BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-233K19
Chromosome13 (Build37)
Map Location 10,461,526 - 10,614,683
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDip2c, LOC666986, Zmynd11, Chrm3, LOC100039604
Downstream geneLOC100039648, Zp4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-233K19.bB6Ng01-233K19.g
ACCGA045662GA045663
length1,1081,025
definitionB6Ng01-233K19.b B6Ng01-233K19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,461,526 - 10,462,633)(10,613,665 - 10,614,683)
sequence
gaattcatttccatggtatctcaatactgtttttatctgcatagatatgc
ttgcattttcctagacctattcactgatgaatttgttgcttttcccatca
ctgtgactggagaagccacttaaatgaggaaagcttttattttacctaaa
agtttgagagatttagtaagttgtggcctagaaagcatggtagcaagaga
ggagcttcctggtaatgaaggtatgtgtaactgaaattccttggtgactc
aaatctcctctgcataggaaaaagggaacaagtgtggagccggagtataa
acctcatggcccaaccacagtggcccactttctttatcaaggtccaacct
tctcaaagttccacattgaaatattctcaccaaaccatacaaactagtaa
tgtgtaagcttagcccaatggtgtagctctcagcgtgaaattcagagtgc
acaggaaggatggagagatgcttccatgtgaggaatgcttgctgttctcc
cagagaaagcacatctggttcccagcatccacatctgtggctgacaatgg
cctatgaccccaactcaaatctaaagtcctctttaacctccctaggtact
gcatacacacacatgcatatacacacatataagaataagttgactaatga
gtctctgtgcataacaacggaggtcacaggaaaacaaaaagagatgggaa
ttgagaaagaagttttaaggatgaaatttcttagactggaggaaagagtc
aaagagagaagttggagagtttaagaagggtaatgggtgtagcatgcaaa
agttgggaaaatggaggcaagcaaacagctgagtgagtagacacttgctg
tcatatctggcaacctgagttcaagcacttgagcccacatagaggaagga
gagaactgattcctgtaagttcccctctgacctttggctgccacatgtat
gctatggcatgtatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
atatatataatatacatgtacttgtcccccctgcagtatggaaggtgagg
ttaggagaattcgagaccgcctctccatcagcccgcagtaagagagggga
ggtaggac

gaattctttttcttgaaagctaagaaactttactgccactgtgataaaat
atgctgatgaaagcaacttaggaatcaagagtttaatttggctcagttgg
aggatatggtctttcattccagagatgtcacagggacatgtgtctagaaa
catgggttacaatttcatctgtaatctgatggattctggtactctattca
cattcttctattttatgaccataatcccaacacagggattgacactaccc
acaatggatgtctttccacattgcaattagcttaataaagaaaagccaga
catcatggcctacttggtgagccctaggaattatgtctgacactgtccac
tagccttcatatccatgtgcatacctatgaacagtcacatgcatatgcaa
aaatcttgttgtctggggaaggtggagatactttgtaagtcaacactgaa
gcagactatgaggtaacaataataatatcattgtgaaatttagaagcacg
taaagaaaggatttggtcatctcagtcagccaggcctctcagaattgctg
tagatggcaagactcataagaccaggcagacatagatggtaaggagagaa
ggccccacattttcatgatgcagggctgcagggctgcagggctgcagggc
tgcaggtgtcccatcaactttgccatgttagctaaatctataaaaattgc
cctgacacttccaaccacttaaagccaataatataaagcatattcaccaa
ctaattacccttttgtcatctataatcagtataagaatgcacaccattat
gccactgccacattcagacgcatttcatatcaaaattcgaatcttctaaa
actccaggtgcttttcttttagtatttcttttttttatactaagtcaaga
acattcaaccaatattatattgaagtcaccactgagcttagggaacagca
ttaggattatcgttgataccctttgtgagggttctccccctagattctct
tattagccaatgctaatcattaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_10461526_10462633
seq2: B6Ng01-233K19.b_46_1153

seq1  GAATTCATTTCCATGGTATCTCAATACTGTTTTTATCTGCATAGATATGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTCCATGGTATCTCAATACTGTTTTTATCTGCATAGATATGC  50

seq1  TTGCATTTTCCTAGACCTATTCACTGATGAATTTGTTGCTTTTCCCATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATTTTCCTAGACCTATTCACTGATGAATTTGTTGCTTTTCCCATCA  100

seq1  CTGTGACTGGAGAAGCCACTTAAATGAGGAAAGCTTTTATTTTACCTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGACTGGAGAAGCCACTTAAATGAGGAAAGCTTTTATTTTACCTAAA  150

seq1  AGTTTGAGAGATTTAGTAAGTTGTGGCCTAGAAAGCATGGTAGCAAGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGAGAGATTTAGTAAGTTGTGGCCTAGAAAGCATGGTAGCAAGAGA  200

seq1  GGAGCTTCCTGGTAATGAAGGTATGTGTAACTGAAATTCCTTGGTGACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTTCCTGGTAATGAAGGTATGTGTAACTGAAATTCCTTGGTGACTC  250

seq1  AAATCTCCTCTGCATAGGAAAAAGGGAACAAGTGTGGAGCCGGAGTATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTCCTCTGCATAGGAAAAAGGGAACAAGTGTGGAGCCGGAGTATAA  300

seq1  ACCTCATGGCCCAACCACAGTGGCCCACTTTCTTTATCAAGGTCCAACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCATGGCCCAACCACAGTGGCCCACTTTCTTTATCAAGGTCCAACCT  350

seq1  TCTCAAAGTTCCACATTGAAATATTCTCACCAAACCATACAAACTAGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAGTTCCACATTGAAATATTCTCACCAAACCATACAAACTAGTAA  400

seq1  TGTGTAAGCTTAGCCCAATGGTGTAGCTCTCAGCGTGAAATTCAGAGTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAAGCTTAGCCCAATGGTGTAGCTCTCAGCGTGAAATTCAGAGTGC  450

seq1  ACAGGAAGGATGGAGAGATGCTTCCATGTGAGGAATGCTTGCTGTTCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAAGGATGGAGAGATGCTTCCATGTGAGGAATGCTTGCTGTTCTCC  500

seq1  CAGAGAAAGCACATCTGGTTCCCAGCATCCACATCTGTGGCTGACAATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAAGCACATCTGGTTCCCAGCATCCACATCTGTGGCTGACAATGG  550

seq1  CCTATGACCCCAACTCAAATCTAAAGTCCTCTTTAACCTCCCTAGGTACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGACCCCAACTCAAATCTAAAGTCCTCTTTAACCTCCCTAGGTACT  600

seq1  GCATACACACACATGCATATACACACATATAAGAATAAGTTGACTAATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACACACACATGCATATACACACATATAAGAATAAGTTGACTAATGA  650

seq1  GTCTCTGTGCATAACAACGGAGGTCACAGGAAAACAAAAAGAGATGGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGTGCATAACAACGGAGGTCACAGGAAAACAAAAAGAGATGGGAA  700

seq1  TTGAGAAAGAAGTTTTAAGGATGAAATTTCTTAGACTGGAGGAAAGAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAAAGAAGTTTTAAGGATGAAATTTCTTAGACTGGAGGAAAGAGTC  750

seq1  AAAGAGAGAAGTTGGAGAGTTTAAGAAGGGTAATGGGTGTAGCATGCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAGAAGTTGGAGAGTTTAAGAAGGGTAATGGGTGTAGCATGCAAA  800

seq1  AGTTGGGAAAATGGAGGCAAGCAAACAGCTGAGTGAGTAGACACTTGCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGGAAAATGGAGGCAAGCAAACAGCTGAGTGAGTAGACACTTGCTG  850

seq1  TCATATCTGGCAACCTGAGTTCAAGCACTTGAGCCCACATAGAGGAAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATCTGGCAACCTGAGTTCAAGCACTTGAGCCCACATAGAGGAAGGA  900

seq1  GAGAACTGATTCCTGTAAGTTCCCCTCTGACCTTTTGGCTGCCACATGTA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAGAACTGATTCCTGTAAGTTCCCCTCTGACC-TTTGGCTGCCACATGTA  949

seq1  TGCTATGGCATGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATGGCATGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATA  999

seq1  TATATATATATACATATACATGTAC---ACACACATTCATTTT--AAAAT  1045
      ||||||||||   ||||||||||||    | | | | || | |  ||  |
seq2  TATATATATA---ATATACATGTACTTGTCCCCCCTGCAGTATGGAAGGT  1046

seq1  GATGTTAGGAGAATTCAGAACACAGACCATCCACAAGCCTGAATAAGGAG  1095
      || |||||||||||||   | || | |  ||||  |||| | |  | |||
seq2  GAGGTTAGGAGAATTC--GAGACCGCCTCTCCATCAGCCCGCAGTAAGAG  1094

seq1  A-GTGAGGTAGGAC  1108
      | | ||||||||||
seq2  AGGGGAGGTAGGAC  1108


seq1: chr13_10613665_10614683
seq2: B6Ng01-233K19.g_67_1091 (reverse)

