BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240C18
Chromosome13 (Build37)
Map Location 107,995,803 - 108,174,366
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040350, LOC100040366
Upstream geneLOC631097, EG620949, Ipo11, Dimt1, Kif2a, LOC100040322
Downstream geneApoo, AI197445, LOC100040820, Zswim6, 3021401N23Rik, 2810008M24Rik, Ndufa12l, Ercc8, LOC668123, LOC621498, Elovl7, LOC668129, LOC100040524, Depdc1b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240C18.bB6Ng01-240C18.g
ACCGA050408GA050409
length1,0321,070
definitionB6Ng01-240C18.b B6Ng01-240C18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,173,353 - 108,174,366)(107,995,803 - 107,996,870)
sequence
gaattccaaagctactctacatgtctgctataggcgaacaaataacttgg
tgagttctagtcaatgggagacaggttctcaaagtcagagaaggaattca
ggatggaaagagaacagccaggatgaaccctggatagtcggatatgtcag
taagagggtatgcacacatatacatacattcatcacatagacacatgtgc
atacatgtatatagacatatatgtatgtatatatgaaatatgtgggagag
tatcatacatgtattgcatagctctaattattgatctagaggtcatcatt
agcaacatgtaaattcggcacctcagtctttggtttctttgccaatgtcc
tatagaatgaaccaggaccttgaaaaattggttgctcatagtagggcttt
aaaaaggaaagtactaggcatgcctgcgacatctgataataacagaaatt
aagtaggaaagatggaacaggggaagaaagagacaggaagggaagaacag
aatgagacctgaattcaaaaaacgacacaacacaaagtcccaaagacttc
ctaggagccaaatctgcaacaattggagcagcaacattatctctacaaga
acattataacatatagcattaaataattatcactatgttgtagagttaaa
ttgttaaacttctctaaactccctggtgggtgtgcatacctcctctacac
ccacccaattgtttagggttcacgaatgaaacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacgcatgcagccttacttttaatatgccctta
acagcacaatggttggaccactccctaactctacctggttagcacattcc
tccctccgatatccctgagttaatgcttactaaattctatatttcatctt
tgctgccctggaaccctactgggtagccctcctgggacctttttcccctt
gtacctacattttggctgtctctccctcctgcacctttctggcatgggtc
tatctcctatgccctcatcatggtgaatcacc
gaattctttaacatggagatcgggcgacgtttacagaagttgcaagtgtc
agtgtgattatgttgaagtctttaacacagaaactgacctacatttacta
agatgcagcagtgatatttcttttgggcaatttgcctcaggccagttgtt
taactttactgtggctcagtttccttgtatctaaaatgggtaaaatagta
ggaactttgttcatggaatgatggtaggaaagaaatgaacttatatctgt
aagttagagtatcaccagtcttagaggcatctggtgttagctgccatcac
catcttcatggttattatctctttccctaatcattatgtagaggagaata
agttgggcttaaaccatcttcagtaatttgtattccccaactttatttac
tgaagagataaagatatctagtaacttttatgttctccactaacttctct
gtagacttttcttggtagtagtttttggagaaaggtgtcatgggttgaaa
agtcctaactacctatcactcagaatgtgatcttaattgggaataagccc
attgtggaggtgataggtaaaatgacatcatattggagcaggagcttctt
gacccagcaggattggggtgtcaaggtgaaccttggacacagggtttcac
aaagatgttgtattgacggggaaaacatgatgatggggatcaatcaacat
gtccacaccacgggccaacaccatagttaaaagaagcacagaagacgcct
ttccacgggtttcaaggacatagccctggccatgccttgatttcagactt
ctagctatcaaagtatgcagtaataactcctgcctgtaaggtgctcagtt
tgtggtatctaggtacagcagccataggcacttgacacagatgggaaaca
taccatcatggattctgactccatcagtctgatccactgaagcttgagat
gaagttggaatgctgaaaactgtcacattgtgtctttaggtttcgatcac
caatcagttttttccctcttctgatgtacctctagaagtctcattcctat
aaaggactttccttaaccac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_108173353_108174366
seq2: B6Ng01-240C18.b_60_1075 (reverse)

seq1  GGTGATTTCACCATGATGAGGGCATAGGAGATAGA-CCATGCCAGAAAGG  49
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGTGA-TTCACCATGATGAGGGCATAGGAGATAGACCCATGCCAGAAAGG  49

seq1  TGCAGGAGGGAGAGACAGCCAAAATGTAGGTACAAGGGGAAAAAGGTCCC  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGAGGGAGAGACAGCCAAAATGTAGGTACAAGGGGAAAAAGGTCCC  99

seq1  AGGAGGGCTACCCAGTAGGG-TCCAGGGCAGCAAAGATGAAATATAG-AT  147
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGGAGGGCTACCCAGTAGGGTTCCAGGGCAGCAAAGATGAAATATAGAAT  149

seq1  TTAGTAAGCATTAACTCAGGGATATCGGAGGGAGGAATGTGCTAACCAGG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAAGCATTAACTCAGGGATATCGGAGGGAGGAATGTGCTAACCAGG  199

seq1  TAGAGTTAGGGAGTGGTCCAACCATTGTGCTGTTAAGGGCATATTAAAAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTAGGGAGTGGTCCAACCATTGTGCTGTTAAGGGCATATTAAAAG  249

seq1  TAAGGCTGCATGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCTGCATGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  299

seq1  TGTTTCATTCGTGAACCCTAAACAATTGGGTGGGTGTAGAGGAGGTATGC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCATTCGTGAACCCTAAACAATTGGGTGGGTGTAGAGGAGGTATGC  349

seq1  ACACCCACCAGGGAGTTTAGAGAAGTTTAACAATTTAACTCTACAACATA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCACCAGGGAGTTTAGAGAAGTTTAACAATTTAACTCTACAACATA  399

seq1  GTGATAATTATTTAATGCTATATGTTATAATGTTCTTGTAGAGATAATGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAATTATTTAATGCTATATGTTATAATGTTCTTGTAGAGATAATGT  449

seq1  TGCTGCTCCAATTGTTGCAGATTTGGCTCCTAGGAAGTCTTTGGGACTTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTCCAATTGTTGCAGATTTGGCTCCTAGGAAGTCTTTGGGACTTT  499

seq1  GTGTTGTGTCGTTTTTTGAATTCAGGTCTCATTCTGTTCTTCCCTTCCTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGTGTCGTTTTTTGAATTCAGGTCTCATTCTGTTCTTCCCTTCCTG  549

seq1  TCTCTTTCTTCCCCTGTTCCATCTTTCCTACTTAATTTCTGTTATTATCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTCTTCCCCTGTTCCATCTTTCCTACTTAATTTCTGTTATTATCA  599

seq1  GATGTCGCAGGCATGCCTAGTACTTTCCTTTTTAAAGCCCTACTATGAGC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCGCAGGCATGCCTAGTACTTTCCTTTTTAAAGCCCTACTATGAGC  649

seq1  AACCAATTTTTCAAGGTCCTGGTTCATTCTATAGGACATTGGCAAAGAAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAATTTTTCAAGGTCCTGGTTCATTCTATAGGACATTGGCAAAGAAA  699

seq1  CCAAAGACTGAGGTGCCGAATTTACATGTTGCTAATGATGACCTCTAGAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGACTGAGGTGCCGAATTTACATGTTGCTAATGATGACCTCTAGAT  749

seq1  CAATAATTAGAGCTATGCAATACATGTATGATACTCTCCCACATATTTCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAATTAGAGCTATGCAATACATGTATGATACTCTCCCACATATTTCA  799

seq1  TATATACATACATATATGTCTATATACATGTATGCACATGTGTCTATGTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACATACATATATGTCTATATACATGTATGCACATGTGTCTATGTG  849

seq1  ATGAATGTATGTATATGTGTGCATACCCTCTTACTGACATATCCGACTAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGTATGTATATGTGTGCATACCCTCTTACTGACATATCCGACTAT  899

seq1  CCAGGGTTCATCCTGGCTGTTCTCTTTCCATCCTGAATTCCTTCTCTGAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGTTCATCCTGGCTGTTCTCTTTCCATCCTGAATTCCTTCTCTGAC  949

seq1  TTTGAGAACCTGTCTCCCATTGACTAGAACTCACCAAGTTATTTGTTCGC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGAACCTGTCTCCCATTGACTAGAACTCACCAAGTTATTTGTTCGC  999

seq1  CTATAGCAGACATGTAG  1014
      |||||||||||||||||
seq2  CTATAGCAGACATGTAG  1016

seq1: chr13_107995803_107996870
seq2: B6Ng01-240C18.g_65_1134

seq1  GAATTCTTTAACATGGAGATCGGGCGACGTTTACAGAAGTTGCAAGTGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAACATGGAGATCGGGCGACGTTTACAGAAGTTGCAAGTGTC  50

seq1  AGTGTGATTATGTTGAAGTCTTTAACACAGAAACTGACCTACATTTACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGATTATGTTGAAGTCTTTAACACAGAAACTGACCTACATTTACTA  100

seq1  AGATGCAGCAGTGATATTTCTTTTGGGCAATTTGCCTCAGGCCAGTTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCAGCAGTGATATTTCTTTTGGGCAATTTGCCTCAGGCCAGTTGTT  150

seq1  TAACTTTACTGTGGCTCAGTTTCCTTGTATCTAAAATGGGTAAAATAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTACTGTGGCTCAGTTTCCTTGTATCTAAAATGGGTAAAATAGTA  200

seq1  GGAACTTTGTTCATGGAATGATGGTAGGAAAGAAATGAACTTATATCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTTTGTTCATGGAATGATGGTAGGAAAGAAATGAACTTATATCTGT  250

seq1  AAGTTAGAGTATCACCAGTCTTAGAGGCATCTGGTGTTAGCTGCCATCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAGAGTATCACCAGTCTTAGAGGCATCTGGTGTTAGCTGCCATCAC  300

seq1  CATCTTCATGGTTATTATCTCTTTCCCTAATCATTATGTAGAGGAGAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTCATGGTTATTATCTCTTTCCCTAATCATTATGTAGAGGAGAATA  350

seq1  AGTTGGGCTTAAACCATCTTCAGTAATTTGTATTCCCCAACTTTATTTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGGCTTAAACCATCTTCAGTAATTTGTATTCCCCAACTTTATTTAC  400

seq1  TGAAGAGATAAAGATATCTAGTAACTTTTATGTTCTCCACTAACTTCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAGATAAAGATATCTAGTAACTTTTATGTTCTCCACTAACTTCTCT  450

seq1  GTAGACTTTTCTTGGTAGTAGTTTTTGGAGAAAGGTGTCATGGGTTGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACTTTTCTTGGTAGTAGTTTTTGGAGAAAGGTGTCATGGGTTGAAA  500

seq1  AGTCCTAACTACCTATCACTCAGAATGTGATCTTAATTGGGAATAAGCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTAACTACCTATCACTCAGAATGTGATCTTAATTGGGAATAAGCCC  550

seq1  ATTGTGGAGGTGATAGGTAAAATGACATCATATTGGAGCAGGAGCTTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGGAGGTGATAGGTAAAATGACATCATATTGGAGCAGGAGCTTCTT  600

seq1  GACCCAGCAGGATTGGGGTGTCAAGGTGAACCTTGGACACAGGGTTTCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAGCAGGATTGGGGTGTCAAGGTGAACCTTGGACACAGGGTTTCAC  650

seq1  AAAGATGTTGTATTGACGGGGAAAACATGATGATGGGGATCAATCAACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGTTGTATTGACGGGGAAAACATGATGATGGGGATCAATCAACAT  700

seq1  GTCCACACCACGGGCCAACACCATAGTTAAAAGAAGCACAGAAGACGCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACACCACGGGCCAACACCATAGTTAAAAGAAGCACAGAAGACGCCT  750

seq1  TTCCACGGGTTTCAAGGACATAGCCCTGGCCATGCCTTGATTTCAGACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACGGGTTTCAAGGACATAGCCCTGGCCATGCCTTGATTTCAGACTT  800

seq1  CTAGCTATCAAAGTATGCAGTAATAACTCCTGCCTGTAAGGTGCTCAGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTATCAAAGTATGCAGTAATAACTCCTGCCTGTAAGGTGCTCAGTT  850

seq1  TGTGGTATCTAGGTACAGCAGCCATAGGCACTTGACACAGAT-GGAAACA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGTGGTATCTAGGTACAGCAGCCATAGGCACTTGACACAGATGGGAAACA  900

seq1  TACCATCATGGATTCTGACTCCATCAGTCTGAT-CACTGAAGCTTGAGAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TACCATCATGGATTCTGACTCCATCAGTCTGATCCACTGAAGCTTGAGAT  950

seq1  GAAGTTGGAATGCTGAAAAACTGTCACATTGTGTCTTTAGGTTTCGATCA  998
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTGGAATGCTG-AAAACTGTCACATTGTGTCTTTAGGTTTCGATCA  999

seq1  CCAATCAGTTTTTTTCCCTCTTCTGATGTACCTCTAG-AGTCTTCATT-C  1046
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |
seq2  CCAATCAG-TTTTTTCCCTCTTCTGATGTACCTCTAGAAGTC-TCATTCC  1047

seq1  TATAAAAGACTTTCC-TAACCAC  1068
      |||||| |||||||| |||||||
seq2  TATAAAGGACTTTCCTTAACCAC  1070