BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-227I13
Chromosome13 (Build37)
Map Location 60,447,742 - 60,613,926
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAgtpbp1, Mak10, Golph2, 4921517D22Rik, 1700013B16Rik, EG238662, 4932411G14Rik, Isca1, Zcchc6, LOC100041267, Gas1, EG328264
Downstream geneDapk1, LOC218274, BC051665, 2310051M13Rik, 4930486L24Rik, Tpbpb, Ctla2a, Tpbpa, Ctsj, Ctsq, Ctsr, Cts6, Cts8, Cts8-ps, LOC435362, Cts7, Cts7-ps, EG624056
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-227I13.bB6Ng01-227I13.g
ACCGA041181GA041182
length894859
definitionB6Ng01-227I13.b B6Ng01-227I13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,447,742 - 60,448,635)(60,613,073 - 60,613,926)
sequence
gaattctgaattaatattaaataacactcaaacttttacaaagttattaa
tatttagaacaaatgaagaatactcaaaatgacaccaaagaagtataaca
tgtgtagaagaatcaaatgaaaatttcatggctgaggaaagagacagtca
agtctttaagtgacaaatgggcttcattacagaaacaaacaagtcaggag
gctgggcaaaggacagcacagagcccagaagaggaacacggatgtacatg
cagtaagatgttagcctcactcatgtcagcgagaataaaactatggttag
gctgattctcacctgtcagaacgacaaaaaacatgagctttggatgtgca
tggcagtgaggacatggatgtgcatggcagagaacattgagaattctccc
agatgcttcaggtcatcttgaaaaatgtctctctaatccacaagctattc
agctttgtgaacctacttgagaccatttaccatctacaagtggggtgaca
tctgtatggtattattcctggtgacactgttgcaaatccagggaagatag
aaatgatgtcatgtctgtcaatcggctgctgggtaaatgaactcttaagc
atccgtataatggatggctaaatgctaaggcaaacataagaacatgggat
gaagcacaagatcttgtgttcttgtgtagaaaatagactgtgacccgaat
ctgtttccatttacataagcatgaagaatctgtgtaagtacaagtgacaa
gggagggagggagtgtgggggtctgcctgttaaagtactgtgttggttga
gctacatggtatctatgaaaagtaaaaaataaaatacaccaaagccaaac
atgtgcatgagaagacaccacacacagaatgggggagagagcga
gaattccaaaatagtctgggcaacaagtgaccttgtcctaaaacaaatca
aaaggaggagaggacattcttttattattattattattgttattattatt
attttggctattttctttatttacatttcaaatgttttcccctttccagc
tctccccttcaaaaaccccctgtcccatatccccaccccctggcctctat
gagagtgctcccccacccacccactcactcctgtcttcccgccttggcat
tcccctacactgttgctccgtccatggagctgcaaactccctcagctcct
tcagtcccttctccaactcctccattggggaccccgtgctcagtccaatg
gttgactgcgagcatcagcctctgtatttgtcaggctctggcagagcttc
tcaggaaagagccatatcaggcaagcacttcctggcatccgcaatagcgt
ctgggtttggtgactgcatatgggataggtcctcaggtggggcagtctct
ggatggcctttttccttcagtggagaggacactcactgtcacagtgttcc
agtgaccttattgaataccatatctaaaggtttataacactgggacttgg
gcttttgcttctaaatcaagaaaactgacgtgggttggcaggtaacaagc
acagtcgagctgtagaatcacttgtcaacgagtgtgagtgtggagacgga
gccgtaaagagctacccgatacacagtgagggatgtgagcaggaggaggt
ggagagggactttgatttcttgggagcaggagagcatgtgtggggttgga
atccataaaccacgaatgtgtattagagctgtcataaagctgcttgcgat
tggggaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_60447742_60448635
seq2: B6Ng01-227I13.b_44_937

seq1  GAATTCTGAATTAATATTAAATAACACTCAAACTTTTACAAAGTTATTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAATTAATATTAAATAACACTCAAACTTTTACAAAGTTATTAA  50

seq1  TATTTAGAACAAATGAAGAATACTCAAAATGACACCAAAGAAGTATAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAGAACAAATGAAGAATACTCAAAATGACACCAAAGAAGTATAACA  100

seq1  TGTGTAGAAGAATCAAATGAAAATTTCATGGCTGAGGAAAGAGACAGTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAGAAGAATCAAATGAAAATTTCATGGCTGAGGAAAGAGACAGTCA  150

seq1  AGTCTTTAAGTGACAAATGGGCTTCATTACAGAAACAAACAAGTCAGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTAAGTGACAAATGGGCTTCATTACAGAAACAAACAAGTCAGGAG  200

seq1  GCTGGGCAAAGGACAGCACAGAGCCCAGAAGAGGAACACGGATGTACATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGCAAAGGACAGCACAGAGCCCAGAAGAGGAACACGGATGTACATG  250

seq1  CAGTAAGATGTTAGCCTCACTCATGTCAGCGAGAATAAAACTATGGTTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAGATGTTAGCCTCACTCATGTCAGCGAGAATAAAACTATGGTTAG  300

seq1  GCTGATTCTCACCTGTCAGAACGACAAAAAACATGAGCTTTGGATGTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATTCTCACCTGTCAGAACGACAAAAAACATGAGCTTTGGATGTGCA  350

seq1  TGGCAGTGAGGACATGGATGTGCATGGCAGAGAACATTGAGAATTCTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGTGAGGACATGGATGTGCATGGCAGAGAACATTGAGAATTCTCCC  400

seq1  AGATGCTTCAGGTCATCTTGAAAAATGTCTCTCTAATCCACAAGCTATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTTCAGGTCATCTTGAAAAATGTCTCTCTAATCCACAAGCTATTC  450

seq1  AGCTTTGTGAACCTACTTGAGACCATTTACCATCTACAAGTGGGGTGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTGTGAACCTACTTGAGACCATTTACCATCTACAAGTGGGGTGACA  500

seq1  TCTGTATGGTATTATTCCTGGTGACACTGTTGCAAATCCAGGGAAGATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATGGTATTATTCCTGGTGACACTGTTGCAAATCCAGGGAAGATAG  550

seq1  AAATGATGTCATGTCTGTCAATCGGCTGCTGGGTAAATGAACTCTTAAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATGTCATGTCTGTCAATCGGCTGCTGGGTAAATGAACTCTTAAGC  600

seq1  ATCCGTATAATGGATGGCTAAATGCTAAGGCAAACATAAGAACATGGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCGTATAATGGATGGCTAAATGCTAAGGCAAACATAAGAACATGGGAT  650

seq1  GAAGCACAAGATCTTGTGTTCTTGTGTAGAAAATAGACTGTGACCCGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCACAAGATCTTGTGTTCTTGTGTAGAAAATAGACTGTGACCCGAAT  700

seq1  CTGTTTCCATTTACATAAGCATGAAGAATCTGTGTAAGTACAAGTGACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCCATTTACATAAGCATGAAGAATCTGTGTAAGTACAAGTGACAA  750

seq1  GGGAGGGAGGGAGTGTGGGGGTCTGCCTGTTAAAGTACTGTGTTGGTTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGGAGGGAGTGTGGGGGTCTGCCTGTTAAAGTACTGTGTTGGTTGA  800

seq1  GCTACATGGTATCTATGAAAAGTAAAAAATAAAATACACCAAAGCCAAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACATGGTATCTATGAAAAGTAAAAAATAAAATACACCAAAGCCAAAC  850

seq1  ATGTGCATGAGAAGACACCACACACAGAATGGGGGAGAGAGGGA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATGTGCATGAGAAGACACCACACACAGAATGGGGGAGAGAGCGA  894

seq1: chr13_60613073_60613926
seq2: B6Ng01-227I13.g_65_923 (reverse)

seq1  CCTTCCCCAGTCGC-AGCAGCTCTGTGACAGCTCTACT-CACATTCGTGG  48
      ||||||||| |||| ||||||| | ||||||||||| | |||||||||||
seq2  CCTTCCCCAATCGCAAGCAGCTTTATGACAGCTCTAATACACATTCGTGG  50

seq1  -TTATGGATTCCAA-CCCACACATGCTCTCCTGCTCCCAAGAAATC-AAG  95
       ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTTATGGATTCCAACCCCACACATGCTCTCCTGCTCCCAAGAAATCAAAG  100

seq1  TCCCTCTCCACCTCCTCCTGCTCACATCCCTCACTGTGTATCGGGTAGCT  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTCCACCTCCTCCTGCTCACATCCCTCACTGTGTATCGGGTAGCT  150

seq1  CTTTACGGCTCCGTCTCCACACTCACACTCGTTGACAAGTGATTCTACAG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACGGCTCCGTCTCCACACTCACACTCGTTGACAAGTGATTCTACAG  200

seq1  CTCGACTGTGCTTGTTACCTGCCAACCCACGTCAGTTTTCTTGATTTAGA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGACTGTGCTTGTTACCTGCCAACCCACGTCAGTTTTCTTGATTTAGA  250

seq1  AGCAAAAGCCCAAGTCCCAGTGTTATAAACCTTTAGATATGGTATTCAAT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAAGCCCAAGTCCCAGTGTTATAAACCTTTAGATATGGTATTCAAT  300

seq1  AAGGTCACTGGAACACTGTGACAGTGAGTGTCCTCTCCACTGAAGGAAAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCACTGGAACACTGTGACAGTGAGTGTCCTCTCCACTGAAGGAAAA  350

seq1  AGGCCATCCAGAGACTGCCCCACCTGAGGACCTATCCCATATGCAGTCAC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCATCCAGAGACTGCCCCACCTGAGGACCTATCCCATATGCAGTCAC  400

seq1  CAAACCCAGACGCTATTGCGGATGCCAGGAAGTGCTTGCCTGATATGGCT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCCAGACGCTATTGCGGATGCCAGGAAGTGCTTGCCTGATATGGCT  450

seq1  CTTTCCTGAGAAGCTCTGCCAGAGCCTGACAAATACAGAGGCTGATGCTC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTGAGAAGCTCTGCCAGAGCCTGACAAATACAGAGGCTGATGCTC  500

seq1  GCAGTCAACCATTGGACTGAGCACGGGGTCCCCAATGGAGGAGTTGGAGA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCAACCATTGGACTGAGCACGGGGTCCCCAATGGAGGAGTTGGAGA  550

seq1  AGGGACTGAAGGAGCTGAGGGAGTTTGCAGCTCCATGGACGGAGCAACAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACTGAAGGAGCTGAGGGAGTTTGCAGCTCCATGGACGGAGCAACAG  600

seq1  TGTAGGGGAATGCCAAGGCGGGAAGACAGGAGTGAGTGGGTGGGTGGGGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGGGAATGCCAAGGCGGGAAGACAGGAGTGAGTGGGTGGGTGGGGG  650

seq1  AGCACTCTCATAGAGGCCAGGGGGTGGGGATATGGGACAGGGGGTTTTTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTCTCATAGAGGCCAGGGGGTGGGGATATGGGACAGGGGGTTTTTG  700

seq1  AAGGGGAGAGCTGGAAAGGGGAAAACATTTGAAATGTAAATAAAGAAAAT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGAGAGCTGGAAAGGGGAAAACATTTGAAATGTAAATAAAGAAAAT  750

seq1  AGCCAAAATAATAATAATAACAATAATAATAATAATAAAAGAATGTCCTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAAATAATAATAATAACAATAATAATAATAATAAAAGAATGTCCTC  800

seq1  TCCTCCTTTTGATTTGTTTTAGGACAAGGTCACTTGTTGCCCAGACTATT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTTTTGATTTGTTTTAGGACAAGGTCACTTGTTGCCCAGACTATT  850

seq1  TTGGAATTC  854
      |||||||||
seq2  TTGGAATTC  859