BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242O13
Chromosome13 (Build37)
Map Location 17,875,871 - 18,004,731
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdc2l5, Rala
Upstream gene5033411D12Rik, 2810021B07Rik
Downstream geneLOC434585, LOC382732, 1600012F09Rik, Vdac3-ps1, LOC625310, 4930448F12Rik, Pou6f2, Vps41
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242O13.bB6Ng01-242O13.g
ACCGA052431GA052432
length1,1201,129
definitionB6Ng01-242O13.b B6Ng01-242O13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,003,606 - 18,004,731)(17,875,871 - 17,876,973)
sequence
gaattctttgtgatgacacaagatgatttttgtaagtttgttagaatgta
cttggttatcgttgattaaagagttccttaggtgtctgtggccattccaa
tttattatttcctagaaggaaaacttgcattagtgtagtttgggtatatt
tctagctacatattttaattccaatttagacatttgttagctgtgtgacc
ttggcatgtgtgcaatggattgcatatttatgtgttcccagtgttcatag
attgatcttttatattccaagatgataggtttaaaaggtggagctttggg
aaggtgttaggtcatgaaggtagaatcctcaagaatgtgatttgtgtggc
cccagagaaatacttcctcttatgctacgtgaaagtatgttgagcataga
gctgtctgtaaaccagattccaaatattctggcaccttggtcttggcttt
caaagtcttaagaattaagagaagcaaatgcttgctgtttataagccatt
ctgtatggtgttttgttctagcattctaaatgacttcggggtcctattat
gtgacttattacaaaaataaataaataaataaataaatagccaaaactcc
tcccttcttacctgtgttataagtgaagactgaggggtaagtttctaaac
ccttaaataggctttgttttgccatcttacctgctggtgtgatacttaag
tatatcaggacatattcccaggaagtcacacttaaagtttcctatgagta
tatctttaccgatgctgtctttaaagtcacagctgggagggtgagatggc
ttagagggttaaaggcacttgctacacaagcctcactacccaagtttgat
tcctgggatgcatgtaaagagaggagcaaaccaacttcacacagttgtct
tctgacttcacatgtgcaaacacacttatgataattttttaaatttagtt
atatccaagtttagagttttgttgattttaaagggtttgagcgcttttat
attcaggatttcatcctatagacctgaaaaacatgatctgtattgagtaa
tcagtaacacactttttagagggtagcagcgaaaccttagccatatctag
ccgcctttctgattagtata

gaattctaagagatatgaccagatctcagactctgaacagcctttggggg
gcggggaggggggcactcagagaggaggaagacagaattacctatcccaa
ccccagagaagtgtggaaagcaagaaagcccagagtgaagttgatggcca
tatcaaggacccaatgtctcaaacccaaaggaatggcaagaccttaacca
cagaatgaagctgaaagggatgacaaagccttcctatgtacaagtatgac
tgttctatgaacactgccgagtgtgtaaaacctaacaactacagatatct
actgattacaacctgaaactgctcccatacagagaggacccacaaagact
agctgactcaccttccctctgtcctacacataaacttattaacaatgttt
tccagcaaagcaagcacagcccactagatcccagcttttctgtgttctgt
atgtgtttgtgtgtttgtgtgcctatcctttcttgagtccctcatctcct
tcatcaggaactcaataaagacaaaggcaataatcatcccagacattttt
catacctgtatccacctatctcactccttctccacacctatcatgtctct
gtttaatgcccaatgccattggagcccaggaacttgaccctattctgccg
ctgcccctatactgctccccacaactattttccttttgccttttcctctc
ccaaagaatatagtctgatttgcagagtctctgtgctcagtctaagaact
ggactattagctgggcgttaattaatcccagtgctcagaaggataagagg
gcaggcggatctctgtgaattgggatgggcaagcttgctctacaaaaaca
gttccaggatagccaaggctgttacatatagaaattctgtctttaagaaa
ccaaaagaaaaactgggatgattctattataccaggtgggcaccattagt
aattccttcagacaaagctgaatcattcctctacaactttcctactaggt
attagcttccctttaatatggacatggacccctcttttttatctcttatc
ccccaaatgctaattactagtcctcccatttccttattcttctattaata
tgcaccggttactactatatacccagttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_18003606_18004731
seq2: B6Ng01-242O13.b_49_1168 (reverse)

seq1  TATACTAAATCAGAAAGGCGGCTAGAATATGGGCCTAGGGTTCTGCTGCT  50
      |||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||  ||||||
seq2  TATACT-AATCAGAAAGGCGGCTAG-ATATGG--CTAAGGTTTCGCTGCT  46

seq1  AACCCTCTAAAAAGTGTGGTTTACTGA-TACTCAATACAGATCATGTTTT  99
       |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  -ACCCTCTAAAAAGTGTG--TTACTGATTACTCAATACAGATCATGTTTT  93

seq1  TCAGGTCTATAGGATGAAAATCTTGAATAT-AAAGCGCTCAAA-CCTTTA  147
      |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  TCAGGTCTATAGGATG-AAATCCTGAATATAAAAGCGCTCAAACCCTTTA  142

seq1  AAATCAACAAAACTCTAAACTTTGGATATAACTAAATTTAAAAAATTATC  197
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAACAAAACTCTAAAC-TTGGATATAACTAAATTTAAAAAATTATC  191

seq1  ATAAGTGTGTTTGCACATGTGAAGTCAGAAGACAACTGTGTGAAGTTGGT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTGTGTTTGCACATGTGAAGTCAGAAGACAACTGTGTGAAGTTGGT  241

seq1  TTGCTCCTCTCTTTACATGCATCCCAGGAATCAAACTTGGGTAGTGAGGC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCCTCTCTTTACATGCATCCCAGGAATCAAACTTGGGTAGTGAGGC  291

seq1  TTGTGTAGCAAGTGCCTTTAACCCTCTAAGCCATCTCACCCTCCCAGCTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTAGCAAGTGCCTTTAACCCTCTAAGCCATCTCACCCTCCCAGCTG  341

seq1  TGACTTTAAAGACAGCATCGGTAAAGATATACTCATAGGAAACTTTAAGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTAAAGACAGCATCGGTAAAGATATACTCATAGGAAACTTTAAGT  391

seq1  GTGACTTCCTGGGAATATGTCCTGATATACTTAAGTATCACACCAGCAGG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTTCCTGGGAATATGTCCTGATATACTTAAGTATCACACCAGCAGG  441

seq1  TAAGATGGCAAAACAAAGCCTATTTAAGGGTTTAGAAACTTACCCCTCAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATGGCAAAACAAAGCCTATTTAAGGGTTTAGAAACTTACCCCTCAG  491

seq1  TCTTCACTTATAACACAGGTAAGAAGGGAGGAGTTTTGGCTATTTATTTA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCACTTATAACACAGGTAAGAAGGGAGGAGTTTTGGCTATTTATTTA  541

seq1  TTTATTTATTTATTTTTGTAATAAGTCACATAATAGGACCCCGAAGTCAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTATTTATTTTTGTAATAAGTCACATAATAGGACCCCGAAGTCAT  591

seq1  TTAGAATGCTAGAACAAAACACCATACAGAATGGCTTATAAACAGCAAGC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAATGCTAGAACAAAACACCATACAGAATGGCTTATAAACAGCAAGC  641

seq1  ATTTGCTTCTCTTAATTCTTAAGACTTTGAAAGCCAAGACCAAGGTGCCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTTCTCTTAATTCTTAAGACTTTGAAAGCCAAGACCAAGGTGCCA  691

seq1  GAATATTTGGAATCTGGTTTACAGACAGCTCTATGCTCAACATACTTTCA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTTGGAATCTGGTTTACAGACAGCTCTATGCTCAACATACTTTCA  741

seq1  CGTAGCATAAGAGGAAGTATTTCTCTGGGGCCACACAAATCACATTCTTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAGCATAAGAGGAAGTATTTCTCTGGGGCCACACAAATCACATTCTTG  791

seq1  AGGATTCTACCTTCATGACCTAACACCTTCCCAAAGCTCCACCTTTTAAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTCTACCTTCATGACCTAACACCTTCCCAAAGCTCCACCTTTTAAA  841

seq1  CCTATCATCTTGGAATATAAAAGATCAATCTATGAACACTGGGAACACAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCATCTTGGAATATAAAAGATCAATCTATGAACACTGGGAACACAT  891

seq1  AAATATGCAATCCATTGCACACATGCCAAGGTCACACAGCTAACAAATGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGCAATCCATTGCACACATGCCAAGGTCACACAGCTAACAAATGT  941

seq1  CTAAATTGGAATTAAAATATGTAGCTAGAAATATACCCAAACTACACTAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATTGGAATTAAAATATGTAGCTAGAAATATACCCAAACTACACTAA  991

seq1  TGCAAGTTTTCCTTCTAGGAAATAATAAATTGGAATGGCCACAGACACCT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGTTTTCCTTCTAGGAAATAATAAATTGGAATGGCCACAGACACCT  1041

seq1  AAGGAACTCTTTAATCAACGATAACCAAGTACATTCTAACAAACTTACAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAACTCTTTAATCAACGATAACCAAGTACATTCTAACAAACTTACAA  1091

seq1  AAATCATCTTGTGTCATCACAAAGAATTC  1126
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCATCTTGTGTCATCACAAAGAATTC  1120


seq1: chr13_17875871_17876973
seq2: B6Ng01-242O13.g_71_1199

seq1  GAATTCTAAGAGATATGACCAGATCTCAGACTCTGAACAGCCTTTGGGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAGAGATATGACCAGATCTCAGACTCTGAACAGCCTTTGGGGG  50

seq1  GCGGGGAGGGGGGCACTCAGAGAGGAGGAAGACAGAATTACCTATCCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGGGAGGGGGGCACTCAGAGAGGAGGAAGACAGAATTACCTATCCCAA  100

seq1  CCCCAGAGAAGTGTGGAAAGCAAGAAAGCCCAGAGTGAAGTTGATGGCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGAGAAGTGTGGAAAGCAAGAAAGCCCAGAGTGAAGTTGATGGCCA  150

seq1  TATCAAGGACCCAATGTCTCAAACCCAAAGGAATGGCAAGACCTTAACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAGGACCCAATGTCTCAAACCCAAAGGAATGGCAAGACCTTAACCA  200

seq1  CAGAATGAAGCTGAAAGGGATGACAAAGCCTTCCTATGTACAAGTATGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGAAGCTGAAAGGGATGACAAAGCCTTCCTATGTACAAGTATGAC  250

seq1  TGTTCTATGAACACTGCCGAGTGTGTAAAACCTAACAACTACAGATATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTATGAACACTGCCGAGTGTGTAAAACCTAACAACTACAGATATCT  300

seq1  ACTGATTACAACCTGAAACTGCTCCCATACAGAGAGGACCCACAAAGACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATTACAACCTGAAACTGCTCCCATACAGAGAGGACCCACAAAGACT  350

seq1  AGCTGACTCACCTTCCCTCTGTCCTACACATAAACTTATTAACAATGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGACTCACCTTCCCTCTGTCCTACACATAAACTTATTAACAATGTTT  400

seq1  TCCAGCAAAGCAAGCACAGCCCACTAGATCCCAGCTTTTCTGTGTTCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCAAAGCAAGCACAGCCCACTAGATCCCAGCTTTTCTGTGTTCTGT  450

seq1  ATGTGTTTGTGTGTTTGTGTGCCTATCCTTTCTTGAGTCCCTCATCTCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTTGTGTGTTTGTGTGCCTATCCTTTCTTGAGTCCCTCATCTCCT  500

seq1  TCATCAGGAACTCAATAAAGACAAAGGCAATAATCATCCCAGACATTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAGGAACTCAATAAAGACAAAGGCAATAATCATCCCAGACATTTTT  550

seq1  CATACCTGTATCCACCTATCTCACTCCTTCTCCACACCTATCATGTCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCTGTATCCACCTATCTCACTCCTTCTCCACACCTATCATGTCTCT  600

seq1  GTTTAATGCCCAATGCCATTGGAGCCCAGGAACTTGACCCTATTCTGCCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAATGCCCAATGCCATTGGAGCCCAGGAACTTGACCCTATTCTGCCG  650

seq1  CTG-CCCTATACTGCTCCCCACAACTATTTTCCTTTTGCCTTTTCCTCTC  699
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCCTATACTGCTCCCCACAACTATTTTCCTTTTGCCTTTTCCTCTC  700

seq1  CCAAAGAATATAGTCTGATTTGCAGAGTCTCTGTGCTCAGTCTAAGAACT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGAATATAGTCTGATTTGCAGAGTCTCTGTGCTCAGTCTAAGAACT  750

seq1  GGACTATTAGCTGGGCGTTAATTAATCCCAGTGCTCAGAA-GATAAGA-G  797
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
seq2  GGACTATTAGCTGGGCGTTAATTAATCCCAGTGCTCAGAAGGATAAGAGG  800

seq1  GCAGGCGGATCTCTGTGAATT-GGAT-GGCAAGCTTGCTCTACAAAAACA  845
      ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCGGATCTCTGTGAATTGGGATGGGCAAGCTTGCTCTACAAAAACA  850

seq1  GTTCCAGGATAGCCAAGGCTGTTACATATAGAAATTCTGTC-TTAAGAAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTTCCAGGATAGCCAAGGCTGTTACATATAGAAATTCTGTCTTTAAGAAA  900

seq1  CCAAAAGAAAAACT-GGATGATTCTA-TATACCAG--TGGCA-CATTAGT  939
      |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||   |||| |||||||
seq2  CCAAAAGAAAAACTGGGATGATTCTATTATACCAGGTGGGCACCATTAGT  950

seq1  -ATTCCTTCAGACAAAGCTGAATCATTCCTCTACCAC-TTCCTACTA-GT  986
       ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||
seq2  AATTCCTTCAGACAAAGCTGAATCATTCCTCTACAACTTTCCTACTAGGT  1000

seq1  A-TAGCT--CCCTTATTATGAACAT-GACC---CTCTTTTATCTC-TATC  1028
      | |||||  || ||| |||| |||| ||||   || ||||||||| ||||
seq2  ATTAGCTTCCCTTTAATATGGACATGGACCCCTCTTTTTTATCTCTTATC  1050

seq1  CCCCCAATGCTAATTACTAGT-CTCCCATTTCTTATTTCTTTCTATTAAT  1077
      |||| |||||||||||||||| |||||||||| |  ||| ||||||||||
seq2  CCCCAAATGCTAATTACTAGTCCTCCCATTTCCTTATTC-TTCTATTAAT  1099

seq1  ATGCA-CGGTAACTACTATA---CCAGTTC  1103
      ||||| |||| |||||||||   |||||||
seq2  ATGCACCGGTTACTACTATATACCCAGTTC  1129


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |