BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250H03
Chromosome13 (Build37)
Map Location 69,721,702 - 69,882,715
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSrd5a1, Nsun2, LOC100042260, 3110006E14Rik
Upstream geneFastkd3, 1700001L19Rik, Adcy2, LOC666205, LOC218332, Pols, A530095I07Rik
Downstream gene4930547H16Rik, Med10, EG620143, LOC100042291, 4930520P13Rik, EG633042, BC018507, EG620473, Adamts16
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250H03.bB6Ng01-250H03.g
ACCGA057989GA057990
length1,1331,179
definitionB6Ng01-250H03.b B6Ng01-250H03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,881,597 - 69,882,715)(69,721,702 - 69,722,890)
sequence
gaattccacacccctaagctcctcaccccataaaaacccctagctttcaa
gcctcgtggctgacatccgttatctcctgtgtaaaatgcatgtcggttca
gagctccgtaattaaacgacctcatgtaattacagcaagatgggtcctcg
tgtttctttgggtgctctctcactcctgagactagaatgggagtccccga
aagggggtcttacagtgtcaagttgacacacaaaccagtctgtacacaaa
ttttagttgtgttttgttttatgttgttaaactagcattttaaataacat
tttattttagctatttttaaaagactttacttgattttgaatagtatgtg
tgtgtacattaggtgtatcagtgcaagggcctgtgaaggccagaagagtg
tgttaggtactctggagctaaagttacaagtggttatgaaacactaacct
gggtgcagggaatcaaactcaggtcctctggaagatcagcatgtgccttt
aactactgagcattctctctagcccccgactttagccttgtatagaattg
gtcctggattctgtaagtgaggcagatgacacatgactaaccatggtgtc
tgtgaggaagacagtcctgtttgggcctcttgtccgagagcgtctgcatg
agttcttaacagtccactctctaacagtgtatacaaacagacaagttcta
taaatgctgcatcactctgttttctgttgctactatgaaactcctggctc
atctgtaaagaaaagaggttggcttgcaccccattgtgcaggctgaaaat
tgaaacagcaggccaccagctctttcaaaagctctgactgactgggtcca
tcatggtggatggccttccactgtgggtgcttatagagggagccaaagga
ccgaagagtaccaataataatgtcccgttaaaccattttttttaaagacc
catgggctcctaaataagaatgtggaggaatacataccatattccatgga
gccatcaccctaggtggataggtggaggcccagacacagatgcaatcaac
actgtcttagggattcccaggaggcaattcctgttcctaggggaatggga
cggatcactgctcaaggtctctggctttagagg
gaattcaggaccaccagcccagggatggcaccacccacaatgggctgggc
cctcccttattgatcactaattaagaaaatgccttacaggcctgcctttt
ctcaactgaggttctctcagatgattttcgcctatatggagttagcataa
gtttttagcacggccatataacttttccaggcccccgtaacattagttta
aatttccaggtttctttttcattctggaaagacatccagccatgttgtga
tatataatgacgagatcccaggggcagtcagccagcctggctgtatgacc
tgttaggttttcacggctcagaccatgaccgttgtttggctcggaagata
gtgtccatacaacgccggtacactgtaagataatacgacctatgtacaca
ctgcggttcataaactcctaagcaagtcttatggaaaatgcaaggcggtc
taagcggtccatacagccgtggtcttagttttgaatgagtgggcgtggca
gttatacgagaggcttgcgctcctccgtaaaagggtgcccagtgttttac
actgaacagaagtctactgaatcccgcccagctcactgcgcctggagcac
ttgccctccttgtaagggatatgaatttggcccaattacgcccatcatct
tttagctcattcattgggaacaagaattgacaggtcttgagatgtcatgt
atcatgagtgaattgcagtcagtagccttgattgtggagaagcaagtgga
ctaatgtgtccatcttcaccacggtctgaccccaaaattatgggttagat
ttggggtcactgactgcttgcaagcctgtaacatcttctgctgtctttag
actccactaatgagaaggctgtgtgaacatcagcaaatccaaagtctccc
actatctcctgcaagggaaacgtcccatcggacactggggccatgcctcg
gggttttcccatctgtcttaacttggccaggttagaagtcagagaaggca
gccagtagtacctttggagaattttggaaggtttcccatctaaagtgaaa
cacagacagagatagggaaatctacgtcaaggtgccttttgctactgaaa
tccctagcctacctgaattgggatgtcatagtctgtcagcaggtacgagc
cactcagcttagtatgccacggagacaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_69881597_69882715
seq2: B6Ng01-250H03.b_44_1176 (reverse)

seq1  CCTCTAAAG-CAGAGAACTTGAGCAGTGAT-CGT-CCATTCCCCTA-GAA  46
      ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||
seq2  CCTCTAAAGCCAGAGACCTTGAGCAGTGATCCGTCCCATTCCCCTAGGAA  50

seq1  CAGG-ATTG-CTCTTGGAAATCC--TAGACAGTGTTGATTTGCATCTGTG  92
      |||| |||| ||| ||| |||||   |||||||||||| |||||||||||
seq2  CAGGAATTGCCTCCTGGGAATCCCTAAGACAGTGTTGA-TTGCATCTGTG  99

seq1  TCTGGGC--TCACTTATC--ACTAGGGTGATTGCTTCATGG-ATATGGTA  137
      |||||||   ||| ||||   |||||||||| ||| ||||| ||||||||
seq2  TCTGGGCCTCCACCTATCCACCTAGGGTGATGGCTCCATGGAATATGGTA  149

seq1  TGTATTCCTCAACATTCTTATTTAGGAG-CCATGGGTCTTTAAAAAAAAT  186
      |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTCCTCCACATTCTTATTTAGGAGCCCATGGGTCTTTAAAAAAAAT  199

seq1  GGTTTAACGGGACATTATTATTGGTACTCTTCGGT-CTTTGGCTCCCTCT  235
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGTTTAACGGGACATTATTATTGGTACTCTTCGGTCCTTTGGCTCCCTCT  249

seq1  ATAAGCACCCACAGTGGAAGGCCATCCACCATGATGGACCCAGTCAGTCA  285
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCACCCACAGTGGAAGGCCATCCACCATGATGGACCCAGTCAGTCA  299

seq1  GAGCTTTTGAAAGAGCTGGTGGCCTGCTGTTTCAATTTTCAGCCTGCACA  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTTTGAAAGAGCTGGTGGCCTGCTGTTTCAATTTTCAGCCTGCACA  349

seq1  ATGGGGTGCAAGCCAACCTCTTTTCTTTACAGATGAGCCAGGAGTTTCAT  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGTGCAAGCCAACCTCTTTTCTTTACAGATGAGCCAGGAGTTTCAT  399

seq1  AGTAGCAACAGAAAACAGAGTGATGCAGCATTTATAGAACTTGTCTGTTT  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCAACAGAAAACAGAGTGATGCAGCATTTATAGAACTTGTCTGTTT  449

seq1  GTATACACTGTTAGAGAGTGGACTGTTAAGAACTCATGCAGACGCTCTCG  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACACTGTTAGAGAGTGGACTGTTAAGAACTCATGCAGACGCTCTCG  499

seq1  GACAAGAGGCCCAAACAGGACTGTCTTCCTCACAGACACCATGGTTAGTC  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGAGGCCCAAACAGGACTGTCTTCCTCACAGACACCATGGTTAGTC  549

seq1  ATGTGTCATCTGCCTCACTTACAGAATCCAGGACCAATTCTATACAAGGC  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTCATCTGCCTCACTTACAGAATCCAGGACCAATTCTATACAAGGC  599

seq1  TAAAGTCGGGGGCTAGAGAGAATGCTCAGTAGTTAAAGGCACATGCTGAT  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTCGGGGGCTAGAGAGAATGCTCAGTAGTTAAAGGCACATGCTGAT  649

seq1  CTTCCAGAGGACCTGAGTTTGATTCCCTGCACCCAGGTTAGTGTTTCATA  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGAGGACCTGAGTTTGATTCCCTGCACCCAGGTTAGTGTTTCATA  699

seq1  ACCACTTGTAACTTTAGCTCCAGAGTACCTAACACACTCTTCTGGCCTTC  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTTGTAACTTTAGCTCCAGAGTACCTAACACACTCTTCTGGCCTTC  749

seq1  ACAGGCCCTTGCACTGATACACCTAATGTACACACACATACTATTCAAAA  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCCCTTGCACTGATACACCTAATGTACACACACATACTATTCAAAA  799

seq1  TCAAGTAAAGTCTTTTAAAAATAGCTAAAATAAAATGTTATTTAAAATGC  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTAAAGTCTTTTAAAAATAGCTAAAATAAAATGTTATTTAAAATGC  849

seq1  TAGTTTAACAACATAAAACAAAACACAACTAAAATTTGTGTACAGACTGG  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTAACAACATAAAACAAAACACAACTAAAATTTGTGTACAGACTGG  899

seq1  TTTGTGTGTCAACTTGACACTGTAAGACCCCCTTTCGGGGACTCCCATTC  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTGTCAACTTGACACTGTAAGACCCCCTTTCGGGGACTCCCATTC  949

seq1  TAGTCTCAGGAGTGAGAGAGCACCCAAAGAAACACGAGGACCCATCTTGC  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTCAGGAGTGAGAGAGCACCCAAAGAAACACGAGGACCCATCTTGC  999

seq1  TGTAATTACATGAGGTCGTTTAATTACGGAGCTCTGAACCGACATGCATT  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATTACATGAGGTCGTTTAATTACGGAGCTCTGAACCGACATGCATT  1049

seq1  TTACACAGGAGATAACGGATGTCAGCCACGAGGCTTGAAAGCTAGGGGTT  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACAGGAGATAACGGATGTCAGCCACGAGGCTTGAAAGCTAGGGGTT  1099

seq1  TTTATGGGGTGAGGAGCTTAGGGGTGTGGAATTC  1119
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGGGTGAGGAGCTTAGGGGTGTGGAATTC  1133

seq1: chr13_69721702_69722890
seq2: B6Ng01-250H03.g_66_1244

seq1  GAATTCAGGACCACCAGCCCAGGGATGGCACCACCCACAATGGGCTGGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGACCACCAGCCCAGGGATGGCACCACCCACAATGGGCTGGGC  50

seq1  CCTCCCTTATTGATCACTAATTAAGAAAATGCCTTACAGGCCTGCCTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTTATTGATCACTAATTAAGAAAATGCCTTACAGGCCTGCCTTTT  100

seq1  CTCAACTGAGGTTCTCTCAGATGATTTTCGCCTATATGGAGTTAGCATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACTGAGGTTCTCTCAGATGATTTTCGCCTATATGGAGTTAGCATAA  150

seq1  GTTTTTAGCACGGCCATATAACTTTTCCAGGCCCCCGTAACATTAGTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTAGCACGGCCATATAACTTTTCCAGGCCCCCGTAACATTAGTTTA  200

seq1  AATTTCCAGGTTTCTTTTTCATTCTGGAAAGACATCCAGCCATGTTGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCCAGGTTTCTTTTTCATTCTGGAAAGACATCCAGCCATGTTGTGA  250

seq1  TATATAATGACGAGATCCCAGGGGCAGTCAGCCAGCCTGGCTGTATGACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAATGACGAGATCCCAGGGGCAGTCAGCCAGCCTGGCTGTATGACC  300

seq1  TGTTAGGTTTTCACGGCTCAGACCATGACCGTTGTTTGGCTCGGAAGATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGGTTTTCACGGCTCAGACCATGACCGTTGTTTGGCTCGGAAGATA  350

seq1  GTGTCCATACAACGCCGGTACACTGTAAGATAATACGACCTATGTACACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCATACAACGCCGGTACACTGTAAGATAATACGACCTATGTACACA  400

seq1  CTGCGGTTCATAAACTCCTAAGCAAGTCTTATGGAAAATGCAAGGCGGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGGTTCATAAACTCCTAAGCAAGTCTTATGGAAAATGCAAGGCGGTC  450

seq1  TAAGCGGTCCATACAGCCGTGGTCTTAGTTTTGAATGAGTGGGCGTGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCGGTCCATACAGCCGTGGTCTTAGTTTTGAATGAGTGGGCGTGGCA  500

seq1  GTTATACGAGAGGCTTGCGCTCCTCCGTAAAAGGGTGCCCAGTGTTTTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATACGAGAGGCTTGCGCTCCTCCGTAAAAGGGTGCCCAGTGTTTTAC  550

seq1  ACTGAACAGAAGTCTACTGAATCCCGCCCAGCTCACTGCGCCTGGAGCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAACAGAAGTCTACTGAATCCCGCCCAGCTCACTGCGCCTGGAGCAC  600

seq1  TTGCCCTCCTTGTAAGGGATATGAATTTGGCCCAATTACGCCCATCATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCTCCTTGTAAGGGATATGAATTTGGCCCAATTACGCCCATCATCT  650

seq1  TTTAGCTCATTCATTGGGAACAAGAATTGACAGGTCTTGAGATGTCATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCTCATTCATTGGGAACAAGAATTGACAGGTCTTGAGATGTCATGT  700

seq1  ATCATGAGTGAATTGCAGTCAGTAGCCTTGATTGTGGAGAAGCAAGTGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGAGTGAATTGCAGTCAGTAGCCTTGATTGTGGAGAAGCAAGTGGA  750

seq1  CTAATGTGTCCATCTTCACCACGGTCTGACCCCAAAATTAT-GGTTAGAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTAATGTGTCCATCTTCACCACGGTCTGACCCCAAAATTATGGGTTAGAT  800

seq1  TTGGGGTCACTGACTGCTTGCAAGCCTGTAACATCTTCTGCTGTCTTTAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGTCACTGACTGCTTGCAAGCCTGTAACATCTTCTGCTGTCTTTAG  850

seq1  ACTCCACTAATGAGAAGGCTGTGTGAACATCAGCAAATCCAAAGTCTCCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCACTAATGAGAAGGCTGTGTGAACATCAGCAAATCCAAAGTCTCCC  900

seq1  ACTATCTCCTGCAAGGGAAACGTCCCATCGGACACTGGGGCCATGCCTCG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCTCCTGCAAGGGAAACGTCCCATCGGACACTGGGGCCATGCCTCG  950

seq1  GGGTTTTCCCATCTGTC-TAACTTGGCCCAGGTTAAGAAGTCAGAGAAGG  998
      ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  GGGTTTTCCCATCTGTCTTAACTTGG-CCAGGTT-AGAAGTCAGAGAAGG  998

seq1  CAGCCAAGTAGTACC-TTGGAGAATTTTTGGAAGTTTTCCCATCTAAAGT  1047
      ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||
seq2  CAGCC-AGTAGTACCTTTGGAGAA-TTTTGGAAGGTTTCCCATCTAAAGT  1046

seq1  GAAACACAGGAACAGAGATAGGGAAATTCTTACGTCAAAGTTGCCTTTTG  1097
      |||||||||  ||||||||||||||||   |||||| ||| |||||||||
seq2  GAAACACAG--ACAGAGATAGGGAAAT--CTACGTC-AAGGTGCCTTTTG  1091

seq1  CTAACTTGAATCCCCTAGCCTACCTGAATGGGGATGTC-TAGTCTGTCAG  1146
      |||   ||||  ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  CTA--CTGAAATCCCTAGCCTACCTGAATTGGGATGTCATAGTCTGTCAG  1139

seq1  CAGGGACGAGCCACTACAGTCTAGTATGCCACCAGGAGACAAC  1189
      |||| |||||||||| |||  |||||||||||  |||||||||
seq2  CAGGTACGAGCCACT-CAGCTTAGTATGCCAC--GGAGACAAC  1179