BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-237M02
Chromosome13 (Build37)
Map Location 7,971,308 - 8,080,879
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC791083
Upstream geneLOC667611, EG623516
Downstream geneLOC382722, Adarb2, EG666941, Wdr37, LOC100039632, Idi1, EG382723, LOC100039655, Idi2, Gtpbp4, LOC667721
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-237M02.bB6Ng01-237M02.g
ACCGA048628GA048629
length1,1811,063
definitionB6Ng01-237M02.b B6Ng01-237M02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,079,693 - 8,080,879)(7,971,308 - 7,972,377)
sequence
gaattcttctggttatgataaaagtgtaccatataggaataatgtaagga
ttgataaaatatttctaacaacttagagtttaagccactatatctccaga
aattgacaactcaagaagttgggaagagaggagagagagagaaaaagaga
tattcagggagaggagaaggagtgagagtgggaagacatagtcagagaca
gagatacagagagactcacaaggaaatcgagtctgtagtggttcatgcct
ttagtctcagtactcagtaggcagagactggttgatgtctgagtctgagg
ccagcctggtctacagagagcattacaggatagcgaaggatacacagaga
ttatgtacacatgtgaaaggattgcagccaatagtcaatatttacttctg
gcctccacaccatgttcacacatttgcatatatagctacaaacacacttg
cacacatagaacagaaattaaaggcataaacagagaaagaagtgttgaga
gcacaatacacatgaatagtgtcatacacatagatgcacttatatatata
ctgtgtagagccaggaatccttctttgtgtaatgtaatatatataaaatt
atcctcaagtaggttgagagtagtcatttacaattttaaaatgaatactt
gtattttgttgaaaatggatttttctctcataccatacaccccattttgt
atatttgctcagtatatagtaaaatagtgtttaatgaataacaagttaat
attggctctatggttttatatatttggaatttttctgattatctgatgtc
ttcagcatttgggctttattcctagaaaattcatgctaataatatctcgg
gttttctcctatacttcagattatttaaatttatctcataagaaatgcaa
ttaaaattggacagtgctgttggtttatattcctattattgtaaacctca
aagtagacaggccagagtccacctattctgtcttcacgtgatatactgtt
atttattcctgtagaaatggtttggcagttttcataacctttaataacca
cattctagagatattttgattatttatttttccttattaatcatccagta
agcattattcactcttctaacttcaatagaatatttcatttcctatgata
ctttcagcctcagacacctttcctctcagag

gaattcatcactttggttaaatccacagaacaacctattgatggtgatac
agtccaggagaaattctttctcttgttgataaatagaattcactaaaaat
cttcttcattctaagaattaattaattttttcatttttatccttattgaa
cctcagcagttcaatattgtaactatttttgtggggctatactctgaaga
gatagacttgaatatgtctccttcatcacgtgattgaaacaggatgtctt
tttcttatttcctgtagtcagaacggtatctaagtctcagagagatgaag
tcataatgaagggaattaggagcagacaataaatgtcttaagttcctgac
atagaaggaatataaagaataaactcatagaagatacatatttagtctga
taaggtacacacattttttttaatgtctaaaggctattttagttaaagtt
acctctaaagtgaatgttctgctaacaaatttcgttggtttgttttttgt
ttttttttttttttttttttggcatgtaattcaaggacacaatcatatac
agttggaaaagtgacaagagctagaggtggatgctgttgagggcataact
ctacaatcatttttctatgtgagattctatgcaggatagagaaccacaaa
tgtcaggtttgatcactaaactcaaggttactgagttgagaatacttgag
agattaaggtggcaataacccacctcctggaaactatttcccagtgattt
tgtgctaatgagaaacatgcagtctatggccagtatctcactagagacag
tagtcacagctcggaggcccaagatgagaagtgagcagcctcagttcctg
ctcccagagttccacctctcaaaccttcattaatggaactcctttgatga
aacttaactgctaaagccatatagttgaagtcaatgcatgaagtatagct
atattaccagggtcaatagacagcttaaacagtttatgtacaaatctgta
agaggcactctagtgctagctggtgagtaaatgtgaacagtctatagtct
gaagattatgtaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_8079693_8080879
seq2: B6Ng01-237M02.b_43_1223 (reverse)

seq1  CTCTGA-AG--AAAGTGTCTGAGGCTGAAATGTATTCAATAAAGGAAATT  47
      |||||| ||  || |||||||||||||||| ||||     | ||||||| 
seq2  CTCTGAGAGGAAAGGTGTCTGAGGCTGAAA-GTAT----CATAGGAAAT-  44

seq1  AAAAATATCTTATTAAAGATAAGAAGAGTTGATAATGTTTACTGAATGAT  97
        ||||||  |||| ||| | ||||||||  |||||| |||||| |||||
seq2  -GAAATATTCTATTGAAG-TTAGAAGAGTGAATAATGCTTACTGGATGAT  92

seq1  TAATAAGAAAAAATAATAAATCAAAATATCTCTAGAATTTTGTTATTAAA  147
      ||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||| | |||||||||
seq2  TAATAAGGAAAAATAAATAATCAAAATATCTCTAGAATGTGGTTATTAAA  142

seq1  GTTTATGAAAACTGCCAAACCATTTCTACAGGAATAAATAACAGTATATT  197
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GGTTATGAAAACTGCCAAACCATTTCTACAGGAATAAATAACAGTATA-T  191

seq1  CACGTGAAGACAGAATAGGTGGACTCTTGCCTGTCTACTTTGAGGTTTAC  247
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGAAGACAGAATAGGTGGACTCTGGCCTGTCTACTTTGAGGTTTAC  241

seq1  AAATAATAGG-ATATAAACCAACAGCACTGTCCAATTTTAATTGCATTTC  296
       ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AATAATAGGAATATAAACCAACAGCACTGTCCAATTTTAATTGCATTTC  290

seq1  TTATGAGATAAATTTAAATAATCTGAAGTATAGGAGAAAACCCGAGATAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGATAAATTTAAATAATCTGAAGTATAGGAGAAAACCCGAGATAT  340

seq1  TATTAGCATGAATTTTCTAGGAATAAAGCCCAAATGCTGAAGACATCAGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGCATGAATTTTCTAGGAATAAAGCCCAAATGCTGAAGACATCAGA  390

seq1  TAATCAGAAAAATTCCAAATATATAAAACCATAGAGCCAATATTAACTTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAGAAAAATTCCAAATATATAAAACCATAGAGCCAATATTAACTTG  440

seq1  TTATTCATTAAACACTATTTTACTATATACTGAGCAAATATACAAAATGG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCATTAAACACTATTTTACTATATACTGAGCAAATATACAAAATGG  490

seq1  GGTGTATGGTATGAGAGAAAAATCCATTTTCAACAAAATACAAGTATTCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTATGGTATGAGAGAAAAATCCATTTTCAACAAAATACAAGTATTCA  540

seq1  TTTTAAAATTGTAAATGACTACTCTCAACCTACTTGAGGATAATTTTATA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAATTGTAAATGACTACTCTCAACCTACTTGAGGATAATTTTATA  590

seq1  TATATTACATTACACAAAGAAGGATTCCTGGCTCTACACAGTATATATAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTACATTACACAAAGAAGGATTCCTGGCTCTACACAGTATATATAT  640

seq1  AAGTGCATCTATGTGTATGACACTATTCATGTGTATTGTGCTCTCAACAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCATCTATGTGTATGACACTATTCATGTGTATTGTGCTCTCAACAC  690

seq1  TTCTTTCTCTGTTTATGCCTTTAATTTCTGTTCTATGTGTGCAAGTGTGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCTCTGTTTATGCCTTTAATTTCTGTTCTATGTGTGCAAGTGTGT  740

seq1  TTGTAGCTATATATGCAAATGTGTGAACATGGTGTGGAGGCCAGAAGTAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGCTATATATGCAAATGTGTGAACATGGTGTGGAGGCCAGAAGTAA  790

seq1  ATATTGACTATTGGCTGCAATCCTTTCACATGTGTACATAATCTCTGTGT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGACTATTGGCTGCAATCCTTTCACATGTGTACATAATCTCTGTGT  840

seq1  ATCCTTCGCTATCCTGTAATGCTCTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAGACT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTCGCTATCCTGTAATGCTCTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAGACT  890

seq1  CAGACATCAACCAGTCTCTGCCTACTGAGTACTGAGACTAAAGGCATGAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACATCAACCAGTCTCTGCCTACTGAGTACTGAGACTAAAGGCATGAA  940

seq1  CCACTACAGACTCGATTTCCTTGTGAGTCTCTCTGTATCTCTGTCTCTGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTACAGACTCGATTTCCTTGTGAGTCTCTCTGTATCTCTGTCTCTGA  990

seq1  CTATGTCTTCCCACTCTCACTCCTTCTCCTCTCCCTGAATATCTCTTTTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTCTTCCCACTCTCACTCCTTCTCCTCTCCCTGAATATCTCTTTTT  1040

seq1  CTCTCTCTCTCCTCTCTTCCCAACTTCTTGAGTTGTCAATTTCTGGAGAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCCTCTCTTCCCAACTTCTTGAGTTGTCAATTTCTGGAGAT  1090

seq1  ATAGTGGCTTAAACTCTAAGTTGTTAGAAATATTTTATCAATCCTTACAT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGGCTTAAACTCTAAGTTGTTAGAAATATTTTATCAATCCTTACAT  1140

seq1  TATTCCTATATGGTACACTTTTATCATAACCAGAAGAATTC  1187
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCTATATGGTACACTTTTATCATAACCAGAAGAATTC  1181


seq1: chr13_7971308_7972377
seq2: B6Ng01-237M02.g_63_1125

seq1  GAATTCATCACTTTGGTTAAATCCACAGAACAACCTATTGATGGTGATAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCACTTTGGTTAAATCCACAGAACAACCTATTGATGGTGATAC  50

seq1  AGTCCAGGAGAAATTCTTTCTCTTGTTGATAAATAGAATTCACTAAAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCAGGAGAAATTCTTTCTCTTGTTGATAAATAGAATTCACTAAAAAT  100

seq1  CTTCTTCATTCTAAGAATTAATTAATTTTTTCATTTTTATCCTTATTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCATTCTAAGAATTAATTAATTTTTTCATTTTTATCCTTATTGAA  150

seq1  CCTCAGCAGTTCAATATTGTAACTATTTTTGTGGGGCTATACTCTGAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCAGTTCAATATTGTAACTATTTTTGTGGGGCTATACTCTGAAGA  200

seq1  GATAGACTTGAATATGTCTCCTTCATCACGTGATTGAAACAGGATGTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGACTTGAATATGTCTCCTTCATCACGTGATTGAAACAGGATGTCTT  250

seq1  TTTCTTATTTCCTGTAGTCAGAACGGTATCTAAGTCTCAGAGAGATGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTATTTCCTGTAGTCAGAACGGTATCTAAGTCTCAGAGAGATGAAG  300

seq1  TCATAATGAAGGGAATTAGGAGCAGACAATAAATGTCTTAAGTTCCTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAATGAAGGGAATTAGGAGCAGACAATAAATGTCTTAAGTTCCTGAC  350

seq1  ATAGAAGGAATATAAAGAATAAACTCATAGAAGATACATATTTAGTCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAGGAATATAAAGAATAAACTCATAGAAGATACATATTTAGTCTGA  400

seq1  TAAGGTACACACATTTTTTTTAATGTCTAAAGGCTATTTTAGTTAAAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTACACACATTTTTTTTAATGTCTAAAGGCTATTTTAGTTAAAGTT  450

seq1  ACCTCTAAAGTGAATGTTCTGCTAACAAATTTCGTTGGTTTGTTTTTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTAAAGTGAATGTTCTGCTAACAAATTTCGTTGGTTTGTTTTTTGT  500

seq1  TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCATGTAATTCAAGGACACAATCATATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCATGTAATTCAAGGACACAATCATATAC  550

seq1  AGTTGGAAAAGTGACAAGAGCTAGAGGTGGATGCTGTTGAGGGCATAACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGAAAAGTGACAAGAGCTAGAGGTGGATGCTGTTGAGGGCATAACT  600

seq1  CTACAATCATTTTTCTATGTGAGATTCTATGCAGGATAGAGAACCACAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAATCATTTTTCTATGTGAGATTCTATGCAGGATAGAGAACCACAAA  650

seq1  TGTCAGGTTTGATCACTAAACTCAAGGTTACTGAGTTGAGAATACTTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGGTTTGATCACTAAACTCAAGGTTACTGAGTTGAGAATACTTGAG  700

seq1  AGATTAAGGTGGCAATAACCCACCTCCTGGAAACTATTTCCCAGTGATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAAGGTGGCAATAACCCACCTCCTGGAAACTATTTCCCAGTGATTT  750

seq1  TGTGCTAATGAGAAACATGCAGTCTATGGCCAGTATCTCACTAGAGACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTAATGAGAAACATGCAGTCTATGGCCAGTATCTCACTAGAGACAG  800

seq1  TAGTCACAGCTCGGAGGCCCAAGATGAGAAGTGAGCAGCCTCAGTTCCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCACAGCTCGGAGGCCCAAGATGAGAAGTGAGCAGCCTCAGTTCCTG  850

seq1  CTCCCAGAGTTCCACCTCTCAAAACCTTCATTAATGGAACTCCTTTGATG  900
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGAGTTCCACCTCTC-AAACCTTCATTAATGGAACTCCTTTGATG  899

seq1  AAACTTAACTGCTAAAGCCATATAGTTGAAGTCAATGCATGAAGTATAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTAACTGCTAAAGCCATATAGTTGAAGTCAATGCATGAAGTATAGC  949

seq1  TATATTACCA-GGTCAATAGACAGCTTAAACAGTTTAATGTACAAATCTG  999
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TATATTACCAGGGTCAATAGACAGCTTAAACAGTTT-ATGTACAAATCTG  998

seq1  TAAAGAGGCCACTCTAGTTGCTAGCT-GTGAGTAAAATGTGAAAACCAGT  1048
      | |||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||   ||||
seq2  T-AAGAGG-CACTCTAG-TGCTAGCTGGTGAGT-AAATGTGAA---CAGT  1041

seq1  CTATAGTCTGAAGATTATGTAA  1070
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGTCTGAAGATTATGTAA  1063


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |