAGCTGGGGTCCTGCCTGACTAACAGCCGTGGGTGGGTGTAAGCACAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGGGTCCTGCCTGACTAACAGCCGTGGGTGGGTGTAAGCACAGAA  200

seq1  AGCTGTGGAAGAAGCCCCTCATCTGGCATCCTCTGGGAGAAGACAACTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGGAAGAAGCCCCTCATCTGGCATCCTCTGGGAGAAGACAACTTC  250

seq1  AGAGAGAAGAGGCCTCCGTCCCTCCTCCTTCCCTTGCCCTTAGCGTCCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAAGAGGCCTCCGTCCCTCCTCCTTCCCTTGCCCTTAGCGTCCCC  300

seq1  CTCCTGAAGGAGAGGGCTAAGTTCTGGTGATTGGGCCAGAGTCACTGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGAAGGAGAGGGCTAAGTTCTGGTGATTGGGCCAGAGTCACTGTGG  350

seq1  AGCAGGGAGGCTAATGAGTGTGGGAGGCTTTTTTGGTTTTGTTTTTTTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGGAGGCTAATGAGTGTGGGAGGCTTTTTTGGTTTTGTTTTTTTGT  400

seq1  TGTTTTAAATTGGATACATGGAAGATAGTATGGTTTGGATCTTAAATATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTAAATTGGATACATGGAAGATAGTATGGTTTGGATCTTAAATATC  450

seq1  TCCCAGAGGGCTTAGGCTACAAGTGTGAGATATGGAGACATTAAGGCTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGAGGGCTTAGGCTACAAGTGTGAGATATGGAGACATTAAGGCTTG  500

seq1  TGGAAGAAAGTTATGTCACTAGGGGTATGTTCTTGAAGGAGATACCAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGAAAGTTATGTCACTAGGGGTATGTTCTTGAAGGAGATACCAGGA  550

seq1  CCCTGGCATCTTCCTACTTTCATCTTTTCCTGGATATTGTAGTCCTCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGCATCTTCCTACTTTCATCTTTTCCTGGATATTGTAGTCCTCTGC  600

seq1  TATATGTTCCAAACATTATGCAGCATAAACAACTGACCAGAGACTGATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTTCCAAACATTATGCAGCATAAACAACTGACCAGAGACTGATAC  650

seq1  TCTGAAACTGTGGTCCAGAGTCATCTTTTCCTCCTTTTAGTTGATATATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAACTGTGGTCCAGAGTCATCTTTTCCTCCTTTTAGTTGATATATA  700

seq1  TGAAGTATATATCACATGATATATGTACACACATATAA--CAAAATATAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||
seq2  TGAAGTATATATCACATGATATATGTACACACATATAAACAAAAATATAA  750

seq1  CAAACA-TAACATATATAATAAAATACATATTTTATATTATGTATAT  794
      |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAAACATTAACATATATTATAAAATACATA-TTTATATTATGTATAT  796

seq1: chr13_37141313_37141986
seq2: B6Ng01-206P10.g_65_738 (reverse)

seq1  CCACCCCCAGACCCCCAGTCAGCCTTTCCCCTCCTCTGGCTACTACTAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCCCAGACCCCCAGTCAGCCTTTCCCCTCCTCTGGCTACTACTAGC  50

seq1  AACTGGCAAATGGCACTGGAGTGTGAGCCAGCCTCTCTTCTGCCCTCTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGCAAATGGCACTGGAGTGTGAGCCAGCCTCTCTTCTGCCCTCTTG  100

seq1  CTGGGTCAGAAGGGCTAAAGGGACATTTTTTTATCCTGTGGAAATGCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTCAGAAGGGCTAAAGGGACATTTTTTTATCCTGTGGAAATGCCTT  150

seq1  GCCAGGGTGGTGAGCTGGCAGAAGGGAGGATCTGCCTTTTCACAGACAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGGTGGTGAGCTGGCAGAAGGGAGGATCTGCCTTTTCACAGACAGG  200

seq1  TCACACAGACAGTGGTGACCATGCATAAAGAAAGAGCAATGAGTCCATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACAGACAGTGGTGACCATGCATAAAGAAAGAGCAATGAGTCCATCT  250

seq1  TGTGCAAAGAAAATTGCGTCCTGAATTCCCCCACAGATCCAGCCCCAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAAAGAAAATTGCGTCCTGAATTCCCCCACAGATCCAGCCCCAGCC  300

seq1  CCAGCCCCAGCCCCAGCCCCAGCCCCAGCCCCAGCCCCAGCCCCAGCCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCCAGCCCCAGCCCCAGCCCCAGCCCCAGCCCCAGCCCCAGCCCC  350

seq1  AGCCCCAGCCAAACCACAGAACTTCCTGTAGTACAGCCACATTGAAGTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCAGCCAAACCACAGAACTTCCTGTAGTACAGCCACATTGAAGTCC  400

seq1  AGCGTCAGAACTGATGGACAGATACCCTCAAGAGTGTCACCCAAGCTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTCAGAACTGATGGACAGATACCCTCAAGAGTGTCACCCAAGCTGGA  450

seq1  AATGCTTTGTTTTGCCTTGGAGCATTCTGGTGTATCTCCAAGACTTACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTTGTTTTGCCTTGGAGCATTCTGGTGTATCTCCAAGACTTACAG  500

seq1  AGAAAGGAAAGAAAGTTATCCACCCCAGAATTTGCCTATCTTTATTTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGAAAGAAAGTTATCCACCCCAGAATTTGCCTATCTTTATTTTGA  550

seq1  TATGGCCACATGTTTAACCATTGATTTTAACCACAGATCCATCTAAATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCCACATGTTTAACCATTGATTTTAACCACAGATCCATCTAAATGC  600

seq1  TCTCATAGTCTCCAGATGTCTGATTCTGACACGCAATCTTCACATTTCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATAGTCTCCAGATGTCTGATTCTGACACGCAATCTTCACATTTCAA  650

seq1  AGAGATGCTATTGGTTAGGAATTC  674
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGCTATTGGTTAGGAATTC  674