BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-221D03
Chromosome13 (Build37)
Map Location 12,077,005 - 12,196,224
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRyr2
Upstream geneLOC100039648, Zp4
Downstream geneLOC100039678, Mtr, LOC100039826, Actn2, EG432725, Heatr1, LOC546246, Lgals8, LOC100039900, Edaradd, Ero1lb, LOC664862, EG238507, LOC100039744, EG630757, Prl2c3, LOC100039999, LOC100039754, Prl2c2, LOC434483
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-221D03.bB6Ng01-221D03.g
ACCGA036551GA036552
length1,0931,131
definitionB6Ng01-221D03.b B6Ng01-221D03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,195,131 - 12,196,224)(12,077,005 - 12,078,121)
sequence
gaattcctggagatcctgtctcactcttcagagggctgagattataggac
tcaccatacctggtttcttttttttttttccttttctttttaattaaaaa
aaaaattccagactggctttgaacttgctttgtagctaaggctatccttg
acctattgattcctctgcttctctctcctgagtgctgggatcacaggcgt
gtgttcacaacgggttgatacagtgctgaaagaatgaatgcagggctttg
tgtgtgctaagcacatcccagctcctcattttgtttttttttaaaggcac
atgtaccaaggagcattaagactgcatattttgacatactaattgtaact
gaaatctttctgagagtaatagacagagctgttgtacattaaaaaaaaaa
atcagtcatggggatattgtggctgtgctgtgcaccaggcatttacacaa
ctgattagcataccctgatcattatcatgtcaattgggcttggattctgc
gttccagcacactgaagcatctctaccatccacagctcctccccttttcc
tttctgagagaggtctgagatggttgctaagggacatagaggtgacatct
ttaatggagcctttgcgtgagttgtgtcttctctgtttctatcagggatg
ccttcattttgagggttttgtcactgtcagcctaacatccgtccagttct
ctttttctttattgctggttttgttgtctgccaagattccttcccagcag
gtgataggtggcttccctaccagatggagacaggctccctctgatctgtt
tatatttgcaggggctgagaaaatgcttcaggtgtgcctagcccttgaga
cagatgaatcatcgtatcataaaataaacctttagcacctaatgaatttg
cccaccatgtccagacacatgcatgatttgagatgccatggcttctttta
tcttaacaacttttatgagcttgccaacatagcaatgaactgtaatttgg
tatttaaaaacatagattatttgtttttcttaaagctttatttatttatt
ttatttggtgtgtgcatgtgccgtgtctgtgtgctgtgcatgt
gaattcctgcccagacttttctcggtgacagaggatgacccgagagctgt
gagctgaaataaaccttggctccccacgttgcttttgttcatggtgtttt
atcacagtgatagaaacctaactaagacatacagtgagtgaacccatgcc
cagaggaagttcccatggaaggaaactgtgcttggactgtagctttctcc
agatgggcttactggtgcccagaccaatgtggggacataaagtcagctta
aagaaaagagggtgggaagactgggcaagatggcaacaaaccagagatgt
ccctgtagcatgaatgagtggctatcccactcatcggagaggtgtgcggc
accaactacggtgcctggagcaccaaggtggaatgacaggtgctgctctc
tcaggaagcattgcttcactcagtgacttacaagactacagattttcctc
ctgactatgaagtgactgggacagggacagtgaggaagtcaagccaagtt
cacttgccctaggcctcctggcccaatgtttgaggcaaattaaaacacag
tggatgccaaggagaagctgccagttccctcatgtagtagaatgagccac
aacaacaaagagcccttctctaaggtaaggaccccctttgtgttgatcct
tctctttctctggctctgaatgaccaagctttgcaagacttccacagtct
gttcaagcttctagatatatatgtgcccccagatgccttctctaggaagc
atctcatgccacacacttcatttctcacattgattttgcaaatatattca
atgaatatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacat
atacatatataggttcatctgtaagaataaactcacaagaaggcaaaaat
aaatttgtgatttgggctatgtcttatgacatatttgaagtcaaatgtaa
ggttgtaattaattatagccatatgagacatacactagccaaaaatttgt
ttaggtgctttgtgtatacattattataatttaaaaacatcaaaggtcat
ccaggtgatcaatacacctgagacagtgatattagttggatttgagaaag
ctagcaagctcacttatccttgggcccagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_12195131_12196224
seq2: B6Ng01-221D03.b_46_1138 (reverse)

seq1  ACATGCACACGCACACAGACACGCGCACATGCACACACCAAAT-AAATAA  49
      ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACATGCACA-GCACACAGACACG-GCACATGCACACACCAAATAAAATAA  48

seq1  ATAAATAAAGCTTTAAGAAAAACAAATAATCTATGTTTTTAAATACCAAA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAAGCTTTAAGAAAAACAAATAATCTATGTTTTTAAATACCAAA  98

seq1  TTACAGTTCATTGCTATGTTGGCAAGCTCATAAAAGTTGTTAAGATAAAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGTTCATTGCTATGTTGGCAAGCTCATAAAAGTTGTTAAGATAAAA  148

seq1  GAAGCCATGGCATCTCAAATCATGCATGTGTCTGGACATGGTGGGCAAAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCATGGCATCTCAAATCATGCATGTGTCTGGACATGGTGGGCAAAT  198

seq1  TCATTAGGTGCTAAAGGTTTATTTTATGATACGATGATTCATCTGTCTCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAGGTGCTAAAGGTTTATTTTATGATACGATGATTCATCTGTCTCA  248

seq1  AGGGCTAGGCACACCTGAAGCATTTTCTCAGCCCCTGCAAATATAAACAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTAGGCACACCTGAAGCATTTTCTCAGCCCCTGCAAATATAAACAG  298

seq1  ATCAGAGGGAGCCTGTCTCCATCTGGTAGGGAAGCCACCTATCACCTGCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGGGAGCCTGTCTCCATCTGGTAGGGAAGCCACCTATCACCTGCT  348

seq1  GGGAAGGAATCTTGGCAGACAACAAAACCAGCAATAAAGAAAAAGAGAAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGAATCTTGGCAGACAACAAAACCAGCAATAAAGAAAAAGAGAAC  398

seq1  TGGACGGATGTTAGGCTGACAGTGACAAAACCCTCAAAATGAAGGCATCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACGGATGTTAGGCTGACAGTGACAAAACCCTCAAAATGAAGGCATCC  448

seq1  CTGATAGAAACAGAGAAGACACAACTCACGCAAAGGCTCCATTAAAGATG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAGAAACAGAGAAGACACAACTCACGCAAAGGCTCCATTAAAGATG  498

seq1  TCACCTCTATGTCCCTTAGCAACCATCTCAGACCTCTCTCAGAAAGGAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTCTATGTCCCTTAGCAACCATCTCAGACCTCTCTCAGAAAGGAAA  548

seq1  AGGGGAGGAGCTGTGGATGGTAGAGATGCTTCAGTGTGCTGGAACGCAGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAGGAGCTGTGGATGGTAGAGATGCTTCAGTGTGCTGGAACGCAGA  598

seq1  ATCCAAGCCCAATTGACATGATAATGATCAGGGTATGCTAATCAGTTGTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAAGCCCAATTGACATGATAATGATCAGGGTATGCTAATCAGTTGTG  648

seq1  TAAATGCCTGGTGCACAGCACAGCCACAATATCCCCATGACTGATTTTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGCCTGGTGCACAGCACAGCCACAATATCCCCATGACTGATTTTTT  698

seq1  TTTTTAATGTACAACAGCTCTGTCTATTACTCTCAGAAAGATTTCAGTTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAATGTACAACAGCTCTGTCTATTACTCTCAGAAAGATTTCAGTTA  748

seq1  CAATTAGTATGTCAAAATATGCAGTCTTAATGCTCCTTGGTACATGTGCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAGTATGTCAAAATATGCAGTCTTAATGCTCCTTGGTACATGTGCC  798

seq1  TTTAAAAAAAAACAAAATGAGGAGCTGGGATGTGCTTAGCACACACAAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAAAAACAAAATGAGGAGCTGGGATGTGCTTAGCACACACAAAG  848

seq1  CCCTGCATTCATTCTTTCAGCACTGTATCAACCCGTTGTGAACACACGCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCATTCATTCTTTCAGCACTGTATCAACCCGTTGTGAACACACGCC  898

seq1  TGTGATCCCAGCACTCAGGAGAGAGAAGCAGAGGAATCAATAGGTCAAGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATCCCAGCACTCAGGAGAGAGAAGCAGAGGAATCAATAGGTCAAGG  948

seq1  ATAGCCTTAGCTACAAAGCAAGTTCAAAGCCAGTCTGGAATTTTTTTTTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCTTAGCTACAAAGCAAGTTCAAAGCCAGTCTGGAATTTTTTTTTT  998

seq1  AATTAAAAAGAAAAGGAAAAAAAAAAAAGAAACCAGGTATGGTGAGTCCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAAAAGAAAAGGAAAAAAAAAAAAGAAACCAGGTATGGTGAGTCCT  1048

seq1  ATAATCTCAGCCCTCTGAAGAGTGAGACAGGATCTCCAGGAATTC  1094
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTCAGCCCTCTGAAGAGTGAGACAGGATCTCCAGGAATTC  1093

seq1: chr13_12077005_12078121
seq2: B6Ng01-221D03.g_67_1197

seq1  GAATTCCTGCCCAGACTTTTCTCGGTGACAGAGGATGACCCGAGAGCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCCCAGACTTTTCTCGGTGACAGAGGATGACCCGAGAGCTGT  50

seq1  GAGCTGAAATAAACCTTGGCTCCCCACGTTGCTTTTGTTCATGGTGTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGAAATAAACCTTGGCTCCCCACGTTGCTTTTGTTCATGGTGTTTT  100

seq1  ATCACAGTGATAGAAACCTAACTAAGACATACAGTGAGTGAACCCATGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAGTGATAGAAACCTAACTAAGACATACAGTGAGTGAACCCATGCC  150

seq1  CAGAGGAAGTTCCCATGGAAGGAAACTGTGCTTGGACTGTAGCTTTCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGAAGTTCCCATGGAAGGAAACTGTGCTTGGACTGTAGCTTTCTCC  200

seq1  AGATGGGCTTACTGGTGCCCAGACCAATGTGGGGACATAAAGTCAGCTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGGCTTACTGGTGCCCAGACCAATGTGGGGACATAAAGTCAGCTTA  250

seq1  AAGAAAAGAGGGTGGGAAGACTGGGCAAGATGGCAACAAACCAGAGATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAGAGGGTGGGAAGACTGGGCAAGATGGCAACAAACCAGAGATGT  300

seq1  CCCTGTAGCATGAATGAGTGGCTATCCCACTCATCGGAGAGGTGTGCGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTAGCATGAATGAGTGGCTATCCCACTCATCGGAGAGGTGTGCGGC  350

seq1  ACCAACTACGGTGCCTGGAGCACCAAGGTGGAATGACAGGTGCTGCTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACTACGGTGCCTGGAGCACCAAGGTGGAATGACAGGTGCTGCTCTC  400

seq1  TCAGGAAGCATTGCTTCACTCAGTGACTTACAAGACTACAGATTTTCCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAAGCATTGCTTCACTCAGTGACTTACAAGACTACAGATTTTCCTC  450

seq1  CTGACTATGAAGTGACTGGGACAGGGACAGTGAGGAAGTCAAGCCAAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTATGAAGTGACTGGGACAGGGACAGTGAGGAAGTCAAGCCAAGTT  500

seq1  CACTTGCCCTAGGCCTCCTGGCCCAATGTTTGAGGCAAATTAAAACACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGCCCTAGGCCTCCTGGCCCAATGTTTGAGGCAAATTAAAACACAG  550

seq1  TGGATGCCAAGGAGAAGCTGCCAGTTCCCTCATGTAGTAGAATGAGCCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGCCAAGGAGAAGCTGCCAGTTCCCTCATGTAGTAGAATGAGCCAC  600

seq1  AACAACAAAGAGCCCTTCTCTAAGGTAAGGACCCCCTTTGTGTTGATCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAAAGAGCCCTTCTCTAAGGTAAGGACCCCCTTTGTGTTGATCCT  650

seq1  TCTCTTTCTCTGGCTCTGAATGACCAAGCTTTGCAAGACTTCCACAGTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTCTCTGGCTCTGAATGACCAAGCTTTGCAAGACTTCCACAGTCT  700

seq1  GTTCAAGCTTCTAGATATATATGTGCCCCCAGATGCCTTCTCTAGGAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAGCTTCTAGATATATATGTGCCCCCAGATGCCTTCTCTAGGAAGC  750

seq1  ATCTCATGCCACACACTTCATTTCTCACATTGATTTTGCAAATATATTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATGCCACACACTTCATTTCTCACATTGATTTTGCAAATATATTCA  800

seq1  ATGAATATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAT  850

seq1  ATACATATATA-GTTCATCTGTAAGAATAAACTCACAAGAAGGCAAAAAT  899
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATATATAGGTTCATCTGTAAGAATAAACTCACAAGAAGGCAAAAAT  900

seq1  AAA-TTGTGATTT-GGCTATGTC-TATGACATA-TTGAAGTCAAATGTAA  945
      ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAATTTGTGATTTGGGCTATGTCTTATGACATATTTGAAGTCAAATGTAA  950

seq1  GGTTGTAA-TAATTATAGCAATATGAGACATACACTAGC--AAAAATTGT  992
      |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||
seq2  GGTTGTAATTAATTATAGCCATATGAGACATACACTAGCCAAAAATTTGT  1000

seq1  TTAGG-GCTTTGTGTATACAT--ATATAATTT-AAAACATCAAAGGTCAT  1038
      ||||| |||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTAGGTGCTTTGTGTATACATTATTATAATTTAAAAACATCAAAGGTCAT  1050

seq1  CCAGGTGATCAATACA-CTGAGACAGTGAATATTAGTTTGGATGGAGAAA  1087
      |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |  | ||||||
seq2  CCAGGTGATCAATACACCTGAGACAGTG-ATATTAGTTGGATTTGAGAAA  1099

seq1  GCTAGCCAGCTCACTTATCCTTGG--CCAGAA  1117
      |||||| |||||||||||||||||  ||||||
seq2  GCTAGCAAGCTCACTTATCCTTGGGCCCAGAA  1131