BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240C24
Chromosome13 (Build37)
Map Location 16,135,147 - 16,284,578
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC625181
Upstream geneLOC670994, EG625121, Gli3, LOC665157, Inhba
Downstream geneLOC665191, 5033411D12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240C24.bB6Ng01-240C24.g
ACCGA050420GA050421
length1,2021,055
definitionB6Ng01-240C24.b B6Ng01-240C24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,283,385 - 16,284,578)(16,135,147 - 16,136,205)
sequence
gaattctactagaggaatcaaatggaggtagaaggagaacagacatagat
atttggagactttggtgataagcaattgttctgaaaagtataaatagctg
atcatgactctgaatatgtcccttgtatggtacatactcttagaactgca
tgacatgctgtgaatgggacttccctgctagactccagcttcttcttatt
tcctctgatccaggatccacccagcctgggagcagggatttagaaaacct
ttcaatctagcaaaaactcttgctttcttctctatggaaatttgtgatat
gtttcattttgctcttttctggactttgtatcacatgttcgtgtcctaag
agcaagctgtggagcatgaggtagagaaacatgtgagaaagctagggccg
tgcacaccagcactttagtattaacagaagatttgggaccagcctgttag
gccctccagctgccaactgctttattattctttcactcaggattcccctg
tatcaggctttcttatgtatattccatgggacattccttcagctacaaaa
ccatttagataaatagaaagaaagttagctcccctgcctccaatccccta
caaaatatacatttttacagcctgtctaactttattaattgttgttatgg
ttctggaagaaatattagtgtctggaaaaataaattatttaaaatccagt
ctaacaccaagagaacacaacatcaaaaccgcctataaatttgtcactat
attgcaagtttaaaccatttgcttgaattttataagccaaacaagttcat
ttccccatcacttaaatacattctaggataggaggtggatcacagtatat
gacctcatttgtgaaaattaatgccttcggaagtctggagctaagtacat
gtttccagtgtcatagttcctcaaaaagatttgaatatttaagacatatg
tggctctccatgtgtaagctgaagttgggacttttatctataccattgac
acacgatatttaactgaataaggtagaatctgggtgctggtttttttgta
tcccataattttgtatttgctctggactagcagaccaccaccctccctca
ctgggaaattatttttttcttccctacagttttccgtttccgtacaatgg
tgctatgattccggtgaacgggaattggaccaggtctctttcctctttca
aa
gaattctgtagcatttggatggaaccatcaggtttaaaatctatacaagt
tttccttccaatctgcttcccaacccaggcaagatcagaggcccaatgcc
ctccctaccctacagtctgcctgcctctcaggagatcttcagtaaccagg
gagataggtgagactcccttctgccaaaattcccatgccagctgggacac
acacagagcccagctgactccggacctacccaccctgcccagttccaact
tctttacagtcttccagcttccttgcaggcttctaaacctgggaaagatc
agcagcctgatatcctcctacatcctacatcctacatcctggctgcctcc
ccagaggtttgcaattaccagggacacagcctgcctgtctcctaggaggt
cagcaatcacttacaccggaggtctatcttaaactgatacacaatccttc
tagtttgcatttttatccacaatttgggcagatcctgcccctggagccca
gagcctgcctgtctcccaggatattctacttaaaccagggatgcaggagg
cctgctctaaccacagagaaacaggaggtctccttgaccagagaaagcac
tgactgcctcccaggagactagctctaacccaggttacatagatttacct
gcctataaggagaccagctccagtcagaggcactcagggcagttaatatc
agagataaccagatggtgagaggcaagaccaagaacataagcaacataac
ccaatgcattttgacatcatcagaaaccaattctcccaccagggcaagct
cttaataccctaacacatactatacctgcctgcgtcccaggaggtctgca
ataaccagggaacctaacatgcctgaaatgcaagattctgtcctaaaata
tcatcttatgaggatggtagaggcctttaaggaggataaaataactccct
taaagaaatattggaaaacacaggcaaaaaggtagaagccccttaaagat
gaaacaaataaaaccttaaagaaatacaggaaaatacatctagcagtgag
taatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_16283385_16284578
seq2: B6Ng01-240C24.b_32_1233 (reverse)

seq1  TTTG-AAGAGGAAGAGGACCTGGTCAAACTCCCGTTTCACCAGAATCATA  49
      |||| ||||||||   ||||||||| || ||||| |||||| ||||||||
seq2  TTTGAAAGAGGAAAGAGACCTGGTCCAATTCCCG-TTCACCGGAATCATA  49

seq1  GGCACATGGTTACGAAACGGAAAA-TGTAGG---GAGAAAAATAATTTCC  95
      |   ||| ||   ||||||||||| ||||||   || |||||||||||||
seq2  GCACCATTGTACGGAAACGGAAAACTGTAGGGAAGAAAAAAATAATTTCC  99

seq1  AAGTGAGG--AGGTGGTGGTCTGCTAGTTCAGAGCAAATACAAAAATATG  143
       |||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  CAGTGAGGGAGGGTGGTGGTCTGCTAGTCCAGAGCAAATACAAAATTATG  149

seq1  GATTACAAAAAAACCAAGCAACCAGA-TCTACCTTA-TCAGTTAAATATC  191
      |  |||||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||
seq2  GGATACAAAAAAACC-AGCACCCAGATTCTACCTTATTCAGTTAAATATC  198

seq1  GTGTGTCAATGGTATAGATAAAAGT-CCAACTTCAGCTTACACATGGAGA  240
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCAATGGTATAGATAAAAGTCCCAACTTCAGCTTACACATGGAGA  248

seq1  GCCACATATGTCTTAAATATTCAAATCTTTTTGAGGAACTATGACACTGG  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACATATGTCTTAAATATTCAAATCTTTTTGAGGAACTATGACACTGG  298

seq1  AAACATGTACTTAGCTCCAGACTTCCGAAGGCATTAATTTTCACAAATGA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGTACTTAGCTCCAGACTTCCGAAGGCATTAATTTTCACAAATGA  348

seq1  GGTCATATACTGTGATCCACCTCCTATCCTAGAATGTATTTAAGTGATGG  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATATACTGTGATCCACCTCCTATCCTAGAATGTATTTAAGTGATGG  398

seq1  GGAAATGAACTTGTTTGGCTTATAAAATTCAAGCAAATGGTTTAAACTTG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGAACTTGTTTGGCTTATAAAATTCAAGCAAATGGTTTAAACTTG  448

seq1  CAATATAGTGACAAATTTATAGGCGGTTTTGATGTTGTGTTCTCTTGGTG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATAGTGACAAATTTATAGGCGGTTTTGATGTTGTGTTCTCTTGGTG  498

seq1  TTAGACTGGATTTTAAATAATTTATTTTTCCAGACACTAATATTTCTTCC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACTGGATTTTAAATAATTTATTTTTCCAGACACTAATATTTCTTCC  548

seq1  AGAACCATAACAACAATTAATAAAGTTAGACAGGCTGTAAAAATGTATAT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCATAACAACAATTAATAAAGTTAGACAGGCTGTAAAAATGTATAT  598

seq1  TTTGTAGGGGATTGGAGGCAGGGGAGCTAACTTTCTTTCTATTTATCTAA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAGGGGATTGGAGGCAGGGGAGCTAACTTTCTTTCTATTTATCTAA  648

seq1  ATGGTTTTGTAGCTGAAGGAATGTCCCATGGAATATACATAAGAAAGCCT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTTTGTAGCTGAAGGAATGTCCCATGGAATATACATAAGAAAGCCT  698

seq1  GATACAGGGGAATCCTGAGTGAAAGAATAATAAAGCAGTTGGCAGCTGGA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAGGGGAATCCTGAGTGAAAGAATAATAAAGCAGTTGGCAGCTGGA  748

seq1  GGGCCTAACAGGCTGGTCCCAAATCTTCTGTTAATACTAAAGTGCTGGTG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTAACAGGCTGGTCCCAAATCTTCTGTTAATACTAAAGTGCTGGTG  798

seq1  TGCACGGCCCTAGCTTTCTCACATGTTTCTCTACCTCATGCTCCACAGCT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACGGCCCTAGCTTTCTCACATGTTTCTCTACCTCATGCTCCACAGCT  848

seq1  TGCTCTTAGGACACGAACATGTGATACAAAGTCCAGAAAAGAGCAAAATG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTAGGACACGAACATGTGATACAAAGTCCAGAAAAGAGCAAAATG  898

seq1  AAACATATCACAAATTTCCATAGAGAAGAAAGCAAGAGTTTTTGCTAGAT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATATCACAAATTTCCATAGAGAAGAAAGCAAGAGTTTTTGCTAGAT  948

seq1  TGAAAGGTTTTCTAAATCCCTGCTCCCAGGCTGGGTGGATCCTGGATCAG  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGGTTTTCTAAATCCCTGCTCCCAGGCTGGGTGGATCCTGGATCAG  998

seq1  AGGAAATAAGAAGAAGCTGGAGTCTAGCAGGGAAGTCCCATTCACAGCAT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATAAGAAGAAGCTGGAGTCTAGCAGGGAAGTCCCATTCACAGCAT  1048

seq1  GTCATGCAGTTCTAAGAGTATGTACCATACAAGGGACATATTCAGAGTCA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGCAGTTCTAAGAGTATGTACCATACAAGGGACATATTCAGAGTCA  1098

seq1  TGATCAGCTATTTATACTTTTCAGAACAATTGCTTATCACCAAAGTCTCC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAGCTATTTATACTTTTCAGAACAATTGCTTATCACCAAAGTCTCC  1148

seq1  AAATATCTATGTCTGTTCTCCTTCTACCTCCATTTGATTCCTCTAGTAGA  1190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCTATGTCTGTTCTCCTTCTACCTCCATTTGATTCCTCTAGTAGA  1198

seq1  ATTC  1194
      ||||
seq2  ATTC  1202

seq1: chr13_16135147_16136205
seq2: B6Ng01-240C24.g_61_1115

seq1  GAATTCTGTAGCATTTGGATGGAACCATCAGGTTTAAAATCTATACAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTAGCATTTGGATGGAACCATCAGGTTTAAAATCTATACAAGT  50

seq1  TTTCCTTCCAATCTGCTTCCCAACCCAGGCAAGATCAGAGGCCCAATGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTCCAATCTGCTTCCCAACCCAGGCAAGATCAGAGGCCCAATGCC  100

seq1  CTCCCTACCCTACAGTCTGCCTGCCTCTCAGGAGATCTTCAGTAACCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTACCCTACAGTCTGCCTGCCTCTCAGGAGATCTTCAGTAACCAGG  150

seq1  GAGATAGGTGAGACTCCCTTCTGCCAAAATTCCCATGCCAGCTGGGACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGGTGAGACTCCCTTCTGCCAAAATTCCCATGCCAGCTGGGACAC  200

seq1  ACACAGAGCCCAGCTGACTCCGGACCTACCCACCCTGCCCAGTTCCAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAGCCCAGCTGACTCCGGACCTACCCACCCTGCCCAGTTCCAACT  250

seq1  TCTTTACAGTCTTCCAGCTTCCTTGCAGGCTTCTAAACCTGGGAAAGATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTACAGTCTTCCAGCTTCCTTGCAGGCTTCTAAACCTGGGAAAGATC  300

seq1  AGCAGCCTGATATCCTCCTACATCCTACATCCTACATCCTGGCTGCCTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCCTGATATCCTCCTACATCCTACATCCTACATCCTGGCTGCCTCC  350

seq1  CCAGAGGTTTGCAATTACCAGGGACACAGCCTGCCTGTCTCCTAGGAGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGGTTTGCAATTACCAGGGACACAGCCTGCCTGTCTCCTAGGAGGT  400

seq1  CAGCAATCACTTACACCGGAGGTCTATCTTAAACTGATACACAATCCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAATCACTTACACCGGAGGTCTATCTTAAACTGATACACAATCCTTC  450

seq1  TAGTTTGCATTTTTATCCACAATTTGGGCAGATCCTGCCCCTGGAGCCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTGCATTTTTATCCACAATTTGGGCAGATCCTGCCCCTGGAGCCCA  500

seq1  GAGCCTGCCTGTCTCCCAGGATATTCTACTTAAACCAGGGATGCAGGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTGCCTGTCTCCCAGGATATTCTACTTAAACCAGGGATGCAGGAGG  550

seq1  CCTGCTCTAACCACAGAGAAACAGGAGGTCTCCTTGACCAGAGAAAGCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTCTAACCACAGAGAAACAGGAGGTCTCCTTGACCAGAGAAAGCAC  600

seq1  TGACTGCCTCCCAGGAGACTAGCTCTAACCCAGGTTACATAGATTTACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGCCTCCCAGGAGACTAGCTCTAACCCAGGTTACATAGATTTACCT  650

seq1  GCCTATAAGGAGACCAGCTCCAGTCAGAGGCACTCAGGGCAGTTAATATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATAAGGAGACCAGCTCCAGTCAGAGGCACTCAGGGCAGTTAATATC  700

seq1  AGAGATAACCAGATGGTGAGAGGCAAGACCAAGAACATAAGCAACATAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATAACCAGATGGTGAGAGGCAAGACCAAGAACATAAGCAACATAAC  750

seq1  CCAATGCATTTTGACATCATCAGAAACCAATTCTCCCACCAGGGCAAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGCATTTTGACATCATCAGAAACCAATTCTCCCACCAGGGCAAGCT  800

seq1  CTTAATACCCTAACACATACTATACCTGCCTGCGTCCCAGGAGGTCTGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATACCCTAACACATACTATACCTGCCTGCGTCCCAGGAGGTCTGCA  850

seq1  ATAACCAGGGAACCTAACATGCCTGAAATGCAAGATTCTGTCCTAAAATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCAGGGAACCTAACATGCCTGAAATGCAAGATTCTGTCCTAAAATA  900

seq1  TCATCTTATGAGGATGGTAGAGGCCTTTAAGGAGGATAAAAATAACTCCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCATCTTATGAGGATGGTAGAGGCCTTTAAGGAGGAT-AAAATAACTCCC  949

seq1  TTAAAGAAATATTGGAAAACACAGGCAAAAAGGTAGAAG-CCCTTAAAGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTAAAGAAATATTGGAAAACACAGGCAAAAAGGTAGAAGCCCCTTAAAGA  999

seq1  TGAAACAAATAAAACCCTTAAAGAAATACAGGAAAATACAATCTAGCAGG  1049
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |
seq2  TGAAACAAATAAAA-CCTTAAAGAAATACAGGAAAATAC-ATCTAGCA-G  1046

seq1  TGAAGTAATT  1059
      || |||||||
seq2  TG-AGTAATT  1055