BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-251L07
Chromosome13 (Build37)
Map Location 26,918,878 - 27,084,919
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040945, LOC100040957
Upstream geneLOC666221, LOC100042180, LOC100042191, Hdgfl1, LOC100040939
Downstream genePrl, Prl3d1, Prl3d2, Prl3d3, Prl3c1, Prl3b1, Prl3a1, Prl6a1, Prl8a2, Prl2b1, Prl8a6, Prl8a8, Prl8a9, Prl8a1, Prl7b1, Prl7a1, Prl7a2, RP23-135A24.2-001, Prl7d1, Prl7c1, Prl2a1, OTTMUSG00000000651, LOC666321, LOC195243, LOC100041036
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-251L07.bB6Ng01-251L07.g
ACCGA058893GA058894
length8641,047
definitionB6Ng01-251L07.b B6Ng01-251L07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,918,878 - 26,919,819)(27,083,881 - 27,084,919)
sequence
gaattctgctactttagggattttcttaaagctttgtaaactgttttgat
aactttgttatacaacttgatactaggtactttctcagaggttagccaac
tgaagacttctacgtacatccatttatggtatgtgtctctattgacatca
cgtgggagcttcttactatgctatgaactaccattgtaattacatgcaag
tcttaaggtcagttctaggttgaggaataagcaagacaataagcacaaat
agtcaaggaacaagcaaggcaataaacaaagtcctgtgattaatcccatg
atcaatgtttctatgggtttattagggtgactaagatatctgagcctact
tccctctcctagcccaaagttagattcttgtctgaagcgcacttctttgt
tctagcctaaaaattagattcctgcctgactttgcttccttgtcctggcc
caatgtcagattcttgtcatgtggccccaaaagctagccacatttcctaa
tatttgtagcactgtttgggagaagtttaggaaagatgaccttgatagaa
gaggcacagcactgaaggtaagatatggtagtttaaacacttgtactgtt
ttgattttgtttcctttgcatgtgtttgtggttcaggatatgaactctta
gcttcctactgtagcaaatactcctcagacatcatggagttttgtccttg
tagaaccatgagtctatacaagcttttttttttttttttttctacctaac
agaaaagtgcctaatagcacattgtgactagggtgcttttgttttgggag
actcatagcctttttctgagtgctgtcatggtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtggtgtgtgtgag
gaattcagatggcctttttttggggggggaggggctctccagcttgtctg
ggctatgtttagatcaccccagaaacgtatgatgttttagagcatcaggt
cccactcttccgactttttcagtctcattagggatcctcagtcagtgctc
tgaaagaaacagacaagcaatagaattggagaaaatgatatgcaatggca
ccagtagaaatattgtgtgatgctcactttgaagtgctacaatcatgttt
tcctgaataaattatacatttgtgctgtcacagggaaagcttctagggga
gtgacgttcagacttacagactccaatttttattctaatccatgcactct
ttaattctttccttttcattttttttttctcaacaaatgtgagatatggc
agggataatgtgcatctactcttaagtttgttttctccctcttaggatcc
atgggaagtcacgcttctgagcattctgaattagctagaggtttatgatg
cagaaatgtgaaatgtactgcagtgtgcatatagctcctaaatgtctgtg
catcagaatcctaagcctcaatttccattaatatttcagtgctgaagata
gacccctcatacatgctaaacagatgctctaccactgaactacagctcaa
atttagatgttaataacaggtgagctaggacacttaaggaaggaattctg
aatatgtgaggtcatgagggtgaggcctacgctatgggatagatggattt
tatgtgaagtacacagaaactcaaggtagtgcacctcaccatcacacacc
atgtgtgatacagctggaagatgcttgccatatgcccagaggatgccata
atattttggatatcacaacttctagaactataagcagaataactaaccat
aaatgttatcatgccatgagcatcttgttacagcaatgtaaagcaatgcc
accttagtaaaaaaattacattccagtttccaagcatttaattacgtaaa
taatctcttaaggggtctgtcaggtttcttcttttgtttagaggaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_26918878_26919819
seq2: B6Ng01-251L07.b_49_912

seq1  GAATTCTGCTACTTTAGGGATTTTCTTAAAGCTTTGTAAACTGTTTTGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCTACTTTAGGGATTTTCTTAAAGCTTTGTAAACTGTTTTGAT  50

seq1  AACTTTGTTATACAACTTGATACTAGGTACTTTCTCAGAGGTTAGCCAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTGTTATACAACTTGATACTAGGTACTTTCTCAGAGGTTAGCCAAC  100

seq1  TGAAGACTTCTACGTACATCCATTTATGGTATGTGTCTCTATTGACATCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGACTTCTACGTACATCCATTTATGGTATGTGTCTCTATTGACATCA  150

seq1  CGTGGGAGCTTCTTACTATGCTATGAACTACCATTGTAATTACATGCAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGGAGCTTCTTACTATGCTATGAACTACCATTGTAATTACATGCAAG  200

seq1  TCTTAAGGTCAGTTCTAGGTTGAGGAATAAGCAAGACAATAAGCACAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAGGTCAGTTCTAGGTTGAGGAATAAGCAAGACAATAAGCACAAAT  250

seq1  AGTCAAGGAACAAGCAAGGCAATAAACAAAGTCCTGTGATTAATCCCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAGGAACAAGCAAGGCAATAAACAAAGTCCTGTGATTAATCCCATG  300

seq1  ATCAATGTTTCTATGGGTTTATTAGGGTGACTAAGATATCTGAGCCTACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATGTTTCTATGGGTTTATTAGGGTGACTAAGATATCTGAGCCTACT  350

seq1  TCCCTCTCCTAGCCCAAAGTTAGATTCTTGTCTGAAGCGCACTTCTTTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTCCTAGCCCAAAGTTAGATTCTTGTCTGAAGCGCACTTCTTTGT  400

seq1  TCTAGCCTAAAAATTAGATTCCTGCCTGACTTTGCTTCCTTGTCCTGGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCCTAAAAATTAGATTCCTGCCTGACTTTGCTTCCTTGTCCTGGCC  450

seq1  CAATGTCAGATTCTTGTCATGTGGCCCCAAAAGCTAGCCACATTTCCTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTCAGATTCTTGTCATGTGGCCCCAAAAGCTAGCCACATTTCCTAA  500

seq1  TATTTGTAGCACTGTTTGGGAGAAGTTTAGGAAAGATGACCTTGATAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTAGCACTGTTTGGGAGAAGTTTAGGAAAGATGACCTTGATAGAA  550

seq1  GAGGCACAGCACTGAAGGTAAGATATGGTAGTTTAAACACTTGTACTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCACAGCACTGAAGGTAAGATATGGTAGTTTAAACACTTGTACTGTT  600

seq1  TTGATTTTGTTTCCTTTGCATGTGTTTGTGGTTCAGGATATGAACTCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTTTGTTTCCTTTGCATGTGTTTGTGGTTCAGGATATGAACTCTTA  650

seq1  GCTTCCTACTGTAGCAAATACTCCTCAGACATCATGGAGTTTTGTCCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTACTGTAGCAAATACTCCTCAGACATCATGGAGTTTTGTCCTTG  700

seq1  TAGAACCATGAGTCTATACAAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTACCTAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACCATGAGTCTATACAAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTACCTAAC  750

seq1  AGAAAAGTGCCTAATAGCACATTGTGACTAGGGTGCTTTTGTTTTGGGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGTGCCTAATAGCACATTGTGACTAGGGTGCTTTTGTTTTGGGAG  800

seq1  ACTCATAGCCTTTTTCTGAGTGCTGTCATGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATAGCCTTTTTCTGAGTGCTGTCATGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  850

seq1  GT-GTGTGTGTGTACCTGTGTGTACCTGTGTGTGTTTTAGATTTTATGTT  899
      || |||||||||                                      
seq2  GTGGTGTGTGTGAG------------------------------------  864

seq1  TATAGAATGACCAAAGTCAACTGTCATGGTGTGTGTGTGTGAG  942
                                                 
seq2  -------------------------------------------  864

seq1: chr13_27083881_27084919
seq2: B6Ng01-251L07.g_67_1113 (reverse)

seq1  TCTCCTCT-AACAGAAGAAGAAA-CTGACAGA-CCCTTAAGAGA-TATTT  46
      |||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||
seq2  TCTCCTCTAAACAAAAGAAGAAACCTGACAGACCCCTTAAGAGATTATTT  50

seq1  CCCCTAATAAATGCTTGG-AACTGGAATGTA--TTTTTTACT-AGGT-GC  91
       |   | ||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| |||| ||
seq2  ACGTAATTAAATGCTTGGAAACTGGAATGTAATTTTTTTACTAAGGTGGC  100

seq1  ATTGCTTTACATTGCTGTAACAAGATGCTCATGGCATGATAACATTTATG  141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTTTACATTGCTGTAACAAGATGCTCATGGCATGATAACATTTATG  150

seq1  GTTAGTTTATTCTGCTTATAGTTCTAGAAGTTGTGATATCCAAAAATATT  191
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTTAG-TTATTCTGCTTATAGTTCTAGAAGTTGTGATATCC-AAAATATT  198

seq1  ATGGCATCCTCTGGGCATATGGCAAGCATCTTCCAGCTGTATCACACATG  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCATCCTCTGGGCATATGGCAAGCATCTTCCAGCTGTATCACACATG  248

seq1  GTGTGTGATGGTGAGGTGCACTACCTTGAGTTTCTGTGTACTTCACAT-A  290
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTGTGTGATGGTGAGGTGCACTACCTTGAGTTTCTGTGTACTTCACATAA  298

seq1  AATCCATCTATCCCATAGCGTAGGCCTCACCCTCATGACCTCACATATTC  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCATCTATCCCATAGCGTAGGCCTCACCCTCATGACCTCACATATTC  348

seq1  AGAATTCCTTCCTTAAGTGTCCTAGCTCACCTGTTATTAACATCTAAATT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTCCTTCCTTAAGTGTCCTAGCTCACCTGTTATTAACATCTAAATT  398

seq1  TGAGCTGTAGTTCAGTGGTAGAGCATCTGTTTAGCATGTATGAGGGGTCT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGTAGTTCAGTGGTAGAGCATCTGTTTAGCATGTATGAGGGGTCT  448

seq1  ATCTTCAGCACTGAAATATTAATGGAAATTGAGGCTTAGGATTCTGATGC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCAGCACTGAAATATTAATGGAAATTGAGGCTTAGGATTCTGATGC  498

seq1  ACAGACATTTAGGAGCTATATGCACACTGCAGTACATTTCACATTTCTGC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACATTTAGGAGCTATATGCACACTGCAGTACATTTCACATTTCTGC  548

seq1  ATCATAAACCTCTAGCTAATTCAGAATGCTCAGAAGCGTGACTTCCCATG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAAACCTCTAGCTAATTCAGAATGCTCAGAAGCGTGACTTCCCATG  598

seq1  GATCCTAAGAGGGAGAAAACAAACTTAAGAGTAGATGCACATTATCCCTG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTAAGAGGGAGAAAACAAACTTAAGAGTAGATGCACATTATCCCTG  648

seq1  CCATATCTCACATTTGTTGAGAAAAAAAAAATGAAAAGGAAAGAATTAAA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATCTCACATTTGTTGAGAAAAAAAAAATGAAAAGGAAAGAATTAAA  698

seq1  GAGTGCATGGATTAGAATAAAAATTGGAGTCTGTAAGTCTGAACGTCACT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCATGGATTAGAATAAAAATTGGAGTCTGTAAGTCTGAACGTCACT  748

seq1  CCCCTAGAAGCTTTCCCTGTGACAGCACAAATGTATAATTTATTCAGGAA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTAGAAGCTTTCCCTGTGACAGCACAAATGTATAATTTATTCAGGAA  798

seq1  AACATGATTGTAGCACTTCAAAGTGAGCATCACACAATATTTCTACTGGT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGATTGTAGCACTTCAAAGTGAGCATCACACAATATTTCTACTGGT  848

seq1  GCCATTGCATATCATTTTCTCCAATTCTATTGCTTGTCTGTTTCTTTCAG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTGCATATCATTTTCTCCAATTCTATTGCTTGTCTGTTTCTTTCAG  898

seq1  AGCACTGACTGAGGATCCCTAATGAGACTGAAAAAGTCGGAAGAGTGGGA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTGACTGAGGATCCCTAATGAGACTGAAAAAGTCGGAAGAGTGGGA  948

seq1  CCTGATGCTCTAAAACATCATACGTTTCTGGGGTGATCTAAACATAGCCC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATGCTCTAAAACATCATACGTTTCTGGGGTGATCTAAACATAGCCC  998

seq1  AGACAAGCTGGAGAGCCCCTCCCCCCCCAAAAAAAGGCCATCTGAATTC  1039
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGCTGGAGAGCCCCTCCCCCCCCAAAAAAAGGCCATCTGAATTC  1047