BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236I06
Chromosome13 (Build37)
Map Location 59,267,433 - 59,477,576
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041533
Upstream geneUbqln1, LOC671252, Gkap1, Kif27, Hnrpk, Rmi1, LOC100041086, Slc28a3, LOC100041510, LOC435361, Ntrk2
Downstream geneAgtpbp1, Mak10, Golph2, 4921517D22Rik, 1700013B16Rik, EG238662, 4932411G14Rik, Isca1, Zcchc6, LOC100041267, Gas1, EG328264
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236I06.bB6Ng01-236I06.g
ACCGA047715GA047716
length1,1471,113
definitionB6Ng01-236I06.b B6Ng01-236I06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,476,434 - 59,477,576)(59,267,433 - 59,268,537)
sequence
gaattctgggtatcagtgcctgtaccgtgtgacagagtggatcaaggcac
agttttgaggatgggtacagggctctgcgggtaaaactgtccacagcaga
agcctgaggatctgagttcagattctcagaactaacacaaaagacaagca
tggtgtactcatctgtaaccctgttgctgggagagcagagacggacagat
ccctggagctcagtggctggcctgtgtggctagctgctgacccctgtgca
atgagagaccctgtcccaaaggacaatgtggagaatgagagttggaaaca
cctgctatgaacctctggcctccacacacatgtgcacatgtgtgtatgga
cacacagaaagcagggtccttctgcgtggctagcattttgcagtttagcc
agaggagctctgcagcgatgggaattgataccatgcatgcatttcccaaa
ttgtcaggtaatgctttgccaaaggtaggatattagtaaattcttgacat
acggaagttattctaatgcacctcccacacacatacatgctcacacgtgc
atatattcatcgctttaatcctagagccctgatatatagttttaaaaaat
cacctcgagggcaaatggggacacttgtcaacactgttcatgggttaccg
gttattagaacttagggttgaatattccaggaagtgtctccactcagggc
agaggaaggcatagactcttgagtgttatgtcccagctgcagaaggttca
tgttctccaatggaactgagatgctaaaatgcaagtttgtatgcaagata
tcctgaccctgtgtcaaaagtccagctttctgtatttctcagacacactt
gatttttacagacactcccacaagccatggtgctaaaagctgtttatctg
tgagccaaacctgtggtttatttcttgggggatttcttctatctcaacag
tactgactgaggttagggaaagtatttccttccagaggttcctccgaaaa
tgagagccaatgaagagcgtcttattgcagaaaaatgaagtaagcggtgg
cccggtggggaaatggctttctttctctagtggttggaaaaaacaagcca
gacaatagctggctgactgtgcagccatcctaaggagtccttgggaa
gaattcagtactttaaacaaattcacaataagacataattggccataatt
gatgaggattatgggatttataaacatttgaagcttatagtttagtgttg
gcaatatggcattctgatgaaaccgaaagcaaaatatcacacagcatggc
gtgagcatgcgccacagtttgtttgacttattagtgggtgaacagggaga
caatgacacaagttcaagcagagaatctgagtgatctgaagctttacagc
gagcgacacagaaacgctaggtgagaatcccgcattagactctgagtgat
gagttcagcacaggccagagaaaccctgcagcccacacacaagcaaggct
taggcgtcacagtgaagaactcacaacctgtgctccattcctaagttgtg
agagttttctgaccctggaccaaagttgtcatatcctatgacagatatct
tctattctccgaggtatccatgtgtcttcagggtcgtggtcatcctggct
gagggacccaagggcaaagggtgagtggtccttcctgtccacccctaaga
tctccaagttctccccttcagcttcatggatgcccatcagctctaccaag
ctccaaactgaaaacccctcccacacacactggagccacatagtgaacag
tagagtcctgaagccaatcactgaggctgcagagcctggcctttcctgca
gcctgggtagaggagtcatcacagaaagctgtttacagggtgagcaaagg
cccctcatggaagagagagccctttggagcagttacccttcaggagtgaa
atctataaccttgtgtgttagaagagacaacctcaggacatgttgtttca
gaaacccaaaatgtgatgagctttaccaaaacccatcatccacaaaagtc
caactctcctccacagtgggatgctgtaagggcccaatcaaggagcacca
ccttcagatctgaagtctacatgcaaacttcccatcattcttgtagagcc
ctgccatctataaacctgaagcaaggcttcagtatgcaacagtaactttg
taagtgagtttgtatgtggatgtatgtataatcacgtgtatggtacatgc
catatgaatgtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_59476434_59477576
seq2: B6Ng01-236I06.b_46_1192 (reverse)

seq1  TTCCCAA-GACTCCCTAAGATGGCTGCACAGTCAGGCAGGTATTGTCTGT  49
      ||||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||||| 
seq2  TTCCCAAGGACTCCTTAGGATGGCTGCACAGTCAGCCAGCTATTGTCTG-  49

seq1  GTTTGTTTTTTC--ACCCCTAGAG-AAGGAAGGCATTTCCCCA-CGGGCC  95
      | ||||||||||  ||| |||||| ||| ||| |||||||||| ||||||
seq2  GCTTGTTTTTTCCAACCACTAGAGAAAGAAAGCCATTTCCCCACCGGGCC  99

seq1  A-CGCTTACTTCATTTTTCTGCAATTCAGACGCTCTTCATTGGCTCTCAT  144
      | |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGCTTACTTCATTTTTCTGCAA-TAAGACGCTCTTCATTGGCTCTCAT  148

seq1  TTTCGGAGGAAACTTCTGGAAGGAAATACTTTTCCTAACCTCAGTCAGTA  194
      ||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTTCGGAGG-AACCTCTGGAAGGAAATACTTTCCCTAACCTCAGTCAGTA  197

seq1  CTGTTGAGATAGAAGAAAT-CCCCAAGAAATAAACCACAGGTTTGGCTCA  243
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGAGATAGAAGAAATCCCCCAAGAAATAAACCACAGGTTTGGCTCA  247

seq1  CAGATAAACAGCTTTTAGCACCATGGCTTGTGGGAGTGTCTGTAAAAATC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAAACAGCTTTTAGCACCATGGCTTGTGGGAGTGTCTGTAAAAATC  297

seq1  AAGTGTGTCTGAGAAATACAGAAAGCTGGACTTTTGACACAGGGTCAGGA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGTCTGAGAAATACAGAAAGCTGGACTTTTGACACAGGGTCAGGA  347

seq1  TATCTTGCATACAAACTTGCATTTTAGCATCTCAGTTCCATTGGAGAACA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTGCATACAAACTTGCATTTTAGCATCTCAGTTCCATTGGAGAACA  397

seq1  TGAACCTTCTGCAGCTGGGACATAACACTCAAGAGTCTATGCCTTCCTCT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCTTCTGCAGCTGGGACATAACACTCAAGAGTCTATGCCTTCCTCT  447

seq1  GCCCTGAGTGGAGACACTTCCTGGAATATTCAACCCTAAGTTCTAATAAC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGAGTGGAGACACTTCCTGGAATATTCAACCCTAAGTTCTAATAAC  497

seq1  CGGTAACCCATGAACAGTGTTGACAAGTGTCCCCATTTGCCCTCGAGGTG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTAACCCATGAACAGTGTTGACAAGTGTCCCCATTTGCCCTCGAGGTG  547

seq1  ATTTTTTAAAACTATATATCAGGGCTCTAGGATTAAAGCGATGAATATAT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTAAAACTATATATCAGGGCTCTAGGATTAAAGCGATGAATATAT  597

seq1  GCACGTGTGAGCATGTATGTGTGTGGGAGGTGCATTAGAATAACTTCCGT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGTGTGAGCATGTATGTGTGTGGGAGGTGCATTAGAATAACTTCCGT  647

seq1  ATGTCAAGAATTTACTAATATCCTACCTTTGGCAAAGCATTACCTGACAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAAGAATTTACTAATATCCTACCTTTGGCAAAGCATTACCTGACAA  697

seq1  TTTGGGAAATGCATGCATGGTATCAATTCCCATCGCTGCAGAGCTCCTCT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGAAATGCATGCATGGTATCAATTCCCATCGCTGCAGAGCTCCTCT  747

seq1  GGCTAAACTGCAAAATGCTAGCCACGCAGAAGGACCCTGCTTTCTGTGTG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAACTGCAAAATGCTAGCCACGCAGAAGGACCCTGCTTTCTGTGTG  797

seq1  TCCATACACACATGTGCACATGTGTGTGGAGGCCAGAGGTTCATAGCAGG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATACACACATGTGCACATGTGTGTGGAGGCCAGAGGTTCATAGCAGG  847

seq1  TGTTTCCAACTCTCATTCTCCACATTGTCCTTTGGGACAGGGTCTCTCAT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCAACTCTCATTCTCCACATTGTCCTTTGGGACAGGGTCTCTCAT  897

seq1  TGCACAGGGGTCAGCAGCTAGCCACACAGGCCAGCCACTGAGCTCCAGGG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAGGGGTCAGCAGCTAGCCACACAGGCCAGCCACTGAGCTCCAGGG  947

seq1  ATCTGTCCGTCTCTGCTCTCCCAGCAACAGGGTTACAGATGAGTACACCA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTCCGTCTCTGCTCTCCCAGCAACAGGGTTACAGATGAGTACACCA  997

seq1  TGCTTGTCTTTTGTGTTAGTTCTGAGAATCTGAACTCAGATCCTCAGGCT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGTCTTTTGTGTTAGTTCTGAGAATCTGAACTCAGATCCTCAGGCT  1047

seq1  TCTGCTGTGGACAGTTTTACCCGCAGAGCCCTGTACCCATCCTCAAAACT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTGTGGACAGTTTTACCCGCAGAGCCCTGTACCCATCCTCAAAACT  1097

seq1  GTGCCTTGATCCACTCTGTCACACGGTACAGGCACTGATACCCAGAATTC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTTGATCCACTCTGTCACACGGTACAGGCACTGATACCCAGAATTC  1147

seq1: chr13_59267433_59268537
seq2: B6Ng01-236I06.g_64_1176

seq1  GAATTCAGTACTTTAAACAAATTCACAATAAGACATAATTGGCCATAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTACTTTAAACAAATTCACAATAAGACATAATTGGCCATAATT  50

seq1  GATGAGGATTATGGGATTTATAAACATTTGAAGCTTATAGTTTAGTGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGGATTATGGGATTTATAAACATTTGAAGCTTATAGTTTAGTGTTG  100

seq1  GCAATATGGCATTCTGATGAAACCGAAAGCAAAATATCACACAGCATGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATATGGCATTCTGATGAAACCGAAAGCAAAATATCACACAGCATGGC  150

seq1  GTGAGCATGCGCCACAGTTTGTTTGACTTATTAGTGGGTGAACAGGGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCATGCGCCACAGTTTGTTTGACTTATTAGTGGGTGAACAGGGAGA  200

seq1  CAATGACACAAGTTCAAGCAGAGAATCTGAGTGATCTGAAGCTTTACAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGACACAAGTTCAAGCAGAGAATCTGAGTGATCTGAAGCTTTACAGC  250

seq1  GAGCGACACAGAAACGCTAGGTGAGAATCCCGCATTAGACTCTGAGTGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGACACAGAAACGCTAGGTGAGAATCCCGCATTAGACTCTGAGTGAT  300

seq1  GAGTTCAGCACAGGCCAGAGAAACCCTGCAGCCCACACACAAGCAAGGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCAGCACAGGCCAGAGAAACCCTGCAGCCCACACACAAGCAAGGCT  350

seq1  TAGGCGTCACAGTGAAGAACTCACAACCTGTGCTCCATTCCTAAGTTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCGTCACAGTGAAGAACTCACAACCTGTGCTCCATTCCTAAGTTGTG  400

seq1  AGAGTTTTCTGACCCTGGACCAAAGTTGTCATATCCTATGACAGATATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTTCTGACCCTGGACCAAAGTTGTCATATCCTATGACAGATATCT  450

seq1  TCTATTCTCCGAGGTATCCATGTGTCTTCAGGGTCGTGGTCATCCTGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTCTCCGAGGTATCCATGTGTCTTCAGGGTCGTGGTCATCCTGGCT  500

seq1  GAGGGACCCAAGGGCAAAGGGTGAGTGGTCCTTCCTGTCCACCCCTAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGACCCAAGGGCAAAGGGTGAGTGGTCCTTCCTGTCCACCCCTAAGA  550

seq1  TCTCCAAGTTCTCCCCTTCAGCTTCATGGATGCCCATCAGCTCTACCAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAAGTTCTCCCCTTCAGCTTCATGGATGCCCATCAGCTCTACCAAG  600

seq1  CTCCAAACTGAAAACCCCTCCCACACACACTGGAGCCACATAGTGAACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAACTGAAAACCCCTCCCACACACACTGGAGCCACATAGTGAACAG  650

seq1  TAGAGTCCTGAAGCCAATCACTGAGGCTGCAGAGCCTGGCCTTTCCTGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTCCTGAAGCCAATCACTGAGGCTGCAGAGCCTGGCCTTTCCTGCA  700

seq1  GCCTGGGTAGAGGAGTCATCACAGAAAGCTGTTTACAGGGTGAGCAAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGGTAGAGGAGTCATCACAGAAAGCTGTTTACAGGGTGAGCAAAGG  750

seq1  CCCCTCATGGAAGAGAGAGCCCTTTGGAGCAGTTACCCTTCAGGAGTGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCATGGAAGAGAGAGCCCTTTGGAGCAGTTACCCTTCAGGAGTGAA  800

seq1  ATCTATAACCTTGTGTGTTAGAAGAGACAACCTCAGGACATGTTGTTTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATAACCTTGTGTGTTAGAAGAGACAACCTCAGGACATGTTGTTTCA  850

seq1  G-AACCCAAAATGTGATGAGCTTTACCAAAACCCATCATCCACAAAAGTC  899
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCCAAAATGTGATGAGCTTTACCAAAACCCATCATCCACAAAAGTC  900

seq1  CAACTCTCCTCCACAGT-GGATGCTGTTAGGGCCCAATC-AGGAGCA-CA  946
      ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||
seq2  CAACTCTCCTCCACAGTGGGATGCTGTAAGGGCCCAATCAAGGAGCACCA  950

seq1  CCTTCAGATCTGAAGTCTACATGCAAAC-TCCCATCA-TCTTGTAGAGCC  994
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  CCTTCAGATCTGAAGTCTACATGCAAACTTCCCATCATTCTTGTAGAGCC  1000

seq1  CTGCCATCTATAAAACCTGAAGCAGGGCTTCAGTATGCACCAGTAACTTT  1044
      ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTGCCATCTAT-AAACCTGAAGCAAGGCTTCAGTATGCAACAGTAACTTT  1049

seq1  GTTAAGTGAGTTTGTATGT-GATGTATGTAT-ATCACGTGTAT-GTACAT  1091
      | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  G-TAAGTGAGTTTGTATGTGGATGTATGTATAATCACGTGTATGGTACAT  1098

seq1  G-CATATGTATGTGG  1105
      | |||||| ||||||
seq2  GCCATATGAATGTGG  1113