seq1  AATTAATGATTAGCATTGGCTAATAAGAGAATCTA-GGGGAG-ACCCTCA  48
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  AATTAATGATTAGCATTGGCTAATAAGAGAATCTAGGGGGAGAACCCTCA  50

seq1  CAAAGGGTATCAACGAT-ATCCTAATGCTGTTCCCTAAGCTCAGTGGTGA  97
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGGTATCAACGATAATCCTAATGCTGTTCCCTAAGCTCAGTGGTGA  100

seq1  CTTCAATAT-ATATTGGTTGAATGTTCTTGACTTAGTAT-AAAAAAAGAA  145
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTTCAATATAATATTGGTTGAATGTTCTTGACTTAGTATAAAAAAAAGAA  150

seq1  ATACTAAAAG-AAAGCACCTGGAGTTTTAGAAGATTCGAATTTTGATATG  194
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTAAAAGAAAAGCACCTGGAGTTTTAGAAGATTCGAATTTTGATATG  200

seq1  AAATGCGTCTGAATGTGGCAGTGGCATAATGGTGTGCATTCTTATACTGA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCGTCTGAATGTGGCAGTGGCATAATGGTGTGCATTCTTATACTGA  250

seq1  TTATAGATGACAAAAGGGTAATTAGTTGGTGAATATGCTTTATATTATTG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGATGACAAAAGGGTAATTAGTTGGTGAATATGCTTTATATTATTG  300

seq1  GCTTTAAGTGGTTGGAAGTGTCAGGGCAATTTTTATAGATTTAGCTAACA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAAGTGGTTGGAAGTGTCAGGGCAATTTTTATAGATTTAGCTAACA  350

seq1  TGGCAAAGTTGATGGGACACCTGCAGCCCTGCAGCCCTGCAGCCCTGCAG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAAGTTGATGGGACACCTGCAGCCCTGCAGCCCTGCAGCCCTGCAG  400

seq1  CCCTGCATCATGAAAATGTGGGGCCTTCTCTCCTTACCATCTATGTCTGC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCATCATGAAAATGTGGGGCCTTCTCTCCTTACCATCTATGTCTGC  450

seq1  CTGGTCTTATGAGTCTTGCCATCTACAGCAATTCTGAGAGGCCTGGCTGA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTTATGAGTCTTGCCATCTACAGCAATTCTGAGAGGCCTGGCTGA  500

seq1  CTGAGATGACCAAATCCTTTCTTTACGTGCTTCTAAATTTCACAATGATA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGATGACCAAATCCTTTCTTTACGTGCTTCTAAATTTCACAATGATA  550

seq1  TTATTATTGTTACCTCATAGTCTGCTTCAGTGTTGACTTACAAAGTATCT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTGTTACCTCATAGTCTGCTTCAGTGTTGACTTACAAAGTATCT  600

seq1  CCACCTTCCCCAGACAACAAGATTTTTGCATATGCATGTGACTGTTCATA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTTCCCCAGACAACAAGATTTTTGCATATGCATGTGACTGTTCATA  650

seq1  GGTATGCACATGGATATGAAGGCTAGTGGACAGTGTCAGACATAATTCCT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGCACATGGATATGAAGGCTAGTGGACAGTGTCAGACATAATTCCT  700

seq1  AGGGCTCACCAAGTAGGCCATGATGTCTGGCTTTTCTTTATTAAGCTAAT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTCACCAAGTAGGCCATGATGTCTGGCTTTTCTTTATTAAGCTAAT  750

seq1  TGCAATGTGGAAAGACATCCATTGTGGGTAGTGTCAATCCCTGTGTTGGG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATGTGGAAAGACATCCATTGTGGGTAGTGTCAATCCCTGTGTTGGG  800

seq1  ATTATGGTCATAAAATAGAAGAATGTGAATAGAGTACCAGAATCCATCAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGGTCATAAAATAGAAGAATGTGAATAGAGTACCAGAATCCATCAG  850

seq1  ATTACAGATGAAATTGTAACCCATGTTTCTAGACACATGTCCCTGTGACA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGATGAAATTGTAACCCATGTTTCTAGACACATGTCCCTGTGACA  900

seq1  TCTCTGGAATGAAAGACCATATCCTCCAACTGAGCCAAATTAAACTCTTG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGAATGAAAGACCATATCCTCCAACTGAGCCAAATTAAACTCTTG  950

seq1  ATTCCTAAGTTGCTTTCATCAGCATATTTTATCACAGTGGCAGTAAAGTT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTAAGTTGCTTTCATCAGCATATTTTATCACAGTGGCAGTAAAGTT  1000

seq1  TCTTAGCTTTCAAGAAAAAGAATTC  1019
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGCTTTCAAGAAAAAGAATTC  1025


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |