BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-214E09
Chromosome13 (Build37)
Map Location 82,572,322 - 82,744,196
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC238756
Upstream geneGpr98, Lysmd3, Polr3g, 2900024O10Rik, Cetn3
Downstream geneLOC667018, Mef2c
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-214E09.bB6Ng01-214E09.g
ACCGA031566GA031567
length758618
definitionB6Ng01-214E09.b B6Ng01-214E09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,572,322 - 82,573,078)(82,743,638 - 82,744,196)
sequence
gaattcagtgaacaataagcagcaaaatcaaaatgtctacacagcagatt
gagcaagaagtgatggttatgaggaaataactgaaatgcattacaaggat
gaagggaagtaaagctgatgtcgatgaagagtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtccatatataatactattctgctgtagaaactaatgt
aacctctaatttattacactgtggatgactatggaatacactgtcatgta
agtcaaatacagagggaggagaaccactgatattatttatatatgaaacc
tttaaaatttcatttaatatgaaataaaaacagaggaatgattatcagag
agtgagacatctaggagtgaccagtataagtgtttgatgggagtaataat
ttctagtgttttcatacacaagatgggtttaaaacaattaacaatagcat
actacccatttcaaaaagagaagaatttgaaaatatctacacaaaaaaat
ggcaacactttgttctcttaggtatgcttattaccttgagttgatcacta
cgaaataatatgttaattaaaattttgtattgtggctcaaaaggcacaaa
tattaaaattcaataaaatatttataaataaaaagtcacatgttttctca
ttagttttagttatcagtcattttaaatactatggtaacacctgaaagaa
gcaacttaaggaataatttacttttgcctttagagttagagaacatagtt
ctatcctg
gaattccatgaacttaactgtactgactgcattgtctgcacaaactgagt
ggaacttaatggaactgcttgaattcaactgaattaaactgcattcaact
gaactgccccaaactgcactgaactaaagtcatatgaattctactcactg
aagagacccccacttctgactaattttgcgttcttttcttaagtaacttc
tctttcctgttataatgaaagttgggcatatattatctctgaatcattct
gtcaaatctttctctaattcatgactttgcctgcccctcaatatgtcact
cccaaacatagctgttattaaccttgccttcattgtttgggattaaaggt
gtgtactaagagtgtgtatgtattccagccagagggattaaaggtgtatc
tttccaatctggatcacatagacctaatagatcttttgatatgatctctt
gccagagcaacaatgttacaggataaaaattcctctacatgtttgtattc
ttctacaggctgacattcagttaagacgagcactatttgttgaagatttt
ttcctttccaaaagagaaacaggatgagtggaagtggtgcagtgggggag
aatgaatgggaggagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_82572322_82573078
seq2: B6Ng01-214E09.b_49_806

seq1  GAATTCAGTGAACAATAAGCAGCAAAATCAAAATGTCTACACAGCAGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGAACAATAAGCAGCAAAATCAAAATGTCTACACAGCAGATT  50

seq1  GAGCAAGAAGTGATGGTTATGAGGAAATAACTGAAATGCATTACAAGGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGAAGTGATGGTTATGAGGAAATAACTGAAATGCATTACAAGGAT  100

seq1  GAAGGGAAGTAAAGCTGATGTCGATGAAGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGAAGTAAAGCTGATGTCGATGAAGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  150

seq1  GTGTGTGTGTGTGTCCATATATAATACTATTCTGCTGTAGAAACTAATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTCCATATATAATACTATTCTGCTGTAGAAACTAATGT  200

seq1  AACCTCTAATTTATTACACTGTGGATGACTATGGAATACACTGTCATGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCTAATTTATTACACTGTGGATGACTATGGAATACACTGTCATGTA  250

seq1  AGTCAAATACAGAGGGAGGAGAACCACTGATATTATTTATATATGAAACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAATACAGAGGGAGGAGAACCACTGATATTATTTATATATGAAACC  300

seq1  TTTAAAATTTCATTTAATATGAAATAAAAACAGAGGAATGATTATCAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATTTCATTTAATATGAAATAAAAACAGAGGAATGATTATCAGAG  350

seq1  AGTGAGACATCTAGGAGTGACCAGTATAAGTGTTTGATGGGAGTAATAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGACATCTAGGAGTGACCAGTATAAGTGTTTGATGGGAGTAATAAT  400

seq1  TTCTAGTGTTTTCATACACAAGATGGGTTTAAAACAATTAACAATAGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGTGTTTTCATACACAAGATGGGTTTAAAACAATTAACAATAGCAT  450

seq1  ACTACCCATTTCAAAAAGAGAAGAATTTGAAAATATCTACACAAAAAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCCATTTCAAAAAGAGAAGAATTTGAAAATATCTACACAAAAAAAT  500

seq1  GGCAACACTTTGTTCTCTTAGGTATGCTTATTACCTTGAGTTGATCACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACACTTTGTTCTCTTAGGTATGCTTATTACCTTGAGTTGATCACTA  550

seq1  CGAAATAATATGTTAATTAAAATTTTGTATTGTGGCTCAAAAGGCACAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAATAATATGTTAATTAAAATTTTGTATTGTGGCTCAAAAGGCACAAA  600

seq1  TATTAAAATTCAATAAAATATTTATAAATAAAAAGTCACATGTTTTCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAAATTCAATAAAATATTTATAAATAAAAAGTCACATGTTTTCTCA  650

seq1  TTAGTTTTAGTTATCAGTCATTTTAATTACTATGGTAACACCTGAAAGAA  700
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTTAGTTATCAGTCATTTTAAATACTATGGTAACACCTGAAAGAA  700

seq1  GCAACTTAAGGAATAATTTAC-TTTGCCTTATAGAGTTAGAGAACATAG-  748
      ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| 
seq2  GCAACTTAAGGAATAATTTACTTTTGCCTT-TAGAGTTAGAGAACATAGT  749

seq1  TCTATCCTG  757
      |||||||||
seq2  TCTATCCTG  758

seq1: chr13_82743638_82744196
seq2: B6Ng01-214E09.g_123_681 (reverse)

seq1  TCTCTCCTCCCATTCATTCTCCCCCACTGCACCACTTCCACTCATCCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCTCCCATTCATTCTCCCCCACTGCACCACTTCCACTCATCCTGT  50

seq1  TTCTCTTTTGGAAAGGAAAAAATCTTCAACAAATAGTGCTCGTCTTAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTTTGGAAAGGAAAAAATCTTCAACAAATAGTGCTCGTCTTAACT  100

seq1  GAATGTCAGCCTGTAGAAGAATACAAACATGTAGAGGAATTTTTATCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTCAGCCTGTAGAAGAATACAAACATGTAGAGGAATTTTTATCCTG  150

seq1  TAACATTGTTGCTCTGGCAAGAGATCATATCAAAAGATCTATTAGGTCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATTGTTGCTCTGGCAAGAGATCATATCAAAAGATCTATTAGGTCTA  200

seq1  TGTGATCCAGATTGGAAAGATACACCTTTAATCCCTCTGGCTGGAATACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATCCAGATTGGAAAGATACACCTTTAATCCCTCTGGCTGGAATACA  250

seq1  TACACACTCTTAGTACACACCTTTAATCCCAAACAATGAAGGCAAGGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACTCTTAGTACACACCTTTAATCCCAAACAATGAAGGCAAGGTTA  300

seq1  ATAACAGCTATGTTTGGGAGTGACATATTGAGGGGCAGGCAAAGTCATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAGCTATGTTTGGGAGTGACATATTGAGGGGCAGGCAAAGTCATGA  350

seq1  ATTAGAGAAAGATTTGACAGAATGATTCAGAGATAATATATGCCCAACTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAGAAAGATTTGACAGAATGATTCAGAGATAATATATGCCCAACTT  400

seq1  TCATTATAACAGGAAAGAGAAGTTACTTAAGAAAAGAACGCAAAATTAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATAACAGGAAAGAGAAGTTACTTAAGAAAAGAACGCAAAATTAGT  450

seq1  CAGAAGTGGGGGTCTCTTCAGTGAGTAGAATTCATATGACTTTAGTTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTGGGGGTCTCTTCAGTGAGTAGAATTCATATGACTTTAGTTCAG  500

seq1  TGCAGTTTGGGGCAGTTCAGTTGAATGCAGTTTAATTCAGTTGAATTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTTTGGGGCAGTTCAGTTGAATGCAGTTTAATTCAGTTGAATTCAA  550

seq1  GCAGTTCCA  559
      |||||||||
seq2  GCAGTTCCA  559