BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-227H23
Chromosome13 (Build37)
Map Location 5,639,587 - 5,824,853
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG432723
Downstream gene1700016G22Rik, Klf6, LOC100039388, LOC100039395, Pitrm1, Pfkp, LOC100039532
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-227H23.bB6Ng01-227H23.g
ACCGA041153GA041154
length1,0701,108
definitionB6Ng01-227H23.b B6Ng01-227H23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,823,785 - 5,824,853)(5,639,587 - 5,640,694)
sequence
gaattctatctgtctggtggaatgaagtgactatttccatatctatagtt
ttggaagatttgtttaagaattggcaatttctctactacattagcacagt
tccaaaagagtaccaatgaaatatttatatttcacagtccaactaatctc
tgctagggagtcctagccatgtataatagattcactttcaaagtttttca
aagggcagaatccaaggttgattagctgtggacctggcctgctttgcctc
cacaaagtacttctctggaggctctggtgtctcgaaacctgttaaaatca
gagtaaagccctaggctccatgccaacaccttctgcccaccaggaccctg
aaaatataaatttcaggatgctttttaactggccactgctgttctactgt
gtagtaagaggagattaagaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaacat
tttaaaggtaaccttggctttagctgactattagagaacattacttcgac
tttctttaaagaattcttttttttttaaagaaaacagcatgtctgctgtt
gttatgtatcaagcaacctttcttctaacataccaccccacataggtact
cacagacagacagacagacagacagacacacacacacacccctctctaaa
ttcaacctatattctctgtgggtgaagcttccgtaaaaatgagaaaaaca
gagacaagagctgaaaggtagccgaggagtcgaccagcagcaccagcagt
caggagcaagctttggaaacacaattgtggagtaaaggagaagagggtcc
aagagcttgaacggtggacaaggaaacaaaatcagctcagagagggttag
agacatttggtgagcaccgcaggatgggaaattccagcctcattctcaga
gactgtgctggagtcacgcttcagggtctcaggtcacaggattgctctcc
tagcacaccctgcctcctatttacttacaacacagctgctcaaacccctg
aggcaagtctctgtgcgtcagagtggtgaatctgagggatagggggaggt
cagaaggttggggtgggtca

gaattccttgtttctttactgagattatgagcaggacccagcaaatttgg
cctgcagtaggcattttatgtaaagtttaattttaatcctcagaattgtc
tgaatatatactatcaatgtatttagacttttaaatgtaggtcataataa
atggatccagtaaaatttgaattcaaatttgacagtctagatagaaattg
aaaaaaaatgcatgcttattagaggagagaaaatagaacagccagaaacc
atggaattgggacatattcaagaaacctgggatcaggggctggtaagtgg
ctcagcatgtacaagcacttgcagcaaaaacctgagggcctgagtttgat
ctctgaagcttgtgacaaaaagtccaatgtggtagcatgtatctgtcacc
ccagcattcctattcagagtagaggcagagataggaaaattgtccaaagg
tccatggagataacagaagcctggactatccagcacaataaaaacagcaa
gagagaccctgcctaaaaaggaagaaaagaactaactcccaaatggtgtc
ttatgatgtctacacacatgcttggagcacatgcatgcacacacaaaaaa
cacatacatacacacagaaagagagtattaataatgaaaattacaaaatt
tataacataattataactcaacttacttcaaaccttgatagaataactca
cttcagcaatactagaaataaagaaactgagacagggagttggggatgta
tagtgaattctaggatagctcaggctacccaaagaaaccttgacttaaac
aaaagcaaaaccaaacccatccaaccaacaaatgaaaacaaaaactctcc
agacagctgttctaatatgaagccacttttgccccaagatgaagaaatac
aagcctcgtgtggactgctggtcagaagacactaagcgttcaataataac
gcaatgtcattttaagcattagattctaatcttttgtttttgttatgctg
tatcaggatgtaagttttgtcattgattttaaatttgacgtactgtgaaa
aacatatggatagtcaggtagacatctaaacacggatctgagcctgcaca
gaagaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_5823785_5824853
seq2: B6Ng01-227H23.b_47_1116 (reverse)

seq1  TGACCCA-CCCAACC-TCTGACCT-CCCCTATCCCTCAGATTCACCACCT  47
      ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGACCCACCCCAACCTTCTGACCTCCCCCTATCCCTCAGATTCACCA-CT  49

seq1  CTGACGCACAGAGACTTGCCTCAGGGGTTTTGGGCAGCTGTGTTGTAAGT  97
      ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  CTGACGCACAGAGACTTGCCTCAGGGG-TTTGAGCAGCTGTGTTGTAAGT  98

seq1  AAATAGGAGGCAAGGTGTGCTAGGAGAGCAATCCTGTGACCTGAGACCCT  147
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGGAGGCAGGGTGTGCTAGGAGAGCAATCCTGTGACCTGAGACCCT  148

seq1  GAAGCGTGACTCCAGCACAGTCTCTGAGAATGAGGCTGGAATTTTCCATC  197
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GAAGCGTGACTCCAGCACAGTCTCTGAGAATGAGGCTGGAATTTCCCATC  198

seq1  CTGCGGTGCTCACCAAATGTCTCTAACCCTCTCTGAGCTGATTTTGTTTC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGGTGCTCACCAAATGTCTCTAACCCTCTCTGAGCTGATTTTGTTTC  248

seq1  CTTGTCCACCGTTCAAGCTCTTGGACCCTCTTCTCCTTTACTCCACAATT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCCACCGTTCAAGCTCTTGGACCCTCTTCTCCTTTACTCCACAATT  298

seq1  GTGTTTCCAAAGCTTGCTCCTGACTGCTGGTGCTGCTGGTCGACTCCTCG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCCAAAGCTTGCTCCTGACTGCTGGTGCTGCTGGTCGACTCCTCG  348

seq1  GCTACCTTTCAGCTCTTGTCTCTGTTTTTCTCATTTTTACGGAAGCTTCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCTTTCAGCTCTTGTCTCTGTTTTTCTCATTTTTACGGAAGCTTCA  398

seq1  CCCACAGAGAATATAGGTTGAATTTAGAGAGGGGTGTGTGTGTGTGTCTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAGAGAATATAGGTTGAATTTAGAGAGGGGTGTGTGTGTGTGTCTG  448

seq1  TCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTGAGTACCTATGTGGGGTGGTATGTTAGAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTGAGTACCTATGTGGGGTGGTATGTTAGAA  498

seq1  GAAAGGTTGCTTGATACATAACAACAGCAGACATGCTGTTTTCTTTAAAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGTTGCTTGATACATAACAACAGCAGACATGCTGTTTTCTTTAAAA  548

seq1  AAAAAAGAATTCTTTAAAGAAAGTCGAAGTAATGTTCTCTAATAGTCAGC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGAATTCTTTAAAGAAAGTCGAAGTAATGTTCTCTAATAGTCAGC  598

seq1  TAAAGCCAAGGTTACCTTTAAAATGTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCCAAGGTTACCTTTAAAATGTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGT  648

seq1  TTTCTTAATCTCCTCTTACTACACAGTAGAACAGCAGTGGCCAGTTAAAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTAATCTCCTCTTACTACACAGTAGAACAGCAGTGGCCAGTTAAAA  698

seq1  AGCATCCTGAAATTTATATTTTCAGGGTCCTGGTGGGCAGAAGGTGTTGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCTGAAATTTATATTTTCAGGGTCCTGGTGGGCAGAAGGTGTTGG  748

seq1  CATGGAGCCTAGGGCTTTACTCTGATTTTAACAGGTTTCGAGACACCAGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAGCCTAGGGCTTTACTCTGATTTTAACAGGTTTCGAGACACCAGA  798

seq1  GCCTCCAGAGAAGTACTTTGTGGAGGCAAAGCAGGCCAGGTCCACAGCTA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCAGAGAAGTACTTTGTGGAGGCAAAGCAGGCCAGGTCCACAGCTA  848

seq1  ATCAACCTTGGATTCTGCCCTTTGAAAAACTTTGAAAGTGAATCTATTAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACCTTGGATTCTGCCCTTTGAAAAACTTTGAAAGTGAATCTATTAT  898

seq1  ACATGGCTAGGACTCCCTAGCAGAGATTAGTTGGACTGTGAAATATAAAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGCTAGGACTCCCTAGCAGAGATTAGTTGGACTGTGAAATATAAAT  948

seq1  ATTTCATTGGTACTCTTTTGGAACTGTGCTAATGTAGTAGAGAAATTGCC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATTGGTACTCTTTTGGAACTGTGCTAATGTAGTAGAGAAATTGCC  998

seq1  AATTCTTAAACAAATCTTCCAAAACTATAGATATGGAAATAGTCACTTCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTAAACAAATCTTCCAAAACTATAGATATGGAAATAGTCACTTCA  1048

seq1  TTCCACCAGACAGATAGAATTC  1069
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACCAGACAGATAGAATTC  1070


seq1: chr13_5639587_5640694
seq2: B6Ng01-227H23.g_66_1173

seq1  GAATTCCTTGTTTCTTTACTGAGATTATGAGCAGGACCCAGCAAATTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGTTTCTTTACTGAGATTATGAGCAGGACCCAGCAAATTTGG  50

seq1  CCTGCAGTAGGCATTTTATGTAAAGTTTAATTTTAATCCTCAGAATTGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGTAGGCATTTTATGTAAAGTTTAATTTTAATCCTCAGAATTGTC  100

