BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-237L16
Chromosome13 (Build37)
Map Location 7,793,442 - 7,939,086
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667611, EG623516
Downstream geneLOC791083, LOC382722, Adarb2, EG666941, Wdr37, LOC100039632, Idi1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-237L16.bB6Ng01-237L16.g
ACCGA048608GA048609
length1,1181,181
definitionB6Ng01-237L16.b B6Ng01-237L16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,937,961 - 7,939,086)(7,793,442 - 7,794,615)
sequence
gaattctttagaaagcaatgcaatgcccaatcactcacccaagagccagt
cacacctcaaaaacctgtagaggggaccatgaagtatgtattccatcctt
taaacatcctttcccatttatcacatttgcatctctacaattcatgctgc
ttcattgtggaaagcatgtgaataaaacacattaccatcatttgtctaca
gatgctgatactgatcaaataaactggatagagccctaggttatttttgt
tttaatcccagctctgatggatgagatttaaaaacagcagatttatttat
caccagtggaggacaaaagctttcatcccacttttaactggatttagcat
tgtgctcttaaaaatcagaaggacattttaatccatacacactcccctcc
taatagccctgctaagcctacaaagtctttgaaattgcaattgtctttct
taatccaaataacaaggtcattagtaaaaatacagatgaagtatgtgttc
aggatggagaccgacacattctgtgcctgggagactcttatgaactcttt
tccatcttcatgatgaattcttactcctactcctactcttatccaggtca
aatattttgcagcacaccaaaattgacacacaagtacaaaagtgcttgtg
atagtgaagttcaaccaaaatgaagtgtgcacaagaagttacaggacgac
agatcttacaactctaataaaatataataaaaggagataggagaatgtag
atgatttaagaaaaattcaatattatttggaagtaaaggctgaagtgggg
atgggaacagagaagagtgggaataaatgggtaaggggtatattaaccaa
gtctagaatgtattgagaaacttatgaaacatcagtaatctgtgagctaa
ttaaagcatagtgacttttgcaaatgagaggatgttgaaaagttcagaag
acagggattattaaatgaaaacttcagttcacaatagatgggggaaattt
atcatatgatatacattcattgcaacaatatggtgcaattcaaaggaaag
ctggaagatgggtcaatcatatgggctgttcttaccctttgccaaatgga
tgtgtaccttgggacaga

gaattctcctcacatgacactgttgtgttaagttggcagctgactgtaac
caggaaagctggtttttcagagatatagagagttcttgatcttaatgttc
cactagatgcctttccaatattgtggggaacagagaagaagatgatttat
cctggttagttgaagctaaagttacctgtaaggagagacttctcatcaga
ttaacctgtgggcaagattgtagggcattttcttgatcagtgattgatat
gggaaggcctaacacactgtgggttatggcaccactgcacaagtgagtac
cataataaagcatgctgagaaaactgtgagggagcaatccagtatgcatt
gatcttctatgccttctgcttctgttgctgtctgtaggttccttgtggtc
ctaatctggctttcttcagtggaaaagtgtggtctgggagttggaagctg
aaataatcttttcctccccacactgatgttggtcttggtgtttttatcac
agtaatcaaaagcccaattaagacagttgtgtttcctgaagctgagatgt
aggaagtgtttatcaaagtagctatgctattgccaaaattgataacgtca
tagagacagacagtaccagagaaataaagatgattatccccaaatttggg
aattttaaaattaaatttaaagtgtataaaaacaggaaagttaacaaaat
tctgaaacaaagatttaattcacaatattctttctgaagaaatagctaca
aggaatgttagcagaaagaaaaggtgttgtaatctcaagctttttgactg
acaatgaatgatcttaattaaatgaatatgtgtttccacatgtcagtgtc
tttattaatggaaggaactattcaatttcctcaaaacattctcatctaaa
aataaattattattttatgtaataaagtcaataatttcattcttcataca
aacctggcagaggaatgatgagacatgaataaaaggaaattagaaacaga
gattagagctgtgaccatcctggtgttcacttgttttgtacaaatgggct
tgtcaaagttagacattcttttgctgttttggtagcacttcttaataccg
agaaagaaaataaatgcaacacaattcaggcagcctgggttcaagaatga
tcagtcgaatgcttgctttcaccagttgatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_7937961_7939086
seq2: B6Ng01-237L16.b_47_1164 (reverse)

