BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-247B04
Chromosome13 (Build37)
Map Location 71,672,275 - 71,785,622
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042360
Upstream geneBC018507, EG620473, Adamts16, 8030423J24Rik, LOC627230
Downstream geneIrx1, LOC100042828, LOC100042832, LOC100042836, Irx2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-247B04.bB6Ng01-247B04.g
ACCGA055511GA055512
length1,1521,082
definitionB6Ng01-247B04.b B6Ng01-247B04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,672,275 - 71,673,417)(71,784,545 - 71,785,622)
sequence
gaattctgtaaacatggctttgttgctttgcccctaagatttatatatat
atatatatatatatatatatatatatatatatatatatataacatatatg
ttcacatacatatacatcatatatgtacacttatacatatatatgcacaa
gtgtatacatataaatagagctatgtatatgcatacacatacatgtacaa
gcacatatacatacatgtacacagagagaaatagagacagagaggcagag
acacagaaggagattagaacaatcttccctttatacttcatcctcattct
agacacttggcactgttggcagccatgttgttcacatgctctggtatgga
tactgaaggatctccagaaccacagctactcacagtatctggtgaagtga
agggagcctgtacctctggccaaggccaggtcaagaccaaggctaagaac
caaaagatgacatctgaactccataccacatgtctcccttctaggccttg
gagagtcagctcagcaatgtctttggcagaggatcccatgagaggagtat
aatgaaattattttaatcatgtttacctaaaagaagttgcgaatccacac
tgtactgagtttcaggaaacagagagcctggcttccttccacgctgggga
gagaatggttttcataagatacccaggcattactgatgaccaggagaatt
tcaaatagactgcagaaggaccatttgtatgtatcaggtatggctgtggg
ctgggtgcctagaaaaaagactaggaccctgaatgagaggggccctgacc
aaccagaggtcaaactttccttccattcatagctgatctgcaggaagttc
ttcccttctctgaacagaatctgacatcatgccaagaagacatgcagtcc
tgtgtactgcgactcacctgctgtttcatctttgtattcatccatagaga
agcccgggtccctgttgtatccatttctcttacattgaaatattgttcac
atatgcagctagagtcaagagctccgggggtactggtttagttcataatg
tttgttccacctatagggtttgcagatccctttagcttctggggtacttt
tctcctagctctccatgggaagcctgtgtgaatcattcaattagctgact
gt
gaattcctatctcaaaagatttgggatgacctgagatggagcaccagaac
tccactgtgcctgatgtcagctctgactggagaatttctctaacaaagcc
tcagcaggagcacagactgaggtgtgggaccagtcaccatggctcctcag
tcctcaggcaggcaaggtcgatgctcagcctaacattaggcctcctccac
ctctgcctctcccttcacatccatctttctgcaatatttcactgcaaaca
cagctcttgtagtgaaagggaataaagattaaaagtgaatccatcttccc
tgctcctgtctcatttatttgcattgtgtatgtaattggtcctgacgagc
ccacttctatgaagagagctaaatgtggcttaaagatgaagtgaatggct
tgagacaccaggctggagtgataccgccagagtagctttattgaaaatgc
ttatcagaaagagtgtcaaagacactcagcactcatgtcccagcggatca
aagccactgcaatcagaaaactctggggtgcatattttcgggaggaggtt
taaccagaggaagctgaaaggttagtccaataatacttaaatgtttggaa
catgtttatatgtgagttcccccaaaacaagacaactctctcctatgctt
taaaaggcattttttttatggacagctttgaagtctgaagaaagtgtctt
agctgtcatatacatctaatgcctgctgggtcctgcaggccagtcacaca
cacctcttatgtgaagttgcctgaggttggttctctggagacagaggtat
ttaaaccatccactcaagacacatgccgcaatagaaaataagcagttact
tcattttgcataaagctttgaaactccagactgggcttagggatcgttac
cagtctgagtcttaagagttgcaacacctttccctggagagagaaattag
actaaaattctagagtatcactttaaaaaggtaagcatcccaatgcaggt
tggggtgaggaggaatataaaatagatgtcaccggggcacatgaacccaa
ctggtacatttgtgttgaggaatcttgagcgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_71672275_71673417
seq2: B6Ng01-247B04.b_45_1196

seq1  GAATTCTGTAAACATGGCTTTGTTGCTTTGCCCCTAAGATTTATATATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTAAACATGGCTTTGTTGCTTTGCCCCTAAGATTTATATATAT  50

seq1  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAACATATATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAACATATATG  100

seq1  TTCACATACATATACATCATATATGTACACTTATACATATATATGCACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATACATATACATCATATATGTACACTTATACATATATATGCACAA  150

seq1  GTGTATACATATAAATAGAGCTATGTATATGCATACACATACATGTACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATACATATAAATAGAGCTATGTATATGCATACACATACATGTACAA  200

seq1  GCACATATACATACATGTACACAGAGAGAAATAGAGACAGAGAGGCAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATATACATACATGTACACAGAGAGAAATAGAGACAGAGAGGCAGAG  250

seq1  ACACAGAAGGAGATTAGAACAATCTTCCCTTTATACTTCATCCTCATTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAAGGAGATTAGAACAATCTTCCCTTTATACTTCATCCTCATTCT  300

seq1  AGACACTTGGCACTGTTGGCAGCCATGTTGTTCACATGCTCTGGTATGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACTTGGCACTGTTGGCAGCCATGTTGTTCACATGCTCTGGTATGGA  350

seq1  TACTGAAGGATCTCCAGAACCACAGCTACTCACAGTATCTGGTGAAGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAAGGATCTCCAGAACCACAGCTACTCACAGTATCTGGTGAAGTGA  400

seq1  AGGGAGCCTGTACCTCTGGCCAAGGCCAGGTCAAGACCAAGGCTAAGAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGCCTGTACCTCTGGCCAAGGCCAGGTCAAGACCAAGGCTAAGAAC  450

seq1  CAAAAGATGACATCTGAACTCCATACCACATGTCTCCCTTCTAGGCCTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGATGACATCTGAACTCCATACCACATGTCTCCCTTCTAGGCCTTG  500

seq1  GAGAGTCAGCTCAGCAATGTCTTTGGCAGAGGATCCCATGAGAGGAGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTCAGCTCAGCAATGTCTTTGGCAGAGGATCCCATGAGAGGAGTAT  550

seq1  AATGAAATTATTTTAATCATGTTTACCTAAAAGAAGTTGCGAATCCACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAATTATTTTAATCATGTTTACCTAAAAGAAGTTGCGAATCCACAC  600

seq1  TGTACTGAGTTTCAGGAAACAGAGAGCCTGGCTTCCTTCCACGCTGGGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTGAGTTTCAGGAAACAGAGAGCCTGGCTTCCTTCCACGCTGGGGA  650

seq1  GAGAATGGTTTTCATAAGATACCCAGGCATTACTGATGACCAGGAGAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATGGTTTTCATAAGATACCCAGGCATTACTGATGACCAGGAGAATT  700

seq1  TCAAATAGACTGCAGAAGGACCATTTGTATGTATCAGGTATGGCTGTGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATAGACTGCAGAAGGACCATTTGTATGTATCAGGTATGGCTGTGGG  750

seq1  CTGGGTGCCTAGAAAAAAGACTAGGACCCTGAATGAGAGGGGCCCTGACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTGCCTAGAAAAAAGACTAGGACCCTGAATGAGAGGGGCCCTGACC  800

seq1  AACCAGAGGTCAAACTTTCCTTCCATTCATAGCTGATCTGCAGGAAGTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGAGGTCAAACTTTCCTTCCATTCATAGCTGATCTGCAGGAAGTTC  850

seq1  TTCCCTTCTCTGAACAGAATCTGACATCATGCCAAGAAGACATGCAGTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTCTCTGAACAGAATCTGACATCATGCCAAGAAGACATGCAGTCC  900

seq1  TGTGTACTGCGACTCACCTGCTGTTTCATCTTTGTATTCATCCATAGAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTACTGCGACTCACCTGCTGTTTCATCTTTGTATTCATCCATAGAGA  950

seq1  AGCCC-GGTCCCTGTTGTATCCA-TTCTCTTACATTGAAAATATGTTCAC  998
      ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||   |||||||
seq2  AGCCCGGGTCCCTGTTGTATCCATTTCTCTTACATTGAAATATTGTTCAC  1000

seq1  ATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCC-GGGGTACTGG-TTAGTTCATAATG  1046
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  ATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGGTACTGGTTTAGTTCATAATG  1050

seq1  -TTGTTCCACCTATAGGG-TTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTGGGTAC-TT  1093
       ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||| ||
seq2  TTTGTTCCACCTATAGGGTTTGCAGATCCCTTTAGCTTCTGGGGTACTTT  1100

seq1  TCT-CTAGCTCCTCCATTGGGAGCC-CTGTG-ATCCATCCATTAGCTGAC  1140
      ||| |||||| |||||| || ||||  |||| |||  || ||||||||||
seq2  TCTCCTAGCT-CTCCATGGGAAGCCTGTGTGAATCATTCAATTAGCTGAC  1149

seq1  TGT  1143
      |||
seq2  TGT  1152

seq1: chr13_71784545_71785622
seq2: B6Ng01-247B04.g_68_1149 (reverse)

seq1  GCGCTCAAAGATCCTC-ACACAAATGTA-CAGTTGGG-TCATGTGCCCGG  47
      ||||||||   ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||| |
seq2  GCGCTCAAGATTCCTCAACACAAATGTACCAGTTGGGTTCATGTGCCCCG  50

seq1  GTGACATCTA-TTTATATTCCT-CTCA-CCCAACCTGCCTTTGGATGCTT  94
      |||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| || ||||||||
seq2  GTGACATCTATTTTATATTCCTCCTCACCCCAACCTGCATTGGGATGCTT  100

seq1  ACCTTTTTAAAGTGATACTCTAAGAATTTTAGTCTAATTTCTCTCTCCAG  144
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTTTAAAGTGATACTCT-AGAATTTTAGTCTAATTTCTCTCTCCAG  149

seq1  GGAAAGGTGTTGCAAACTCTTAAGACTCAGACTGGTAACGATCCCTAAGC  194
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGTGTTGC-AACTCTTAAGACTCAGACTGGTAACGATCCCTAAGC  198

seq1  CCAGTCTGGAGTTTCAAAGCTTTATGCAAAATGAAGTAACTGCTTATTTT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCTGGAGTTTCAAAGCTTTATGCAAAATGAAGTAACTGCTTATTTT  248

seq1  CTATTGCGGCATGTGTCTTGAGTGGATGGTTTAAATACCTCTGTCTCCAG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGCGGCATGTGTCTTGAGTGGATGGTTTAAATACCTCTGTCTCCAG  298

seq1  AGAACCAACCTCAGGCAACTTCACATAAGAGGTGTGTGTGACTGGCCTGC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCAACCTCAGGCAACTTCACATAAGAGGTGTGTGTGACTGGCCTGC  348

seq1  AGGACCCAGCAGGCATTAGATGTATATGACAGCTAAGACACTTTCTTCAG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCCAGCAGGCATTAGATGTATATGACAGCTAAGACACTTTCTTCAG  398

seq1  ACTTCAAAGCTGTCCATAAAAAAAATGCCTTTTAAAGCATAGGAGAGAGT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAAAGCTGTCCATAAAAAAAATGCCTTTTAAAGCATAGGAGAGAGT  448

seq1  TGTCTTGTTTTGGGGGAACTCACATATAAACATGTTCCAAACATTTAAGT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGTTTTGGGGGAACTCACATATAAACATGTTCCAAACATTTAAGT  498

seq1  ATTATTGGACTAACCTTTCAGCTTCCTCTGGTTAAACCTCCTCCCGAAAA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTGGACTAACCTTTCAGCTTCCTCTGGTTAAACCTCCTCCCGAAAA  548

seq1  TATGCACCCCAGAGTTTTCTGATTGCAGTGGCTTTGATCCGCTGGGACAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCACCCCAGAGTTTTCTGATTGCAGTGGCTTTGATCCGCTGGGACAT  598

seq1  GAGTGCTGAGTGTCTTTGACACTCTTTCTGATAAGCATTTTCAATAAAGC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCTGAGTGTCTTTGACACTCTTTCTGATAAGCATTTTCAATAAAGC  648

seq1  TACTCTGGCGGTATCACTCCAGCCTGGTGTCTCAAGCCATTCACTTCATC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTGGCGGTATCACTCCAGCCTGGTGTCTCAAGCCATTCACTTCATC  698

seq1  TTTAAGCCACATTTAGCTCTCTTCATAGAAGTGGGCTCGTCAGGACCAAT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGCCACATTTAGCTCTCTTCATAGAAGTGGGCTCGTCAGGACCAAT  748

seq1  TACATACACAATGCAAATAAATGAGACAGGAGCAGGGAAGATGGATTCAC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACACAATGCAAATAAATGAGACAGGAGCAGGGAAGATGGATTCAC  798

seq1  TTTTAATCTTTATTCCCTTTCACTACAAGAGCTGTGTTTGCAGTGAAATA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATCTTTATTCCCTTTCACTACAAGAGCTGTGTTTGCAGTGAAATA  848

seq1  TTGCAGAAAGATGGATGTGAAGGGAGAGGCAGAGGTGGAGGAGGCCTAAT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGAAAGATGGATGTGAAGGGAGAGGCAGAGGTGGAGGAGGCCTAAT  898

seq1  GTTAGGCTGAGCATCGACCTTGCCTGCCTGAGGACTGAGGAGCCATGGTG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGCTGAGCATCGACCTTGCCTGCCTGAGGACTGAGGAGCCATGGTG  948

seq1  ACTGGTCCCACACCTCAGTCTGTGCTCCTGCTGAGGCTTTGTTAGAGAAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTCCCACACCTCAGTCTGTGCTCCTGCTGAGGCTTTGTTAGAGAAA  998

seq1  TTCTCCAGTCAGAGCTGACATCAGGCACAGTGGAGTTCTGGTGCTCCATC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCAGTCAGAGCTGACATCAGGCACAGTGGAGTTCTGGTGCTCCATC  1048

seq1  TCAGGTCATCCCAAATCTTTTGAGATAGGAATTC  1078
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTCATCCCAAATCTTTTGAGATAGGAATTC  1082