BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-245N19
Chromosome13 (Build37)
Map Location 10,190,356 - 10,343,399
singlet/doubletdoublet
Overlap geneChrm3
Upstream geneEG667727, LOC100039719, Dip2c, LOC666986, Zmynd11, LOC100039604
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-245N19.bB6Ng01-245N19.g
ACCGA054633GA054634
length1,1521,091
definitionB6Ng01-245N19.b B6Ng01-245N19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,190,356 - 10,191,506)(10,342,315 - 10,343,399)
sequence
gaattcatatagctatgcatcttactctcagctagtactaagagatgagc
atctggtacacaaatgaaaaaagtaaagaggcatcagccacagggcttag
aaatcgaggagtcagaattcttacatttaaatttcaactcaaagctatct
ttgagcttcaggacactgggcaaagtgcttaatttattcagaaaggaaaa
aatatgtctacacacacttacatatttgtgggagcaatttgtggaagggg
agtatttacatatgggtgcatgcttatgtggaaacctgaggtgtctttct
tgacattatttatttgagggaggcttgcttggtagcctagagctcaccaa
ctctggctagtctagccagccagcttattctgtggatcccctgtcttttt
tgtttctagtggggttataggcagctaccatacctgctcaactttaagtg
ggacctggggatgatctgaactcaagtcattgtctccccagctcaaagat
cttaatttcccagtgacttcatttcctcctctgtacattattgacaatga
cagctacttctcctgttgtacatatacttcctgttttatggagattttat
gtagactcatttttaaataatttatcatatccagagcaatgctcactaca
ctgtgagtaccatgtaagtacataagtggtaactatgattaaggactgac
tgtagctgaaaaggtctaaaacacaaacaagtcagcatgtacaccaagca
agtattagaaatgagagaatttaaagtatttcgatgtctccccttcacag
acctctctataaaattgttgaatcccaaagtgaactaatttgtaagaaga
gaatatctttgaagaataagaaagtccacacgaatgcttctggactatgg
catcatgctgtaggatgacaaaggaaaaaagcagagacatcgtactctta
ctacattgctgtcctccttttaaaggagaatgagtctaggtgaagtagag
aatggcctaagtagagcctaaatcccaggacctgtgatgcagcatcacat
cttacaaggggtgcttcccagcaatgcagcatcctgggtgcctggaacct
agaagatgtgtggctagtctctgaactaactttgagaatagtcattatac
tt
gaattcaaggaaaattgtgtctgaacatgatgcttttctagacaaggcac
atgtatgaagctgtcttgactcaatgacagagtagaaaattgacctcaaa
tcagaataatcaggaacactccctgtcttagagttttactgctgtgaaca
gataccgtgaccaaggcaactcttataaggacaacatttaattggggctg
gcttacaggttcagaggttcagttcattatcatcaaggtgggaacatgac
agcatccaggcaggcatggtgcaggaggagctgagagttctacatcttca
tctggaagcttctagcagaatattggcttccaggcagctagggtgagggt
cttaaagctcatgcccacagtgacacacctcttctaacaaggccacacct
ccaaatagtgccactcccagaccaagcatatacaaaccatcacattcccc
ttgtcccaatattcatttcaaccaagaaacaccaacctcccatatagttt
ggagcagtgaagatgccacagtacacatttcctaagcccagctcagatta
agctctaacaaagtattgctcccacttgaaatttctcaaaatggctgacc
aattacaggtgctgctgtttggcttcctgagtaactggtacaagatggtc
ataggcagctgagttcaacaggagctaaaacaatttgtgacaaagtcttg
accctagatgtgtgtttataatatacaaatatgttcacttgtaaaatgga
gtcctctgagccaagttatgctttggattcagggataagaagccaaattg
ttttggaaggataacaggaatgtactcctttaagagatttcactagaaag
atattttaaaggaccaaaaagattttaagtagatggagatccaggacaga
caatttcaggcaacaactgcccttataagagaaaagtctctgcaggtttg
tgtctctaccagatcagagaacacactactggtgtgtattttcctttgtc
tttgtatgattttgggaacagtccttttcattatgttttggtttgaagac
aggactccaagttacttatgaaagcccttgaacttttgatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_10190356_10191506
seq2: B6Ng01-245N19.b_45_1196

seq1  GAATTCATATAGCTATGCATCTTACTCTCAGCTAGTACTAAGAGATGAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATAGCTATGCATCTTACTCTCAGCTAGTACTAAGAGATGAGC  50

seq1  ATCTGGTACACAAATGAAAAAAGTAAAGAGGCATCAGCCACAGGGCTTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGTACACAAATGAAAAAAGTAAAGAGGCATCAGCCACAGGGCTTAG  100

seq1  AAATCGAGGAGTCAGAATTCTTACATTTAAATTTCAACTCAAAGCTATCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCGAGGAGTCAGAATTCTTACATTTAAATTTCAACTCAAAGCTATCT  150

seq1  TTGAGCTTCAGGACACTGGGCAAAGTGCTTAATTTATTCAGAAAGGAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCTTCAGGACACTGGGCAAAGTGCTTAATTTATTCAGAAAGGAAAA  200

seq1  AATATGTCTACACACACTTACATATTTGTGGGAGCAATTTGTGGAAGGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTCTACACACACTTACATATTTGTGGGAGCAATTTGTGGAAGGGG  250

seq1  AGTATTTACATATGGGTGCATGCTTATGTGGAAACCTGAGGTGTCTTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTTACATATGGGTGCATGCTTATGTGGAAACCTGAGGTGTCTTTCT  300

seq1  TGACATTATTTATTTGAGGGAGGCTTGCTTGGTAGCCTAGAGCTCACCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTATTTATTTGAGGGAGGCTTGCTTGGTAGCCTAGAGCTCACCAA  350

seq1  CTCTGGCTAGTCTAGCCAGCCAGCTTATTCTGTGGATCCCCTGTCTTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGCTAGTCTAGCCAGCCAGCTTATTCTGTGGATCCCCTGTCTTTTT  400

seq1  TGTTTCTAGTGGGGTTATAGGCAGCTACCATACCTGCTCAACTTTAAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTAGTGGGGTTATAGGCAGCTACCATACCTGCTCAACTTTAAGTG  450

seq1  GGACCTGGGGATGATCTGAACTCAAGTCATTGTCTCCCCAGCTCAAAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTGGGGATGATCTGAACTCAAGTCATTGTCTCCCCAGCTCAAAGAT  500

seq1  CTTAATTTCCCAGTGACTTCATTTCCTCCTCTGTACATTATTGACAATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATTTCCCAGTGACTTCATTTCCTCCTCTGTACATTATTGACAATGA  550

seq1  CAGCTACTTCTCCTGTTGTACATATACTTCCTGTTTTATGGAGATTTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTACTTCTCCTGTTGTACATATACTTCCTGTTTTATGGAGATTTTAT  600

seq1  GTAGACTCATTTTTAAATAATTTATCATATCCAGAGCAATGCTCACTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACTCATTTTTAAATAATTTATCATATCCAGAGCAATGCTCACTACA  650

seq1  CTGTGAGTACCATGTAAGTACATAAGTGGTAACTATGATTAAGGACTGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGTACCATGTAAGTACATAAGTGGTAACTATGATTAAGGACTGAC  700

seq1  TGTAGCTGAAAAGGTCTAAAACACAAACAAGTCAGCATGTACACCAAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCTGAAAAGGTCTAAAACACAAACAAGTCAGCATGTACACCAAGCA  750

seq1  AGTATTAGAAATGAGAGAATTTAAAGTATTTCGATGTCTCCCCTTCACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTAGAAATGAGAGAATTTAAAGTATTTCGATGTCTCCCCTTCACAG  800

seq1  ACCTCTCTATAAAATTGTTGAATCCCAAAGTGAACTAATTTGTAAGAAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTCTATAAAATTGTTGAATCCCAAAGTGAACTAATTTGTAAGAAGA  850

seq1  GAATATCTTTGAAGAATAAGAAAGTCCACACGAATGCTTCTGGACTATGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATCTTTGAAGAATAAGAAAGTCCACACGAATGCTTCTGGACTATGG  900

seq1  CATCATGCTGTAGGATGACAAAGGAAAAAAGCAGAGACATCGTACTCTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATGCTGTAGGATGACAAAGGAAAAAAGCAGAGACATCGTACTCTTA  950

seq1  CTACATTGCTGT-CTCCTTTTAAAGGAGAATGAGTCTAGGTGAAGTAGAG  999
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATTGCTGTCCTCCTTTTAAAGGAGAATGAGTCTAGGTGAAGTAGAG  1000

seq1  AATGGCTAAGGTAGAGGCTAAATCCCA-GACCTGTGAATGCAGGCATCAC  1048
      ||||||  | |||||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||
seq2  AATGGCCTAAGTAGAGCCTAAATCCCAGGACCTGTG-ATGCA-GCATCAC  1048

seq1  ATCTTACAAGGGGTGC-TCCCAGCAAATTGCAGCATCCTGGGTG-CTGGA  1096
      |||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||| |||||
seq2  ATCTTACAAGGGGTGCTTCCCAGCAA--TGCAGCATCCTGGGTGCCTGGA  1096

seq1  A-CTAG-AGATGTGT-GCTAGGTCTCTG-ACTAACTTTTAGATTAAGTAC  1142
      | |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||| ||| | ||| |
seq2  ACCTAGAAGATGTGTGGCTA-GTCTCTGAACTAACTTTGAGAAT-AGT-C  1143

seq1  ATTATACTT  1151
      |||||||||
seq2  ATTATACTT  1152

seq1: chr13_10342315_10343399
seq2: B6Ng01-245N19.g_68_1158 (reverse)

seq1  GATCAAAAGTTCAA-GGCTTTCCTAAGTTACCT-GAGTCCCTGTC-TCAA  47
      |||||||||||||| ||||||| ||||| || | |||| |||||| ||||
seq2  GATCAAAAGTTCAAGGGCTTTCATAAGTAACTTGGAGT-CCTGTCTTCAA  49

seq1  A-CAAAACATAATG-AAAGGACTGTT-CCAAAATCATACAAAGACAAAGG  94
      | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAACATAATGAAAAGGACTGTTCCCAAAATCATACAAAGACAAAGG  99

seq1  AAAATACACACCAGTAGTGTGTTCTCTGTTCTTGGTAGAGACACAAACCT  144
      |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
seq2  AAAATACACACCAGTAGTGTGTTCTCTGATC-TGGTAGAGACACAAACCT  148

seq1  GCAGAGACTTTTCTCTTATAA-GGCAGTTGTTGCCTG-AATTGTCTGTCC  192
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCAGAGACTTTTCTCTTATAAGGGCAGTTGTTGCCTGAAATTGTCTGTCC  198

seq1  TGGATCTCCATCTACTT-AAATCTTTTTGGTCCTTTAAAATATCTTTCTA  241
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCTCCATCTACTTAAAATCTTTTTGGTCCTTTAAAATATCTTTCTA  248

seq1  GTGAAATCTCTTAAAGGAGTACATTCCTGTTATCCTTCCAAAACAATTTG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAATCTCTTAAAGGAGTACATTCCTGTTATCCTTCCAAAACAATTTG  298

seq1  GCTTCTTATCCCCTGAATCCAAAGCATAACTTGGCTCAGAGGACTCCATT  341
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTTAT-CCCTGAATCCAAAGCATAACTTGGCTCAGAGGACTCCATT  347

seq1  TTACAAGTGAACATATTTGTATATTATAAACACACATCTAGGGTCAAGAC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAGTGAACATATTTGTATATTATAAACACACATCTAGGGTCAAGAC  397

seq1  TTTGTCACAAATTGTTTTAGCTCCTGTTGAACTCAGCTGCCTATGACCAT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCACAAATTGTTTTAGCTCCTGTTGAACTCAGCTGCCTATGACCAT  447

seq1  CTTGTACCAGTTACTCAGGAAGCCAAACAGCAGCACCTGTAATTGGTCAG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTACCAGTTACTCAGGAAGCCAAACAGCAGCACCTGTAATTGGTCAG  497

seq1  CCATTTTGAGAAATTTCAAGTGGGAGCAATACTTTGTTAGAGCTTAATCT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTGAGAAATTTCAAGTGGGAGCAATACTTTGTTAGAGCTTAATCT  547

seq1  GAGCTGGGCTTAGGAAATGTGTACTGTGGCATCTTCACTGCTCCAAACTA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGGGCTTAGGAAATGTGTACTGTGGCATCTTCACTGCTCCAAACTA  597

seq1  TATGGGAGGTTGGTGTTTCTTGGTTGAAATGAATATTGGGACAAGGGGAA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGAGGTTGGTGTTTCTTGGTTGAAATGAATATTGGGACAAGGGGAA  647

seq1  TGTGATGGTTTGTATATGCTTGGTCTGGGAGTGGCACTATTTGGAGGTGT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGGTTTGTATATGCTTGGTCTGGGAGTGGCACTATTTGGAGGTGT  697

seq1  GGCCTTGTTAGAAGAGGTGTGTCACTGTGGGCATGAGCTTTAAGACCCTC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTGTTAGAAGAGGTGTGTCACTGTGGGCATGAGCTTTAAGACCCTC  747

seq1  ACCCTAGCTGCCTGGAAGCCAATATTCTGCTAGAAGCTTCCAGATGAAGA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTAGCTGCCTGGAAGCCAATATTCTGCTAGAAGCTTCCAGATGAAGA  797

seq1  TGTAGAACTCTCAGCTCCTCCTGCACCATGCCTGCCTGGATGCTGTCATG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAACTCTCAGCTCCTCCTGCACCATGCCTGCCTGGATGCTGTCATG  847

seq1  TTCCCACCTTGATGATAATGAACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGCCC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACCTTGATGATAATGAACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGCCC  897

seq1  CAATTAAATGTTGTCCTTATAAGAGTTGCCTTGGTCACGGTATCTGTTCA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAAATGTTGTCCTTATAAGAGTTGCCTTGGTCACGGTATCTGTTCA  947

seq1  CAGCAGTAAAACTCTAAGACAGGGAGTGTTCCTGATTATTCTGATTTGAG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGTAAAACTCTAAGACAGGGAGTGTTCCTGATTATTCTGATTTGAG  997

seq1  GTCAATTTTCTACTCTGTCATTGAGTCAAGACAGCTTCATACATGTGCCT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATTTTCTACTCTGTCATTGAGTCAAGACAGCTTCATACATGTGCCT  1047

seq1  TGTCTAGAAAAGCATCATGTTCAGACACAATTTTCCTTGAATTC  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAGAAAAGCATCATGTTCAGACACAATTTTCCTTGAATTC  1091