seq1  TCTGTCC--AAGTACACATTCCTTTTGCCAAAGGGTAAAGAACAAGCCAT  48
      |||||||  | ||||||| ||| |||| |||||||| |||||||  ||||
seq2  TCTGTCCCAAGGTACACA-TCCATTTGGCAAAGGGT-AAGAACAGCCCAT  48

seq1  ATGAATGGACCATCTTTCCCAGGCTTTCTTTTGAATTGCACCATTATTG-  97
      |||| ||  |||||||  ||| |||||| |||||||||||||| ||||| 
seq2  ATGATTGACCCATCTT--CCA-GCTTTCCTTTGAATTGCACCA-TATTGT  94

seq1  TGCAATTGAATGTAATATCATATGGATAAAATTTCCCCCATCTA-TGTGA  146
      ||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||
seq2  TGCAA-TGAATGT-ATATCATAT-GAT-AAATTTCCCCCATCTATTGTGA  140

seq1  ACTGAAGTTTTCATTTAATAATCCCTGTCTTCTGAACTTTTCAACATCCT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGTTTTCATTTAATAATCCCTGTCTTCTGAACTTTTCAACATCCT  190

seq1  CTCATTTGCAAAAGTCACTATGCTTTAATTAGCTCACAGATTACTGATGT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTGCAAAAGTCACTATGCTTTAATTAGCTCACAGATTACTGATGT  240

seq1  TTCATAAAGTTTCTCAATACATTCTAGACTTTGGTTAATATACCCCTTAC  296
      ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTCAT-AAGTTTCTCAATACATTCTAGAC-TTGGTTAATATACCCCTTAC  288

seq1  CCATTTATTCCCACTCTTCTCTGTTCCCATCCCCACTTCAGCCTTTACTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTATTCCCACTCTTCTCTGTTCCCATCCCCACTTCAGCCTTTACTT  338

seq1  CCAAATAATATTGAATTTTTCTTAAATCATCTACATTCTCCTATCTCCTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATAATATTGAATTTTTCTTAAATCATCTACATTCTCCTATCTCCTT  388

seq1  TTATTATATTTTATTAGAGTTGTAAGATCTGTCGTCCTGTAACTTCTTGT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATATTTTATTAGAGTTGTAAGATCTGTCGTCCTGTAACTTCTTGT  438

seq1  GCACACTTCATTTTGGTTGAACTTCACTATCACAAGCACTTTTGTACTTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACTTCATTTTGGTTGAACTTCACTATCACAAGCACTTTTGTACTTG  488

seq1  TGTGTCAATTTTGGTGTGCTGCAAAATATTTGACCTGGATAAGAGTAGGA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCAATTTTGGTGTGCTGCAAAATATTTGACCTGGATAAGAGTAGGA  538

seq1  GTAGGAGTAAGAATTCATCATGAAGATGGAAAAGAGTTCATAAGAGTCTC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAGTAAGAATTCATCATGAAGATGGAAAAGAGTTCATAAGAGTCTC  588

seq1  CCAGGCACAGAATGTGTCGGTCTCCATCCTGAACACATACTTCATCTGTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCACAGAATGTGTCGGTCTCCATCCTGAACACATACTTCATCTGTA  638

seq1  TTTTTACTAATGACCTTGTTATTTGGATTAAGAAAGACAATTGCAATTTC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTACTAATGACCTTGTTATTTGGATTAAGAAAGACAATTGCAATTTC  688

seq1  AAAGACTTTGTAGGCTTAGCAGGGCTATTAGGAGGGGAGTGTGTATGGAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACTTTGTAGGCTTAGCAGGGCTATTAGGAGGGGAGTGTGTATGGAT  738

seq1  TAAAATGTCCTTCTGATTTTTAAGAGCACAATGCTAAATCCAGTTAAAAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGTCCTTCTGATTTTTAAGAGCACAATGCTAAATCCAGTTAAAAG  788

seq1  TGGGATGAAAGCTTTTGTCCTCCACTGGTGATAAATAAATCTGCTGTTTT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATGAAAGCTTTTGTCCTCCACTGGTGATAAATAAATCTGCTGTTTT  838

seq1  TAAATCTCATCCATCAGAGCTGGGATTAAAACAAAAATAACCTAGGGCTC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCTCATCCATCAGAGCTGGGATTAAAACAAAAATAACCTAGGGCTC  888

seq1  TATCCAGTTTATTTGATCAGTATCAGCATCTGTAGACAAATGATGGTAAT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCAGTTTATTTGATCAGTATCAGCATCTGTAGACAAATGATGGTAAT  938

seq1  GTGTTTTATTCACATGCTTTCCACAATGAAGCAGCATGAATTGTAGAGAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTATTCACATGCTTTCCACAATGAAGCAGCATGAATTGTAGAGAT  988

seq1  GCAAATGTGATAAATGGGAAAGGATGTTTAAAGGATGGAATACATACTTC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGTGATAAATGGGAAAGGATGTTTAAAGGATGGAATACATACTTC  1038

seq1  ATGGTCCCCTCTACAGGTTTTTGAGGTGTGACTGGCTCTTGGGTGAGTGA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCCCCTCTACAGGTTTTTGAGGTGTGACTGGCTCTTGGGTGAGTGA  1088

seq1  TTGGGCATTGCATTGCTTTCTAAAGAATTC  1126
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCATTGCATTGCTTTCTAAAGAATTC  1118


seq1: chr13_7793442_7794615
seq2: B6Ng01-237L16.g_66_1246

seq1  GAATTCTCCTCACATGACACTGTTGTGTTAAGTTGGCAGCTGACTGTAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTCACATGACACTGTTGTGTTAAGTTGGCAGCTGACTGTAAC  50

seq1  CAGGAAAGCTGGTTTTTCAGAGATATAGAGAGTTCTTGATCTTAATGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAGCTGGTTTTTCAGAGATATAGAGAGTTCTTGATCTTAATGTTC  100

seq1  CACTAGATGCCTTTCCAATATTGTGGGGAACAGAGAAGAAGATGATTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGATGCCTTTCCAATATTGTGGGGAACAGAGAAGAAGATGATTTAT  150

seq1  CCTGGTTAGTTGAAGCTAAAGTTACCTGTAAGGAGAGACTTCTCATCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTTAGTTGAAGCTAAAGTTACCTGTAAGGAGAGACTTCTCATCAGA  200

seq1  TTAACCTGTGGGCAAGATTGTAGGGCATTTTCTTGATCAGTGATTGATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCTGTGGGCAAGATTGTAGGGCATTTTCTTGATCAGTGATTGATAT  250

seq1  GGGAAGGCCTAACACACTGTGGGTTATGGCACCACTGCACAAGTGAGTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGCCTAACACACTGTGGGTTATGGCACCACTGCACAAGTGAGTAC  300

seq1  CATAATAAAGCATGCTGAGAAAACTGTGAGGGAGCAATCCAGTATGCATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATAAAGCATGCTGAGAAAACTGTGAGGGAGCAATCCAGTATGCATT  350

seq1  GATCTTCTATGCCTTCTGCTTCTGTTGCTGTCTGTAGGTTCCTTGTGGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTCTATGCCTTCTGCTTCTGTTGCTGTCTGTAGGTTCCTTGTGGTC  400

seq1  CTAATCTGGCTTTCTTCAGTGGAAAAGTGTGGTCTGGGAGTTGGAAGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCTGGCTTTCTTCAGTGGAAAAGTGTGGTCTGGGAGTTGGAAGCTG  450

seq1  AAATAATCTTTTCCTCCCCACACTGATGTTGGTCTTGGTGTTTTTATCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATCTTTTCCTCCCCACACTGATGTTGGTCTTGGTGTTTTTATCAC  500

seq1  AGTAATCAAAAGCCCAATTAAGACAGTTGTGTTTCCTGAAGCTGAGATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATCAAAAGCCCAATTAAGACAGTTGTGTTTCCTGAAGCTGAGATGT  550

seq1  AGGAAGTGTTTATCAAAGTAGCTATGCTATTGCCAAAATTGATAACGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGTGTTTATCAAAGTAGCTATGCTATTGCCAAAATTGATAACGTCA  600

seq1  TAGAGACAGACAGTACCAGAGAAATAAAGATGATTATCCCCAAATTTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGACAGACAGTACCAGAGAAATAAAGATGATTATCCCCAAATTTGGG  650

seq1  AATTTTAAAATTAAATTTAAAGTGTATAAAAACAGGAAAGTTAACAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTAAAATTAAATTTAAAGTGTATAAAAACAGGAAAGTTAACAAAAT  700

seq1  TCTGAAACAAAGATTTAATTCACAATATTCTTTCTGAAGAAATAGCTACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAACAAAGATTTAATTCACAATATTCTTTCTGAAGAAATAGCTACA  750

seq1  AGGAATGTTAGCAGAAAGAAAAGGTGTTGTAATCTCAAGCTTTTTGACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGTTAGCAGAAAGAAAAGGTGTTGTAATCTCAAGCTTTTTGACTG  800

seq1  ACAATGAATGATCTTAATTAAATGAATATGTGTTTCCACATGTCAGTGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGAATGATCTTAATTAAATGAATATGTGTTTCCACATGTCAGTGTC  850

seq1  TTTATTAATGGAAGGAACTATTCAATTTCCTCAAAACATTCTCATCTAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAATGGAAGGAACTATTCAATTTCCTCAAAACATTCTCATCTAAA  900

seq1  AATAAATTATTATTTTATGTAATAAAGTCAATAA-TTCATTCTTCATACA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AATAAATTATTATTTTATGTAATAAAGTCAATAATTTCATTCTTCATACA  950

seq1  AACCTGGCAGAGGAATGATGAGACATGAATAAAAGGAAATTAAGAAACAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AACCTGGCAGAGGAATGATGAGACATGAATAAAAGGAAATT-AGAAACAG  999

seq1  AGATTAAGAGCTGTGACACATCCTGGTGTTCACTTGTTTTGTACAAATGG  1049
      ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATT-AGAGCTGTGAC-CATCCTGGTGTTCACTTGTTTTGTACAAATGG  1047

seq1  GCTTGTCAAAAGTTAGACATTC-TTTGCTGTTT--GTAGCACTTCTTAAT  1096
      ||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||
seq2  GCTTGTC-AAAGTTAGACATTCTTTTGCTGTTTTGGTAGCACTTCTTAAT  1096

seq1  A-CGAGAA--GAAATAAAGGCAACAC-ATTCA-GCAG-CTGG--TCGAAG  1138
      | ||||||   ||||||| ||||||| ||||| |||| ||||  || |  
seq2  ACCGAGAAAGAAAATAAATGCAACACAATTCAGGCAGCCTGGGTTCAAGA  1146

seq1  ATGATCAGTCAGAATGC-TGAATTCACCAAGTTGATG  1174
      |||||||||| |||||| ||  |||||| ||||||||
seq2  ATGATCAGTC-GAATGCTTGCTTTCACC-AGTTGATG  1181


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |