BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-248L01
Chromosome13 (Build37)
Map Location 55,362,979 - 55,557,287
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNsd1, Rab24, Prelid1, Mxd3, Lman2, Rgs14, Slc34a1, Pfn3, F12, Gprk6
Upstream geneLOC100040535, Cplx2, Thoc3, LOC100040543, 4732471D19Rik, 4833439L19Rik, Arl10, D13Wsu177e, Higd2a, Cltb, Ubxd8, Rn4.5s-ps3, Rnf44, BC040758, Gprin1, Sncb, Eif4e1b, Tspan17, Unc5a, Hk3, Uimc1, LOC622707, Zfp346, Fgfr4
Downstream genePrr7, Dbn1, Pdlim7, Dok3, Ddx41, BC021381, Tmed9, B4galt7, Caml, Ddx46, B230219D22Rik, 2310047H23Rik, Pcbd2, Catsper3, Pitx1, H2afy, BC027057, Neurog1, Cxcl14, LOC100040926, AU042651
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-248L01.bB6Ng01-248L01.g
ACCGA056702GA056703
length1,044994
definitionB6Ng01-248L01.b B6Ng01-248L01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,362,979 - 55,364,009)(55,556,305 - 55,557,287)
sequence
gaattctttgatttcaactaaagaagagcctccagttcttgaacgagagg
ctccatttttggaagggccattggctcagtcagatcttggagttacacat
gctgagttgccacagctgaccttgtctgttcctgtggctccagaagcctc
tccgcggcctgcccttgagtctgaggaattgctcgttaagacaccaggta
aagtggggatgggtattcagtgcataagcagatttaattggaagcagctg
agatttctactatgttttgttgtaatcttttactatatacaactacctat
tttgtttgaggaaatccctaaaatagtgcctaatttgataaagcttctga
ccacaaatgaatatgtggagcactgtggaagaaatgttttttcttgtcct
ttcatgattattggtcagctgcagtgtgaaccaacaagcaaggtagcagt
gggtaggagtgttgcccactagtagaataagaattttgtgacctaaattt
ctttcacctacttgctctaccagttcatctgttccttgtatatttgttta
atctctaaacttgttttgtcatgtttaaactggccttcattgaggcttgg
aaaatagctcagttggtaagttattgctgcatattataacagcacaataa
tagtgctatgaggccttgtgcaattgctgagcccttggccccagtgaaag
actttcttggagaaaatgatggatggcctttatggaacaacagccaagag
catcactacccatttgtggactttcagaggacagtgctcagggagtcagc
ttcttgtaccatgtgtgctctggggatcaaacttagtttgtcagacttgg
caccaagtgatgttatacacagttccatctcactagttcaccaaaaagat
atgttttgaagaacagtacctattttatcacacaggagcaacagacaagc
tgttgtttgacctcacgtggtgcgtgcaatgtgtgcatgtgtatgtgtat
gaataataatattttagaaattccttgggattttttgtttttaa
gaattcaggttctgtacagacaagttgaagagccaagagacagtcttagc
aacccagcacaaagccccagtgatggcccagagagacttggggacaaatg
aaccaacagacttgacgtgagtctgagcagggtttctgctattaggctct
aatatctagagtacaattgtctgcacggtgtacaatccacaagatgctta
gctcagaggtaaaactctcaagagggagattctgggactagaaagacggg
ctcagcagttagaagtatgcactgctgctgtgggggatctaagttgattc
ctcaaactaatgtcatgcagacactcacaaccacccatgactccattccc
aggaggatctaaagcttcgggcctccgtggcaactgcacacctatccacg
tccccacgcagacgcacacatacagacatacacatgctccacaggcacac
acatacatagacatattcacattcctagacatacacacatacatagacat
atacatacccacacagagacagacacacaaacacaaaattaagaataaga
taaatattttaaagttaaactttgaagggggtaattgcctgcctgcagag
gggcagttagcccaacagcccctgctggcaccaccgtctcagttcctttt
ggaaatgggttattcccattgggccaggaaggggtgatctgggtgtccag
tggggcccttcagcaaacagagcatttaatttcaaattcgtgaacaaacc
ttgctctgtgcccactgggtggctatctaagaagacatgagcctgagcca
ctaggtcaccattgccacttccctgggaaaagatgccttgccatcgaagg
ctaaccaatcacagtacagagaggacatgagttctttgcaatgcttccca
gagcatctccatgtctgcccagcattcttacctgggtaccacttaaaacc
caccgtatggttgggccatttccattttcacaagtcttacacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_55362979_55364009
seq2: B6Ng01-248L01.b_45_1088

seq1  GAATTCTTTGATTTCAACTAAAGAAGAGCCTCCAGTTCTTGAACGAGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGATTTCAACTAAAGAAGAGCCTCCAGTTCTTGAACGAGAGG  50

seq1  CTCCATTTTTGGAAGGGCCATTGGCTCAGTCAGATCTTGGAGTTACACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTTTTGGAAGGGCCATTGGCTCAGTCAGATCTTGGAGTTACACAT  100

seq1  GCTGAGTTGCCACAGCTGACCTTGTCTGTTCCTGTGGCTCCAGAAGCCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGTTGCCACAGCTGACCTTGTCTGTTCCTGTGGCTCCAGAAGCCTC  150

seq1  TCCGCGGCCTGCCCTTGAGTCTGAGGAATTGCTCGTTAAGACACCAGGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGCGGCCTGCCCTTGAGTCTGAGGAATTGCTCGTTAAGACACCAGGTA  200

seq1  AAGTGGGGATGGGTATTCAGTGCATAAGCAGATTTAATTGGAAGCAGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGGGATGGGTATTCAGTGCATAAGCAGATTTAATTGGAAGCAGCTG  250

seq1  AGATTTCTACTATGTTTTGTTGTAATCTTTTACTATATACAACTACCTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTCTACTATGTTTTGTTGTAATCTTTTACTATATACAACTACCTAT  300

seq1  TTTGTTTGAGGAAATCCCTAAAATAGTGCCTAATTTGATAAAGCTTCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGAGGAAATCCCTAAAATAGTGCCTAATTTGATAAAGCTTCTGA  350

seq1  CCACAAATGAATATGTGGAGCACTGTGGAAGAAATGTTTTTTCTTGTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAATGAATATGTGGAGCACTGTGGAAGAAATGTTTTTTCTTGTCCT  400

seq1  TTCATGATTATTGGTCAGCTGCAGTGTGAACCAACAAGCAAGGTAGCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGATTATTGGTCAGCTGCAGTGTGAACCAACAAGCAAGGTAGCAGT  450

seq1  GGGTAGGAGTGTTGCCCACTAGTAGAATAAGAATTTTGTGACCTAAATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGGAGTGTTGCCCACTAGTAGAATAAGAATTTTGTGACCTAAATTT  500

seq1  CTTTCACCTACTTGCTCTACCAGTTCATCTGTTCCTTGTATATTTGTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCACCTACTTGCTCTACCAGTTCATCTGTTCCTTGTATATTTGTTTA  550

seq1  ATCTCTAAACTTGTTTTGTCATGTTTAAACTGGCCTTCATTGAGGCTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTAAACTTGTTTTGTCATGTTTAAACTGGCCTTCATTGAGGCTTGG  600

seq1  AAAATAGCTCAGTTGGTAAGTTATTGCTGCATATTATAACAGCACAATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGCTCAGTTGGTAAGTTATTGCTGCATATTATAACAGCACAATAA  650

seq1  TAGTGCTATGAGGCCTTGTGCAATTGCTGAGCCCTTGGCCCCAGTGAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCTATGAGGCCTTGTGCAATTGCTGAGCCCTTGGCCCCAGTGAAAG  700

seq1  ACTTTCTTGGAGAAAATGATGGATGGCCTTTATGGAACAACAGCCAAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTTGGAGAAAATGATGGATGGCCTTTATGGAACAACAGCCAAGAG  750

seq1  CATCACTACCCATTTGTGGAC-TTCAGAGGACAGTGCTCAGGGAGTCAGC  799
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACTACCCATTTGTGGACTTTCAGAGGACAGTGCTCAGGGAGTCAGC  800

seq1  TTCTTGTACCATGTGTGCTCT-GGGATCAAACTTAGTTTGTCAGACTTGG  848
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTACCATGTGTGCTCTGGGGATCAAACTTAGTTTGTCAGACTTGG  850

seq1  CACCAAGTGATGTTATACACAGTTCCATCTCACTAGTTCACC-AAAAGAT  897
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CACCAAGTGATGTTATACACAGTTCCATCTCACTAGTTCACCAAAAAGAT  900

seq1  ATGTTTTGAAGAACAGTACCTATTTTATCACACA-GAGC-ACAGACAAGC  945
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  ATGTTTTGAAGAACAGTACCTATTTTATCACACAGGAGCAACAGACAAGC  950

seq1  TG-TGTTTGACCTCACGT-GTGCGTGC-ATGTGTGCATGTGTATGTGTAT  992
      || ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTTGACCTCACGTGGTGCGTGCAATGTGTGCATGTGTATGTGTAT  1000

seq1  GAATA--TATATTTTAG-AATTC--TTGGATTTTTTGTTTTTAA  1031
      |||||   ||||||||| |||||  | |||||||||||||||||
seq2  GAATAATAATATTTTAGAAATTCCTTGGGATTTTTTGTTTTTAA  1044

seq1: chr13_55556305_55557287
seq2: B6Ng01-248L01.g_66_1059 (reverse)

seq1  GTGTGT-AGGCTTGTGAAAATGGAA--TGCCCAA-CATACTGTGGGTTTT  46
      |||||| || |||||||||||||||   |||||| ||||| |||||||||
seq2  GTGTGTAAGACTTGTGAAAATGGAAATGGCCCAACCATACGGTGGGTTTT  50

seq1  -AGT-GTA-CCAGGTTAGAATGCTGGGCAGACATGGAGATGCTCTGGG-A  92
       ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAGTGGTACCCAGGTAAGAATGCTGGGCAGACATGGAGATGCTCTGGGAA  100

seq1  GCATTGC-AAGAACTCATGTCCTCTCTGTACTGTGATTGGTTAGCCTTCG  141
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGCAAAGAACTCATGTCCTCTCTGTACTGTGATTGGTTAGCCTTCG  150

seq1  ATGGC-AGGCATCTTTTCCCAGGG-AGTGGCAATGGTGACCTAGTGGCTC  189
      ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAAGGCATCTTTTCCCAGGGAAGTGGCAATGGTGACCTAGTGGCTC  200

seq1  AGGCTCATGTCTTCTTAGATAGCCACCCAGTGGGCACAGAGCAAGGTTTG  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCATGTCTTCTTAGATAGCCACCCAGTGGGCACAGAGCAAGGTTTG  250

seq1  TTCACGAATTTGAAATTAAATGCTCTGTTTGCTGAAGGGCCCCACTGGAC  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACGAATTTGAAATTAAATGCTCTGTTTGCTGAAGGGCCCCACTGGAC  300

seq1  ACCCAGATCACCCCTTCCTGGCCCAATGGGAATAACCCATTTCCAAAAGG  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGATCACCCCTTCCTGGCCCAATGGGAATAACCCATTTCCAAAAGG  350

seq1  AACTGAGACGGTGGTGCCAGCAGGGGCTGTTGGGCTAACTGCCCCTCTGC  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGACGGTGGTGCCAGCAGGGGCTGTTGGGCTAACTGCCCCTCTGC  400

seq1  AGGCAGGCAATTACCCCCTTCAAAGTTTAACTTTAAAATATTTATCTTAT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGCAATTACCCCCTTCAAAGTTTAACTTTAAAATATTTATCTTAT  450

seq1  TCTTAATTTTGTGTTTGTGTGTCTGTCTCTGTGTGGGTATGTATATGTCT  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAATTTTGTGTTTGTGTGTCTGTCTCTGTGTGGGTATGTATATGTCT  500

seq1  ATGTATGTGTGTATGTCTAGGAATGTGAATATGTCTATGTATGTGTGTGC  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTGTGTATGTCTAGGAATGTGAATATGTCTATGTATGTGTGTGC  550

seq1  CTGTGGAGCATGTGTATGTCTGTATGTGTGCGTCTGCGTGGGGACGTGGA  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGAGCATGTGTATGTCTGTATGTGTGCGTCTGCGTGGGGACGTGGA  600

seq1  TAGGTGTGCAGTTGCCACGGAGGCCCGAAGCTTTAGATCCTCCTGGGAAT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGTGCAGTTGCCACGGAGGCCCGAAGCTTTAGATCCTCCTGGGAAT  650

seq1  GGAGTCATGGGTGGTTGTGAGTGTCTGCATGACATTAGTTTGAGGAATCA  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCATGGGTGGTTGTGAGTGTCTGCATGACATTAGTTTGAGGAATCA  700

seq1  ACTTAGATCCCCCACAGCAGCAGTGCATACTTCTAACTGCTGAGCCCGTC  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGATCCCCCACAGCAGCAGTGCATACTTCTAACTGCTGAGCCCGTC  750

seq1  TTTCTAGTCCCAGAATCTCCCTCTTGAGAGTTTTACCTCTGAGCTAAGCA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGTCCCAGAATCTCCCTCTTGAGAGTTTTACCTCTGAGCTAAGCA  800

seq1  TCTTGTGGATTGTACACCGTGCAGACAATTGTACTCTAGATATTAGAGCC  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTGGATTGTACACCGTGCAGACAATTGTACTCTAGATATTAGAGCC  850

seq1  TAATAGCAGAAACCCTGCTCAGACTCACGTCAAGTCTGTTGGTTCATTTG  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGCAGAAACCCTGCTCAGACTCACGTCAAGTCTGTTGGTTCATTTG  900

seq1  TCCCCAAGTCTCTCTGGGCCATCACTGGGGCTTTGTGCTGGGTTGCTAAG  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAAGTCTCTCTGGGCCATCACTGGGGCTTTGTGCTGGGTTGCTAAG  950

seq1  ACTGTCTCTTGGCTCTTCAACTTGTCTGTACAGAACCTGAATTC  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTCTTGGCTCTTCAACTTGTCTGTACAGAACCTGAATTC  994