BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-221O21
Chromosome13 (Build37)
Map Location 58,970,692 - 59,092,831
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNtrk2
Upstream geneSpock1, Klhl3, Hnrpa0, 5133401N09Rik, Ubqln1, LOC671252, Gkap1, Kif27, Hnrpk, Rmi1, LOC100041086, Slc28a3, LOC100041510, LOC435361
Downstream geneLOC100041533, Agtpbp1, Mak10, Golph2, 4921517D22Rik, 1700013B16Rik, EG238662, 4932411G14Rik, Isca1, Zcchc6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-221O21.bB6Ng01-221O21.g
ACCGA037087GA037088
length1,1911,108
definitionB6Ng01-221O21.b B6Ng01-221O21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,970,692 - 58,971,869)(59,091,725 - 59,092,831)
sequence
gaattcatatcatgtgcttggatcttcttaggtgctttgtgtgaggagtg
attgttagtactcctattctatcatgaggtttatcaagtcggatatatgt
catagtcatggtgaccattgaaacattgggtccaaataaacatgactaag
aattctaccttttaaaaatggagttttacatgtaaaatcaaatggtacta
taaaccaaattctcccatttgtgggatccacgaggatttgagaacatgtg
aagacaccaacttttccatcatcttcaaagcaagccccacatccagggag
aaaccttggtcccaggttaactgtatagactcctccggggcttccccagc
ttcgaaactgaaagtccattatctcagggatgtgcttcgtccctggctac
ctgggatagttcataaccctggtgcaaactgagtttttcatatataaagt
tatgtaccaagctgactgcgaaacaacatttcttacattctttgacctca
aaatattgttttgaaagtagcattctcagagtcttccgcccatacaggaa
cagaatggttttggtccatctggtctgaggccatgacctctgagctggga
ctctattctccagtgagagtctggacagtctggtccttcctcctgtctca
ctctggagtcctggatcaaagtgtgctcagggaggtggtggagccatgct
gagttgtgcaaggatggacagagcttggaagagggcttagggtagattgg
gaaagccaccaaggccacctaaggtgaatgctggagggcagaggccctgg
ctgaccgagactgggtcaaggggaaggtgagcagacagcaaagggtgtta
ggttctgagacagtgggtatctgggaagccagaggggacctgctcccatg
gggctgtgacaccttccctcagtagggcttcaaggccatcactgtggggg
acagtgtgtgctgtgggggtcttcccaaagggaaatggcttgagaggacc
agtcattgtcttacacgtggcatcatgaaggcacgaaccttaaggctctt
actgcttaagtcactaatgggtcccagactacatttgcagggcaggctac
tatgccttggggtcttccatgtcttaagagattagctattttggtattgg
tactcaacctactcaaaaactatatattgtgcagtggataa
gaattcagaacctttgctcatgtgcactccaagaagctcctcaaaggggt
tgaaaacctctgtcgttttgcaaaagctctcacttgcctttgttgggaga
agagtgacagagtggacattgtagttaagaagaatagggcatgcatggac
tctgtgacgttttcaactactgctcaaatgtcccctctcttcagaacatc
agctttcctgcaccatggctggccagcaagcctgtgcctacctaggcaat
tgtttaataagcatatgaccagtaggggaaacacacagctataactgaag
aaacatgggacccatactgcagagaggcaataaatgtccatttcattgaa
aataaagtcaaccttcaaagtaaacgtaaaacaactttaaaattcttgct
atgattttgcctctaagagtagttagccataggtgtgtgcagaggacatg
ctctttaagacaaagatatgagggtgtgtcttagagacaaccccacttaa
atttaggcacaggatttaggaccctagaataattacaaggctgttgtgga
aggaaacacgattttgggaacaacaataagtctacggataaaacacaacc
ccacccaccaactcaagacacagtttgggagttttgctggttaataggct
tggtttctgtttttcagctcagaaggtgtgctcccatcacaccctgtcaa
aatccctctcaataggcaaggcaaggagaagatagcacagctaccctcga
gccaagtctgtaagtcctactggtcaaccaccccatgctgtcagacactg
tgattttcagacacatctacacaggctagttgaataaagaccaactccag
acttgatgttactgagctcctcagctccatcttgccatcctgattgatcg
aggaagatggtctatagtttaaatgacacagcactttgaagggcttagtc
atagagcactctgtttgtcctgggaaaggcaactttcttgcttggctagt
atggaagctaagagtgacttccagatgctgtctgggccagaattgcaaga
ataaccatagactcttctcctccaatcagcctggattaagcctctttggg
ttcctgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_58970692_58971869
seq2: B6Ng01-221O21.b_48_1238

seq1  GAATTCATATCATGTGCTTGGATCTTCTTAGGTGCTTTGTGTGAGGAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATCATGTGCTTGGATCTTCTTAGGTGCTTTGTGTGAGGAGTG  50

seq1  ATTGTTAGTACTCCTATTCTATCATGAGGTTTATCAAGTCGGATATATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTAGTACTCCTATTCTATCATGAGGTTTATCAAGTCGGATATATGT  100

seq1  CATAGTCATGGTGACCATTGAAACATTGGGTCCAAATAAACATGACTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTCATGGTGACCATTGAAACATTGGGTCCAAATAAACATGACTAAG  150

seq1  AATTCTACCTTTTAAAAATGGAGTTTTACATGTAAAATCAAATGGTACTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTACCTTTTAAAAATGGAGTTTTACATGTAAAATCAAATGGTACTA  200

seq1  TAAACCAAATTCTCCCATTTGTGGGATCCACGAGGATTTGAGAACATGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCAAATTCTCCCATTTGTGGGATCCACGAGGATTTGAGAACATGTG  250

seq1  AAGACACCAACTTTTCCATCATCTTCAAAGCAAGCCCCACATCCAGGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACACCAACTTTTCCATCATCTTCAAAGCAAGCCCCACATCCAGGGAG  300

seq1  AAACCTTGGTCCCAGGTTAACTGTATAGACTCCTCCGGGGCTTCCCCAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTTGGTCCCAGGTTAACTGTATAGACTCCTCCGGGGCTTCCCCAGC  350

seq1  TTCGAAACTGAAAGTCCATTATCTCAGGGATGTGCTTCGTCCCTGGCTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGAAACTGAAAGTCCATTATCTCAGGGATGTGCTTCGTCCCTGGCTAC  400

seq1  CTGGGATAGTTCATAACCCTGGTGCAAACTGAGTTTTTCATATATAAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATAGTTCATAACCCTGGTGCAAACTGAGTTTTTCATATATAAAGT  450

seq1  TATGTACCAAGCTGACTGCGAAACAACATTTCTTACATTCTTTGACCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTACCAAGCTGACTGCGAAACAACATTTCTTACATTCTTTGACCTCA  500

seq1  AAATATTGTTTTGAAAGTAGCATTCTCAGAGTCTTCCGCCCATACAGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTGTTTTGAAAGTAGCATTCTCAGAGTCTTCCGCCCATACAGGAA  550

seq1  CAGAATGGTTTTGGTCCATCTGGTCTGAGGCCATGACCTCTGAGCTGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGGTTTTGGTCCATCTGGTCTGAGGCCATGACCTCTGAGCTGGGA  600

seq1  CTCTATTCTCCAGTGAGAGTCTGGACAGTCTGGTCCTTCCTCCTGTCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATTCTCCAGTGAGAGTCTGGACAGTCTGGTCCTTCCTCCTGTCTCA  650

seq1  CTCTGGAGTCCTGGATCAAAGTGTGCTCAGGGAGGTGGTGGAGCCATGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGAGTCCTGGATCAAAGTGTGCTCAGGGAGGTGGTGGAGCCATGCT  700

seq1  GAGTTGTGCAAGGATGGACAGAGCTTGGAAGAGGGCTTAGGGTAGATTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGTGCAAGGATGGACAGAGCTTGGAAGAGGGCTTAGGGTAGATTGG  750

seq1  GAAAGCCACCAAGGCCACCTAAGGTGAATGCTGGAGGGCAGAGGCCCTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCCACCAAGGCCACCTAAGGTGAATGCTGGAGGGCAGAGGCCCTGG  800

seq1  CTGACCGAGACTGGGTCAAGGGGAAGGTGAGCAGACAGCAAAGGGTGTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCGAGACTGGGTCAAGGGGAAGGTGAGCAGACAGCAAAGGGTGTTA  850

seq1  GG-TCTGAGACAGTGGGTATCTGGGAAGCCAGAGGGGACCTGCTCCCATG  899
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTGAGACAGTGGGTATCTGGGAAGCCAGAGGGGACCTGCTCCCATG  900

seq1  GGGCTGTGACACCTTCCCTCAGTAGGGCTTCAAGGCCATCACTGTGGGGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGTGACACCTTCCCTCAGTAGGGCTTCAAGGCCATCACTGTGGGGG  950

seq1  ACAGTGTGTGCTGTGGGGGTCTTCCCAAAGGGAAAAGGCTTGAGAGGACC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACAGTGTGTGCTGTGGGGGTCTTCCCAAAGGGAAATGGCTTGAGAGGACC  1000

seq1  AGTCATTGTCTTACACGTGGCATCA-GGAGGCACGACCCTTAGGCTTCTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| |  ||||
seq2  AGTCATTGTCTTACACGTGGCATCATGAAGGCACGAACCTTAAGGCTCTT  1050

seq1  ACTGCTTAAGTCACTAAATGGTCCCCAGACTACA--TGCAGGGCA-GCCA  1095
      ||||||||||||||| |||||  |||||||||||  ||||||||| || |
seq2  ACTGCTTAAGTCACT-AATGGGTCCCAGACTACATTTGCAGGGCAGGCTA  1099

seq1  CTATGCAT--GGTGCTACAATG-CTAAAGA---TAGGTATTTTGATATTG  1139
      |||||| |  ||  || | ||| || ||||   ||| ||||||| |||||
seq2  CTATGCCTTGGGGTCTTCCATGTCTTAAGAGATTAGCTATTTTGGTATTG  1149

seq1  TATTTCAAAACTACTCAAAAA--ATATATTG-GCAGT-GATAA  1178
          || || |||||||||||  |||||||| ||||| |||||
seq2  GTACTC-AACCTACTCAAAAACTATATATTGTGCAGTGGATAA  1191

seq1: chr13_59091725_59092831
seq2: B6Ng01-221O21.g_66_1173 (reverse)

seq1  TGCAGGAACCAAAGGAGGCTAAATCCAAGGCTGA-TGGAGGAGAAGAGTT  49
      |||||||||| || |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| |
seq2  TGCAGGAACCCAAAGAGGCTTAATCC-AGGCTGATTGGAGGAGAAGAG-T  48

seq1  CTATGGTTA-TCTGCAAATTCTGG-CCAGACAGCATCTGGAAGTCACTCC  97
      ||||||||| |||   |||||||| ||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTATGGTTATTCTTGCAATTCTGGCCCAGACAGCATCTGGAAGTCACT-C  97

seq1  TTAGCTTCCATAACTAGCCAAGCAAG-AAGTTGCC-TTCCCAGGACAAAA  145
      ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||
seq2  TTAGCTTCCAT-ACTAGCCAAGCAAGAAAGTTGCCTTTCCCAGGAC-AAA  145

seq1  CAGAGTGCTCTAATGACTAAGCCC-TCAAAGTGCTGTGTCATTTAAACTA  194
      ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGCTCT-ATGACTAAGCCCTTCAAAGTGCTGTGTCATTTAAACTA  194

seq1  TAGACCATC-TCCTCGATCAATCAGGATGGCAAGATGGAGCTGAGGAGCT  243
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCATCTTCCTCGATCAATCAGGATGGCAAGATGGAGCTGAGGAGCT  244

seq1  CAGTAACATCAAGTCTGGAGTTGGTCTTTATTCAACTAGCCTGTGTAGAT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAACATCAAGTCTGGAGTTGGTCTTTATTCAACTAGCCTGTGTAGAT  294

seq1  GTGTCTGAAAATCACAGTGTCTGACAGCATGGGGTGGTTGACCAGTAGGA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGAAAATCACAGTGTCTGACAGCATGGGGTGGTTGACCAGTAGGA  344

seq1  CTTACAGACTTGGCTCGAGGGTAGCTGTGCTATCTTCTCCTTGCCTTGCC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAGACTTGGCTCGAGGGTAGCTGTGCTATCTTCTCCTTGCCTTGCC  394

seq1  TATTGAGAGGGATTTTGACAGGGTGTGATGGGAGCACACCTTCTGAGCTG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAGAGGGATTTTGACAGGGTGTGATGGGAGCACACCTTCTGAGCTG  444

seq1  AAAAACAGAAACCAAGCCTATTAACCAGCAAAACTCCCAAACTGTGTCTT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAGAAACCAAGCCTATTAACCAGCAAAACTCCCAAACTGTGTCTT  494

seq1  GAGTTGGTGGGTGGGGTTGTGTTTTATCCGTAGACTTATTGTTGTTCCCA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGGTGGGTGGGGTTGTGTTTTATCCGTAGACTTATTGTTGTTCCCA  544

seq1  AAATCGTGTTTCCTTCCACAACAGCCTTGTAATTATTCTAGGGTCCTAAA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCGTGTTTCCTTCCACAACAGCCTTGTAATTATTCTAGGGTCCTAAA  594

seq1  TCCTGTGCCTAAATTTAAGTGGGGTTGTCTCTAAGACACACCCTCATATC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGCCTAAATTTAAGTGGGGTTGTCTCTAAGACACACCCTCATATC  644

seq1  TTTGTCTTAAAGAGCATGTCCTCTGCACACACCTATGGCTAACTACTCTT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTTAAAGAGCATGTCCTCTGCACACACCTATGGCTAACTACTCTT  694

seq1  AGAGGCAAAATCATAGCAAGAATTTTAAAGTTGTTTTACGTTTACTTTGA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCAAAATCATAGCAAGAATTTTAAAGTTGTTTTACGTTTACTTTGA  744

seq1  AGGTTGACTTTATTTTCAATGAAATGGACATTTATTGCCTCTCTGCAGTA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGACTTTATTTTCAATGAAATGGACATTTATTGCCTCTCTGCAGTA  794

seq1  TGGGTCCCATGTTTCTTCAGTTATAGCTGTGTGTTTCCCCTACTGGTCAT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCCCATGTTTCTTCAGTTATAGCTGTGTGTTTCCCCTACTGGTCAT  844

seq1  ATGCTTATTAAACAATTGCCTAGGTAGGCACAGGCTTGCTGGCCAGCCAT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTATTAAACAATTGCCTAGGTAGGCACAGGCTTGCTGGCCAGCCAT  894

seq1  GGTGCAGGAAAGCTGATGTTCTGAAGAGAGGGGACATTTGAGCAGTAGTT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCAGGAAAGCTGATGTTCTGAAGAGAGGGGACATTTGAGCAGTAGTT  944

seq1  GAAAACGTCACAGAGTCCATGCATGCCCTATTCTTCTTAACTACAATGTC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACGTCACAGAGTCCATGCATGCCCTATTCTTCTTAACTACAATGTC  994

seq1  CACTCTGTCACTCTTCTCCCAACAAAGGCAAGTGAGAGCTTTTGCAAAAC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGTCACTCTTCTCCCAACAAAGGCAAGTGAGAGCTTTTGCAAAAC  1044

seq1  GACAGAGGTTTTCAACCCCTTTGAGGAGCTTCTTGGAGTGCACATGAGCA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGGTTTTCAACCCCTTTGAGGAGCTTCTTGGAGTGCACATGAGCA  1094

seq1  AAGGTTCTGAATTC  1107
      ||||||||||||||
seq2  AAGGTTCTGAATTC  1108