BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-248D20
Chromosome13 (Build37)
Map Location 77,418,737 - 77,529,764
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMctp1, LOC666603, EG666607, Ankrd32, 2210408I21Rik, LOC631139
Downstream geneLOC675063, D13Mgi7, 1110033M05Rik, 1700013G10Rik, Nr2f1, EG666856, LOC268676, LOC100042683, LOC622365, LOC100043052
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-248D20.bB6Ng01-248D20.g
ACCGA056366GA056367
length8211,093
definitionB6Ng01-248D20.b B6Ng01-248D20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,418,737 - 77,419,558)(77,528,661 - 77,529,764)
sequence
gaattcatccattcatgtgtgatgacttccacatgggtatcttcaaatca
aaattcttttgtatatactggaccaggaaactcaagttcctactttatgc
ctctctttagatgtatttcaaatgtctatggaactctgtgactaaattta
agtgaaatttctgtgagtttctctaggctattcctttatactcacctttc
ctcctattgtcatgctcataacccttgtcataaaagaatgacttgctctt
tctattaatttaggatttacatttgtctcctagtttagtctcttcttgct
gatctactaccatatcttggtcgttatcctttacctcttccaatctatat
cccttactgctattgaaccctgtattataagacatgaagctccaatattc
cagtgtttggctgtggatctcagggattcttgtggaagagtttcggggga
aagattgagggacccagaggaactccacaggaagaccaatatagtcatta
aactggatcgttgggggctccccagagataaaaaataccaaacaaagacc
aggcactggcttgaccaaatccactgcaaatatgtagcagatgtgcaggt
ctgtcttgatcttcctagagttcctccaacaattagagaaggggctgtcc
ctaaatctgttgcctgcttgtgggtcctgttctcttaactgagccacctt
gtctggccaaagtaggagaggatgcatctagttgtgcagtgacttgatgt
ttcatgttggggagatacccaggggtgctgcccattctcagagaagaagg
ggagggtgtaggaggagctgt

gaattctatactagacttaatactatgaatcctaagcaaacagtggtcat
cttagtatttttttaattgtttttacgtaatttgagctgacagaaaatct
aaaaggcatgctggtgatgaatcctgctttgagtagctccaagactaaag
tcttattaatttcacccctgattttcaacaacattgatattattcttatt
ggaaagtagaaacgaatgaaccaaaatattatagatatgaaaactctttc
agcacagaataatatagaaatgtaaaggcatgtgagtttaatatcttaat
tttttctatcatttctatcattgtgtctttttttagctatataaccaata
caaactattaataattgatcatactaatgcaaaggataccaaaatggcta
gaaactaagtcaagggtacctgcatatgtacttagcaattatagtagtca
ttcatcaaatgcataaactaatactgttttaaagtcactataactatcta
tacattagattgtcccatgctctgcattctacaggcaagctttgtgttcc
agctgtagcagtaaaattactgaagcagtaattctcttaatatttaaata
atatattaaaatttaattttcagcacctggaagaatctgtttgcgtgcca
gcaaatgagatagctgggcctggagctcctatacatatgggactaaaaaa
caacctatcacaaataattactaagctagagcagctgtagtcaccacagc
actcatttcaaaatcaggtcaaagttgcttgaattcttttccattttcaa
gataaccggagaataaattgtttatccttttctatttttctcattttaag
atattatttatctttcctgataaccatagattgaggtggaaagggtagta
acagcctctgtgattttttttcttctgcttaagctggcatattaaaaaaa
acaaattaactgctgatttctcagtatttattttaagccttttggtgact
gctctgatcaaagctcatgtgttgtatgtctgttatagagtctacaattc
tgtgacacacagcaatctaaagctgtgcactgttgtatatatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_77418737_77419558
seq2: B6Ng01-248D20.b_49_869

seq1  GAATTCATCCATTCATGTGTGATGACTTCCACATGGGTATCTTCAAATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCCATTCATGTGTGATGACTTCCACATGGGTATCTTCAAATCA  50

seq1  AAATTCTTTTGTATATACTGGACCAGGAAACTCAAGTTCCTACTTTATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTTTTGTATATACTGGACCAGGAAACTCAAGTTCCTACTTTATGC  100

seq1  CTCTCTTTAGATGTATTTCAAATGTCTATGGAACTCTGTGACTAAATTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTTAGATGTATTTCAAATGTCTATGGAACTCTGTGACTAAATTTA  150

seq1  AGTGAAATTTCTGTGAGTTTCTCTAGGCTATTCCTTTATACTCACCTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAATTTCTGTGAGTTTCTCTAGGCTATTCCTTTATACTCACCTTTC  200

seq1  CTCCTATTGTCATGCTCATAACCCTTGTCATAAAAGAATGACTTGCTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTATTGTCATGCTCATAACCCTTGTCATAAAAGAATGACTTGCTCTT  250

seq1  TCTATTAATTTAGGATTTACATTTGTCTCCTAGTTTAGTCTCTTCTTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTAATTTAGGATTTACATTTGTCTCCTAGTTTAGTCTCTTCTTGCT  300

seq1  GATCTACTACCATATCTTGGTCGTTATCCTTTACCTCTTCCAATCTATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTACTACCATATCTTGGTCGTTATCCTTTACCTCTTCCAATCTATAT  350

seq1  CCCTTACTGCTATTGAACCCTGTATTATAAGACATGAAGCTCCAATATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTACTGCTATTGAACCCTGTATTATAAGACATGAAGCTCCAATATTC  400

seq1  CAGTGTTTGGCTGTGGATCTCAGGGATTCTTGTGGAAGAGTTTCGGGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTTGGCTGTGGATCTCAGGGATTCTTGTGGAAGAGTTTCGGGGGA  450

seq1  AAGATTGAGGGACCCAGAGGAACTCCACAGGAAGACCAATATAGTCATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTGAGGGACCCAGAGGAACTCCACAGGAAGACCAATATAGTCATTA  500

seq1  AACTGGATCGTTGGGGGCTCCCCAGAGATAAAAAATACCAAACAAAGACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGATCGTTGGGGGCTCCCCAGAGATAAAAAATACCAAACAAAGACC  550

seq1  AGGCACTGGCTTGACCAAATCCACTGCAAATATGTAGCAGATGTGCAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACTGGCTTGACCAAATCCACTGCAAATATGTAGCAGATGTGCAGGT  600

seq1  CTGTCTTGATCTTCCTAGAGTTCCTCCAACAATTAGAGAAGGGGCTGTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTTGATCTTCCTAGAGTTCCTCCAACAATTAGAGAAGGGGCTGTCC  650

seq1  CTAAATCTGTTGCCTGCTTGTGGGTCCTGTTCTCTTAACTGAGCCACCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATCTGTTGCCTGCTTGTGGGTCCTGTTCTCTTAACTGAGCCACCTT  700

seq1  GTCTGGCCAAAGTAGGAGAGGATGCATCTAGTTGTGCAGTGACTTGATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGCCAAAGTAGGAGAGGATGCATCTAGTTGTGCAGTGACTTGATGT  750

seq1  TTCATGTTGGGGAGATACCCAGGGGTGCTGCCCATTCTCAGAGAAGAAGG  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTCATGTTGGGGAGATACCCAGGGGTGCTGCCCATTCTCAGAGAAGAA-G  799

seq1  GGGAGGGTGTAGGAGGAGCTGT  822
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGGTGTAGGAGGAGCTGT  821


seq1: chr13_77528661_77529764
seq2: B6Ng01-248D20.g_64_1156 (reverse)

seq1  AATATATACAACAGTGCACAAGCTTTAGATTTGCTTGTGTGGTCACAGAA  50
      ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||
seq2  AATATATACAACAGTGCAC-AGCTTTAGA-TTGC-TGTGT-GTCACAGAA  46

seq1  TTTGTAAGACTTCCTATAAACAGACATAACAAACACATGAGCTTTGATCA  100
       |||| |||||  |||| ||||||||||   |||||||||||||||||||
seq2  -TTGT-AGACT--CTAT-AACAGACATA--CAACACATGAGCTTTGATCA  89

seq1  GAGCAGTCA-CAAAAGGCTTAAAATAAATACTGAGAAATCAGCAGTTAAT  149
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGTCACCAAAAGGCTTAAAATAAATACTGAGAAATCAGCAGTTAAT  139

seq1  TTG-TTTTTTTAATATGCCCAGCTTAAGCAGAAGAAAAAAAATCACAAGA  198
      ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTGTTTTTTTTAATATG-CCAGCTTAAGCAGAAGAAAAAAAATCAC-AGA  187

seq1  GGCTGTTACTACCCTTTCCACCTCAATCTATGGTTATCAGGAAAGATAAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTTACTACCCTTTCCACCTCAATCTATGGTTATCAGGAAAGATAAA  237

seq1  TAATATCTTAAAATGAGAAAAATAGAAAAGGATAAACAATTTATTCTCCG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATCTTAAAATGAGAAAAATAGAAAAGGATAAACAATTTATTCTCCG  287

seq1  GTTATCTTGAAAATGGAAAAGAATTCAAGCAACTTTGACCTGATTTTGAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCTTGAAAATGGAAAAGAATTCAAGCAACTTTGACCTGATTTTGAA  337

seq1  ATGAGTGCTGTGGTGACTACAGCTGCTCTAGCTTAGTAATTATTTGTGAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTGCTGTGGTGACTACAGCTGCTCTAGCTTAGTAATTATTTGTGAT  387

seq1  AGGTTGTTTTTTAGTCCCATATGTATAGGAGCTCCAGGCCCAGCTATCTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGTTTTTTAGTCCCATATGTATAGGAGCTCCAGGCCCAGCTATCTC  437

seq1  ATTTGCTGGCACGCAAACAGATTCTTCCAGGTGCTGAAAATTAAATTTTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTGGCACGCAAACAGATTCTTCCAGGTGCTGAAAATTAAATTTTA  487

seq1  ATATATTATTTAAATATTAAGAGAATTACTGCTTCAGTAATTTTACTGCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTATTTAAATATTAAGAGAATTACTGCTTCAGTAATTTTACTGCT  537

seq1  ACAGCTGGAACACAAAGCTTGCCTGTAGAATGCAGAGCATGGGACAATCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTGGAACACAAAGCTTGCCTGTAGAATGCAGAGCATGGGACAATCT  587

seq1  AATGTATAGATAGTTATAGTGACTTTAAAACAGTATTAGTTTATGCATTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATAGATAGTTATAGTGACTTTAAAACAGTATTAGTTTATGCATTT  637

seq1  GATGAATGACTACTATAATTGCTAAGTACATATGCAGGTACCCTTGACTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAATGACTACTATAATTGCTAAGTACATATGCAGGTACCCTTGACTT  687

seq1  AGTTTCTAGCCATTTTGGTATCCTTTGCATTAGTATGATCAATTATTAAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCTAGCCATTTTGGTATCCTTTGCATTAGTATGATCAATTATTAAT  737

seq1  AGTTTGTATTGGTTATATAGCTAAAAAAAGACACAATGATAGAAATGATA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGTATTGGTTATATAGCTAAAAAAAGACACAATGATAGAAATGATA  787

seq1  GAAAAAATTAAGATATTAAACTCACATGCCTTTACATTTCTATATTATTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAATTAAGATATTAAACTCACATGCCTTTACATTTCTATATTATTC  837

seq1  TGTGCTGAAAGAGTTTTCATATCTATAATATTTTGGTTCATTCGTTTCTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGAAAGAGTTTTCATATCTATAATATTTTGGTTCATTCGTTTCTA  887

seq1  CTTTCCAATAAGAATAATATCAATGTTGTTGAAAATCAGGGGTGAAATTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCAATAAGAATAATATCAATGTTGTTGAAAATCAGGGGTGAAATTA  937

seq1  ATAAGACTTTAGTCTTGGAGCTACTCAAAGCAGGATTCATCACCAGCATG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGACTTTAGTCTTGGAGCTACTCAAAGCAGGATTCATCACCAGCATG  987

seq1  CCTTTTAGATTTTCTGTCAGCTCAAATTACGTAAAAACAATTAAAAAAAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTAGATTTTCTGTCAGCTCAAATTACGTAAAAACAATTAAAAAAAT  1037

seq1  ACTAAGATGACCACTGTTTGCTTAGGATTCATAGTATTAAGTCTAGTATA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGATGACCACTGTTTGCTTAGGATTCATAGTATTAAGTCTAGTATA  1087

seq1  GAATTC  1104
      ||||||
seq2  GAATTC  1093


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |