BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250C10
Chromosome13 (Build37)
Map Location 38,029,245 - 38,175,308
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRreb1, Ssr1, Cage1, Riok1
Upstream geneF13a1, Ly86, LOC100042794, LOC100042800, LOC100042802, LOC100041624
Downstream geneDsp, 6530403A03Rik, Bmp6, Txndc5, Muted, Eef1e1, LOC621102, Slc35b3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250C10.bB6Ng01-250C10.g
ACCGA057777GA057778
length8571,188
definitionB6Ng01-250C10.b B6Ng01-250C10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,029,245 - 38,030,100)(38,174,124 - 38,175,308)
sequence
gaattcttgcctagtgtctatcttgccacaactggagcaactcatagatg
ctccagtttcttctttgaatccaagacagggaaagctagcagactagtct
caataacacgtgaataaataacattaaatgtcacattctgtggattgctg
acgtttttgaaaaccagctatgtatgtaaagtaatctggactgtcttccc
ttaactactatttctaattaaaatctttgaaaacactctaacagtaaact
cagagccatgactttgctatttggcccttaactcacaggcgtaatcatct
cagatcagtttataataacagttatagaagatgattaaacaggcaatgat
tatcactgcgctttctattctagagtcagtgattgatattctatcctggt
tcaaattaaaacaatccaaaacaaatgaagtaatctaaaaaacttatact
taggccttttctctggtgccaagagaatataaaacccaatatttccatgg
agtccatgttagacagaatatgagtattctataaccatcaatagaggagg
tttgtaccaatgaaaaccttgatgttgcatcaaaataaattctgtatcaa
aataagttatgacttcaacttagtaacaattaaaatgatttctaccaaat
gagattatgcctatacaatcaattctagctatttcctccctgttccaatt
atgaccatttctaaattccctagaaagacaacctataataaccacttcca
gccccaaagcccaggaactggggcgatgactctttgtaacttattcaggc
tgaatatgggcattgagatattttgaatcggtgcgggtggggagataggg
ggagttg
gaattcatagtaatagcctgtctcaaacaacagcaagagtcagagaggga
aaggagggggtgacagcagagggggcagggcctttaactcacgggcattt
caagatgccttgatactcagagcaagggttgcataccattgggtgtctgt
cacagacatctgtccatatttaaagacaccgaatccattcctgtctaacc
gtacaaagtcaaaacatcatttaaattaattatttcctttcagtgcgctt
ccaacacgtcttccctggtgcctccttccccatcctgttacttcttctcc
cctttgtttactgactcactagctgtggaggccaggatggaacccagggc
ctcacaaaggctcagcacacactattgcagagctaacccagctcccttgc
catgctgtctgtgggtacactcaagggtttccctgaaacaccacaggctt
ctcctgccctccctcctggacttgcttgcttacttcaattttttttttca
tttttcccattcgccgagatatgtaatcatcactcctgagttaattcatt
atggaaaagattaaaaagctggcacacccaggctttacttgagtagtcat
ttctgccattctctctttgcctgcaaggcaagaggtttgttgtaactggt
ctgtgcccctgctgctgcctggtctggggcagattgtaaagctgggatag
ttttcaaatccaggctcactgagctcaaagagactgttttaatagagatt
aggatcggcggggagctggtcagtgtttagctccagttaagatttggaga
agcaagaggtctggagaatccattggcacacacatgcacagacatgcatt
tcataaacacacatgcattatggacacacacacatatgtatatatatata
tatatatgtatatatatatacacacacatatatatacacacacacatatg
tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatacc
ccagatattaaatacccgtacaaatgaacatatacaccacatgccatgaa
atacaaacacatgcacttacacgtgggcataacaaagtgcacaaagctta
cattgagcacacacgttgcaagagctgaatgccatcatacacccaccctc
agtatctgtctgcgacttatagataattctcagcaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_38029245_38030100
seq2: B6Ng01-250C10.b_45_901

seq1  GAATTCTTGCCTAGTGTCTATCTTGCCACAACTGGAGCAACTCATAGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGCCTAGTGTCTATCTTGCCACAACTGGAGCAACTCATAGATG  50

seq1  CTCCAGTTTCTTCTTTGAATCCAAGACAGGGAAAGCTAGCAGACTAGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGTTTCTTCTTTGAATCCAAGACAGGGAAAGCTAGCAGACTAGTCT  100

seq1  CAATAACACGTGAATAAATAACATTAAATGTCACATTCTGTGGATTGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAACACGTGAATAAATAACATTAAATGTCACATTCTGTGGATTGCTG  150

seq1  ACGTTTTTGAAAACCAGCTATGTATGTAAAGTAATCTGGACTGTCTTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTTTTGAAAACCAGCTATGTATGTAAAGTAATCTGGACTGTCTTCCC  200

seq1  TTAACTACTATTTCTAATTAAAATCTTTGAAAACACTCTAACAGTAAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTACTATTTCTAATTAAAATCTTTGAAAACACTCTAACAGTAAACT  250

seq1  CAGAGCCATGACTTTGCTATTTGGCCCTTAACTCACAGGCGTAATCATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCATGACTTTGCTATTTGGCCCTTAACTCACAGGCGTAATCATCT  300

seq1  CAGATCAGTTTATAATAACAGTTATAGAAGATGATTAAACAGGCAATGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCAGTTTATAATAACAGTTATAGAAGATGATTAAACAGGCAATGAT  350

seq1  TATCACTGCGCTTTCTATTCTAGAGTCAGTGATTGATATTCTATCCTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACTGCGCTTTCTATTCTAGAGTCAGTGATTGATATTCTATCCTGGT  400

seq1  TCAAATTAAAACAATCCAAAACAAATGAAGTAATCTAAAAAACTTATACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATTAAAACAATCCAAAACAAATGAAGTAATCTAAAAAACTTATACT  450

seq1  TAGGCCTTTTCTCTGGTGCCAAGAGAATATAAAACCCAATATTTCCATGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCTTTTCTCTGGTGCCAAGAGAATATAAAACCCAATATTTCCATGG  500

seq1  AGTCCATGTTAGACAGAATATGAGTATTCTATAACCATCAATAGAGGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCATGTTAGACAGAATATGAGTATTCTATAACCATCAATAGAGGAGG  550

seq1  TTTGTACCAATGAAAACCTTGATGTTGCATCAAAATAAATTCTGTATCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTACCAATGAAAACCTTGATGTTGCATCAAAATAAATTCTGTATCAA  600

seq1  AATAAGTTATGACTTCAACTTAGTAACAATTAAAATGATTTCTACCAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGTTATGACTTCAACTTAGTAACAATTAAAATGATTTCTACCAAAT  650

seq1  GAGATTATGCCTATACAATCAATTCTAGCTATTTCCTCCCTGTTCCAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTATGCCTATACAATCAATTCTAGCTATTTCCTCCCTGTTCCAATT  700

seq1  ATGACCATTTCTAAATTCCCTAGAAAGACAACCTATAATAACCACTTCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCATTTCTAAATTCCCTAGAAAGACAACCTATAATAACCACTTCCA  750

seq1  GCCCCAAAGCCCAGGAACTGGGGCGATGACTCTTTGTAACTTATTCAGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAAAGCCCAGGAACTGGGGCGATGACTCTTTGTAACTTATTCAGGC  800

seq1  TGAATATGGGCATTGAGATATTTTGAATCGGTGCGGGTGGGGAGATA-GG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGAATATGGGCATTGAGATATTTTGAATCGGTGCGGGTGGGGAGATAGGG  850

seq1  GGAGTTG  856
      |||||||
seq2  GGAGTTG  857

seq1: chr13_38174124_38175308
seq2: B6Ng01-250C10.g_67_1254 (reverse)

seq1  GGGTGCTGAGGATTTACTCTATAAGTTCTCCAGGACGATACCTGAGTG-G  49
      |||||||||| |||   |||||||||    |||   |||| ||||| | |
seq2  GGGTGCTGAGAATT--ATCTATAAGT--CGCAGACAGATA-CTGAGGGTG  45

seq1  TGTGTATGTGTGCATTCAGCTC-TGC-ACGTGTGTGCTC-ATGTATGCTT  96
       |||||||   ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||| || |
seq2  GGTGTATGATGGCATTCAGCTCTTGCAACGTGTGTGCTCAATGTAAGC-T  94

seq1  TTGTGCACTTTG-TATGCCCACGTGTAAGTGCATGTGTTTGTA-TTCATG  144
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  TTGTGCACTTTGTTATGCCCACGTGTAAGTGCATGTGTTTGTATTTCAT-  143

seq1  GGCATGT-GTGTATATGTTCATTTGTACGTGTATTT-ATATCT-GTGTAT  191
      ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||| | ||||
seq2  GGCATGTGGTGTATATGTTCATTTGTACGGGTATTTAATATCTGGGGTAT  193

seq1  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACATAT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACATAT  243

seq1  GTGTGTGTGTATATATATGTGTGTGTATATATATATACATATATATATAT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTATATATATGTGTGTGTATATATATATACATATATATATAT  293

seq1  ATATATACATATGTGTGTGTGTCCATAATGCATGTGTGTTTATG-AATGC  340
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATATATACATATGTGTGTGTGTCCATAATGCATGTGTGTTTATGAAATGC  343

seq1  ATGTCTGTGCATGTGTGTGCCAATGGATTCTCCAGACCTCTTGCTTCTCC  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGTGCATGTGTGTGCCAATGGATTCTCCAGACCTCTTGCTTCTCC  393

seq1  AAATCTTAACTGGAGCTAAACACTGACCAGCTCCCCGCCGATCCTAATCT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTAACTGGAGCTAAACACTGACCAGCTCCCCGCCGATCCTAATCT  443

seq1  CTATTAAAACAGTCTCTTTGAGCTCAGTGAGCCTGGATTTGAAAACTATC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAAAACAGTCTCTTTGAGCTCAGTGAGCCTGGATTTGAAAACTATC  493

seq1  CCAGCTTTACAATCTGCCCCAGACCAGGCAGCAGCAGGGGCACAGACCAG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTTTACAATCTGCCCCAGACCAGGCAGCAGCAGGGGCACAGACCAG  543

seq1  TTACAACAAACCTCTTGCCTTGCAGGCAAAGAGAGAATGGCAGAAATGAC  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAACAAACCTCTTGCCTTGCAGGCAAAGAGAGAATGGCAGAAATGAC  593

seq1  TACTCAAGTAAAGCCTGGGTGTGCCAGCTTTTTAATCTTTTCCATAATGA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAAGTAAAGCCTGGGTGTGCCAGCTTTTTAATCTTTTCCATAATGA  643

seq1  ATTAACTCAGGAGTGATGATTACATATCTCGGCGAATGGGAAAAATGAAA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACTCAGGAGTGATGATTACATATCTCGGCGAATGGGAAAAATGAAA  693

seq1  AAAAAAATTGAAGTAAGCAAGCAAGTCCAGGAGGGAGGGCAGGAGAAGCC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATTGAAGTAAGCAAGCAAGTCCAGGAGGGAGGGCAGGAGAAGCC  743

seq1  TGTGGTGTTTCAGGGAAACCCTTGAGTGTACCCACAGACAGCATGGCAAG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGTTTCAGGGAAACCCTTGAGTGTACCCACAGACAGCATGGCAAG  793

seq1  GGAGCTGGGTTAGCTCTGCAATAGTGTGTGCTGAGCCTTTGTGAGGCCCT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTGGGTTAGCTCTGCAATAGTGTGTGCTGAGCCTTTGTGAGGCCCT  843

seq1  GGGTTCCATCCTGGCCTCCACAGCTAGTGAGTCAGTAAACAAAGGGGAGA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCCATCCTGGCCTCCACAGCTAGTGAGTCAGTAAACAAAGGGGAGA  893

seq1  AGAAGTAACAGGATGGGGAAGGAGGCACCAGGGAAGACGTGTTGGAAGCG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTAACAGGATGGGGAAGGAGGCACCAGGGAAGACGTGTTGGAAGCG  943

seq1  CACTGAAAGGAAATAATTAATTTAAATGATGTTTTGACTTTGTACGGTTA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAAAGGAAATAATTAATTTAAATGATGTTTTGACTTTGTACGGTTA  993

seq1  GACAGGAATGGATTCGGTGTCTTTAAATATGGACAGATGTCTGTGACAGA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGAATGGATTCGGTGTCTTTAAATATGGACAGATGTCTGTGACAGA  1043

seq1  CACCCAATGGTATGCAACCCTTGCTCTGAGTATCAAGGCATCTTGAAATG  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAATGGTATGCAACCCTTGCTCTGAGTATCAAGGCATCTTGAAATG  1093

seq1  CCCGTGAGTTAAAGGCCCTGCCCCCTCTGCTGTCACCCCCTCCTTTCCCT  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTGAGTTAAAGGCCCTGCCCCCTCTGCTGTCACCCCCTCCTTTCCCT  1143

seq1  CTCTGACTCTTGCTGTTGTTTGAGACAGGCTATTACTATGAATTC  1185
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGACTCTTGCTGTTGTTTGAGACAGGCTATTACTATGAATTC  1188