BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-218B11
Chromosome13 (Build37)
Map Location 101,955,877 - 102,037,680
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneNaip2, Birc1-rs1, Naip5, Birc1c-ps1, Birc1f, EG667838, Naip1, Gtf2h2, Ocln, LOC667861, Marveld2, Rad17, Taf9, Ccdc125, Cdk7, Mrps36, Cenph, Ccnb1, Slc30a5, LOC619865, LOC619917, EG619937
Downstream gene4933416M06Rik, LOC100039971, LOC100039983, Pik3r1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-218B11.bB6Ng01-218B11.g
ACCGA034313GA034314
length1,0921,142
definitionB6Ng01-218B11.b B6Ng01-218B11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,036,548 - 102,037,680)(101,955,877 - 101,957,009)
sequence
gaattcagaccattctaattgtcagccctccaagcccaacccaatatccc
tgttccataaatccaaggggggtattgtcaactgtactgcttctcccaga
aggacctgggagtgatgacttcatgactcctccaccagggcactgagagc
aatctactaatgagcacccctgagatgctgggatggggaagtaactgtat
tgacagtaaagtgggaagaaaggagctggtaccaggtacaattcacattg
ttgagccttttttaaaggatcttaggctaagctttttcatgaaccccacc
cctcagagaagaatgtctaagagatggaatctgatcacactaaatatatt
tgacgcaccatgtctgtcttactatctcctttcagggcccccatgaagtc
tgaggtgacatttattatactatttagagagataagtcctctcattaaac
ctagacttcactgagtggctaagccgggacactgagagtctggggtcctg
ctgtctccacctgccaggtgctgggactccatttccagaatactggcatg
atccactttttactgggcactggagagccaaactcaggtcctcatatttt
cacagcaaacacttaacctgctaagctaagctcaacacccccttttccta
ttattttttttaatttaattttgtttatttacaggggagcgcatgtgcca
tggaacatgtatggtagtcagaggacaacttggcaagagtcagatctctc
cttctaccttatgggtcccagggattgaactcaaataaccagcaagctta
gcagcaagctcctttatctgctaactcatctcaccatttctcctttgcct
attcttgttctgacttgtgctgttagttcatgttctgttgccaatgacac
aataccaaagactggaaatattataaagaagcttatatggactcaagatt
ctggccagaggtcaagggaccaccccccactatatgtatatgtgtgtata
tatatatatatatacacacatgctctggtcactccctttcacctaaagga
ccacccccactagtatatgtattgtgtatgtgtatgttgtat
gaattctcatcttttctcactgagtagcaaaaattctgatatcctgccaa
ggattaggaagggacttcttgggggggggacgtgatttattgggaaaaca
caataaagtggaaaagggtgtagactgcaagtcagaaggctctgtctgaa
tcccagctctgtccctttcttagggatgggatcatgggcaggttatttgc
tttattgaaatctaaattccttcatctttaaaatgggcaataataactgc
cttctgggttgtggtgggaattgattcaagcaggcatttagaatatgccc
tcagcacactgagtgttgcatgtactgtgttcttggcaaattgtttgtta
aaaaggagtcatgtaagatgaaaagtagggggcaagcagtccttgtacaa
gtgacagccatatgaagcttagaggtaacttaagtgacctctcaagtcat
ttctcaacatcctttgacagctacactcttataccttccttctgcatctg
aattctttcctgatgaaaggattggctgccatcctgccacagtgccttag
agaggtcatttcttttggaggtcagatagatgtatgatgcttttcctctt
caggttgagagactctggctgggagagaatattagttaccctgtatttcc
tttgccacaggtataacagcaggagggcagagaccaaggtcattgttcca
gatactaccccaaaggaaggagcctacggtttccagtcctcattcaccat
cttgttagtcttgctttctctggtgcctgtcttgctgttcagaccccaca
ggattactcttgaggctgtgatgaagcaagagaactggggtggctgcttc
ctttttctagtctatctagaagatgatgggagggaagttcctcaggaccc
aggaagggtgctgggaggcctttgaagaagaactgatggccagaataaaa
ggttttgaacttgattttataaaaaccaagaaagataggagtttgcctaa
gtctgaaatgacatgaaaatacctcaatccaggcttagtccaagctttca
ctgccagtaggattgttggtcagatgccataggccaagaagactgaatac
atcttctttgcgtttataaatgaccagctaataggaaggaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_102036548_102037680
seq2: B6Ng01-218B11.b_49_1140 (reverse)

seq1  ATACACATACACATACACATACACATACACATACACATACACATACACAT  50
                                    |||||     ||||||||||
seq2  ------------------------------ATACA-----ACATACACAT  15

seq1  ACACATACACATACATATACTAGTGGGGGTGGTCCCTTTAGGTG-AAGGG  99
      |||||     ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  ACACA-----ATACATATACTAGTGGGGGTGGT-CCTTTAGGTGAAAGGG  59

seq1  AGGTTGACCAGAGCATGTGTGTATATATATATATATATACACACATATAC  149
      ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AG--TGACCAGAGCATGTGTGTATATATATATATATATACACACATATAC  107

seq1  ATATAGT-GGGGGTGGTCCCTTGACCTCTGGCCAGAATCTTGAGTCCATA  198
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGTGGGGGGTGGTCCCTTGACCTCTGGCCAGAATCTTGAGTCCATA  157

seq1  TAAGCTTCTTTATAATATTTCCAGTCTTTGGTATTGTGTCATTGGCAACA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTTCTTTATAATATTTCCAGTCTTTGGTATTGTGTCATTGGCAACA  207

seq1  GAACATGAACTAACAGCACAAGTCAGAACAAGAATAGGCAAAGGAGAAAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATGAACTAACAGCACAAGTCAGAACAAGAATAGGCAAAGGAGAAAT  257

seq1  GGTGAGATGAGTTAGCAGATAAAGGAGCTTGCTGCTAAGCTTGCTGGTTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGATGAGTTAGCAGATAAAGGAGCTTGCTGCTAAGCTTGCTGGTTA  307

seq1  TTTGAGTTCAATCCCTGGGACCCATAAGGTAGAAGGAGAGATCTGACTCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGTTCAATCCCTGGGACCCATAAGGTAGAAGGAGAGATCTGACTCT  357

seq1  TGCCAAGTTGTCCTCTGACTACCATACATGTTCCATGGCACATGCGCTCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAGTTGTCCTCTGACTACCATACATGTTCCATGGCACATGCGCTCC  407

seq1  CCTGTAAATAAACAAAATTAAATTAAAAAAAATAATAGGAAAAGGGGGTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAAATAAACAAAATTAAATTAAAAAAAATAATAGGAAAAGGGGGTG  457

seq1  TTGAGCTTAGCTTAGCAGGTTAAGTGTTTGCTGTGAAAATATGAGGACCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCTTAGCTTAGCAGGTTAAGTGTTTGCTGTGAAAATATGAGGACCT  507

seq1  GAGTTTGGCTCTCCAGTGCCCAGTAAAAAGTGGATCATGCCAGTATTCTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTGGCTCTCCAGTGCCCAGTAAAAAGTGGATCATGCCAGTATTCTG  557

seq1  GAAATGGAGTCCCAGCACCTGGCAGGTGGAGACAGCAGGACCCCAGACTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGGAGTCCCAGCACCTGGCAGGTGGAGACAGCAGGACCCCAGACTC  607

seq1  TCAGTGTCCCGGCTTAGCCACTCAGTGAAGTCTAGGTTTAATGAGAGGAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGTCCCGGCTTAGCCACTCAGTGAAGTCTAGGTTTAATGAGAGGAC  657

seq1  TTATCTCTCTAAATAGTATAATAAATGTCACCTCAGACTTCATGGGGGCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTCTCTAAATAGTATAATAAATGTCACCTCAGACTTCATGGGGGCC  707

seq1  CTGAAAGGAGATAGTAAGACAGACATGGTGCGTCAAATATATTTAGTGTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAGGAGATAGTAAGACAGACATGGTGCGTCAAATATATTTAGTGTG  757

seq1  ATCAGATTCCATCTCTTAGACATTCTTCTCTGAGGGGTGGGGTTCATGAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGATTCCATCTCTTAGACATTCTTCTCTGAGGGGTGGGGTTCATGAA  807

seq1  AAAGCTTAGCCTAAGATCCTTTAAAAAAGGCTCAACAATGTGAATTGTAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTTAGCCTAAGATCCTTTAAAAAAGGCTCAACAATGTGAATTGTAC  857

seq1  CTGGTACCAGCTCCTTTCTTCCCACTTTACTGTCAATACAGTTACTTCCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTACCAGCTCCTTTCTTCCCACTTTACTGTCAATACAGTTACTTCCC  907

seq1  CATCCCAGCATCTCAGGGGTGCTCATTAGTAGATTGCTCTCAGTGCCCTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCAGCATCTCAGGGGTGCTCATTAGTAGATTGCTCTCAGTGCCCTG  957

seq1  GTGGAGGAGTCATGAAGTCATCACTCCCAGGTCCTTCTGGGAGAAGCAGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGGAGTCATGAAGTCATCACTCCCAGGTCCTTCTGGGAGAAGCAGT  1007

seq1  ACAGTTGACAATACCCCCCTTGGATTTATGGAACAGGGATATTGGGTTGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTGACAATACCCCCCTTGGATTTATGGAACAGGGATATTGGGTTGG  1057

seq1  GCTTGGAGGGCTGACAATTAGAATGGTCTGAATTC  1133
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGAGGGCTGACAATTAGAATGGTCTGAATTC  1092

seq1: chr13_101955877_101957009
seq2: B6Ng01-218B11.g_64_1205

seq1  GAATTCTCATCTTTTCTCACTGAGTAGCAAAAATTCTGATATCCTGCCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATCTTTTCTCACTGAGTAGCAAAAATTCTGATATCCTGCCAA  50

seq1  GGATTAGGAAGGGACTTCTTGGGGGGGGGACGTGATTTATTGGGAAAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAGGAAGGGACTTCTTGGGGGGGGGACGTGATTTATTGGGAAAACA  100

seq1  CAATAAAGTGGAAAAGGGTGTAGACTGCAAGTCAGAAGGCTCTGTCTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAAGTGGAAAAGGGTGTAGACTGCAAGTCAGAAGGCTCTGTCTGAA  150

seq1  TCCCAGCTCTGTCCCTTTCTTAGGGATGGGATCATGGGCAGGTTATTTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCTCTGTCCCTTTCTTAGGGATGGGATCATGGGCAGGTTATTTGC  200

seq1  TTTATTGAAATCTAAATTCCTTCATCTTTAAAATGGGCAATAATAACTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGAAATCTAAATTCCTTCATCTTTAAAATGGGCAATAATAACTGC  250

seq1  CTTCTGGGTTGTGGTGGGAATTGATTCAAGCAGGCATTTAGAATATGCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGGGTTGTGGTGGGAATTGATTCAAGCAGGCATTTAGAATATGCCC  300

seq1  TCAGCACACTGAGTGTTGCATGTACTGTGTTCTTGGCAAATTGTTTGTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCACACTGAGTGTTGCATGTACTGTGTTCTTGGCAAATTGTTTGTTA  350

seq1  AAAAGGAGTCATGTAAGATGAAAAGTAGGGGGCAAGCAGTCCTTGTACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAGTCATGTAAGATGAAAAGTAGGGGGCAAGCAGTCCTTGTACAA  400

seq1  GTGACAGCCATATGAAGCTTAGAGGTAACTTAAGTGACCTCTCAAGTCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAGCCATATGAAGCTTAGAGGTAACTTAAGTGACCTCTCAAGTCAT  450

seq1  TTCTCAACATCCTTTGACAGCTACACTCTTATACCTTCCTTCTGCATCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAACATCCTTTGACAGCTACACTCTTATACCTTCCTTCTGCATCTG  500

seq1  AATTCTTTCCTGATGAAAGGATTGGCTGCCATCCTGCCACAGTGCCTTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTTCCTGATGAAAGGATTGGCTGCCATCCTGCCACAGTGCCTTAG  550

seq1  AGAGGTCATTTCTTTTGGAGGTCAGATAGATGTATGATGCTTTTCCTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTCATTTCTTTTGGAGGTCAGATAGATGTATGATGCTTTTCCTCTT  600

seq1  CAGGTTGAGAGACTCTGGCTGGGAGAGAATATTAGTTACCCTGTATTTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTGAGAGACTCTGGCTGGGAGAGAATATTAGTTACCCTGTATTTCC  650

seq1  TTTGCCACAGGTATAACAGCAGGAGGGCAGAGACCAAGGTCATTGTTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCACAGGTATAACAGCAGGAGGGCAGAGACCAAGGTCATTGTTCCA  700

seq1  GATACTACCCCAAAGGAAGGAGCCTACGGTTTCCAGTCCTCATTCACCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTACCCCAAAGGAAGGAGCCTACGGTTTCCAGTCCTCATTCACCAT  750

seq1  CTTGTTAGTCTTGCTTTCTCTGGTGCCTGTCTTGCTGTTCAGACCCCACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTAGTCTTGCTTTCTCTGGTGCCTGTCTTGCTGTTCAGACCCCACA  800

seq1  GGATTACTCTTGAGGCTGTGATGAAGCAAGAGAACTGGGGTGGCTGCTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTACTCTTGAGGCTGTGATGAAGCAAGAGAACTGGGGTGGCTGCTTC  850

seq1  CTTTTTCTAGTCTATCTAGAAGATGAT-GGAGGGAAGTT-CTCAGGACCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  CTTTTTCTAGTCTATCTAGAAGATGATGGGAGGGAAGTTCCTCAGGACCC  900

seq1  AGG-AGGGTGCT-GGAGGCCTTTG-AGAAGAACTGATGGCCAGAATAAAA  945
      ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGGTGCTGGGAGGCCTTTGAAGAAGAACTGATGGCCAGAATAAAA  950

seq1  GGTTTTG-ACTTGATTTATAAAAAACCAAAGAAAAGATAGGAGTTTG-CT  993
      ||||||| |||||||||   |||||||||   ||||||||||||||| ||
seq2  GGTTTTGAACTTGATTTTATAAAAACCAA--GAAAGATAGGAGTTTGCCT  998

seq1  AAGTTCTGAAATGACATGAAAATACCTCAA-CCAGGCTTAGTCCAAAGCT  1042
      ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  AAG-TCTGAAATGACATGAAAATACCTCAATCCAGGCTTAGTCC-AAGCT  1046

seq1  TCCACTGCCAAGTAGGATTGTT-GTCAGGATGC--TATGCCAAG-AGACT  1088
      | ||||||| |||||||||||| |||| |||||  || |||||| |||| 
seq2  TTCACTGCC-AGTAGGATTGTTGGTCA-GATGCCATAGGCCAAGAAGAC-  1093

seq1  TGAATACATCT--CTTGCGTTTATAAAATGAC--GGTAATAGG-AGGAAA  1133
      |||||||||||   |||||||||| |||||||  | ||||||| ||||||
seq2  TGAATACATCTTCTTTGCGTTTAT-AAATGACCAGCTAATAGGAAGGAAA  1142