seq1  TGAATATATACTATCAATGTATTTAGACTTTTAAATGTAGGTCATAATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATATACTATCAATGTATTTAGACTTTTAAATGTAGGTCATAATAA  150

seq1  ATGGATCCAGTAAAATTTGAATTCAAATTTGACAGTCTAGATAGAAATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATCCAGTAAAATTTGAATTCAAATTTGACAGTCTAGATAGAAATTG  200

seq1  AAAAAAAATGCATGCTTATTAGAGGAGAGAAAATAGAACAGCCAGAAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAATGCATGCTTATTAGAGGAGAGAAAATAGAACAGCCAGAAACC  250

seq1  ATGGAATTGGGACATATTCAAGAAACCTGGGATCAGGGGCTGGTAAGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATTGGGACATATTCAAGAAACCTGGGATCAGGGGCTGGTAAGTGG  300

seq1  CTCAGCATGTACAAGCACTTGCAGCAAAAACCTGAGGGCCTGAGTTTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCATGTACAAGCACTTGCAGCAAAAACCTGAGGGCCTGAGTTTGAT  350

seq1  CTCTGAAGCTTGTGACAAAAAGTCCAATGTGGTAGCATGTATCTGTCACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAAGCTTGTGACAAAAAGTCCAATGTGGTAGCATGTATCTGTCACC  400

seq1  CCAGCATTCCTATTCAGAGTAGAGGCAGAGATAGGAAAATTGTCCAAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCATTCCTATTCAGAGTAGAGGCAGAGATAGGAAAATTGTCCAAAGG  450

seq1  TCCATGGAGATAACAGAAGCCTGGACTATCCAGCACAATAAAAACAGCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGGAGATAACAGAAGCCTGGACTATCCAGCACAATAAAAACAGCAA  500

seq1  GAGAGACCCTGCCTAAAAAGGAAGAAAAGAACTAACTCCCAAATGGTGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGACCCTGCCTAAAAAGGAAGAAAAGAACTAACTCCCAAATGGTGTC  550

seq1  TTATGATGTCTACACACATGCTTGGAGCACATGCATGCACACACAAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGATGTCTACACACATGCTTGGAGCACATGCATGCACACACAAAAAA  600

seq1  CACATACATACACACAGAAAGAGAGTATTAATAATGAAAATTACAAAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACATACACACAGAAAGAGAGTATTAATAATGAAAATTACAAAATT  650

seq1  TATAACATAATTATAACTCAACTTACTTCAAACCTTGATAGAATAACTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACATAATTATAACTCAACTTACTTCAAACCTTGATAGAATAACTCA  700

seq1  CTTCAGCAATACTAGAAATAAAGAAACTGAGACAGGGAGTTGGGGATGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCAATACTAGAAATAAAGAAACTGAGACAGGGAGTTGGGGATGTA  750

seq1  TAGTGAATTCTAGGATAGCTCAGGCTACCCAAAGAAACCTTGACTTAAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAATTCTAGGATAGCTCAGGCTACCCAAAGAAACCTTGACTTAAAC  800

seq1  AAAAGCAAAACCAAACCCATCCAACCAAACAAATGAAAACAAAAACTCTC  850
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCAAAACCAAACCCATCCAACC-AACAAATGAAAACAAAAACTCTC  849

seq1  CAGACAGCTGTTCTAATATGAAGCCACTTTTGCCCCAAGATG-AGAAATA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CAGACAGCTGTTCTAATATGAAGCCACTTTTGCCCCAAGATGAAGAAATA  899

seq1  CAAGCCTCGTGTGGACTGCTGGTCAGAAGACAACTAAGCGTTCAATAATA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCTCGTGTGGACTGCTGGTCAGAAGAC-ACTAAGCGTTCAATAATA  948

seq1  ACGCAATGTCATTTTAAGCATTAGATTCTAATC-TTTGTTTT--GTATGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||
seq2  ACGCAATGTCATTTTAAGCATTAGATTCTAATCTTTTGTTTTTGTTATGC  998

seq1  TGTTATCAGAATGTAAGTTTTGTCATTGAATTTAAAATTTGAAGGTACTG  1046
      || |||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||
seq2  TG-TATCAGGATGTAAGTTTTGTCATTG-ATTTTAAATTTG-ACGTACTG  1045

seq1  TGAAAACAATAT-GATAATTCCAGGTAGACATCTTAACACAGATCTGAG-  1094
      ||||||  |||| |||| |  ||||||||||||| ||||| |||||||| 
seq2  TGAAAAACATATGGATAGT--CAGGTAGACATCTAAACACGGATCTGAGC  1093

seq1  CTGCACAG-AGAAGA  1108
      |||||||| ||||||
seq2  CTGCACAGAAGAAGA  1108


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |