BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250C12
Chromosome13 (Build37)
Map Location 108,352,741 - 108,522,126
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZswim6
Upstream geneIpo11, Dimt1, Kif2a, LOC100040322, LOC100040350, LOC100040366, Apoo, AI197445, LOC100040820
Downstream gene3021401N23Rik, 2810008M24Rik, Ndufa12l, Ercc8, LOC668123, LOC621498, Elovl7, LOC668129, LOC100040524, Depdc1b, Pde4d, EG668144
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250C12.bB6Ng01-250C12.g
ACCGA057781GA057782
length1,1451,188
definitionB6Ng01-250C12.b B6Ng01-250C12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,352,741 - 108,353,766)(108,520,929 - 108,522,126)
sequence
gaattcaacagtccacagactcactatgttgtcatttcctgattctacaa
gtatgtgatttggacacagtggctagcatcagcttcctgttggctctctg
gtcaattgaataagtctctagggtaaaagggccaagtaggatcctctaaa
actatccaaccacaaccccattagccacaagaatgtagctgagacagcct
catgttgtgaaagagaatcactgtcgatatcagacttgaagtatatggga
atggtgcaccctggcatagtcctatataattcacatctagcctgttcaaa
gaataaactgacagatcatgatggatggcagtgggctacaatcttaacta
agtgatagtcccagtttcagctgctaagctagatgtgatgtctttactaa
aacagaccaacacagcctctggcactcagtatgttgctattgatctgatg
aatatgttcttttcaaccctcatcaataaacaggatcaaaagcaggtctc
ctttcagtggtaaggatgtcagctcgcactgatagtcttgccaagggcta
tgtgaagcctcttgtgcaatgtcacaaaaagagttggaagaaatcttaat
tgccttactattccagaagcaatggaattggtggggacatcattattatc
aaatttaacacagtaaacagaagcgatgcctctattgtcagaaggtaaga
ataaagccacataagtatccccaattcacccctatagtgaccctttaagg
agtcccatgaccctgggcatgcttgtacatctttgaggcaaagaacaaga
tgttggatcttgtgtcttttccaagttttctattgaaatcctacccaaaa
tgtgttgatggcaaaatactaccatattactatactgaagggcctataaa
ggatgtttgaataagcataacatctctactctgattacattcgggtttcc
tagactggatgttcatgagagaatttgggccctaatgccataagccctat
aagcagaatgaatgtatttcttcttctgggcatctaaaatggtattagtg
taagatattgggaggactgagaaaaacagtcattcggtccactttctgtc
ttccgtggctcagatgaggatcttctttccagaaactgctagagc
gaattcttttaaaagctgaataacaaccctgctgaaattctcacttcttg
atcctctactttgcccaccgcattttccaaagtaacatctcgttgtccct
agataaaaaccgaatgagtgagtcatttggcttctctgaaccttgcgggc
tacgttctctgactctgcaaactttcaggggtccctagctcttatttcat
agttcctgaactagtaggctggatgaagccagtgtgttgataattcttaa
ggcattattctagttagaactaagctgctgatctctttggtactttctat
tagaagaagtcactaatgtgatttgttttcaagaattgtttattgtcaac
ataattgaagttagaaatcatattaaattcatgttcagttccgttcagcc
tctggttgatgaaatacaagttaactttagattcctgaggtcacaggaat
aaatcctgttagaactttaaaatgtaggaagaggagcccattttagtttt
aacaagttaaagactttttatctactgctctctattgcagactccatcct
aaatacccatttttatcttgttttattttttgatgggcgataagattaaa
aactagttcgtggagattaaagctcatctttcataattctgtgtctgggt
tctgggtgtccctgaatgtcatgtgtcatgtgtcattttctcagtgatgc
tgcttaggatgtaaggaggagagctgtacagttccccgaactcatgcccc
aaacagcacccatctccgtaagcatggcttcttgtggccagggtaatgga
ccaataataaccggatggtcttcttcctttctgcttacaggttactagta
ttgggaatctactgctccgacaggagacctctcccgccccccaccacatt
gcgtcagtcgtccccaaccgataccctcgctggttcactttgagccacat
tgagtcccagcagtgtgagctggcatccaccatgctaactgcagccaaag
gtagtgtgatattgagaaaccatgtcattttgatggtttgcactctttcc
cccagagatcttaattattgttgtgttaacctcaatttctcacagtagta
tcgcctatcaatatgttcaaagaatctttttagatgctaactcatgtctt
aactctgaagcattgggtcaagtcatttgagactggta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_108352741_108353766
seq2: B6Ng01-250C12.b_164_1189

seq1  AGGGTAAAAGGGCCAAGTAGGATCCTCTAAAACTATCCAACCACAACCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAAAAGGGCCAAGTAGGATCCTCTAAAACTATCCAACCACAACCCC  50

seq1  ATTAGCCACAAGAATGTAGCTGAGACAGCCTCATGTTGTGAAAGAGAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCCACAAGAATGTAGCTGAGACAGCCTCATGTTGTGAAAGAGAATC  100

seq1  ACTGTCGATATCAGACTTGAAGTATATGGGAATGGTGCACCCTGGCATAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCGATATCAGACTTGAAGTATATGGGAATGGTGCACCCTGGCATAG  150

seq1  TCCTATATAATTCACATCTAGCCTGTTCAAAGAATAAACTGACAGATCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATATAATTCACATCTAGCCTGTTCAAAGAATAAACTGACAGATCAT  200

seq1  GATGGATGGCAGTGGGCTACAATCTTAACTAAGTGATAGTCCCAGTTTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGATGGCAGTGGGCTACAATCTTAACTAAGTGATAGTCCCAGTTTCA  250

seq1  GCTGCTAAGCTAGATGTGATGTCTTTACTAAAACAGACCAACACAGCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTAAGCTAGATGTGATGTCTTTACTAAAACAGACCAACACAGCCTC  300

seq1  TGGCACTCAGTATGTTGCTATTGATCTGATGAATATGTTCTTTTCAACCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACTCAGTATGTTGCTATTGATCTGATGAATATGTTCTTTTCAACCC  350

seq1  TCATCAATAAACAGGATCAAAAGCAGGTCTCCTTTCAGTGGTAAGGATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAATAAACAGGATCAAAAGCAGGTCTCCTTTCAGTGGTAAGGATGT  400

seq1  CAGCTCGCACTGATAGTCTTGCCAAGGGCTATGTGAAGCCTCTTGTGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCGCACTGATAGTCTTGCCAAGGGCTATGTGAAGCCTCTTGTGCAA  450

seq1  TGTCACAAAAAGAGTTGGAAGAAATCTTAATTGCCTTACTATTCCAGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACAAAAAGAGTTGGAAGAAATCTTAATTGCCTTACTATTCCAGAAG  500

seq1  CAATGGAATTGGTGGGGACATCATTATTATCAAATTTAACACAGTAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGAATTGGTGGGGACATCATTATTATCAAATTTAACACAGTAAACA  550

seq1  GAAGCGATGCCTCTATTGTCAGAAGGTAAGAATAAAGCCACATAAGTATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCGATGCCTCTATTGTCAGAAGGTAAGAATAAAGCCACATAAGTATC  600

seq1  CCCAATTCACCCCTATAGTGACCCTTTAAGGAGTCCCATGACCCTGGGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATTCACCCCTATAGTGACCCTTTAAGGAGTCCCATGACCCTGGGCA  650

seq1  TGCTTGTACATCTTTGAGGCAAAGAACAAGATGTTGGATCTTGTGTCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGTACATCTTTGAGGCAAAGAACAAGATGTTGGATCTTGTGTCTTT  700

seq1  TCCAAGTTTTCTATTGAAATCCTACCCAAAATGTGTTGATGGCAAAATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGTTTTCTATTGAAATCCTACCCAAAATGTGTTGATGGCAAAATAC  750

seq1  TACCATATTACTATACTGAAGGGCCTATAAAGGATGTTTGAATAAGCATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATATTACTATACTGAAGGGCCTATAAAGGATGTTTGAATAAGCATA  800

seq1  ACATCTCTACTCTGATTACATTCGGGTTTCCTAGACTGGATGTTCATGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTCTACTCTGATTACATTCGGGTTTCCTAGACTGGATGTTCATGAG  850

seq1  AGAATTT-GGCCCTAATGCCATAAGCCCTATAAGCAGAATGAATGTATTT  899
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTGGGCCCTAATGCCATAAGCCCTATAAGCAGAATGAATGTATTT  900

seq1  C-TCTTCTGGGCATCTAAAATGGTATTAGTGTAAGATATTGGAAGGACTG  948
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTTCTTCTGGGCATCTAAAATGGTATTAGTGTAAGATATTGGGAGGACTG  950

seq1  AG-AAAACAGTCATTTGGGTCACTTTCTGTCTTCTGTGGCTCAGATGAAG  997
      || |||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||| |
seq2  AGAAAAACAGTCATTCGGTCCACTTTCTGTCTTCCGTGGCTCAGATGAGG  1000

seq1  ATCTCCTTTTCAGAAAACCTTGCTAGAGC  1026
      |||| |||| ||||||    |||||||||
seq2  ATCTTCTTTCCAGAAA---CTGCTAGAGC  1026

seq1: chr13_108520929_108522126
seq2: B6Ng01-250C12.g_67_1254 (reverse)

seq1  TACCAGGCTCAAATGACTGGCACCCATTTGCCTCAGGAGTAAAG-CATGA  49
      |||||| ||||||||||| | |||||  ||| ||| |||| ||| |||| 
seq2  TACCAGTCTCAAATGACTTG-ACCCA-ATGCTTCA-GAGTTAAGACATG-  46

seq1  AGTTAGCATCTTTAAAAAGATTCTTTGGAACATATTTGATA-GCGATACT  98
      ||||||||||  |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||
seq2  AGTTAGCATC--TAAAAAGATTCTTT-GAACATA-TTGATAGGCGATACT  92

seq1  ACTGTGGAGAAATTGAGTTAAACACAACAATAATATAAAGATCTTCTGGG  148
      ||||| ||||||||||| | ||||||||||||  || |||||| ||||||
seq2  ACTGT-GAGAAATTGAGGTTAACACAACAATA--ATTAAGATC-TCTGGG  138

seq1  GGAAAAGGAGTGCAAACCATCAAAATGACATGGTTTCTCAATATCACACT  198
      |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAA--GAGTGCAAACCATCAAAATGACATGGTTTCTCAATATCACACT  186

seq1  ACCTTTGGCTGCAGTTAGCATGGTGGATGCCAGCTCACACTGCTGGGACT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTGGCTGCAGTTAGCATGGTGGATGCCAGCTCACACTGCTGGGACT  236

seq1  CAATGTGGCTCAAAGTGAACCAGCGAGGGTATCGGTTGGGGACGACTGAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTGGCTCAAAGTGAACCAGCGAGGGTATCGGTTGGGGACGACTGAC  286

seq1  GCAATGTGGT-GGGGGCGGGAGAGGTCTCCTGTCGGAGCAGTAGATT-CC  346
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCAATGTGGTGGGGGGCGGGAGAGGTCTCCTGTCGGAGCAGTAGATTCCC  336

seq1  AATACTAGTAACCTGTAAGCAGAAAGGAAGAAGACCATCCGGTTATTATT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTAGTAACCTGTAAGCAGAAAGGAAGAAGACCATCCGGTTATTATT  386

seq1  GGTCCATTACCCTGGCCACAAGAAGCCATGCTTACGGAGATGGGTGCTGT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCATTACCCTGGCCACAAGAAGCCATGCTTACGGAGATGGGTGCTGT  436

seq1  TTGGGGCATGAGTTCGGGGAACTGTACAGCTCTCCTCCTTACATCCTAAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGCATGAGTTCGGGGAACTGTACAGCTCTCCTCCTTACATCCTAAG  486

seq1  CAGCATCACTGAGAAAATGACACATGACACATGACATTCAGGGACACCCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATCACTGAGAAAATGACACATGACACATGACATTCAGGGACACCCA  536

seq1  GAACCCAGACACAGAATTATGAAAGATGAGCTTTAATCTCCACGAACTAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCAGACACAGAATTATGAAAGATGAGCTTTAATCTCCACGAACTAG  586

seq1  TTTTTAATCTTATCGCCCATCAAAAAATAAAACAAGATAAAAATGGGTAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAATCTTATCGCCCATCAAAAAATAAAACAAGATAAAAATGGGTAT  636

seq1  TTAGGATGGAGTCTGCAATAGAGAGCAGTAGATAAAAAGTCTTTAACTTG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGATGGAGTCTGCAATAGAGAGCAGTAGATAAAAAGTCTTTAACTTG  686

seq1  TTAAAACTAAAATGGGCTCCTCTTCCTACATTTTAAAGTTCTAACAGGAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACTAAAATGGGCTCCTCTTCCTACATTTTAAAGTTCTAACAGGAT  736

seq1  TTATTCCTGTGACCTCAGGAATCTAAAGTTAACTTGTATTTCATCAACCA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCCTGTGACCTCAGGAATCTAAAGTTAACTTGTATTTCATCAACCA  786

seq1  GAGGCTGAACGGAACTGAACATGAATTTAATATGATTTCTAACTTCAATT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGAACGGAACTGAACATGAATTTAATATGATTTCTAACTTCAATT  836

seq1  ATGTTGACAATAAACAATTCTTGAAAACAAATCACATTAGTGACTTCTTC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGACAATAAACAATTCTTGAAAACAAATCACATTAGTGACTTCTTC  886

seq1  TAATAGAAAGTACCAAAGAGATCAGCAGCTTAGTTCTAACTAGAATAATG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGAAAGTACCAAAGAGATCAGCAGCTTAGTTCTAACTAGAATAATG  936

seq1  CCTTAAGAATTATCAACACACTGGCTTCATCCAGCCTACTAGTTCAGGAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAGAATTATCAACACACTGGCTTCATCCAGCCTACTAGTTCAGGAA  986

seq1  CTATGAAATAAGAGCTAGGGACCCCTGAAAGTTTGCAGAGTCAGAGAACG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAAATAAGAGCTAGGGACCCCTGAAAGTTTGCAGAGTCAGAGAACG  1036

seq1  TAGCCCGCAAGGTTCAGAGAAGCCAAATGACTCACTCATTCGGTTTTTAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCGCAAGGTTCAGAGAAGCCAAATGACTCACTCATTCGGTTTTTAT  1086

seq1  CTAGGGACAACGAGATGTTACTTTGGAAAATGCGGTGGGCAAAGTAGAGG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGACAACGAGATGTTACTTTGGAAAATGCGGTGGGCAAAGTAGAGG  1136

seq1  ATCAAGAAGTGAGAATTTCAGCAGGGTTGTTATTCAGCTTTTAAAAGAAT  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGAAGTGAGAATTTCAGCAGGGTTGTTATTCAGCTTTTAAAAGAAT  1186

seq1  TC  1198
      ||
seq2  TC  1188