BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-213L03
Chromosome13 (Build37)
Map Location 108,856,083 - 109,011,426
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNdufa12l, Ercc8, LOC668123
Upstream geneLOC100040350, LOC100040366, Apoo, AI197445, LOC100040820, Zswim6, 3021401N23Rik, 2810008M24Rik
Downstream geneLOC621498, Elovl7, LOC668129, LOC100040524, Depdc1b, Pde4d, EG668144, LOC621663, LOC100040968
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-213L03.bB6Ng01-213L03.g
ACCGA031146GA031147
length1,1141,067
definitionB6Ng01-213L03.b B6Ng01-213L03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,856,083 - 108,857,198)(109,010,360 - 109,011,426)
sequence
gaattctcacaggagatgtgagagggactccaaacagttgctggggaccc
ggagaagtggctcagtgggtaagactcttgtcacacaagcctggtgaccc
aagctttatccctggaatctatgtaaaggtacaaggagaactgatcccac
aaagctatcctctgccctccacatgcatgttaggtcaacatgtgcctcta
tcctttagcaacagcagcaataacacacacacacacacacacacacacac
acacacccgcaaataagagcagaagagaaaaaacaaacgcaaatgaggaa
ctcaccaggagataagtccttcaatactctgagccagggactgttgtaga
tgctacagatgcagcagctccagaccacagaacctgatcttgaggcttag
actctaatagacagagacaaagcacagctagggactgaaggtaagcaggt
gactgcagttgctgtgcactgatttaatcagccagcctgcccttttgcta
cctaacaactggaaacttagaactctgcacaatgtcccttttgctatcct
ttctcacacggaaaacttcttttctctacaaaatacttctaaaacaaata
aaggaatctaaacaaacagaaattcatgaagtagaaaccataaacctctt
agatttttatttgcactgctaaaaagcccggagtccatcattatgtcctt
tcccttcattggctttatatattgcaaaatgaatgcaatgtgtcttgttt
acaaacacatttgtcaatataaataaaacaaacccagcgcatactggctc
ataactcttagttaatgttcttcagatgtgtgtgcccgcagacagatgtg
tgtgtgtgcccgcagacagatgtgtgtgtgccctcggacagatgtgtgtg
tgtgccggcggacagatgtgtgtgtgcccgcagacagatgttgtgtgtgt
gcccgcagacagatgtgtgtgtgccctcggacagatgtgtgtgtgtgccg
cggacagatgtgtgtgtgcccgcagacagatgtgtgtgtgtgccgcggac
agatgtgttgtgtgccgcagaacgatgtgttgtgtgtgcgcgacagatgt
tgtgttggcccgca
gaattcaatgttccttccacagaaacaataatactctttcctgctgaact
tacgcgtcatcagttcacacactttcttacattatctattgcaaccaccc
gtgtaactggacccagagggtttacaataaacacatagccctgttgggca
aacggcgcaggagctagatgggaatgcggtactgggagcagcattctcta
tctttggccactgcccggtgtgtgtatggtgcagacatgaggcctgcagt
cgtatcaggttaacatgttagattctcaatagaattgcattgttgagttg
tagggctacaggactttccttcccacaatccctggtgcctgtcctttcca
acttgggctcatccaaagccctcccctttgccggtgtttagatggctccc
acaaagaagagtggcgagaagaaaacgggccattctgccatcaacgaggt
ggtgacccgagaatacaccatcaacattcacaagcgcatccatggagtgg
gcatctggaagcgtgctcctagggcactcaaagaaatccagacatgtgcc
ataaaggagatgggggactccagatgtgcgcacggacaccataaagctca
ataaagctgtctgggccaagggaataaggaatgttctgtatcacatccga
gtacatttgtccagaaaacacaatgagaatgaggattcacccaacaagct
ctacacgctggtaacttacgggcctgttaccacattcaaaaatctacaga
cggtcaatgtggctgagaggtaacccactgaatgccaaatcaagttgcag
aactgccaaaataaaaataaataaaataaactgcactgtttcttgggaga
cggagggtgggaaaccacatgcaaattgccaacatccaaccactattttt
tttaatctagaggaatggcaactatatatgagccacataactatatgaga
cactaactctatttaatgataaatgggtttacccatcactcatatttttt
cctcctctgaaaataaaacattgacactcgcaccttgatttaaaacactc
tatctaattaggcggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_108856083_108857198
seq2: B6Ng01-213L03.b_42_1155

seq1  GAATTCTCACAGGAGATGTGAGAGGGACTCCAAACAGTTGCTGGGGACCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACAGGAGATGTGAGAGGGACTCCAAACAGTTGCTGGGGACCC  50

seq1  GGAGAAGTGGCTCAGTGGGTAAGACTCTTGTCACACAAGCCTGGTGACCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGTGGCTCAGTGGGTAAGACTCTTGTCACACAAGCCTGGTGACCC  100

seq1  AAGCTTTATCCCTGGAATCTATGTAAAGGTACAAGGAGAACTGATCCCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTATCCCTGGAATCTATGTAAAGGTACAAGGAGAACTGATCCCAC  150

seq1  AAAGCTATCCTCTGCCCTCCACATGCATGTTAGGTCAACATGTGCCTCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTATCCTCTGCCCTCCACATGCATGTTAGGTCAACATGTGCCTCTA  200

seq1  TCCTTTAGCAACAGCAGCAATAACACACACACACACACACACACACACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTAGCAACAGCAGCAATAACACACACACACACACACACACACACAC  250

seq1  ACACACCCGCAAATAAGAGCAGAAGAGAAAAAACAAACGCAAATGAGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACCCGCAAATAAGAGCAGAAGAGAAAAAACAAACGCAAATGAGGAA  300

seq1  CTCACCAGGAGATAAGTCCTTCAATACTCTGAGCCAGGGACTGTTGTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCAGGAGATAAGTCCTTCAATACTCTGAGCCAGGGACTGTTGTAGA  350

seq1  TGCTACAGATGCAGCAGCTCCAGACCACAGAACCTGATCTTGAGGCTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACAGATGCAGCAGCTCCAGACCACAGAACCTGATCTTGAGGCTTAG  400

seq1  ACTCTAATAGACAGAGACAAAGCACAGCTAGGGACTGAAGGTAAGCAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAATAGACAGAGACAAAGCACAGCTAGGGACTGAAGGTAAGCAGGT  450

seq1  GACTGCAGTTGCTGTGCACTGATTTAATCAGCCAGCCTGCCCTTTTGCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCAGTTGCTGTGCACTGATTTAATCAGCCAGCCTGCCCTTTTGCTA  500

seq1  CCTAACAACTGGAAACTTAGAACTCTGCACAATGTCCCTTTTGCTATCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAACAACTGGAAACTTAGAACTCTGCACAATGTCCCTTTTGCTATCCT  550

seq1  TTCTCACACGGAAAACTTCTTTTCTCTACAAAATACTTCTAAAACAAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCACACGGAAAACTTCTTTTCTCTACAAAATACTTCTAAAACAAATA  600

seq1  AAGGAATCTAAACAAACAGAAATTCATGAAGTAGAAACCATAAACCTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAATCTAAACAAACAGAAATTCATGAAGTAGAAACCATAAACCTCTT  650

seq1  AGATTTTTATTTGCACTGCTAAAAAGCCCGGAGTCCATCATTATGTCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTTATTTGCACTGCTAAAAAGCCCGGAGTCCATCATTATGTCCTT  700

seq1  TCCCTTCATTGGCTTTATATATTGCAAAATGAATGCAATGTGTCTTGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTCATTGGCTTTATATATTGCAAAATGAATGCAATGTGTCTTGTTT  750

seq1  ACAAACACATTTGTCAATATAAATAAAACAAACCCAGCGCATACTGGCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACACATTTGTCAATATAAATAAAACAAACCCAGCGCATACTGGCTC  800

seq1  ATAACTCTTAGTTAATGTTCTTCAGATGTGTGTGCCCGCAGACAGATGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTCTTAGTTAATGTTCTTCAGATGTGTGTGCCCGCAGACAGATGTG  850

seq1  TGTGTGTGCCCGCAGACAGATGTGTGTGTGCCCTCGGACAGATGTGTGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGCCCGCAGACAGATGTGTGTGTGCCCTCGGACAGATGTGTGTG  900

seq1  TGTGCCGGCGGACAGATGTGTGTGTGCCCGCAGACAGATG-TGTGTGTGT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGTGCCGGCGGACAGATGTGTGTGTGCCCGCAGACAGATGTTGTGTGTGT  950

seq1  GCCCGCAGACAGATGTGTGTGTGCCCTCGGACAGATGTGTGTGTGTGCCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCCCGCAGACAGATGTGTGTGTGCCCTCGGACAGATGTGTGTGTGTG-CC  999

seq1  GCGGACAGATGTGTGTGTGCCCGCAGACAGATGTGTGTGTGTGCCCGCGG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GCGGACAGATGTGTGTGTGCCCGCAGACAGATGTGTGTGTGTG-CCGCGG  1048

seq1  ACAGATGTG-TGTGTGCCCGCAGACAGATGTG-TGTGTGTGCCGGCGGAC  1097
      ||||||||| |||||| |||||||  |||||| |||||||||  || |||
seq2  ACAGATGTGTTGTGTG-CCGCAGAACGATGTGTTGTGTGTGC--GC-GAC  1094

seq1  AGATG-TGTGTGTGCCCGCA  1116
      ||||| |||||  |||||||
seq2  AGATGTTGTGTTGGCCCGCA  1114

seq1: chr13_109010360_109011426
seq2: B6Ng01-213L03.g_70_1136 (reverse)

seq1  TCCCGCCCTTATGTAGATAGAGTGTTTTAAATCAAGGTGCGAGTGTCAAT  50
      |||||||  ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGCC--TAATTAGATAGAGTGTTTTAAATCAAGGTGCGAGTGTCAAT  48

seq1  G-TTTATTTTCAGAGGAAGAAAAAATATGAGTGATGGGTAAA-CCATTTA  98
      | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GTTTTATTTTCAGAGGAGGAAAAAATATGAGTGATGGGTAAACCCATTTA  98

seq1  TCATTAAATAGAGTTAGTGTCTCATATAGTTATGTTGCTCATATATAGTT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCATTAAATAGAGTTAGTGTCTCATATAGTTATGTGGCTCATATATAGTT  148

seq1  GCCATTCCTCTAGATTAAAAAAAATAGTGGTTGGATGTTGGCAATTTGCA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTCCTCTAGATTAAAAAAAATAGTGGTTGGATGTTGGCAATTTGCA  198

seq1  TGTGGTTTCCCACCCTCCGTCTCCCAAGAAACAGTGCAGTTTATTTTATT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTTTCCCACCCTCCGTCTCCCAAGAAACAGTGCAGTTTATTTTATT  248

seq1  TATTTTTATTTTGGCAGTTCTGCAACTTGATTTGGCATTCAGTGGGTTAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTATTTTGGCAGTTCTGCAACTTGATTTGGCATTCAGTGGGTTAC  298

seq1  CTCTCAGCCACATTGACCGTCTGTAGATTTTTGAATGTGGTAACAGGCCC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAGCCACATTGACCGTCTGTAGATTTTTGAATGTGGTAACAGGCCC  348

seq1  GTAAGTTACCAGCGTGTAGAGCTTGTTGGGTGAATCCTCATTCTCATTGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTTACCAGCGTGTAGAGCTTGTTGGGTGAATCCTCATTCTCATTGT  398

seq1  GTTTTCTGGACAAATGTACTCGGATGTGATACAGAACATTCCTTATTCCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTGGACAAATGTACTCGGATGTGATACAGAACATTCCTTATTCCC  448

seq1  TTGGCCCAGACAGCTTTATTGAGCTTTATGGTGTCCGTGCGCACATCTGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCCAGACAGCTTTATTGAGCTTTATGGTGTCCGTGCGCACATCTGG  498

seq1  AGTCCCCCATCTCCTTTATGGCACATGTCTGGATTTCTTTGAGTGCCCTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCCCATCTCCTTTATGGCACATGTCTGGATTTCTTTGAGTGCCCTA  548

seq1  GGAGCACGCTTCCAGATGCCCACTCCATGGATGCGCTTGTGAATGTTGAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCACGCTTCCAGATGCCCACTCCATGGATGCGCTTGTGAATGTTGAT  598

seq1  GGTGTATTCTCGGGTCACCACCTCGTTGATGGCAGAATGGCCCGTTTTCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTATTCTCGGGTCACCACCTCGTTGATGGCAGAATGGCCCGTTTTCT  648

seq1  TCTCGCCACTCTTCTTTGTGGGAGCCATCTAAACACCGGCAAAGGGGAGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGCCACTCTTCTTTGTGGGAGCCATCTAAACACCGGCAAAGGGGAGG  698

seq1  GCTTTGGATGAGCCCAAGTTGGAAAGGACAGGCACCAGGGATTGTGGGAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGGATGAGCCCAAGTTGGAAAGGACAGGCACCAGGGATTGTGGGAA  748

seq1  GGAAAGTCCTGTAGCCCTACAACTCAACAATGCAATTCTATTGAGAATCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGTCCTGTAGCCCTACAACTCAACAATGCAATTCTATTGAGAATCT  798

seq1  AACATGTTAACCTGATACGACTGCAGGCCTCATGTCTGCACCATACACAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGTTAACCTGATACGACTGCAGGCCTCATGTCTGCACCATACACAC  848

seq1  ACCGGGCAGTGGCCAAAGATAGAGAATGCTGCTCCCAGTACCGCATTCCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGGGCAGTGGCCAAAGATAGAGAATGCTGCTCCCAGTACCGCATTCCC  898

seq1  ATCTAGCTCCTGCGCCGTTTGCCCAACAGGGCTATGTGTTTATTGTAAAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGCTCCTGCGCCGTTTGCCCAACAGGGCTATGTGTTTATTGTAAAC  948

seq1  CCTCTGGGTCCAGTTACACGGGTGGTTGCAATAGATAATGTAAGAAAGTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGGGTCCAGTTACACGGGTGGTTGCAATAGATAATGTAAGAAAGTG  998

seq1  TGTGAACTGATGACGCGTAAGTTCAGCAGGAAAGAGTATTATTGTTTCTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAACTGATGACGCGTAAGTTCAGCAGGAAAGAGTATTATTGTTTCTG  1048

seq1  TGGAAGGAACATTGAATTC  1067
      |||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGGAACATTGAATTC  1067