BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-213I01
Chromosome13 (Build37)
Map Location 111,532,573 - 111,720,119
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040614
Upstream genePde4d, LOC100040577, Rab3c, EG432803, 9830130M13Rik, Plk2
Downstream geneLOC668159, 4732495G21Rik, LOC100040640, EG621953, Gpbp1, LOC100040666, Mier3, Map3k1, LOC668181
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-213I01.bB6Ng01-213I01.g
ACCGA031011GA031012
length9821,022
definitionB6Ng01-213I01.b B6Ng01-213I01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,719,147 - 111,720,119)(111,532,573 - 111,533,578)
sequence
gaattcatctcctacaggctgtctcccttgcagagtgctgctgatggctc
cgaagctgacctcagtgttagcaatgcattctgaggctagtgagtcactt
catgggaatagtcatacagtgtgaggtctggggtggcttcaccaatgtct
ctgccaactagaaataccagagacactactatgctgacttcactccccat
acccaaataaggagaggcaggccattgcaagctggacaggcttctgagca
ttttatgcataggaggtgggaaggctctgcaggaactggtatgctggtat
gccaggtgacttctccatcttctgtatggtgtgcctttcccaaatacaga
ctagacagagtggagcaagcagacctctccatctgcaagagttgctagca
tttctttgagggtctgagatggaataacagtaacaacaaaatacaaaact
taagtgaagcttaacatggtgttaatttccatcacaagacccatgtccta
actaactttaaatccctcaggagagatcttgccctttaaaaatcagtcat
aagccatgaggtccttggtggtggaactgtcttttgaattattgcatagt
ggtgtttgctacttgctgggagcttcatagatatttgttagcttgacaaa
caagtgagaaacatttgtgcagaagttataaacgagtccaggaatacaca
gcggcaaatctaagctaacggaatgtgttggttttgccattctcactgct
ggcctttagccacaacaatcctgatgtcatctgcaggacagtttctgctg
atcaaagactgcctagcagaaacaagctggctgctgaattctttccttct
ttgttctagacagtgtgtatgttggagaggagtacttccttttgcattgt
gtgagtcataaacccaccatccttgtgtctagaccactatataacactga
caaaagcaacagcatcctatagcccccaaagc

gaattctcagctgaaaacccacaattctttgttgtttggaccaatgcaac
tgttgctaactgtagtatttatgctagcagttattaactcctttgcatcc
tagctcaacataatccatttcttccttgattgggactgttatcatatttg
tctctgaatatctcacacctctgttttcctttactcctgtattccctttt
tattttccttccattctccttttccaagaataaatgtgagcaaagttgct
cgaggttaatgctaacaagcaggagatcatgacactgggtcttgggaaca
gaatgattttttcctacttgaaaggtgaaggtttgaaaagtaattgttcc
aagtagcatcttacataaatgacacatctaattttaccttgtcaaatcgt
tatgcagatgattaaacctgaggcttctttttctacataataaatatgtt
ataaccagtgcttaccaaacaagatttcaagatttatatttattctgtat
atgtatgtatataagtcatatatatatatgtttatatatatatttatagt
gaatatatttttagtatgtagatgctttttgtcatctgttgcaaatattt
tatcccatgatccacattgtttcttatttaaatagactgttgggggttaa
ggcttgatctaaaaccaaccatggaatgcttcttaccatttttcactaat
ctaaaataaccaaaatttggtttgggaaggagagaaaattttttttcttt
agaaaaagtatctttgtggttgcatttgggtttttgtgggttaacacagt
ccctctccaaaaaaaacctcagtagagggaggtaggtgaccccacaggta
taattatggtcccgtttccaaatttagataatgtaccacaggttggggca
actcttttggggaggctaacaaatgttacagcaatagtagctattgattc
gattgtgagaaaagctctgtgtatgttattgaacaagtccttacagctta
ggcagcgttcttcccctgctag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_111719147_111720119
seq2: B6Ng01-213I01.b_45_1026 (reverse)

seq1  GCTTT-GGGGCTATAGGATGCTG-TGCTTTTGTCAGTGTT-TATAGTGGT  47
      ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCTTTGGGGGCTATAGGATGCTGTTGCTTTTGTCAGTGTTATATAGTGGT  50

seq1  CTAGACACAAGGATGGTGGGTTTATGGCTCACAC-ATGC-AAAGGAAGTA  95
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||
seq2  CTAGACACAAGGATGGTGGGTTTATGACTCACACAATGCAAAAGGAAGTA  100

seq1  CTCCTCTCCAACATACACACTGTCTAG-ACAAAGAAGG-AAGAATTCAGC  143
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  CTCCTCTCCAACATACACACTGTCTAGAACAAAGAAGGAAAGAATTCAGC  150

seq1  AGCCAGCTTGTTTCTGCTAGGCAGTCTTTGATCAGCAGAAACTGTCCTGC  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCTTGTTTCTGCTAGGCAGTCTTTGATCAGCAGAAACTGTCCTGC  200

seq1  AGATGACATCAGGATTGTTGTGGCT-AAGGCCAGCAGTGAGAATGGC-AA  241
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGATGACATCAGGATTGTTGTGGCTAAAGGCCAGCAGTGAGAATGGCAAA  250

seq1  ACCAACACATTCCGTTAGCTTAGATTTGCCGCTGTGTATTCCTGGACTCG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACACATTCCGTTAGCTTAGATTTGCCGCTGTGTATTCCTGGACTCG  300

seq1  TTTATAACTTCTGCACAAATGTTTCTCACTTGTTTGTCAAGCTAACAAAT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAACTTCTGCACAAATGTTTCTCACTTGTTTGTCAAGCTAACAAAT  350

seq1  ATCTATGAAGCTCCCAGCAAGTAGCAAACACCACTATGCAATAATTCAAA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATGAAGCTCCCAGCAAGTAGCAAACACCACTATGCAATAATTCAAA  400

seq1  AGACAGTTCCACCACCAAGGACCTCATGGCTTATGACTGATTTTTAAAGG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGTTCCACCACCAAGGACCTCATGGCTTATGACTGATTTTTAAAGG  450

seq1  GCAAGATCTCTCCTGAGGGATTTAAAGTTAGTTAGGACATGGGTCTTGTG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGATCTCTCCTGAGGGATTTAAAGTTAGTTAGGACATGGGTCTTGTG  500

seq1  ATGGAAATTAACACCATGTTAAGCTTCACTTAAGTTTTGTATTTTGTTGT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAATTAACACCATGTTAAGCTTCACTTAAGTTTTGTATTTTGTTGT  550

seq1  TACTGTTATTCCATCTCAGACCCTCAAAGAAATGCTAGCAACTCTTGCAG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTTATTCCATCTCAGACCCTCAAAGAAATGCTAGCAACTCTTGCAG  600

seq1  ATGGAGAGGTCTGCTTGCTCCACTCTGTCTAGTCTGTATTTGGGAAAGGC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGAGGTCTGCTTGCTCCACTCTGTCTAGTCTGTATTTGGGAAAGGC  650

seq1  ACACCATACAGAAGATGGAGAAGTCACCTGGCATACCAGCATACCAGTTC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCATACAGAAGATGGAGAAGTCACCTGGCATACCAGCATACCAGTTC  700

seq1  CTGCAGAGCCTTCCCACCTCCTATGCATAAAATGCTCAGAAGCCTGTCCA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGAGCCTTCCCACCTCCTATGCATAAAATGCTCAGAAGCCTGTCCA  750

seq1  GCTTGCAATGGCCTGCCTCTCCTTATTTGGGTATGGGGAGTGAAGTCAGC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCAATGGCCTGCCTCTCCTTATTTGGGTATGGGGAGTGAAGTCAGC  800

seq1  ATAGTAGTGTCTCTGGTATTTCTAGTTGGCAGAGACATTGGTGAAGCCAC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTAGTGTCTCTGGTATTTCTAGTTGGCAGAGACATTGGTGAAGCCAC  850

seq1  CCCAGACCTCACACTGTATGACTATTCCCATGAAGTGACTCACTAGCCTC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGACCTCACACTGTATGACTATTCCCATGAAGTGACTCACTAGCCTC  900

seq1  AGAATGCATTGCTAACACTGAGGTCAGCTTCGGAGCCATCAGCAGCACTC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGCATTGCTAACACTGAGGTCAGCTTCGGAGCCATCAGCAGCACTC  950

seq1  TGCAAGGGAGACAGCCTGTAGGAGATGAATTC  973
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGGGAGACAGCCTGTAGGAGATGAATTC  982


seq1: chr13_111532573_111533578
seq2: B6Ng01-213I01.g_66_1087

seq1  GAATTCTCAGCTGAAAACCCACAATTCTTTGTTGTTTGGACCAATGCAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGCTGAAAACCCACAATTCTTTGTTGTTTGGACCAATGCAAC  50

seq1  TGTTGCTAACTGTAGTATTTATGCTAGCAGTTATTAACTCCTTTGCATCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCTAACTGTAGTATTTATGCTAGCAGTTATTAACTCCTTTGCATCC  100

seq1  TAGCTCAACATAATCCATTTCTTCCTTGATTGGGACTGTTATCATATTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCAACATAATCCATTTCTTCCTTGATTGGGACTGTTATCATATTTG  150

seq1  TCTCTGAATATCTCACACCTCTGTTTTCCTTTACTCCTGTATTCCCTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGAATATCTCACACCTCTGTTTTCCTTTACTCCTGTATTCCCTTTT  200

seq1  TATTTTCCTTCCATTCTCCTTTTCCAAGAATAAATGTGAGCAAAGTTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCCTTCCATTCTCCTTTTCCAAGAATAAATGTGAGCAAAGTTGCT  250

seq1  CGAGGTTAATGCTAACAAGCAGGAGATCATGACACTGGGTCTTGGGAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGTTAATGCTAACAAGCAGGAGATCATGACACTGGGTCTTGGGAACA  300

seq1  GAATGATTTTTTCCTACTTGAAAGGTGAAGGTTTGAAAAGTAATTGTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGATTTTTTCCTACTTGAAAGGTGAAGGTTTGAAAAGTAATTGTTCC  350

seq1  AAGTAGCATCTTACATAAATGACACATCTAATTTTACCTTGTCAAATCGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGCATCTTACATAAATGACACATCTAATTTTACCTTGTCAAATCGT  400

seq1  TATGCAGATGATTAAACCTGAGGCTTCTTTTTCTACATAATAAATATGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAGATGATTAAACCTGAGGCTTCTTTTTCTACATAATAAATATGTT  450

seq1  ATAACCAGTGCTTACCAAACAAGATTTCAAGATTTATATTTATTCTGTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCAGTGCTTACCAAACAAGATTTCAAGATTTATATTTATTCTGTAT  500

seq1  ATGTATGTATATAAGTCATATATATATATGTTTATATATATATTTATAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTATATAAGTCATATATATATATGTTTATATATATATTTATAGT  550

seq1  GAATATATTTTTAGTATGTAGATGCTTTTTGTCATCTGTTGCAAATATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATATTTTTAGTATGTAGATGCTTTTTGTCATCTGTTGCAAATATTT  600

seq1  TATCCCATGATCCACATTGTTTCTTATTTAAATAGACTGTTGGGGGTTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCATGATCCACATTGTTTCTTATTTAAATAGACTGTTGGGGGTTAA  650

seq1  GGCTTGATCTAAAACCAACCATGGAATGCTTCTTACCATTTTTCACTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGATCTAAAACCAACCATGGAATGCTTCTTACCATTTTTCACTAAT  700

seq1  CTAAAATAACCAAA--TTGGTTTGGGAAGGAGAGAAAATTTTTTT--CTT  746
      ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||   ||
seq2  CTAAAATAACCAAAATTTGGTTTGGGAAGGAGAGAAAATTTTTTTTCTTT  750

seq1  AG-AAAAGTATCTTTGTGGTTGCATTTGG--TTTTGT-GGTTAACACAGT  792
      || ||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||
seq2  AGAAAAAGTATCTTTGTGGTTGCATTTGGGTTTTTGTGGGTTAACACAGT  800

seq1  -CCTCTCC-AAAAAAACCTCAGTAGA-GGAGGTAGGTGA-CCCACAGGTA  838
       ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  CCCTCTCCAAAAAAAACCTCAGTAGAGGGAGGTAGGTGACCCCACAGGTA  850

seq1  TAATTATGGTCCCGTTTCCAAATTTAGATAATGTACCACAGGTT-GGGCA  887
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TAATTATGGTCCCGTTTCCAAATTTAGATAATGTACCACAGGTTGGGGCA  900

seq1  ACTCTTT--GGGAGGCTAAACAAATGTTACAGCAATAGTTAGCTATAGAT  935
      |||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  ACTCTTTTGGGGAGGCT-AACAAATGTTACAGCAATAG-TAGCTATTGAT  948

seq1  TCGA-TGTGAGAAAAGC-CTGTGTATGTTTATGAACAAGTCC-TACAGCT  982
      |||| |||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||||
seq2  TCGATTGTGAGAAAAGCTCTGTGTATGTTATTGAACAAGTCCTTACAGCT  998

seq1  AAGGCAGCGTTCTTCCACTGCTAG  1006
       ||||||||||||||| |||||||
seq2  TAGGCAGCGTTCTTCCCCTGCTAG  1022


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |