BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-209I22
Chromosome13 (Build37)
Map Location 109,997,736 - 110,116,229
singlet/doubletdoublet
Overlap genePde4d, LOC100040968
Upstream geneLOC668123, LOC621498, Elovl7, LOC668129, LOC100040524, Depdc1b, EG668144, LOC621663
Downstream geneLOC100040577, Rab3c, EG432803
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-209I22.bB6Ng01-209I22.g
ACCGA028144GA028145
length1,1221,127
definitionB6Ng01-209I22.b B6Ng01-209I22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(110,115,112 - 110,116,229)(109,997,736 - 109,998,882)
sequence
gaattcttcctgggttcatgacaaacctcaaatccttagcatggcaccca
accaagtctttccttttgtgttttctctgcgatcatacatcatcatttgt
cttaggatgttccttgcctcagttctgctacttctgctgatacagtggag
gttgtgggaaggtaaaggatagatcattcatataaccacagcaacttcat
ctatataaactatataatccctgtaggagggtggtagtgctgaggaaaat
gaaaaccattttcactcaaaatgtcttatacaggcacccatgtgaaaagt
gggcttcttagcggccaataagaaaaggggacaccatcttgtatgacatt
tagaatcattcagaactcaaatctacccttttcactagatgctactgtgt
agacatgtcccctgggaacttccttggaaaacactgaaacaacacacact
ccttttagcataaagttttactaatagtatgcgatcctaagaccaagaaa
ggtttggcgtttgggtgttttgttctgttttcttgatagggttcttgggc
atcccaaactgacttcaaactctgtagctgaggctgagccttaaacctct
gcccctcctgcttctacctcttgggatctagaatttcaggcatgtgtccc
tatgcctagttaatctggtacacgggattaagctcagggctgtggggatg
ctgggaaggcattctgctaattgagccacatcttgaaaaaatatatttcg
gttaaaaagaagcagaaaaaaagtcagtctactgcccattgccatgaata
aacttgggttacattacctcctaaaactaccaaggaccacttcacatctc
atttctgggaagcttctgggaattgcccatatcagccttgagacatgagc
accaatcaaaggaatatgtctcatctttccgaaccctttagtcctcataa
ctttgctgattttcagatagcctttttttttataaaaaaaaacacatggc
tagtagcactgtctctggggcttgcacctatgtatatccttagcagaaaa
accgatgaaccatgcatacttacgcagcatcactcacggacgggcgtctg
atggatcacctgtacacggctt

gaattcattgtgccttctggttaagtcaacaaaggttattggttttatga
aaatctcaaatgcttagatgttttagtttgaatttgtgctctctcatata
ttctctttggcttggccctcaattcagcatattcacatatgagactttgg
ggatatgattgagtcttgagggctctggcgttatctgtggtgcatactgc
agtggacttacaacgtgagagagagccttgcttgaagggatggacccttt
caggagtttaccccactggaagaccactggtggccagcctttgagagtca
catcctgttctcagatcttgtctcaggatatctctttctgacatcctaga
gagaagtacctaccttcaccacacatactaggccagtctcttctgcctca
ccttggccccacaatagtggagcccaggtaccgtagacggaaacttctga
aagcaggagctaaggcagagcctccctcctttgtttctcaggcattctgt
caacagcaacgataagctgactgagacaggaccatgcctagctgcacatc
acatgcttggtaaacatttgcgctagtgggagatcttttgaggtttagct
taatgcacgtgccgcttggtcacacgcgcacgcacacacgcaggcgcaca
cttccaagaggctttctgtctctctctgagtgtgttcttagtgaaaggaa
tctaaatgttgaaggttatttttatggacttggaatatttcccaactgtc
taaataaaatgaagttatttcagtctcgttcatgaacaagtgttgagcag
ggcagagccgaggacagcccagactagaaaggaaaggatttatgcaagtt
gatgcaagttgttcttaacagccaggtggctagatacaggcctactgtgt
gtcagccactcccagtgcctcttcagctgtcatgctcacagcctgccagg
gcctgggatgcagcgcagcatggtctgatggtagagtcactacatgctga
tacggcttagcaccaatgtctgctctagtatcctcatacgtagaaagatt
attcctatatgtatcgaatcccaccattgttgcactgagttaggtgtgca
gcaggcagaaggtttaaaaaacatact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_110115112_110116229
seq2: B6Ng01-209I22.b_47_1168 (reverse)

seq1  AAGCCGTG-CCACGTGATCCCTCCGAACGCCCGTCCGGTGGTGATGCTGC  49
      ||||||||  || ||||||| || | |||||||||||   ||||||||||
seq2  AAGCCGTGTACAGGTGATCCATCAG-ACGCCCGTCCGTGAGTGATGCTGC  49

seq1  GTAAGTCTGCATGTATCATCTGTTCTCCTGCTAAGGATTATACATA-GTG  98
      |||||| ||||||  ||||| ||| | |||||||||| |||||||| |||
seq2  GTAAGTATGCATGGTTCATCGGTTTTTCTGCTAAGGA-TATACATAGGTG  98

seq1  CAAGCCCCAGAGACAGTGCTACTAGCCATGTGTTTTTTTTTAAAAAAAAA  148
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CAAGCCCCAGAGACAGTGCTACTAGCCATGTGTTTTTTTTTATAAAAAAA  148

seq1  AAAGCTATCTGAAAATCAGCAAAGTTATGA-GACTAAAGGGTTCGGAAAG  197
      || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTATCTGAAAATCAGCAAAGTTATGAGGACTAAAGGGTTCGGAAAG  198

seq1  ATGAGACATATTCCTTTGATTGGTGCTCATGTCTCAAGGCTGATATGGGC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGACATATTCCTTTGATTGGTGCTCATGTCTCAAGGCTGATATGGGC  248

seq1  AATT-CCAGAAGCTT-CCAGAAATGAGATGTGAAGTGGTCCTTGGTAGTT  295
      |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCCAGAAGCTTCCCAGAAATGAGATGTGAAGTGGTCCTTGGTAGTT  298

seq1  TTAGGAGGTAATGTAA-CCAAGTTTATTCATGGCAATGGGCAGTAGACTG  344
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAGGTAATGTAACCCAAGTTTATTCATGGCAATGGGCAGTAGACTG  348

seq1  ACTTTTTTTCTGCTTCTTTTTAACCGAAATATATTTTTTCAAGATGTGGC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTTTCTGCTTCTTTTTAACCGAAATATATTTTTTCAAGATGTGGC  398

seq1  TCAATTAGCAGAATGCCTTCCCAGCATCCCCACAGCCCTGAGCTTAATCC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTAGCAGAATGCCTTCCCAGCATCCCCACAGCCCTGAGCTTAATCC  448

seq1  CGTGTACCAGATTAACTAGGCATAGGGACACATGCCTGAAATTCTAGATC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTACCAGATTAACTAGGCATAGGGACACATGCCTGAAATTCTAGATC  498

seq1  CCAAGAGGTAGAAGCAGGAGGGGCAGAGGTTTAAGGCTCAGCCTCAGCTA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAGGTAGAAGCAGGAGGGGCAGAGGTTTAAGGCTCAGCCTCAGCTA  548

seq1  CAGAGTTTGAAGTCAGTTTGGGATGCCCAAGAACCCTATCAAGAAAACAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTTTGAAGTCAGTTTGGGATGCCCAAGAACCCTATCAAGAAAACAG  598

seq1  AACAAAACACCCAAACGCCAAACCTTTCTTGGTCTTAGGATCGCATACTA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAACACCCAAACGCCAAACCTTTCTTGGTCTTAGGATCGCATACTA  648

seq1  TTAGTAAAACTTTATGCTAAAAGGAGTGTGTGTTGTTTCAGTGTTTTCCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAAAACTTTATGCTAAAAGGAGTGTGTGTTGTTTCAGTGTTTTCCA  698

seq1  AGGAAGTTCCCAGGGGACATGTCTACACAGTAGCATCTAGTGAAAAGGGT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGTTCCCAGGGGACATGTCTACACAGTAGCATCTAGTGAAAAGGGT  748

seq1  AGATTTGAGTTCTGAATGATTCTAAATGTCATACAAGATGGTGTCCCCTT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTGAGTTCTGAATGATTCTAAATGTCATACAAGATGGTGTCCCCTT  798

seq1  TTCTTATTGGCCGCTAAGAAGCCCACTTTTCACATGGGTGCCTGTATAAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATTGGCCGCTAAGAAGCCCACTTTTCACATGGGTGCCTGTATAAG  848

seq1  ACATTTTGAGTGAAAATGGTTTTCATTTTCCTCAGCACTACCACCCTCCT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTGAGTGAAAATGGTTTTCATTTTCCTCAGCACTACCACCCTCCT  898

seq1  ACAGGGATTATATAGTTTATATAGATGAAGTTGCTGTGGTTATATGAATG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGATTATATAGTTTATATAGATGAAGTTGCTGTGGTTATATGAATG  948

seq1  ATCTATCCTTTACCTTCCCACAACCTCCACTGTATCAGCAGAAGTAGCAG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCCTTTACCTTCCCACAACCTCCACTGTATCAGCAGAAGTAGCAG  998

seq1  AACTGAGGCAAGGAACATCCTAAGACAAATGATGATGTATGATCGCAGAG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGGCAAGGAACATCCTAAGACAAATGATGATGTATGATCGCAGAG  1048

seq1  AAAACACAAAAGGAAAGACTTGGTTGGGTGCCATGCTAAGGATTTGAGGT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACAAAAGGAAAGACTTGGTTGGGTGCCATGCTAAGGATTTGAGGT  1098

seq1  TTGTCATGAACCCAGGAAGAATTC  1118
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCATGAACCCAGGAAGAATTC  1122


seq1: chr13_109997736_109998882
seq2: B6Ng01-209I22.g_70_1196

seq1  GAATTCATTGTGCCTTCTGGTTAAGTCAACAAAGGTTATTGGTTTTATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGTGCCTTCTGGTTAAGTCAACAAAGGTTATTGGTTTTATGA  50

seq1  AAATCTCAAATGCTTAGATGTTTTAGTTTGAATTTGTGCTCTCTCATATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTCAAATGCTTAGATGTTTTAGTTTGAATTTGTGCTCTCTCATATA  100

seq1  TTCTCTTTGGCTTGGCCCTCAATTCAGCATATTCACATATGAGACTTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTTGGCTTGGCCCTCAATTCAGCATATTCACATATGAGACTTTGG  150

seq1  GGATATGATTGAGTCTTGAGGGCTCTGGCGTTATCTGTGGTGCATACTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATGATTGAGTCTTGAGGGCTCTGGCGTTATCTGTGGTGCATACTGC  200

seq1  AGTGGACTTACAACGTGAGAGAGAGCCTTGCTTGAAGGGATGGACCCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGACTTACAACGTGAGAGAGAGCCTTGCTTGAAGGGATGGACCCTTT  250

seq1  CAGGAGTTTACCCCACTGGAAGACCACTGGTGGCCAGCCTTTGAGAGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGTTTACCCCACTGGAAGACCACTGGTGGCCAGCCTTTGAGAGTCA  300

seq1  CATCCTGTTCTCAGATCTTGTCTCAGGATATCTCTTTCTGACATCCTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTGTTCTCAGATCTTGTCTCAGGATATCTCTTTCTGACATCCTAGA  350

seq1  GAGAAGTACCTACCTTCACCACACATACTAGGCCAGTCTCTTCTGCCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGTACCTACCTTCACCACACATACTAGGCCAGTCTCTTCTGCCTCA  400

seq1  CCTTGGCCCCACAATAGTGGAGCCCAGGTACCGTAGACGGAAACTTCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGCCCCACAATAGTGGAGCCCAGGTACCGTAGACGGAAACTTCTGA  450

seq1  AAGCAGGAGCTAAGGCAGAGCCTCCCTCCTTTGTTTCTCAGGCATTCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGAGCTAAGGCAGAGCCTCCCTCCTTTGTTTCTCAGGCATTCTGT  500

seq1  CAACAGCAACGATAAGCTGACTGAGACAGGACCATGCCTAGCTGCACATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGCAACGATAAGCTGACTGAGACAGGACCATGCCTAGCTGCACATC  550

seq1  ACATGCTTGGTAAACATTTGCGCTAGTGGGAGATCTTTTGAGGTTTAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTTGGTAAACATTTGCGCTAGTGGGAGATCTTTTGAGGTTTAGCT  600

seq1  TAATGCACGTGCCGCTTGGTCACACGCGCACGCACACACGCAGGCGCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCACGTGCCGCTTGGTCACACGCGCACGCACACACGCAGGCGCACA  650

seq1  CTTCCAAGAGGCTTTCTGTCTCTCTCTGAGTGTGTTCTTAGTGAAAGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAAGAGGCTTTCTGTCTCTCTCTGAGTGTGTTCTTAGTGAAAGGAA  700

seq1  TCTAAATGTTGAAGGTTATTTTTATGGACTTGGAATATTTCCCAACTGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAATGTTGAAGGTTATTTTTATGGACTTGGAATATTTCCCAACTGTC  750

seq1  TAAATAAAATGAAGTTATTTCAGGTCTCGTTCATGAACAAGTGTTGAGCA  800
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAAATGAAGTTATTTCA-GTCTCGTTCATGAACAAGTGTTGAGCA  799

seq1  GGGCAGAGCCGAGGACAGCCCAGACTAGAAAGGAAAGGATTTATGCAAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGAGCCGAGGACAGCCCAGACTAGAAAGGAAAGGATTTATGCAAGT  849

seq1  TGATGCAAGTTGTTCTTAACAGCCAGGTGGCTAGATACAGGCCTACTGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCAAGTTGTTCTTAACAGCCAGGTGGCTAGATACAGGCCTACTGTG  899

seq1  TGTCAGCCACTCCCAGTGCCTCTTCAGCCTGGCCATGCTCACAGCCTGCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||
seq2  TGTCAGCCACTCCCAGTGCCTCTTCAGC--TGTCATGCTCACAGCCTGCC  947

seq1  AGGGCCTGGGATGCAGCCGCAGCCAATGGTCTGATGGTAGAGTCACTAAC  1000
      |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGGGCCTGGGATGCAG-CGCAGC--ATGGTCTGATGGTAGAGTCACT-AC  993

seq1  AATGGCTGATAACGGCTTAGCACCAATGTCTGCTCTAAGTAT-CTCATAC  1049
      |   |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  A--TGCTGAT-ACGGCTTAGCACCAATGTCTGCTCT-AGTATCCTCATAC  1039

seq1  GTAAGAAAGGATTTAATCCTTATATGTATCCGATCCCACCATTGTGCCCA  1099
      || ||||| ||||  || | ||||||||||  |||||||||||||   ||
seq2  GT-AGAAA-GATT--ATTCCTATATGTATCGAATCCCACCATTGT-TGCA  1084

seq1  CTGGAGTA-GTGTGCAAGCCAAGGAAGAGAAAGGTTAAAAAAACATACT  1147
      |||   || |||||| |||  ||| ||   |||||| ||||||||||||
seq2  CTGAGTTAGGTGTGC-AGC--AGGCAG---AAGGTTTAAAAAACATACT  1127


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |