BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240K17
Chromosome13 (Build37)
Map Location 26,543,980 - 26,680,564
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042180
Upstream geneTpi-rs8, LOC214973, LOC666221
Downstream geneLOC100042191, Hdgfl1, LOC100040939, LOC100040945, LOC100040957, Prl, Prl3d1, Prl3d2, Prl3d3, Prl3c1, Prl3b1, Prl3a1, Prl6a1, Prl8a2, Prl2b1, Prl8a6, Prl8a8, Prl8a9, Prl8a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240K17.bB6Ng01-240K17.g
ACCGA050779GA050780
length9841,100
definitionB6Ng01-240K17.b B6Ng01-240K17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,543,980 - 26,544,596)(26,679,446 - 26,680,564)
sequence
gaattctttaaattagtacttgagaaacaacttgcagctattaaaagaat
taagtgttgtgaactagaaggaaagaatgaaattcatcaacataacagac
atgctatttttattgattggttttgctgaatgctaaagtgcccttccaca
tgctcacctgcttaagttttgaacacttactggaacttggagttgctgct
tagagaggttgtggggccttcaggaagtgtagcacagctggaggaaggag
gccagtaaggacaggcctaagggttacaacctactcatacttatttttaa
attattattagataagttctttatttacatttcaaatgttaccccctttt
ctggtttcccatctggaatccccctccccctatcccttctcctctttccc
tgctcaccaacccacccactctcacttcctggtccaggtattcccctaca
tgggggcagagagcctttacaggaccaagggtctctcctaccaatggtga
cagactaagccaccctctgctacatattcagctagaaccatgagtcccta
gtggtttagtccatgggagctctaggggtactaactatggggctgcaaaa
ctcttcaacttctgggatcctttctctaggtccttcattggggaccctgt
gctcagtccaatggttggctgtgagcatctacttctgtcaggcactggta
gagcctctcaggagacagctatatctggctcctgtcagcaagcacttgtt
ggtatccacaacagtgtctgggtttcatgatggtatatgggctggatccc
taggtggggcagtctctggatggtcattccttcagtctctgctccacact
ttgtcactgtaactccttccatgggtgtttgctcctccttctaaaaagat
tgaagtatccacactttggtcttctttcttcttgagtttcatgtggtttg
tgaattgtattttgggtatttctgagcttctggg
gaattcttgctttgatatatcttggtgttttacctctggcaaacagacat
ttgttcatgtcttcctaggaaaagttagacatgcacacaggtgcacatac
ttattttctctcagacaccattgtccccagctaccagacactagccattt
aagcaaagattattagaaaaaactcgaagagaaactttaccaggacactg
caactcaagaggaggtctgcaaataatagcttaggagttttatcctttac
acatgacctttgcttccaaggtctccttcaaacaacatacagatatcatc
ctaaacagccttcaatttatctacttgagctgagttgaccccactggaaa
tcgaatgttgctgcagatattgatccagacacatagacactagtaaggct
ctctttgtgtgaaatttacagaagatcctgttatacagagctctgaagta
cagacacatccacaaagctgatgtttccctcagtgggatggtggaaaaaa
accatggtccacttgtgtcctggccaaaggatgcctcagaaatcgttgca
ctggttatgactcttctctgctcagtcccccgtcttgctctgactcccca
tgaaatgtgaccagctattcccgaccttcacttgctgtgctggggctctg
ttctccctctggtctgtctctttggccttaagctatagcaaactcactaa
gcacgggactctcctttagaaaaaataattgaactgaatggactgttgtt
tgctttctggccttcaaacaccgaggcactgttgtgctctttaaaattgt
aaattatgtctgtttaagaaaatgtcagtgttttttaaaacagaataaca
gagctggaaaagaccgggctgtgctatttgttgccaagtttcatgcagga
aaatgatgtatttatcatcatgggcacaggcaaagattctagagatcctg
cacatgctttctcagttctacagatcttgctgtttaaaatttttttattc
tagcattatctagtatgtaaagctcataaacatgatcaggagagcttatc
agcaaaataaatgtagacacatcttctagatcaactgacatgtttttccc

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_26543980_26544596
seq2: B6Ng01-240K17.b_47_663

seq1  GAATTCTTTAAATTAGTACTTGAGAAACAACTTGCAGCTATTAAAAGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAAATTAGTACTTGAGAAACAACTTGCAGCTATTAAAAGAAT  50

seq1  TAAGTGTTGTGAACTAGAAGGAAAGAATGAAATTCATCAACATAACAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGTTGTGAACTAGAAGGAAAGAATGAAATTCATCAACATAACAGAC  100

seq1  ATGCTATTTTTATTGATTGGTTTTGCTGAATGCTAAAGTGCCCTTCCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTATTTTTATTGATTGGTTTTGCTGAATGCTAAAGTGCCCTTCCACA  150

seq1  TGCTCACCTGCTTAAGTTTTGAACACTTACTGGAACTTGGAGTTGCTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCACCTGCTTAAGTTTTGAACACTTACTGGAACTTGGAGTTGCTGCT  200

seq1  TAGAGAGGTTGTGGGGCCTTCAGGAAGTGTAGCACAGCTGGAGGAAGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAGGTTGTGGGGCCTTCAGGAAGTGTAGCACAGCTGGAGGAAGGAG  250

seq1  GCCAGTAAGGACAGGCCTAAGGGTTACAACCTACTCATACTTATTTTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTAAGGACAGGCCTAAGGGTTACAACCTACTCATACTTATTTTTAA  300

seq1  ATTATTATTAGATAAGTTCTTTATTTACATTTCAAATGTTACCCCCTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTATTAGATAAGTTCTTTATTTACATTTCAAATGTTACCCCCTTTT  350

seq1  CTGGTTTCCCATCTGGAATCCCCCTCCCCCTATCCCTTCTCCTCTTTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTCCCATCTGGAATCCCCCTCCCCCTATCCCTTCTCCTCTTTCCC  400

seq1  TGCTCACCAACCCACCCACTCTCACTTCCTGGTCCAGGTATTCCCCTACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCACCAACCCACCCACTCTCACTTCCTGGTCCAGGTATTCCCCTACA  450

seq1  TGGGGGCAGAGAGCCTTTACAGGACCAAGGGTCTCTCCTACCAATGGTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGCAGAGAGCCTTTACAGGACCAAGGGTCTCTCCTACCAATGGTGA  500

seq1  CAGACTAAGCCACCCTCTGCTACATATTCAGCTAGAACCATGAGTCCCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTAAGCCACCCTCTGCTACATATTCAGCTAGAACCATGAGTCCCTA  550

seq1  GTGGTTTAGTCCATGGGAGCTCTAGGGGTACTAACTATGGGGCTGCAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTTAGTCCATGGGAGCTCTAGGGGTACTAACTATGGGGCTGCAAAA  600

seq1  CTCTTCAACTTCTGGGA  617
      |||||||||||||||||
seq2  CTCTTCAACTTCTGGGA  617

seq1: chr13_26679446_26680564
seq2: B6Ng01-240K17.g_68_1167 (reverse)

seq1  GGGAAAAACATGTCAGTTGAATTCTAGGAGATGTGTCTTACATTTTAATA  50
      ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||||  || 
seq2  GGGAAAAACATGTCAGTTGA--TCTAGAAGATGTGTC-TACATTT--AT-  44

seq1  TTTGCTGATAAAGGCTCT-CTGATTCAATGTTTATGAGCTTTTACATTAC  99
      |||||||||||  ||||| |||||   |||||||||||| |||||| |||
seq2  TTTGCTGATAA--GCTCTCCTGAT--CATGTTTATGAGC-TTTACA-TAC  88

seq1  TTAGATAATTGCCTAAGAATAAAAAATTTTTAAACAGCCAAGATCTGTAG  149
       ||||||| |||   ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
seq2  -TAGATAA-TGC--TAGAATAAAAAAATTTTAAACAG-CAAGATCTGTAG  133

seq1  AACTGAGAAAGCATTGTGCAGGATTCTCTAGAATCTTTGCCTGTGCCCAT  199
      ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGAAAGCA-TGTGCAGGA-TCTCTAGAATCTTTGCCTGTGCCCAT  181

seq1  GATGATAAATACATCATTTTCCTGCATGAAACTTTGGCAACAAATAGCAC  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GATGATAAATACATCATTTTCCTGCATGAAAC-TTGGCAACAAATAGCAC  230

seq1  AGCCCGGTCTTTTCCAGCTCTGTTATTCTGTTTTAAAAAACACTGACATT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCGGTCTTTTCCAGCTCTGTTATTCTGTTTTAAAAAACACTGACATT  280

seq1  TTCTTAAACAGACATAATTTACAATTTTAAAGAGCACAACAGTGCCTCGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAAACAGACATAATTTACAATTTTAAAGAGCACAACAGTGCCTCGG  330

seq1  TGTTTGAAGGCCAGAAAGCAAACAACAGTCCATTCAGTTCAATTATTTTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGAAGGCCAGAAAGCAAACAACAGTCCATTCAGTTCAATTATTTTT  380

seq1  TCTAAAGGAGAGTCCCGTGCTTAGTGAGTTTGCTATAGCTTAAGGCCAAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGGAGAGTCCCGTGCTTAGTGAGTTTGCTATAGCTTAAGGCCAAA  430

seq1  GAGACAGACCAGAGGGAGAACAGAGCCCCAGCACAGCAAGTGAAGGTCGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGACCAGAGGGAGAACAGAGCCCCAGCACAGCAAGTGAAGGTCGG  480

seq1  GAATAGCTGGTCACATTTCATGGGGAGTCAGAGCAAGACGGGGGACTGAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGCTGGTCACATTTCATGGGGAGTCAGAGCAAGACGGGGGACTGAG  530

seq1  CAGAGAAGAGTCATAACCAGTGCAACGATTTCTGAGGCATCCTTTGGCCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAGAGTCATAACCAGTGCAACGATTTCTGAGGCATCCTTTGGCCA  580

seq1  GGACACAAGTGGACCATGGTTTTTTTCCACCATCCCACTGAGGGAAACAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACAAGTGGACCATGGTTTTTTTCCACCATCCCACTGAGGGAAACAT  630

seq1  CAGCTTTGTGGATGTGTCTGTACTTCAGAGCTCTGTATAACAGGATCTTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTTGTGGATGTGTCTGTACTTCAGAGCTCTGTATAACAGGATCTTC  680

seq1  TGTAAATTTCACACAAAGAGAGCCTTACTAGTGTCTATGTGTCTGGATCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATTTCACACAAAGAGAGCCTTACTAGTGTCTATGTGTCTGGATCA  730

seq1  ATATCTGCAGCAACATTCGATTTCCAGTGGGGTCAACTCAGCTCAAGTAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGCAGCAACATTCGATTTCCAGTGGGGTCAACTCAGCTCAAGTAG  780

seq1  ATAAATTGAAGGCTGTTTAGGATGATATCTGTATGTTGTTTGAAGGAGAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTGAAGGCTGTTTAGGATGATATCTGTATGTTGTTTGAAGGAGAC  830

seq1  CTTGGAAGCAAAGGTCATGTGTAAAGGATAAAACTCCTAAGCTATTATTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAAGCAAAGGTCATGTGTAAAGGATAAAACTCCTAAGCTATTATTT  880

seq1  GCAGACCTCCTCTTGAGTTGCAGTGTCCTGGTAAAGTTTCTCTTCGAGTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACCTCCTCTTGAGTTGCAGTGTCCTGGTAAAGTTTCTCTTCGAGTT  930

seq1  TTTTCTAATAATCTTTGCTTAAATGGCTAGTGTCTGGTAGCTGGGGACAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTAATAATCTTTGCTTAAATGGCTAGTGTCTGGTAGCTGGGGACAA  980

seq1  TGGTGTCTGAGAGAAAATAAGTATGTGCACCTGTGTGCATGTCTAACTTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTCTGAGAGAAAATAAGTATGTGCACCTGTGTGCATGTCTAACTTT  1030

seq1  TCCTAGGAAGACATGAACAAATGTCTGTTTGCCAGAGGTAAAACACCAAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGGAAGACATGAACAAATGTCTGTTTGCCAGAGGTAAAACACCAAG  1080

seq1  ATATATCAAAGCAAGAATTC  1119
      ||||||||||||||||||||
seq2  ATATATCAAAGCAAGAATTC  1100