BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-210G16
Chromosome13 (Build37)
Map Location 113,426,490 - 113,629,921
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDdx4, 9130023D20Rik, Ppap2a
Upstream geneLOC100040666, Mier3, Map3k1, LOC668181, LOC100040716, LOC100041161, LOC100041175, Ankrd55, LOC100040725, Il6st, Il31ra, LOC100041240
Downstream geneLOC100041282, Skiv2l2, Dhx29, LOC667756, Ccnu, EG622408, EG622422, 2310016C16Rik, Cdc20b, Gzma, 1700084D21Rik, Gzmk, Esm1, BC067074, LOC100040888, Snag1, Hspb3, EG632832, LOC622701, LOC100040927, Arl15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-210G16.bB6Ng01-210G16.g
ACCGA028759GA028760
length1,083621
definitionB6Ng01-210G16.b B6Ng01-210G16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,628,852 - 113,629,921)(113,426,490 - 113,427,113)
sequence
gaattcctaaataccaccatgtttttcaaataataagttttaagaaataa
aggtatgtccagttactaagctgtcaactactcctctttcataagacctg
taaggtccaggggctatagtttagaggtagaatgtttgcctaagcagcat
ggagcctttaacatagggtacaccagggcaataaaagaaccaatagcttg
caatggaaatgaatattatggaaagtcactacctagggccagtgagatgg
ccaagtgggtaaaggcagatgctgccaagcctgaagcctgctcaagccct
gacccaaggtgagaacccactctcccaagttgacccctgacctccgtgtg
tatcttagcatatgcacacagcacacgacgtaaatgtaattttaattttt
attagctaacacatcatgcaaaactctaaaacatatatttgacatcttat
caggtaaccttatccctagaaatgaataatactgaagataatattttata
aaaatgcatattatgtatcattatgtattatgtaacaaaacaacactgat
actttatcaaactatcaacaaattgaaaaatatattttaagccaggtttg
ctggcacacgcctttaattccagcactcaagaggctgagacaggcagatc
tccgtgagtttgaggccagcctgctctacacaatgacaggacagcttgag
ctacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacattttg
tgtgtgtatctatttgtgggtagtatggtagggatagtacccaggacttt
ccatgagccaggcaggtaccctaccaggttttaagcctcacttaattttt
tatagcacatttaagttaattaaaaacctgaaacagagagtaaatgctcc
ccatgcacaccctctcttatcatcacccgtccctggttctctatcaccac
cttaacactggtgcagcacatcctgctaataaactgaaagaagcagtgtt
aggttaatacgcccaggagtaaaataaagccccaggcctcttccattaag
ggcttgtttcttcatgctaatgatctctgtgca
gaattcacttcatgattcctttgtactaaatcccccttgcctcaacagac
caaagcattatattcagcccacaggataatcttcactattgaaaaatctg
ttctatattatttttattgtcctactatttattttctaatacctctgtca
cttccaagattcctactttaaaaacatttacacttatttctgtgtgagct
ctgtgtgagctctgtgtgaggtctgtgtgagctctgtgtgagctctgtgt
gagctctgtgtgagctctgtgtgagctctgtgtgagctctgtgtgagctc
tgtgtgagctctgtgtgagctctgtgtgagctctgtgtgagcatgcattt
gaagatcacagggtgaactctacccttccacgatgagccaagctcaggtt
gccgggcttagcaggaagcagccttatctgtgagccaccttgccagcact
ctacttttcttctatttttgagagtctcatcatgtagccctagctggcct
tgaactcactaggtaaccaggctggcctcaacttaagagatacatttgtc
tctgtgctgagattaagggtgtacgacaccaccttaattatttgttgttg
ttgttggtggtggtggtggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_113628852_113629921
seq2: B6Ng01-210G16.b_44_1126 (reverse)

seq1  TGCACAGAGAACCATAGCATGAAG-AACAAGCCCTAAAGGGAAGAGGCCT  49
      |||||||||| |  |||||||||| |||||||||| || |||||||||||
seq2  TGCACAGAGATCATTAGCATGAAGAAACAAGCCCTTAATGGAAGAGGCCT  50

seq1  -GGGCTTTA-TTTACTCCT-GGCGTATTAA-CTAACACTGCTTC-TTCAG  94
       |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  GGGGCTTTATTTTACTCCTGGGCGTATTAACCTAACACTGCTTCTTTCAG  100

seq1  TT--ATAGCA-GATGTGCTGCACCAGTG-TAAGGTGGTGATAAGAGAACC  140
      ||   ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  TTTATTAGCAGGATGTGCTGCACCAGTGTTAAGGTGGTGAT-AGAGAACC  149

seq1  A-GGACGGGTGATGATAAGAGAGGGTGTGCAT-GGGAGCATTTACTCTCT  188
      | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGGGACGGGTGATGATAAGAGAGGGTGTGCATGGGGAGCATTTACTCTCT  199

seq1  G-TTCA-GTTTTTAATTAACTTAAATGTGCTATAAAAAATTAAGTGAGGC  236
      | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAGGTTTTTAATTAACTTAAATGTGCTATAAAAAATTAAGTGAGGC  249

seq1  TTAAAACCTGGTAGGGTACCTGCCTGGCTCATGGAAAGTCCTGGGTACTA  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACCTGGTAGGGTACCTGCCTGGCTCATGGAAAGTCCTGGGTACTA  299

seq1  TCCCTACCATACTACCCACAAATAGATACACACACAAAATGTGTGTGTGT  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTACCATACTACCCACAAATAGATACACACACAAAATGTGTGTGTGT  349

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGCTCAAGCTGTCCTGTC  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGCTCAAGCTGTCCTGTC  399

seq1  ATTGTGTAGAGCAGGCTGGCCTCAAACTCACGGAGATCTGCCTGTCTCAG  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGTAGAGCAGGCTGGCCTCAAACTCACGGAGATCTGCCTGTCTCAG  449

seq1  CCTCTTGAGTGCTGGAATTAAAGGCGTGTGCCAGCAAACCTGGCTTAAAA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTGAGTGCTGGAATTAAAGGCGTGTGCCAGCAAACCTGGCTTAAAA  499

seq1  TATATTTTTCAATTTGTTGATAGTTTGATAAAGTATCAGTGTTGTTTTGT  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTTTCAATTTGTTGATAGTTTGATAAAGTATCAGTGTTGTTTTGT  549

seq1  TACATAATACATAATGATACATAATATGCATTTTTATAAAATATTATCTT  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAATACATAATGATACATAATATGCATTTTTATAAAATATTATCTT  599

seq1  CAGTATTATTCATTTCTAGGGATAAGGTTACCTGATAAGATGTCAAATAT  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATTATTCATTTCTAGGGATAAGGTTACCTGATAAGATGTCAAATAT  649

seq1  ATGTTTTAGAGTTTTGCATGATGTGTTAGCTAATAAAAATTAAAATTACA  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTAGAGTTTTGCATGATGTGTTAGCTAATAAAAATTAAAATTACA  699

seq1  TTTACGTCGTGTGCTGTGTGCATATGCTAAGATACACACGGAGGTCAGGG  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACGTCGTGTGCTGTGTGCATATGCTAAGATACACACGGAGGTCAGGG  749

seq1  GTCAACTTGGGAGAGTGGGTTCTCACCTTGGGTCAGGGCTTGAGCAGGCT  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAACTTGGGAGAGTGGGTTCTCACCTTGGGTCAGGGCTTGAGCAGGCT  799

seq1  TCAGGCTTGGCAGCATCTGCCTTTACCCACTTGGCCATCTCACTGGCCCT  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCTTGGCAGCATCTGCCTTTACCCACTTGGCCATCTCACTGGCCCT  849

seq1  AGGTAGTGACTTTCCATAATATTCATTTCCATTGCAAGCTATTGGTTCTT  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGTGACTTTCCATAATATTCATTTCCATTGCAAGCTATTGGTTCTT  899

seq1  TTATTGCCCTGGTGTACCCTATGTTAAAGGCTCCATGCTGCTTAGGCAAA  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGCCCTGGTGTACCCTATGTTAAAGGCTCCATGCTGCTTAGGCAAA  949

seq1  CATTCTACCTCTAAACTATAGCCCCTGGACCTTACAGGTCTTATGAAAGA  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTACCTCTAAACTATAGCCCCTGGACCTTACAGGTCTTATGAAAGA  999

seq1  GGAGTAGTTGACAGCTTAGTAACTGGACATACCTTTATTTCTTAAAACTT  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTAGTTGACAGCTTAGTAACTGGACATACCTTTATTTCTTAAAACTT  1049

seq1  ATTATTTGAAAAACATGGTGGTATTTAGGAATTC  1070
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTGAAAAACATGGTGGTATTTAGGAATTC  1083

seq1: chr13_113426490_113427113
seq2: B6Ng01-210G16.g_66_686

seq1  GAATTCACTTCATGATTCCTTTGTACTAAATCCCCCTTGCCTCAACAGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTCATGATTCCTTTGTACTAAATCCCCCTTGCCTCAACAGAC  50

seq1  CAAAGCATTATATTCAGCCCACAGGATAATCTTCACTATTGAAAAATCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCATTATATTCAGCCCACAGGATAATCTTCACTATTGAAAAATCTG  100

seq1  TTCTATATTATTTTTATTGTCCTACTATTTATTTTCTAATACCTCTGTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATATTATTTTTATTGTCCTACTATTTATTTTCTAATACCTCTGTCA  150

seq1  CTTCCAAGATTCCTACTTTAAAAACATTTACACTTATTTCTGTGTGAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAAGATTCCTACTTTAAAAACATTTACACTTATTTCTGTGTGAGCT  200

seq1  CTGTGTGAGCTCTGTGTGAGGTCTGTGTGAGCTCTGTGTGAGCTCTGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGAGCTCTGTGTGAGGTCTGTGTGAGCTCTGTGTGAGCTCTGTGT  250

seq1  GAGCTCTGTGTGAGCTCTGTGTGAGCTCTGTGTGAGCTCTGTGTGAGCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCTGTGTGAGCTCTGTGTGAGCTCTGTGTGAGCTCTGTGTGAGCTC  300

seq1  TGTGTGAGCTCTGTGTGAGCTCTGTGTGAGCTCTGTGTGAGCATGCATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGAGCTCTGTGTGAGCTCTGTGTGAGCTCTGTGTGAGCATGCATTT  350

seq1  GAAGATCACAGGGTGAACTCTACCCTTCCACGATGAGCCAAGCTCAGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATCACAGGGTGAACTCTACCCTTCCACGATGAGCCAAGCTCAGGTT  400

seq1  GCCGGGCTTAGCAGGAAGCAGCCTTATCTGTGAGCCACCTTGCCAGCACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGGGCTTAGCAGGAAGCAGCCTTATCTGTGAGCCACCTTGCCAGCACT  450

seq1  CTACTTTTCTTCTATTTTTGAGAGTCTCATCATGTAGCCCTAGCTGGCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTTTCTTCTATTTTTGAGAGTCTCATCATGTAGCCCTAGCTGGCCT  500

seq1  TGAACTCACTAGGTAAACCAGGCTGGCCTCAAACTTAAGAGATACATTTG  550
      |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCACTAGGT-AACCAGGCTGGCCTC-AACTTAAGAGATACATTTG  548

seq1  TCTCTGTGCTGAGATTAAGGGTGTACGACACCACCCTTAATTATTTGTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTGCTGAGATTAAGGGTGTACGACACCA-CCTTAATTATTTGTTG  597

seq1  TTGTTGTTGGTGGTGGTGGTGGTG  624
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTTGGTGGTGGTGGTGGTG  621