BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-244E17
Chromosome13 (Build37)
Map Location 38,212,677 - 38,345,281
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDsp, 6530403A03Rik
Upstream geneLy86, LOC100042794, LOC100042800, LOC100042802, LOC100041624, Rreb1, Ssr1, Cage1, Riok1
Downstream geneBmp6, Txndc5, Muted, Eef1e1, LOC621102, Slc35b3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-244E17.bB6Ng01-244E17.g
ACCGA053464GA053465
length1,110673
definitionB6Ng01-244E17.b B6Ng01-244E17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,212,677 - 38,213,792)(38,344,609 - 38,345,281)
sequence
gaattcactatgtagcccaggctagtcctcctgcttctgtattccaggta
acagtgtatgccaccatgcctggctcagagcacacaattaataccagtgc
agccaggagacactgcggtgctcatagatttcacgccacttctccacacc
cttacttcaaaggtcgaaagggccctgtgggtccgtgtctgggctctcct
cttctagagctttaacagctttgacctggctggctgctttcacagctggc
tttcgggtcaggacaagatggtgacctgtctacggcctggtttttctttc
ttatgttcgtcagggtcattagagatcatgacactcctccaatcagacca
agagcataggacaggtcaaagagataccatcagatggagggatgtggctc
agtggtggagcactatggtggagcactgtgccatacagggcagagtcaaa
gagcactgggtgagtctgcggagagaagagaggaagtgttccatgtcacc
gtcacacataacatggtatggagatgggaagtctggacctaagtgtgctg
tctgggaaacaggaaagggtgctggtggccgatgacacattttgctcttt
gtcctcaggcaggtctggccagagtaactgcaaaggtcacagaggagtgg
agcaaatggtgtctcagcctcctcccttggaggtgtttgagatgccattt
tctctctgcccttgcttgatggctcctcctagggcctgctctggtctcat
tggtccaggtgacatgaacatgggaggcttcgatgtcccacccaggcctg
gtgccctcagtgagacagagtctgcctctgccgtgctgagtccagaaagc
catgctttctctttttttattttcttcctccaataaaagctccaaaccca
ggacctgagagatggctcagaggttaagagcatttgctgctcttccagag
caacagatttggtccccagcaccctttgtctggtgctttacacttcctct
aactccagcttcagtggatctattgttgctcctctgcagcagcagcaggc
aagcagcatgcaggcagcagcaagcagcaagctgcatgcattgcacacag
agcacccgcc
gaattcttgtatggaacttacaccaacaagtagacaatgaaaatgtgtgg
tggagcttgaatgtgaagtgcagggtggtttccaggtgattgagcaggac
tttaagctgatgtggtggctcattcctataatctgtgctgagattataaa
gccatcaaatcaagacaagatcatactgaagtattgtgaaccttaagtcc
aacatgattggtgcacctaagggaagatgcttatgaaagtgccctgcagc
agtacgggcagagactggcatgagaagcccacgagccatggtgtggatca
cgcacaagaccagaagtgaggagaaagccagttagacccatctctggagc
cttcagggagagaaagtatggttctgagatagcttgctttctcaagcctg
aagccactcaagaagcagctctggagagctgcttgcctactgctcacccc
actcaggccccttccccagctgctgagacttccgttcagtccagtaaacc
tggagccaatcatcatgcctctagcgaaactgcccacagaccaggtcaga
gatgcctgcacaccacccaactactacaatagtcttacatttccttcctt
ccttccttccttccttccttccttccttcttttccttttctttctttttt
ttgggggggtgtgggttatgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_38212677_38213792
seq2: B6Ng01-244E17.b_47_1156

seq1  GAATTCACTATGTAGCCCAGGCTAGTCCTCCTGCTTCTGTATTCCAGGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGTAGCCCAGGCTAGTCCTCCTGCTTCTGTATTCCAGGTA  50

seq1  ACAGTGTATGCCACCATGCCTGGCTCAGAGCACACAATTAATACCAGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTATGCCACCATGCCTGGCTCAGAGCACACAATTAATACCAGTGC  100

seq1  AGCCAGGAGACACTGCGGTGCTCATAGATTTCACGCCACTTCTCCACACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGAGACACTGCGGTGCTCATAGATTTCACGCCACTTCTCCACACC  150

seq1  CTTACTTCAAAGGTCGAAAGGGCCCTGTGGGTCCGTGTCTGGGCTCTCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTTCAAAGGTCGAAAGGGCCCTGTGGGTCCGTGTCTGGGCTCTCCT  200

seq1  CTTCTAGAGCTTTAACAGCTTTGACCTGGCTGGCTGCTTTCACAGCTGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAGAGCTTTAACAGCTTTGACCTGGCTGGCTGCTTTCACAGCTGGC  250

seq1  TTTCGGGTCAGGACAAGATGGTGACCTGTCTACGGCCTGGTTTTTCTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGGGTCAGGACAAGATGGTGACCTGTCTACGGCCTGGTTTTTCTTTC  300

seq1  TTATGTTCGTCAGGGTCATTAGAGATCATGACACTCCTCCAATCAGACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTTCGTCAGGGTCATTAGAGATCATGACACTCCTCCAATCAGACCA  350

seq1  AGAGCATAGGACAGGTCAAAGAGATACCATCAGATGGAGGGATGTGGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCATAGGACAGGTCAAAGAGATACCATCAGATGGAGGGATGTGGCTC  400

seq1  AGTGGTGGAGCACTATGGTGGAGCACTGTGCCATACAGGGCAGAGTCAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTGGAGCACTATGGTGGAGCACTGTGCCATACAGGGCAGAGTCAAA  450

seq1  GAGCACTGGGTGAGTCTGCGGAGAGAAGAGAGGAAGTGTTCCATGTCACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACTGGGTGAGTCTGCGGAGAGAAGAGAGGAAGTGTTCCATGTCACC  500

seq1  GTCACACATAACATGGTATGGAGATGGGAAGTCTGGACCTAAGTGTGCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACACATAACATGGTATGGAGATGGGAAGTCTGGACCTAAGTGTGCTG  550

seq1  TCTGGGAAACAGGAAAGGGTGCTGGTGGCCGATGACACATTTTGCTCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGAAACAGGAAAGGGTGCTGGTGGCCGATGACACATTTTGCTCTTT  600

seq1  GTCCTCAGGCAGGTCTGGCCAGAGTAACTGCAAAGGTCACAGAGGAGTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCAGGCAGGTCTGGCCAGAGTAACTGCAAAGGTCACAGAGGAGTGG  650

seq1  AGCAAATGGTGTCTCAGCCTCCTCCCTTGGAGGTGTTTGAGATGCCATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATGGTGTCTCAGCCTCCTCCCTTGGAGGTGTTTGAGATGCCATTT  700

seq1  TCTCTCTGCCCTTGCTTGATGGCTCCTCCTAGGGCCTGCTCTGGTCTCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTGCCCTTGCTTGATGGCTCCTCCTAGGGCCTGCTCTGGTCTCAT  750

seq1  TGGTCCAGGTGACATGAACATGGGAGGCTTCGATGTCCCACCCAGGCCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCAGGTGACATGAACATGGGAGGCTTCGATGTCCCACCCAGGCCTG  800

seq1  GTGCCCTCAGTGAGACAGAGTCTGCCTCTGCCGTGCTGAGTCCAGAAGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTGCCCTCAGTGAGACAGAGTCTGCCTCTGCCGTGCTGAGTCCAGAAAGC  850

seq1  CATGCTTTCTCTTTTTTTATTTTCTTCCTCCAATAAAAGCTCCAAA-CCA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CATGCTTTCTCTTTTTTTATTTTCTTCCTCCAATAAAAGCTCCAAACCCA  900

seq1  GGACCTGAGAGATGGCTCAGAGGTTAAGAGCATTTGCTGCTCTTCCAGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTGAGAGATGGCTCAGAGGTTAAGAGCATTTGCTGCTCTTCCAGAG  950

seq1  CAACAGAATTTGGTCCCCAGCACCC-TTGTCTGGTGGCTTACAACTTCCT  998
      |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||  |||| |||||||
seq2  CAACAG-ATTTGGTCCCCAGCACCCTTTGTCTGGTGCTTTAC-ACTTCCT  998

seq1  CTAACTCCAGCTCCAGTGGATCTAT--GTGCTCCTCTGGCAGGCAGGCAG  1046
      |||||||||||| ||||||||||||   ||||||||| ||| ||| ||| 
seq2  CTAACTCCAGCTTCAGTGGATCTATTGTTGCTCCTCT-GCA-GCA-GCA-  1044

seq1  GCAGGCAAGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCGTGCATGC  1096
      ||||||||||| ||| ||||||| ||| ||| ||| ||| || |||||||
seq2  GCAGGCAAGCA-GCATGCAGGCA-GCA-GCAAGCA-GCAAGC-TGCATGC  1089

seq1  A-TGCACACAGAGCACCCGCC  1116
      | |||||||||||||||||||
seq2  ATTGCACACAGAGCACCCGCC  1110

seq1: chr13_38344609_38345281
seq2: B6Ng01-244E17.g_67_739 (reverse)

seq1  CCCCATAACCCACACCCCCCCAAAAAAAAGAAAGAAAAGGAAAAGAAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATAACCCACACCCCCCCAAAAAAAAGAAAGAAAAGGAAAAGAAGGA  50

seq1  AGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAATGTAAGACTATTGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAATGTAAGACTATTGTAG  100

seq1  TAGTTGGGTGGTGTGCAGGCATCTCTGACCTGGTCTGTGGGCAGTTTCGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGGGTGGTGTGCAGGCATCTCTGACCTGGTCTGTGGGCAGTTTCGC  150

seq1  TAGAGGCATGATGATTGGCTCCAGGTTTACTGGACTGAACGGAAGTCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGCATGATGATTGGCTCCAGGTTTACTGGACTGAACGGAAGTCTCA  200

seq1  GCAGCTGGGGAAGGGGCCTGAGTGGGGTGAGCAGTAGGCAAGCAGCTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTGGGGAAGGGGCCTGAGTGGGGTGAGCAGTAGGCAAGCAGCTCTC  250

seq1  CAGAGCTGCTTCTTGAGTGGCTTCAGGCTTGAGAAAGCAAGCTATCTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTGCTTCTTGAGTGGCTTCAGGCTTGAGAAAGCAAGCTATCTCAG  300

seq1  AACCATACTTTCTCTCCCTGAAGGCTCCAGAGATGGGTCTAACTGGCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATACTTTCTCTCCCTGAAGGCTCCAGAGATGGGTCTAACTGGCTTT  350

seq1  CTCCTCACTTCTGGTCTTGTGCGTGATCCACACCATGGCTCGTGGGCTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCACTTCTGGTCTTGTGCGTGATCCACACCATGGCTCGTGGGCTTC  400

seq1  TCATGCCAGTCTCTGCCCGTACTGCTGCAGGGCACTTTCATAAGCATCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCCAGTCTCTGCCCGTACTGCTGCAGGGCACTTTCATAAGCATCTT  450

seq1  CCCTTAGGTGCACCAATCATGTTGGACTTAAGGTTCACAATACTTCAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTAGGTGCACCAATCATGTTGGACTTAAGGTTCACAATACTTCAGTA  500

seq1  TGATCTTGTCTTGATTTGATGGCTTTATAATCTCAGCACAGATTATAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTGTCTTGATTTGATGGCTTTATAATCTCAGCACAGATTATAGGA  550

seq1  ATGAGCCACCACATCAGCTTAAAGTCCTGCTCAATCACCTGGAAACCACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCCACCACATCAGCTTAAAGTCCTGCTCAATCACCTGGAAACCACC  600

seq1  CTGCACTTCACATTCAAGCTCCACCACACATTTTCATTGTCTACTTGTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACTTCACATTCAAGCTCCACCACACATTTTCATTGTCTACTTGTTG  650

seq1  GTGTAAGTTCCATACAAGAATTC  673
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAAGTTCCATACAAGAATTC  673