BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-229G20
Chromosome13 (Build37)
Map Location 93,192,550 - 93,346,512
singlet/doubletdoublet
Overlap gene6430502M16Rik, 4930405M20Rik, Zfyve16, LOC100039070, Spz1
Upstream geneRasgrf2, Msh3, Dhfr
Downstream geneSerinc5, Ppia-ps13_1124.1, Thbs4, EG624619, EG218444, Papd4, LOC100039163, Homer1, Jmy, EG619883
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-229G20.bB6Ng01-229G20.g
ACCGA042579GA042580
length1,11197
definitionB6Ng01-229G20.b B6Ng01-229G20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,192,550 - 93,193,664)(93,346,416 - 93,346,512)
sequence
gaattcatgataaagatactcatcagagccaagcatctacccttactttt
cttaaaacatatcttgaaaggcataaaactgtgaacacaaagagtcttcc
attttagatgtcccactttgttacccacaatgcaggatgccttcagtgag
cttttcagtccttgccttgttctatctcctcagcactcctttccttggac
tccaggaagcctccttaccaggtgtggtggcacggaggacacagggaaga
gtcacacagcaatccctgttcctggttccctcctaagagtactttggagc
cctggtggtcttgctggcaaaacagggctgcagatccacccctctctcct
tctcagatacagctgctgcactgggtttaatcactaagcttaagctatgt
gtcttgggccctctttggggaccagcaagacagaggccatcccttcctgc
ccttacacctcaccttggctgctatggtaattcagtcctcacagttcctc
catgagtccaagagctggaggatgaaaagggacacagcctggaacagggc
actttccactgaccacacactttgcccaaggtacacatggaatgtgttag
ccactgtctccttgctgtccctagccccactgtcccagggtttattaatg
tttattaacactgccctaggaaaaatagcacagactgaggagcttgggga
caactgaaaagcgcccctcagggttctagagactgggaagtttagaagct
cagcatctggccagggctgctcttgtggtttccagcagtgctgcttgcac
gtcctttagagagaatgagcactgcctgtcacatgtggaggatgcccaga
caccagcttactacccccttaggccctttctcaagggtgctaacccatcc
taagggccatactccatgactcatcacctcccaagcattccatcttcaaa
tattgcagtataattcaatgtagcactgtgggaaacacattcagaccaca
gcatcccatacattagataaaggcagtcgcttcctcttagccttttgctc
agcatagtgtttctagcccaagcagcctggaactctcattctatgaagct
cccaggaacag
ttattcagcctgctgtgctttctctcaactatatttaccctcaggtggaa
caccgtggttgtggttggctcgatgtggtgtggtgtggtgtggtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_93192550_93193664
seq2: B6Ng01-229G20.b_45_1155

seq1  GAATTCATGATAAAGATACTCATCAGAGCCAAGCATCTACCCTTACTTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGATAAAGATACTCATCAGAGCCAAGCATCTACCCTTACTTTT  50

seq1  CTTAAAACATATCTTGAAAGGCATAAAACTGTGAACACAAAGAGTCTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAACATATCTTGAAAGGCATAAAACTGTGAACACAAAGAGTCTTCC  100

seq1  ATTTTAGATGTCCCACTTTGTTACCCACAATGCAGGATGCCTTCAGTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAGATGTCCCACTTTGTTACCCACAATGCAGGATGCCTTCAGTGAG  150

seq1  CTTTTCAGTCCTTGCCTTGTTCTATCTCCTCAGCACTCCTTTCCTTGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCAGTCCTTGCCTTGTTCTATCTCCTCAGCACTCCTTTCCTTGGAC  200

seq1  TCCAGGAAGCCTCCTTACCAGGTGTGGTGGCACGGAGGACACAGGGAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGAAGCCTCCTTACCAGGTGTGGTGGCACGGAGGACACAGGGAAGA  250

seq1  GTCACACAGCAATCCCTGTTCCTGGTTCCCTCCTAAGAGTACTTTGGAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACACAGCAATCCCTGTTCCTGGTTCCCTCCTAAGAGTACTTTGGAGC  300

seq1  CCTGGTGGTCTTGCTGGCAAAACAGGGCTGCAGATCCACCCCTCTCTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTGGTCTTGCTGGCAAAACAGGGCTGCAGATCCACCCCTCTCTCCT  350

seq1  TCTCAGATACAGCTGCTGCACTGGGTTTAATCACTAAGCTTAAGCTATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGATACAGCTGCTGCACTGGGTTTAATCACTAAGCTTAAGCTATGT  400

seq1  GTCTTGGGCCCTCTTTGGGGACCAGCAAGACAGAGGCCATCCCTTCCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGGCCCTCTTTGGGGACCAGCAAGACAGAGGCCATCCCTTCCTGC  450

seq1  CCTTACACCTCACCTTGGCTGCTATGGTAATTCAGTCCTCACAGTTCCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACACCTCACCTTGGCTGCTATGGTAATTCAGTCCTCACAGTTCCTC  500

seq1  CATGAGTCCAAGAGCTGGAGGATGAAAAGGGACACAGCCTGGAACAGGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGTCCAAGAGCTGGAGGATGAAAAGGGACACAGCCTGGAACAGGGC  550

seq1  ACTTTCCACTGACCACACACTTTGCCCAAGGTACACATGGAATGTGTTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCCACTGACCACACACTTTGCCCAAGGTACACATGGAATGTGTTAG  600

seq1  CCACTGTCTCCTTGCTGTCCCTAGCCCCACTGTCCCAGGGTTTATTAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGTCTCCTTGCTGTCCCTAGCCCCACTGTCCCAGGGTTTATTAATG  650

seq1  TTTATTAACACTGCCCTAGGAAAAATAGCACAGACTGAGGAGCTTGGGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAACACTGCCCTAGGAAAAATAGCACAGACTGAGGAGCTTGGGGA  700

seq1  CAACTGAAAAGCGCCCCTCAGGGTTCTAGAGACTGGGAAGTTTAGAAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGAAAAGCGCCCCTCAGGGTTCTAGAGACTGGGAAGTTTAGAAGCT  750

seq1  CAGCATCTGGCCAGGGCTGCTCTTGTGGTTTCCAGCAGTGCTGCTTGCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATCTGGCCAGGGCTGCTCTTGTGGTTTCCAGCAGTGCTGCTTGCAC  800

seq1  GTCCTTTAGAGAGAATGAGCACTGCCTGTCACATGTGGAGGATGCCCAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTAGAGAGAATGAGCACTGCCTGTCACATGTGGAGGATGCCCAGA  850

seq1  CACCAGCTTACTACCCCCTTAGGCCCTTTCTCAAGGGTGCTAACCCATCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGCTTACTACCCCCTTAGGCCCTTTCTCAAGGGTGCTAACCCATCC  900

seq1  TAAGGGCCATACTCCCATGACTCATCACCTCCCAAGCATTCCATCTTCAA  950
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGCCATACT-CCATGACTCATCACCTCCCAAGCATTCCATCTTCAA  949

seq1  ATATTGCAGTTATAATTCAATGTAGCACTGTGGGAAACACATTCAGACCA  1000
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGCAG-TATAATTCAATGTAGCACTGTGGGAAACACATTCAGACCA  998

seq1  CAGCATCCCATACATTAGATAAAGCAGGTCCGCCTTCTC-TAGCCTTTTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||   || ||| | ||| ||||||||||
seq2  CAGCATCCCATACATTAGATAAAGGCAGT-CGCTTCCTCTTAGCCTTTTG  1047

seq1  CTCAGCATAGGTGTTTCTAGCCCAAAGCAGCCTGG-ACTCTCATTCTATG  1098
      ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTCAGCATA-GTGTTTCTAGCCC-AAGCAGCCTGGAACTCTCATTCTATG  1095

seq1  AAAGCTCCCAGGAACAG  1115
       ||||||||||||||||
seq2  -AAGCTCCCAGGAACAG  1111

seq1: chr13_93346416_93346512
seq2: B6Ng01-229G20.g_73_169 (reverse)

seq1  CACACCACACCACACCACACCACATCGAGCCAACCACAACCACGGTGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCACACCACACCACACCACATCGAGCCAACCACAACCACGGTGTTC  50

seq1  CACCTGAGGGTAAATATAGTTGAGAGAAAGCACAGCAGGCTGAATAA  97
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGAGGGTAAATATAGTTGAGAGAAAGCACAGCAGGCTGAATAA  97