BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-235H24
Chromosome13 (Build37)
Map Location 7,158,843 - 7,282,976
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039388, LOC100039395, Pitrm1, Pfkp, LOC100039532
Downstream geneLOC667611, EG623516, LOC791083, LOC382722, Adarb2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-235H24.bB6Ng01-235H24.g
ACCGA046962GA046963
length1,1361,001
definitionB6Ng01-235H24.b B6Ng01-235H24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,158,843 - 7,159,971)(7,281,984 - 7,282,976)
sequence
gaattcctagaggctttcaagatactattcaataattctatgaaaaaaat
gaggtctaccatttcatcaggcttttcaattatagtctcttacttccatg
ttagcagaaaatctcttacaactgcttgtcactactctcagcactcttac
tgaaaataaattaaatactttttatttacaaaacagttacctcatttaat
tacaatcacacaccaacatatttattcaagtaaattttttctcttcctaa
tgataaaagttacctatgccagatttgttcacatagtttatttacttttc
ccccttatacatctctagagtgataatgaatgtctaatgaaatttaaatt
ttgtgttggtgtgtggatatttaatacagaaatgtattgctggtttcaac
tatgctggacggcattcagatcaataactgacacccattacattcttatc
ttattatgtaaaccaatctctgattcttgcccctgctatgaaagctcagg
taaaattgattgcttccatctttgcaccctgtgtttggctgtgagctacc
aagatcaagtcttaatactttaagcagacatggaagttattggtaaagcc
agctcggcttttgttataacttaccactgattttttttcactgttgattc
ttgatcatctgcctaccaccaagatctcagctttacagaagacatggcaa
gtcattttctcagtcttgttatgcctttagtacctgggaaaaatgccacc
attggcttacttgggattagacccaatagtgtaaccattgattcacagag
agaagatgtaattacttttgggctattattgactgtcttttgcttcttat
atattaaaacaacaaaaccaaaaaaaaaaaaaaatgtgtatgggaggatt
ggagtgcttcactagcccatggtgacacaagttcaaaattttgccccaac
ctacatacgtcctttatggatggtaacccactgccttttttcatttactt
aggtggcccacacatttcacaccctctcttaagggcaaatataggtggtc
gggtcacatgggatattttatattctgggatgccagtaggattcttttga
aattgcataagacaatataccgcacatactctatgt

gaattccagtttttatgcttctacagaaagtgttcctacctactgatccg
tgatttcatctctgctgtttaaaatccaaatagccctagttgagaaatga
gtagatagtgattagaacaccccatcactaaattaacaggtatctatttt
tcttcccaaggagggtgaaacagcttcaaacatgtgatttctagtttagt
caactaaaggaacagctacagtgaaatgtggcagtaaatgaaacatcagt
tgcttgtcaaccttttgttttaacagttttagttttttggggagatgctt
atacttgtgccaggcttgagtgtggaggtcaaaggacaacttctcatagt
cactcttaccatgtgactcaggtcttccaactcaggtcttcaggcttggt
ggtaagctccttaaccctctagccatcctgtaggcttagctgtcactatt
tgaaacatgtttactcttcagccaccaatagcaattatggtgaaaaattc
cattaggaaaagtatcagcctgggaccccaaagaccaagttctcatcaaa
aaaaggtgatttatttggcacagagggtctgaggacagggaataagagac
aaagacaggaaatagaggacaagggagaagggaaagggaacaaagggaag
gggttaggggtatttgtcccagagatacaacattttgcctctggatagag
aggaagacagacatagcacatagaaaaatggtgttctataagggatgtat
ggatgtgtataaggatgagttgtttaattttagttaagcatgttaattag
gtaacccaaaagggattattgattggtaggctttcaatattttgaataac
tggacttttgtaagttaaccttaggagaaaggaagtggccaaataagtgg
ccttgggctgcctagctttaaggaatgtaatataaatgatatttagccaa
gcagtgtcgatgatgtgtaaggaactgcctgccagagtcatgattaccac
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_7158843_7159971
seq2: B6Ng01-235H24.b_46_1181

seq1  GAATTCCTAGAGGCTTTCAAGATACTATTCAATAATTCTATGAAAAAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGAGGCTTTCAAGATACTATTCAATAATTCTATGAAAAAAAT  50

seq1  GAGGTCTACCATTTCATCAGGCTTTTCAATTATAGTCTCTTACTTCCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCTACCATTTCATCAGGCTTTTCAATTATAGTCTCTTACTTCCATG  100

seq1  TTAGCAGAAAATCTCTTACAACTGCTTGTCACTACTCTCAGCACTCTTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCAGAAAATCTCTTACAACTGCTTGTCACTACTCTCAGCACTCTTAC  150

seq1  TGAAAATAAATTAAATACTTTTTATTTACAAAACAGTTACCTCATTTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATAAATTAAATACTTTTTATTTACAAAACAGTTACCTCATTTAAT  200

seq1  TACAATCACACACCAACATATTTATTCAAGTAAATTTTTTCTCTTCCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATCACACACCAACATATTTATTCAAGTAAATTTTTTCTCTTCCTAA  250

seq1  TGATAAAAGTTACCTATGCCAGATTTGTTCACATAGTTTATTTACTTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAAAGTTACCTATGCCAGATTTGTTCACATAGTTTATTTACTTTTC  300

seq1  CCCCTTATACATCTCTAGAGTGATAATGAATGTCTAATGAAATTTAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTATACATCTCTAGAGTGATAATGAATGTCTAATGAAATTTAAATT  350

seq1  TTGTGTTGGTGTGTGGATATTTAATACAGAAATGTATTGCTGGTTTCAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTGGTGTGTGGATATTTAATACAGAAATGTATTGCTGGTTTCAAC  400

seq1  TATGCTGGACGGCATTCAGATCAATAACTGACACCCATTACATTCTTATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTGGACGGCATTCAGATCAATAACTGACACCCATTACATTCTTATC  450

seq1  TTATTATGTAAACCAATCTCTGATTCTTGCCCCTGCTATGAAAGCTCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATGTAAACCAATCTCTGATTCTTGCCCCTGCTATGAAAGCTCAGG  500

seq1  TAAAATTGATTGCTTCCATCTTTGCACCCTGTGTTTGGCTGTGAGCTACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTGATTGCTTCCATCTTTGCACCCTGTGTTTGGCTGTGAGCTACC  550

seq1  AAGATCAAGTCTTAATACTTTAAGCAGACATGGAAGTTATTGGTAAAGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCAAGTCTTAATACTTTAAGCAGACATGGAAGTTATTGGTAAAGCC  600

seq1  AGCTCGGCTTTTGTTATAACTTACCACTGATTTTTTTTCACTGTTGATTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCGGCTTTTGTTATAACTTACCACTGATTTTTTTTCACTGTTGATTC  650

seq1  TTGATCATCTGCCTACCACCAAGATCTCAGCTTTACAGAAGACATGGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCATCTGCCTACCACCAAGATCTCAGCTTTACAGAAGACATGGCAA  700

seq1  GTCATTTTCTCAGTCTTGTTATGCCTTTAGTACCTGGGAAAAATGCCACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTTTCTCAGTCTTGTTATGCCTTTAGTACCTGGGAAAAATGCCACC  750

seq1  ATTGGCTTACTTGGGATTAGACCCAATAGTGTAACCATTGATTCACAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCTTACTTGGGATTAGACCCAATAGTGTAACCATTGATTCACAGAG  800

seq1  AGAAGATGTAATTACTTTTGGGCTA-TATTGACTGTC-TTTGCTTCTTAT  848
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGAAGATGTAATTACTTTTGGGCTATTATTGACTGTCTTTTGCTTCTTAT  850

seq1  ATATTAAAACAAACAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAATGTGTAT-GGAGGA  897
      ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATATTAAAACAA--CAAAACCAAAAAAAAAAAAAAATGTGTATGGGAGGA  898

seq1  TTGGAGTGC-TCACTAGCCAATGGTGACACAAGTTCAAAATTT--GCCCA  944
      ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||
seq2  TTGGAGTGCTTCACTAGCCCATGGTGACACAAGTTCAAAATTTTGCCCCA  948

seq1  ACCTACATAACCTCCTTTATGAAT-GTAAACCACTG-CTTTTTTCATTTA  992
      |||||||| || ||||||||| || |||| |||||| |||||||||||||
seq2  ACCTACAT-ACGTCCTTTATGGATGGTAACCCACTGCCTTTTTTCATTTA  997

seq1  CTTAGGTGG-CCACACATTTCACA-CCTCTCCTAAGGGCAAATATAG--T  1038
      ||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||   
seq2  CTTAGGTGGCCCACACATTTCACACCCTCTCTTAAGGGCAAATATAGGTG  1047

seq1  GTCGTGTCACCATGGATATTTATTATTTCTTGAGTGCCAGTAGGATCTTT  1088
      |||| |||||   ||||||||  || |||| |  ||||||||||||  ||
seq2  GTCGGGTCACATGGGATATTTTATA-TTCTGGGATGCCAGTAGGATTCTT  1096

seq1  TTGAAA-TGCATAAGACAAATTATCAGCAACATACTCTATGT  1129
      |||||| ||||||||||||  || | || |||||||||||||
seq2  TTGAAATTGCATAAGACAATATA-CCGC-ACATACTCTATGT  1136


seq1: chr13_7281984_7282976
seq2: B6Ng01-235H24.g_70_1070 (reverse)

seq1  TGTGGTAAACATGGCTCTGGCAGGCAATTTCCTACACACCA-CGACCACT  49
      |||||||| |||| |||||||||||| || | |||||| || ||| ||||
seq2  TGTGGTAATCATGACTCTGGCAGGCAGTTCCTTACACATCATCGA-CACT  49

seq1  GCCTTGCTAAAAACCA-TTATATTACATTCC-TAAAGCTAGCCA--CCAA  95
      || | |||||| | || |||||||||||||| ||||||||| ||  ||||
seq2  GCTTGGCTAAATATCATTTATATTACATTCCTTAAAGCTAGGCAGCCCAA  99

seq1  GGCCACTTATTTGGCCACTTCC-TTCTCCTAAGGTTAACTTAC-AAAGTC  143
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGCCACTTATTTGGCCACTTCCTTTCTCCTAAGGTTAACTTACAAAAGTC  149

seq1  CAGTTA-TCAAAATATTG-AAGCCTACCAATCAATAATCCCTTTTTGGTT  191
      |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAGTTATTCAAAATATTGAAAGCCTACCAATCAATAATCCCTTTTGGGTT  199

seq1  ACCTAATTAACATGCTTAACTAAAATTAAACAACTCATCCTTATACACAT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAATTAACATGCTTAACTAAAATTAAACAACTCATCCTTATACACAT  249

seq1  CCATACATCCCTTATAGAACACCATTTTTCTATGTGCTATGTCTGTCTTC  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACATCCCTTATAGAACACCATTTTTCTATGTGCTATGTCTGTCTTC  299

seq1  CTCTCTATCCAGAGGCAAAATGTTGTATCTCTGGGACAAATACCCCTAAC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTATCCAGAGGCAAAATGTTGTATCTCTGGGACAAATACCCCTAAC  349

seq1  CCCTTCCCTTTGTTCCCTTTCCCTTCTCCCTTGTCCTCTATTTCCTGTCT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCCTTTGTTCCCTTTCCCTTCTCCCTTGTCCTCTATTTCCTGTCT  399

seq1  TTGTCTCTTATTCCCTGTCCTCAGACCCTCTGTGCCAAATAAATCACCTT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTCTTATTCCCTGTCCTCAGACCCTCTGTGCCAAATAAATCACCTT  449

seq1  TTTTTGATGAGAACTTGGTCTTTGGGGTCCCAGGCTGATACTTTTCCTAA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGATGAGAACTTGGTCTTTGGGGTCCCAGGCTGATACTTTTCCTAA  499

seq1  TGGAATTTTTCACCATAATTGCTATTGGTGGCTGAAGAGTAAACATGTTT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATTTTTCACCATAATTGCTATTGGTGGCTGAAGAGTAAACATGTTT  549

seq1  CAAATAGTGACAGCTAAGCCTACAGGATGGCTAGAGGGTTAAGGAGCTTA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAGTGACAGCTAAGCCTACAGGATGGCTAGAGGGTTAAGGAGCTTA  599

seq1  CCACCAAGCCTGAAGACCTGAGTTGGAAGACCTGAGTCACATGGTAAGAG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAAGCCTGAAGACCTGAGTTGGAAGACCTGAGTCACATGGTAAGAG  649

seq1  TGACTATGAGAAGTTGTCCTTTGACCTCCACACTCAAGCCTGGCACAAGT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATGAGAAGTTGTCCTTTGACCTCCACACTCAAGCCTGGCACAAGT  699

seq1  ATAAGCATCTCCCCAAAAAACTAAAACTGTTAAAACAAAAGGTTGACAAG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCATCTCCCCAAAAAACTAAAACTGTTAAAACAAAAGGTTGACAAG  749

seq1  CAACTGATGTTTCATTTACTGCCACATTTCACTGTAGCTGTTCCTTTAGT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGATGTTTCATTTACTGCCACATTTCACTGTAGCTGTTCCTTTAGT  799

seq1  TGACTAAACTAGAAATCACATGTTTGAAGCTGTTTCACCCTCCTTGGGAA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTAAACTAGAAATCACATGTTTGAAGCTGTTTCACCCTCCTTGGGAA  849

seq1  GAAAAATAGATACCTGTTAATTTAGTGATGGGGTGTTCTAATCACTATCT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATAGATACCTGTTAATTTAGTGATGGGGTGTTCTAATCACTATCT  899

seq1  ACTCATTTCTCAACTAGGGCTATTTGGATTTTAAACAGCAGAGATGAAAT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATTTCTCAACTAGGGCTATTTGGATTTTAAACAGCAGAGATGAAAT  949

seq1  CACGGATCAGTAGGTAGGAACACTTTCTGTAGAAGCATAAAAACTGGAAT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGATCAGTAGGTAGGAACACTTTCTGTAGAAGCATAAAAACTGGAAT  999

seq1  TC  993
      ||
seq2  TC  1001


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |