BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-245C14
Chromosome13 (Build37)
Map Location 8,134,235 - 8,258,813
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAdarb2
Upstream geneLOC667611, EG623516, LOC791083, LOC382722
Downstream geneEG666941, Wdr37, LOC100039632, Idi1, EG382723, LOC100039655, Idi2, Gtpbp4, LOC667721, Larp5, EG667727
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-245C14.bB6Ng01-245C14.g
ACCGA054116GA054117
length1,1561,142
definitionB6Ng01-245C14.b B6Ng01-245C14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,134,235 - 8,135,395)(8,257,663 - 8,258,813)
sequence
gaattctaccatgcttgtccctgacctatctggtcttaggttcttagaca
tccaagcagtgttaggtataggttccatatcatgtagaaggcctaaaatc
taatcagctattggctggttattcccacaagccttatgccattactgcac
cagaatatcttgcaggcaggccattgttgtagatctaaggtttatagtgt
ttatatttgtccataatatgttctttctaaaataagaaataaattgtatt
aggtattcaatattttatcttaaaacagaattggaggaagtagggggaac
gatcagtgtttaaagtacttgttgtataagtatgaggatttgagtttgtc
tccccagaacctaggcaaaagtcaagtacagtagagatcatatttgtaac
ttcagttctacagagagattggaggcagagacaggggaataaaactctag
aaacttgtaagggaatgagccaggtacacatggtgggaaaacacagttag
atggtctcaaacaaggtagaaaaacaaccaatgttgagcactatacacaa
tatgatccactcagcacacccacacatgcatattcacacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacatacatacatatacacatgtacatacc
atacacaacctacaaaaataaaaaaagaaaaactacatatttaaattatt
taatccaactacaggctaatgtaactataatgagaataataatctaagat
aagttacagtgatcagtacattaagggagaaatgtgctttgacttaatga
ttttgtgtatttggatctgtgtgcatgcctgtgtacattttcatgtgtat
atgcatgagcatatgcttggaggccagaggacaactttgctgttgttctt
tgggcactactgacctcttttattttgaaaaagggtcccttgttaatctg
gaactttgctacgtagtcaatgctaaaatgctcgtgatcccaaagatcta
cctgtcatcattcctcccatgctggattaaagctcgagcacaacacacat
ttatttgcacatttttatattttatattgaacttagtcctcatacataca
agccaagggtctttttctaagccaggcgctctctcccagcaatgctagaa
tggtta

gaattcacacatgcattgagagaaacttaagacgtaacatttgttgcaaa
atctgagcaagtgtccttatcagtaataacagagattataatcccctttg
aaaggactgctatccagaaccaatggcacatttatgaacaacattgaatg
ggatgcttattcttctttggtgctcattaaatagaagagaaacagtgaat
tctaggtcctgcagatggttgacattagttagcagagattagccccatat
tccacaaccctgaaggaggtcaggtgcctgactgttttgaggaataactc
tggcaaaggagcttcagatttctatacagagcagacatctctgatgcctc
tcaaacttgaaacaaatatgaaatgttttggtacttaatagttaaccctc
ttagatgatgaagtgtactaacaagtttatcactgtggcaagatacttca
tgtctgtgtaatctatgctcttaggattctgggtagcaaggacctgccct
gtgagttctaatgcagtgtagggcaacagttccattagactgttgaggaa
aactgtgacattaaatgacttaggcaaaacactttggggggaattaggag
agtggcattaacatcttacttctgctatagaaggcaggatgagtcaatac
tcagatctgcacaaaattcttgtttgtgtagagattagagagtgagatat
ttgcaatatctattcataggagccactgcttctgaccaggcttcctagtt
aagtcatagcatgtgaacctttaactcaatagcctgtgatgttttatgtt
ttaaaaaagttcatggacattttatagcaatatgtttaaagcacagaagc
ccctttaaaagcaagatagttcattagttttaataaccgagggacctcag
aatgacatgtgtatgatcacattagacactaaatggactgtgatttttct
cttcagttttacaatgaccattcaagcttattcataggaataaagcatgg
gtcttccaacaatcatgtgatggcttaaaatagttcaccagactctactt
catggttattcagatagagtactgtattgttatgtttcaattgagaagat
catttgccaatcaatgaatgtcattgagctaaaagatgtcga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_8134235_8135395
seq2: B6Ng01-245C14.b_52_1207

seq1  GAATTCTACCATGCTTGTCCCTGACCTATCTGGTCTTAGGTTCTTAGACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACCATGCTTGTCCCTGACCTATCTGGTCTTAGGTTCTTAGACA  50

seq1  TCCAAGCAGTGTTAGGTATAGGTTCCATATCATGTAGAAGGCCTAAAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGCAGTGTTAGGTATAGGTTCCATATCATGTAGAAGGCCTAAAATC  100

seq1  TAATCAGCTATTGGCTGGTTATTCCCACAAGCCTTATGCCATTACTGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAGCTATTGGCTGGTTATTCCCACAAGCCTTATGCCATTACTGCAC  150

seq1  CAGAATATCTTGCAGGCAGGCCATTGTTGTAGATCTAAGGTTTATAGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATATCTTGCAGGCAGGCCATTGTTGTAGATCTAAGGTTTATAGTGT  200

seq1  TTATATTTGTCCATAATATGTTCTTTCTAAAATAAGAAATAAATTGTATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTTGTCCATAATATGTTCTTTCTAAAATAAGAAATAAATTGTATT  250

seq1  AGGTATTCAATATTTTATCTTAAAACAGAATTGGAGGAAGTAGGGGGAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATTCAATATTTTATCTTAAAACAGAATTGGAGGAAGTAGGGGGAAC  300

seq1  GATCAGTGTTTAAAGTACTTGTTGTATAAGTATGAGGATTTGAGTTTGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGTGTTTAAAGTACTTGTTGTATAAGTATGAGGATTTGAGTTTGTC  350

seq1  TCCCCAGAACCTAGGCAAAAGTCAAGTACAGTAGAGATCATATTTGTAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAGAACCTAGGCAAAAGTCAAGTACAGTAGAGATCATATTTGTAAC  400

seq1  TTCAGTTCTACAGAGAGATTGGAGGCAGAGACAGGGGAATAAAACTCTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTCTACAGAGAGATTGGAGGCAGAGACAGGGGAATAAAACTCTAG  450

seq1  AAACTTGTAAGGGAATGAGCCAGGTACACATGGTGGGAAAACACAGTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTGTAAGGGAATGAGCCAGGTACACATGGTGGGAAAACACAGTTAG  500

seq1  ATGGTCTCAAACAAGGTAGAAAAACAACCAATGTTGAGCACTATACACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCTCAAACAAGGTAGAAAAACAACCAATGTTGAGCACTATACACAA  550

seq1  TATGATCCACTCAGCACACCCACACATGCATATTCACACACACACACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATCCACTCAGCACACCCACACATGCATATTCACACACACACACACA  600

seq1  CACACACACACACACACACACACATACATACATATACACATGTACATACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACATACATACATATACACATGTACATACC  650

seq1  ATACACAACCTACAAAAATAAAAAAAGAAAAACTACATATTTAAATTATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACAACCTACAAAAATAAAAAAAGAAAAACTACATATTTAAATTATT  700

seq1  TAATCCAACTACAGGCTAATGTAACTATAATGAGAATAATAATCTAAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCAACTACAGGCTAATGTAACTATAATGAGAATAATAATCTAAGAT  750

seq1  AAGTTACAGTGATCAGTACATTAAGGGAGAAATGTGCTTTGACTTAATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTACAGTGATCAGTACATTAAGGGAGAAATGTGCTTTGACTTAATGA  800

seq1  TTTTGTGTATTTGGATCTGTGTGCATGCCTGTGTACATTTTCATGTGTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGTATTTGGATCTGTGTGCATGCCTGTGTACATTTTCATGTGTAT  850

seq1  ATGCATGAGCATATGCTTGGAGGCCAGAGGACAACTTTGCTGTTGTTCCT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATGCATGAGCATATGCTTGGAGGCCAGAGGACAACTTTGCTGTTGTTCTT  900

seq1  TGGGCACTACTGACCTCTTTTATTTTGAAAAAGGGTCCCTTGTTAATCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCACTACTGACCTCTTTTATTTTGAAAAAGGGTCCCTTGTTAATCTG  950

seq1  GAAC-TTGCTACGTAGTCAATGCTAAAATGCTCGTGATCCCCAAAGATCT  999
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GAACTTTGCTACGTAGTCAATGCTAAAATGCTCGTGAT-CCCAAAGATCT  999

seq1  ACCTGTCATCATTCTCCCAATGCTGGGATTAAAGCTCGAGCCACCACACC  1049
      ||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||| ||| ||| |
seq2  ACCTGTCATCATTCCTCCCATGCT-GGATTAAAGCTCGAG-CACAACA-C  1046

seq1  ACAATTTTTATATGCACAATTTTATA-TTTATATTGAACTTAGGTCCTCA  1098
      |||   ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  ACA---TTTATTTGCACATTTTTATATTTTATATTGAACTTA-GTCCTCA  1092

seq1  TACATACAAGGCAA-GGTC-TTTTCTAAG-CAAGCGCTCTC-CCCAGCAG  1144
      |||||||||| ||| |||| ||||||||| || |||||||| ||||||| 
seq2  TACATACAAGCCAAGGGTCTTTTTCTAAGCCAGGCGCTCTCTCCCAGCAA  1142

seq1  TGCTTTAAGAATTGTTA  1161
      ||||   ||||| ||||
seq2  TGCT---AGAATGGTTA  1156


seq1: chr13_8257663_8258813
seq2: B6Ng01-245C14.g_68_1209 (reverse)

seq1  TCGACATCTTTTTGGCCCTCATTTGAACATTCATTGATTTGGCAAATGAT  50
      |||||||||||| |   |||| |   ||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCGACATCTTTTAG---CTCAAT--GACATTCATTGA-TTGGCAAATGAT  44

seq1  CTTCTCATTTGAAACATAACAATTACAGTACTCAATCTGGATACCCATGA  100
      ||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||| 
seq2  CTTCTCAATTGAAACATAACAA-TACAGTACTCTATCTGAATAACCATG-  92

seq1  AAGTAGAGTCT-GTGGACTTATTTAAGCCATCACCATGATGTTTGGAAGA  149
      ||||||||||| ||| |||  |||||||||||| ||||||  ||||||||
seq2  AAGTAGAGTCTGGTGAACTATTTTAAGCCATCA-CATGATTGTTGGAAGA  141

seq1  CCCCATGCTTTATTCCTATGAATAAGCTTGAATGGTCATTGTAAAACTGA  199
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CCCATGCTTTATTCCTATGAATAAGCTTGAATGGTCATTGTAAAACTGA  190

seq1  AGAGAAAAATCACAGTCCATTTAGTGTCTAATGTGATCATACACATGTCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAAATCACAGTCCATTTAGTGTCTAATGTGATCATACACATGTCA  240

seq1  TTCTGAGGTCCCTCGGTTATTAAAACTAATGAACTATCTTGCTTTTAAAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGGTCCCTCGGTTATTAAAACTAATGAACTATCTTGCTTTTAAAG  290

seq1  GGGCTTCTGTGCTTTAAACATATTGCTATAAAATGTCCATGAACTTTTTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTCTGTGCTTTAAACATATTGCTATAAAATGTCCATGAACTTTTTT  340

seq1  AAAACATAAAACATCACAGGCTATTGAGTTAAAGGTTCACATGCTATGAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATAAAACATCACAGGCTATTGAGTTAAAGGTTCACATGCTATGAC  390

seq1  TTAACTAGGAAGCCTGGTCAGAAGCAGTGGCTCCTATGAATAGATATTGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTAGGAAGCCTGGTCAGAAGCAGTGGCTCCTATGAATAGATATTGC  440

seq1  AAATATCTCACTCTCTAATCTCTACACAAACAAGAATTTTGTGCAGATCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCTCACTCTCTAATCTCTACACAAACAAGAATTTTGTGCAGATCT  490

seq1  GAGTATTGACTCATCCTGCCTTCTATAGCAGAAGTAAGATGTTAATGCCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATTGACTCATCCTGCCTTCTATAGCAGAAGTAAGATGTTAATGCCA  540

seq1  CTCTCCTAATTCCCCCCAAAGTGTTTTGCCTAAGTCATTTAATGTCACAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTAATTCCCCCCAAAGTGTTTTGCCTAAGTCATTTAATGTCACAG  590

seq1  TTTTCCTCAACAGTCTAATGGAACTGTTGCCCTACACTGCATTAGAACTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTCAACAGTCTAATGGAACTGTTGCCCTACACTGCATTAGAACTC  640

seq1  ACAGGGCAGGTCCTTGCTACCCAGAATCCTAAGAGCATAGATTACACAGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGCAGGTCCTTGCTACCCAGAATCCTAAGAGCATAGATTACACAGA  690

seq1  CATGAAGTATCTTGCCACAGTGATAAACTTGTTAGTACACTTCATCATCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGTATCTTGCCACAGTGATAAACTTGTTAGTACACTTCATCATCT  740

seq1  AAGAGGGTTAACTATTAAGTACCAAAACATTTCATATTTGTTTCAAGTTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGTTAACTATTAAGTACCAAAACATTTCATATTTGTTTCAAGTTT  790

seq1  GAGAGGCATCAGAGATGTCTGCTCTGTATAGAAATCTGAAGCTCCTTTGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGCATCAGAGATGTCTGCTCTGTATAGAAATCTGAAGCTCCTTTGC  840

seq1  CAGAGTTATTCCTCAAAACAGTCAGGCACCTGACCTCCTTCAGGGTTGTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTTATTCCTCAAAACAGTCAGGCACCTGACCTCCTTCAGGGTTGTG  890

seq1  GAATATGGGGCTAATCTCTGCTAACTAATGTCAACCATCTGCAGGACCTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATGGGGCTAATCTCTGCTAACTAATGTCAACCATCTGCAGGACCTA  940

seq1  GAATTCACTGTTTCTCTTCTATTTAATGAGCACCAAAGAAGAATAAGCAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTTTCTCTTCTATTTAATGAGCACCAAAGAAGAATAAGCAT  990

seq1  CCCATTCAATGTTGTTCATAAATGTGCCATTGGTTCTGGATAGCAGTCCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTCAATGTTGTTCATAAATGTGCCATTGGTTCTGGATAGCAGTCCT  1040

seq1  TTCAAAGGGGATTATAATCTCTGTTATTACTGATAAGGACACTTGCTCAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAGGGGATTATAATCTCTGTTATTACTGATAAGGACACTTGCTCAG  1090

seq1  ATTTTGCAACAAATGTTACGTCTTAAGTTTCTCTCAATGCATGTGTGAAT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGCAACAAATGTTACGTCTTAAGTTTCTCTCAATGCATGTGTGAAT  1140

seq1  TC  1151
      ||
seq2  TC  1142


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |