BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-238N16
Chromosome13 (Build37)
Map Location 8,584,389 - 8,759,418
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAdarb2
Upstream geneLOC791083, LOC382722, EG666941
Downstream geneWdr37, LOC100039632, Idi1, EG382723, LOC100039655, Idi2, Gtpbp4, LOC667721, Larp5, EG667727, LOC100039719, Dip2c, LOC666986, Zmynd11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-238N16.bB6Ng01-238N16.g
ACCGA049441GA049442
length9781,077
definitionB6Ng01-238N16.b B6Ng01-238N16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,584,389 - 8,585,361)(8,758,347 - 8,759,418)
sequence
gaattcttcatggaaacccacagaccagcagtagggaaaaggtagagagg
caccactggggaagactctcagactgcaaagcacaagagagcaaacctaa
catcagcccacacaccaggagctcccctgcaaactggccactcgggcaac
ttcaatagttgtcccagaacttggcatcaacttgaacgttcccagaaagc
agcggcttgaatacctatggactcaaaggtactaagagaaggatggaccc
cggtcattcatgttcaggagacaggtttcaggccagtccaggcaacatgc
ctgtctaaaaaacctcccatccactctcaattacatttttgaaattattt
caaagatggtatagaggattttagacatagtgggaaaaagaaatgttctc
ttctttaaaacaaaattcagtagcttttctcactttgtcccatcacaatg
cagtatgtaccccacactttgtaaaccacttctagagcagtagtgtatcc
atccggtgagatctcaagttccacccccccccccccatctctccagttac
tctgagcctattctattgcatgcttagtgtccctgctatatacactaggg
ataccctaactgctttgcatacaaatcatctcaggagagtgattttgtac
aggctatgggttgcaatcattgaagttcttgctgtattccagcattgagt
gaagtgtccaaagacttgccaaggatcacactgaaatgggtacaaggagc
ttagaaataaagtcctgggcccctgtcctatgtgctgctaagctccctct
ggaaagatgatgcatgacaaagctgcttattcatggtcaggaatgtcact
gagaagagttatttagtcgttctgagccagaactgtcatacttgcactcc
actagctatggaacccattatcctcttggttcccaggacctctgtttcct
aactgtgtgtatggggtggatcataaga
gaattcttttacctctacaaacaaatgtggatcccctagctctcctatat
aggaatcttttgtttatttaacaagtgattctcagggctggagagttaac
tcagtggttaaaagcatcttccagagaacccatttggcttcctggcaccc
acacagggtatctcacaactgcgtaagactctcacttcagcagctctgac
accctcttcagcctcctgcaggcacctgcacacacatgaacatacccata
cacaatcacacacatatacatgtgattagaataaacaagcaaatctctat
gctagtgctcaggggtggaatgaatccttctttcagaaggagaaaattat
ctttagtttttaaaaattgtcttgtagcattaaagaattcttttacctct
ataaacaaatttgatcccctagtctcttaggaaagtttgggttgtttctg
gagaaacagtactgtagacaccatgagtcataaatctatccctggaactt
atgtccatgatggtgctgggtagccactgctttctctgactcttgcatag
gccaaagtgatggtattctctgagaatatctgaaaggtaccccactcttg
cctccttccatcttgtttaagaccctgaagttaatgccaattatttttat
aaccaataactctgtttggagctcactgctctgatgtgctgtgtgctctc
cattcaatagctcagaatacaaatgatttgagggcaggtcctagagttca
gctaggaagtaactgtgcctaaccgttgaaggattacagctaagccatat
tcagctctcaaggtttcttgtgttttctaagcctccccctagtgaatata
tcaaggtatcagagatcactgtaggttggctttttggatcttagccttta
ccttggagttaagaattacattttcctcaatatttatgatatggaatcac
tcatttgcagaaaccatttgcatgttctttgaaagtttatacctgaacaa
cattcctacatggggttcatatcttttcgctaaggacttagtgatgtgat
ctctattaaatcctaggatgatatctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_8584389_8585361
seq2: B6Ng01-238N16.b_49_1026

seq1  GAATTCTTCATGGAAACCCACAGACCAGCAGTAGGGAAAAGGTAGAGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCATGGAAACCCACAGACCAGCAGTAGGGAAAAGGTAGAGAGG  50

seq1  CACCACTGGGGAAGACTCTCAGACTGCAAAGCACAAGAGAGCAAACCTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACTGGGGAAGACTCTCAGACTGCAAAGCACAAGAGAGCAAACCTAA  100

seq1  CATCAGCCCACACACCAGGAGCTCCCCTGCAAACTGGCCACTCGGGCAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGCCCACACACCAGGAGCTCCCCTGCAAACTGGCCACTCGGGCAAC  150

seq1  TTCAATAGTTGTCCCAGAACTTGGCATCAACTTGAACGTTCCCAGAAAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATAGTTGTCCCAGAACTTGGCATCAACTTGAACGTTCCCAGAAAGC  200

seq1  AGCGGCTTGAATACCTATGGACTCAAAGGTACTAAGAGAAGGATGGACCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGCTTGAATACCTATGGACTCAAAGGTACTAAGAGAAGGATGGACCC  250

seq1  CGGTCATTCATGTTCAGGAGACAGGTTTCAGGCCAGTCCAGGCAACATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTCATTCATGTTCAGGAGACAGGTTTCAGGCCAGTCCAGGCAACATGC  300

seq1  CTGTCTAAAAAACCTCCCATCCACTCTCAATTACATTTTTGAAATTATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTAAAAAACCTCCCATCCACTCTCAATTACATTTTTGAAATTATTT  350

seq1  CAAAGATGGTATAGAGGATTTTAGACATAGTGGGAAAAAGAAATGTTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGATGGTATAGAGGATTTTAGACATAGTGGGAAAAAGAAATGTTCTC  400

seq1  TTCTTTAAAACAAAATTCAGTAGCTTTTCTCACTTTGTCCCATCACAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTAAAACAAAATTCAGTAGCTTTTCTCACTTTGTCCCATCACAATG  450

seq1  CAGTATGTACCCCACACTTTGTAAACCACTTCTAGAGCAGTAGTGTATCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATGTACCCCACACTTTGTAAACCACTTCTAGAGCAGTAGTGTATCC  500

seq1  ATCCGGTGAGATCTCAAGTTCCACCCCCCCCCCCCCATCTCTCCAGTTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCGGTGAGATCTCAAGTTCCACCCCCCCCCCCCCATCTCTCCAGTTAC  550

seq1  TCTGAGCCTATTCTATTGCATGCTTAGTGTCCCTGCTATATACACTAGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGCCTATTCTATTGCATGCTTAGTGTCCCTGCTATATACACTAGGG  600

seq1  ATACCCTAACTGCTTTGCATACAAATCATCTCAGGAGAGTGATTTTGTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCTAACTGCTTTGCATACAAATCATCTCAGGAGAGTGATTTTGTAC  650

seq1  AGGCTATGGGTTGCAATCATTGAAGTTCTTGCTGTATTCCAGCATTGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTATGGGTTGCAATCATTGAAGTTCTTGCTGTATTCCAGCATTGAGT  700

seq1  GAAGTGTCCAAAGACTTGCCAAGGATCACACTGAAATGGGTACAAGGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGTCCAAAGACTTGCCAAGGATCACACTGAAATGGGTACAAGGAGC  750

seq1  TTAGAAATAAAGTCCTGGGCCCCTGTCCTATGTGCTGCTAAGCTCCCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAATAAAGTCCTGGGCCCCTGTCCTATGTGCTGCTAAGCTCCCTCT  800

seq1  GGAAAGATGATGCATGACAAAGCTGCTTATTCATGGTCAGGAATGTCACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGATGATGCATGACAAAGCTGCTTATTCATGGTCAGGAATGTCACT  850

seq1  GAGAAGAGTTATTTAGTCGTTCTGAGCCAG-ACTG-CATACATGCACT-C  897
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| |
seq2  GAGAAGAGTTATTTAGTCGTTCTGAGCCAGAACTGTCATACTTGCACTCC  900

seq1  ACTAGCTATGGAACCCA-TATCTTCTTGGTTCCCAGGACCTCTGTTTCCT  946
      ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCTATGGAACCCATTATCCTCTTGGTTCCCAGGACCTCTGTTTCCT  950

seq1  AACCTGTGTG-ATGGGGT-GATCATAAGA  973
      || ||||||| ||||||| ||||||||||
seq2  AA-CTGTGTGTATGGGGTGGATCATAAGA  978

seq1: chr13_8758347_8759418
seq2: B6Ng01-238N16.g_70_1146 (reverse)

seq1  GAGATATTAATTCCTTGGATTTAATATGAGATCACATCACTAAAGTCCTT  50
      ||||||| |  |||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  GAGATATCA--TCCTAGGATTTAATA-GAGATCACATCACT-AAGTCCTT  46

seq1  TGAGAAAAGAATATGAACACCATTGTAGGAATG-TGTTCAAG-ATAAACT  98
       | |||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||| | |||||||
seq2  AGCGAAAAG-ATATGAACCCCA-TGTAGGAATGTTGTTCAGGTATAAACT  94

seq1  TTCAAAG-ACATGCAAAT-GTTTCTGCAAATGAGTGATT-CATATCATAA  145
      ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTCAAAGAACATGCAAATGGTTTCTGCAAATGAGTGATTCCATATCATAA  144

seq1  ATATTGAGGAAAATGTAA-TCTTAACT-CAAGGTAAAGGCTAAGAT-CAA  192
      |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||
seq2  ATATTGAGGAAAATGTAATTCTTAACTCCAAGGTAAAGGCTAAGATCCAA  194

seq1  AATGCCAACTTACAGTGATCTCTGATAACTTGATATA-TCACTAGGGGGA  241
      || |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  AAAGCCAACCTACAGTGATCTCTGATACCTTGATATATTCACTAGGGGGA  244

seq1  GGCTTAG-AAACACAAGAAACCTTGAGAGCTGAATATGGCTTAGCTGTAA  290
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTAGAAAACACAAGAAACCTTGAGAGCTGAATATGGCTTAGCTGTAA  294

seq1  TCCTTCAACGGTTAGGCACAGTTACTTCCTAGCTGAACTCTAGGACCTGC  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCAACGGTTAGGCACAGTTACTTCCTAGCTGAACTCTAGGACCTGC  344

seq1  CCTCAAATCATTTGTATTCTGAGCTATTGAATGGAGAGCACACAGCACAT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAATCATTTGTATTCTGAGCTATTGAATGGAGAGCACACAGCACAT  394

seq1  CAGAGCAGTGAGCTCCAAACAGAGTTATTGGTTATAAAAATAATTGGCAT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCAGTGAGCTCCAAACAGAGTTATTGGTTATAAAAATAATTGGCAT  444

seq1  TAACTTCAGGGTCTTAAACAAGATGGAAGGAGGC-AGAGTGGGGTACCTT  489
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TAACTTCAGGGTCTTAAACAAGATGGAAGGAGGCAAGAGTGGGGTACCTT  494

seq1  TCAGATATTCTCAGAGAATACCATCACTTTGGCCTATGCAAGAGTCAGAG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATATTCTCAGAGAATACCATCACTTTGGCCTATGCAAGAGTCAGAG  544

seq1  AAAGCAGTGGCTACCCAGCACCATCATGGACATAAGTTCCAGGGATAGAT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGTGGCTACCCAGCACCATCATGGACATAAGTTCCAGGGATAGAT  594

seq1  TTATGACTCATGGTGTCTACAGTACTGTTTCTCCAGAAACAACCCAAACT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGACTCATGGTGTCTACAGTACTGTTTCTCCAGAAACAACCCAAACT  644

seq1  TTCCTAAGAGACTAGGGGATCAAATTTGTTTATAGAGGTAAAAGAATTCT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAAGAGACTAGGGGATCAAATTTGTTTATAGAGGTAAAAGAATTCT  694

seq1  TTAATGCTACAAGACAATTTTTAAAAACTAAAGATAATTTTCTCCTTCTG  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGCTACAAGACAATTTTTAAAAACTAAAGATAATTTTCTCCTTCTG  744

seq1  AAAGAAGGATTCATTCCACCCCTGAGCACTAGCATAGAGATTTGCTTGTT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGGATTCATTCCACCCCTGAGCACTAGCATAGAGATTTGCTTGTT  794

seq1  TATTCTAATCACATGTATATGTGTGTGATTGTGTATGGGTATGTTCATGT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTAATCACATGTATATGTGTGTGATTGTGTATGGGTATGTTCATGT  844

seq1  GTGTGCAGGTGCCTGCAGGAGGCTGAAGAGGGTGTCAGAGCTGCTGAAGT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCAGGTGCCTGCAGGAGGCTGAAGAGGGTGTCAGAGCTGCTGAAGT  894

seq1  GAGAGTCTTACGCAGTTGTGAGATACCCTGTGTGGGTGCCAGGAAGCCAA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTCTTACGCAGTTGTGAGATACCCTGTGTGGGTGCCAGGAAGCCAA  944

seq1  ATGGGTTCTCTGGAAGATGCTTTTAACCACTGAGTTAACTCTCCAGCCCT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTTCTCTGGAAGATGCTTTTAACCACTGAGTTAACTCTCCAGCCCT  994

seq1  GAGAATCACTTGTTAAATAAACAAAAGATTCCTATATAGGAGAGCTAGGG  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATCACTTGTTAAATAAACAAAAGATTCCTATATAGGAGAGCTAGGG  1044

seq1  GATCCACATTTGTTTGTAGAGGTAAAAGAATTC  1072
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCACATTTGTTTGTAGAGGTAAAAGAATTC  1077