BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252D16
Chromosome13 (Build37)
Map Location 60,339,663 - 60,433,281
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAgtpbp1, Mak10, Golph2, 4921517D22Rik, 1700013B16Rik, EG238662, 4932411G14Rik, Isca1, Zcchc6, LOC100041267, Gas1, EG328264
Downstream geneDapk1, LOC218274, BC051665, 2310051M13Rik, 4930486L24Rik, Tpbpb, Ctla2a, Tpbpa, Ctsj, Ctsq, Ctsr, Cts6, Cts8, Cts8-ps, LOC435362
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252D16.bB6Ng01-252D16.g
ACCGA059283GA059284
length7601,133
definitionB6Ng01-252D16.b B6Ng01-252D16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,432,522 - 60,433,281)(60,339,663 - 60,340,786)
sequence
gaattctggaaaactgtagaaaagtgccagaaaaggaaaaacgttccaat
ggtcacatgtgtatggacgtctcctggaaaaagattgtttttaaaggtgt
atttaaaagatctaaattgactgcttggaggagctgaggattcgttcatg
tctgtgttgggctgttcctaggggccactgacttcaggcttagtgagagt
cccaagtccaaataagaagtctaccagctggccatataccacacacctca
cccatcagacccagagcctcccttcctacctcttgctcaaatgtaggttc
tcagttcccttcaagtccatgcagaatcgggtgagttagtcatctgggga
agtcattggtggcctttccccatcccctggtctttaggagagtttcaaag
tcctgctgaccagaatttggatgacggtctcctgtgtgacattctgcatt
ttatcctgagcgacaaactactaactgaggaggaggcactctactgtgac
actgtgtgatacttctatgctcttcaaatctcaatactctgccatctgtg
atatccttgactccagggtcagggctaagcaagattgtctgactgtctgt
tagaaaagcacacagttaaattcgggagcatgcttcacactgagtggaca
ttatgaccattgcaagccatgtctcatcaatactgctatgaagaggttaa
tagtccccctccctggctttgtgtgtagggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtg
gaattcaaacatattgatatgggtacaatgccagaagaatacttcaaaaa
cgaaccggaaaaagtgtccatggacctggaagaagatatgagaagcagat
gagttctgtccaggacccggggaggagaattagcaacctagacagaaagg
caagcaacacgtgtgagcctctgaaccacattcatgagccacaggtcgtc
agcatgggagaaaggaaagtggggttctgagaaaagacaaacacacagaa
ctgctagagatgttagaaaacaaacaacctgcgatgaatcagataaaaaa
aggaagaaaacagcatctgtgggctctcccaagaccggagaaccaagttg
acagcatacccattcacacagcaataaataaggacaaaacacatgcggcc
atagtgtccaaggactccgggctgagaccaagagaccaaatttaagaacc
tatgggatagttggagctgagataaacactgaaaacacatagactctggt
caatggaattaagaagtgtcccccctccccccagtgtacaaggggaaagt
catgcaaacacaagacacacagagacaccaaaataaaaattgtaggaaaa
aaattccccatgatatttgtcaagatatcaaaaacagagaggaaataaaa
atatttaaattcatttgagaaaaaaatgtcagctcactcacaatgacaga
aatatcagaataccagtcttaaattcacaaggaagcacacaaggtcacga
aagtgaagacaagccttagtagaaggaccagtgtgggggatgctgcaata
cttgatctctaactacagtgtagagcaatagtaatgcaaccagcatggta
ctggcagaaagtcaagtaaaacaataaagagagacacagaaattacctca
caactatagtcacctactttttaagaatgttgctaaaaacatgttgaaaa
gaagaactgacttcttcaatcttcagagttaactacacacagaatgttgc
taaggaaactgggctttcacatgtagaagaaatgaggcttgaatcactct
taaacaaaaatcaaatcaaacgaattaaaacaccttaatgtagaacttga
aacatttaaaactcgagggaaaagaacgattaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_60432522_60433281
seq2: B6Ng01-252D16.b_46_805 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACCCTACACACAAAGCCAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACCCTACACACAAAGCCAGGG  50

seq1  AGGGGGACTATTAACCTCTTCATAGCAGTATTGATGAGACATGGCTTGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGACTATTAACCTCTTCATAGCAGTATTGATGAGACATGGCTTGCA  100

seq1  ATGGTCATAATGTCCACTCAGTGTGAAGCATGCTCCCGAATTTAACTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCATAATGTCCACTCAGTGTGAAGCATGCTCCCGAATTTAACTGTG  150

seq1  TGCTTTTCTAACAGACAGTCAGACAATCTTGCTTAGCCCTGACCCTGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTCTAACAGACAGTCAGACAATCTTGCTTAGCCCTGACCCTGGAG  200

seq1  TCAAGGATATCACAGATGGCAGAGTATTGAGATTTGAAGAGCATAGAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGATATCACAGATGGCAGAGTATTGAGATTTGAAGAGCATAGAAGT  250

seq1  ATCACACAGTGTCACAGTAGAGTGCCTCCTCCTCAGTTAGTAGTTTGTCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACACAGTGTCACAGTAGAGTGCCTCCTCCTCAGTTAGTAGTTTGTCG  300

seq1  CTCAGGATAAAATGCAGAATGTCACACAGGAGACCGTCATCCAAATTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGATAAAATGCAGAATGTCACACAGGAGACCGTCATCCAAATTCTG  350

seq1  GTCAGCAGGACTTTGAAACTCTCCTAAAGACCAGGGGATGGGGAAAGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCAGGACTTTGAAACTCTCCTAAAGACCAGGGGATGGGGAAAGGCC  400

seq1  ACCAATGACTTCCCCAGATGACTAACTCACCCGATTCTGCATGGACTTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATGACTTCCCCAGATGACTAACTCACCCGATTCTGCATGGACTTGA  450

seq1  AGGGAACTGAGAACCTACATTTGAGCAAGAGGTAGGAAGGGAGGCTCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAACTGAGAACCTACATTTGAGCAAGAGGTAGGAAGGGAGGCTCTGG  500

seq1  GTCTGATGGGTGAGGTGTGTGGTATATGGCCAGCTGGTAGACTTCTTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGATGGGTGAGGTGTGTGGTATATGGCCAGCTGGTAGACTTCTTATT  550

seq1  TGGACTTGGGACTCTCACTAAGCCTGAAGTCAGTGGCCCCTAGGAACAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTTGGGACTCTCACTAAGCCTGAAGTCAGTGGCCCCTAGGAACAGC  600

seq1  CCAACACAGACATGAACGAATCCTCAGCTCCTCCAAGCAGTCAATTTAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACACAGACATGAACGAATCCTCAGCTCCTCCAAGCAGTCAATTTAGA  650

seq1  TCTTTTAAATACACCTTTAAAAACAATCTTTTTCCAGGAGACGTCCATAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTAAATACACCTTTAAAAACAATCTTTTTCCAGGAGACGTCCATAC  700

seq1  ACATGTGACCATTGGAACGTTTTTCCTTTTCTGGCACTTTTCTACAGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTGACCATTGGAACGTTTTTCCTTTTCTGGCACTTTTCTACAGTTT  750

seq1  TCCAGAATTC  760
      ||||||||||
seq2  TCCAGAATTC  760

seq1: chr13_60339663_60340786
seq2: B6Ng01-252D16.g_68_1200

seq1  GAATTCAAACATATTGATATGGGTACAATGCCAGAAGAATACTTCAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACATATTGATATGGGTACAATGCCAGAAGAATACTTCAAAAA  50

seq1  CGAACCGGAAAAAGTGTCCATGGACCTGGAAGAAGATATGAGAAGCAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAACCGGAAAAAGTGTCCATGGACCTGGAAGAAGATATGAGAAGCAGAT  100

seq1  GAGTTCTGTCCAGGACCCGGGGAGGAGAATTAGCAACCTAGACAGAAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCTGTCCAGGACCCGGGGAGGAGAATTAGCAACCTAGACAGAAAGG  150

seq1  CAAGCAACACGTGTGAGCCTCTGAACCACATTCATGAGCCACAGGTCGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAACACGTGTGAGCCTCTGAACCACATTCATGAGCCACAGGTCGTC  200

seq1  AGCATGGGAGAAAGGAAAGTGGGGTTCTGAGAAAAGACAAACACACAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGGGAGAAAGGAAAGTGGGGTTCTGAGAAAAGACAAACACACAGAA  250

seq1  CTGCTAGAGATGTTAGAAAACAAACAACCTGCGATGAATCAGATAAAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAGAGATGTTAGAAAACAAACAACCTGCGATGAATCAGATAAAAAA  300

seq1  AGGAAGAAAACAGCATCTGTGGGCTCTCCCAAGACCGGAGAACCAAGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAAAACAGCATCTGTGGGCTCTCCCAAGACCGGAGAACCAAGTTG  350

seq1  ACAGCATACCCATTCACACAGCAATAAATAAGGACAAAACACATGCGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCATACCCATTCACACAGCAATAAATAAGGACAAAACACATGCGGCC  400

seq1  ATAGTGTCCAAGGACTCCGGGCTGAGACCAAGAGACCAAATTTAAGAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGTCCAAGGACTCCGGGCTGAGACCAAGAGACCAAATTTAAGAACC  450

seq1  TATGGGATAGTTGGAGCTGAGATAAACACTGAAAACACATAGACTCTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGATAGTTGGAGCTGAGATAAACACTGAAAACACATAGACTCTGGT  500

seq1  CAATGGAATTAAGAAGTGTCCCCCCTCCCCCCAGTGTACAAGGGGAAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGAATTAAGAAGTGTCCCCCCTCCCCCCAGTGTACAAGGGGAAAGT  550

seq1  CATGCAAACACAAGACACACAGAGACACCAAAATAAAAATTGTAGGAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAAACACAAGACACACAGAGACACCAAAATAAAAATTGTAGGAAAA  600

seq1  AAATTCCCCATGATATTTGTCAAGATATCAAAAACAGAGAGGAAATAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCCCCATGATATTTGTCAAGATATCAAAAACAGAGAGGAAATAAAA  650

seq1  ATATTTAAATTCATTTGAGAAAAAAATGTCAGCTCACTCACAATGACAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTAAATTCATTTGAGAAAAAAATGTCAGCTCACTCACAATGACAGA  700

seq1  AATATCAGAATACCAGTCTTAAATTCACAAGGAAGCACACAAGGTCACGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCAGAATACCAGTCTTAAATTCACAAGGAAGCACACAAGGTCACGA  750

seq1  AAGTGAAGACAAGCCTTAGTAGAAGGACCAGTGTGGGGGATGCTGCAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAAGACAAGCCTTAGTAGAAGGACCAGTGTGGGGGATGCTGCAATA  800

seq1  CTTGATCTCTAACTACAGTGTAGAGCAATAGTAATGCAACCAGCATGGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATCTCTAACTACAGTGTAGAGCAATAGTAATGCAACCAGCATGGTA  850

seq1  CTGGCAGAAAGTCAAGTAAAACAATAAAGAGAGACACAGAAATTACCTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAGAAAGTCAAGTAAAACAATAAAGAGAGACACAGAAATTACCTCA  900

seq1  CAACTATAGTCACCTACTTTTTAAGAATGTTGCTAAAAACATGTTTGAGA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |
seq2  CAACTATAGTCACCTACTTTTTAAGAATGTTGCTAAAAACATGTTGAAAA  950

seq1  GAAG-ACTGAC-TCTTCAATC-TCAGAGTTAACTACACCACAG-ATG-TG  995
      |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||
seq2  GAAGAACTGACTTCTTCAATCTTCAGAGTTAACTACA-CACAGAATGTTG  999

seq1  CTAGGGAAACT-GGCTTTCACATGTAGAAG-AATGAGGCTTGATCCACTC  1043
      ||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||
seq2  CTAAGGAAACTGGGCTTTCACATGTAGAAGAAATGAGGCTTGAATCACTC  1049

seq1  CTAAACAAAAATCAATTCAAAACGAATT-AAACACCTTAATGTAGAACCT  1092
       |||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  TTAAACAAAAATCAAATC-AAACGAATTAAAACACCTTAATGTAGAACTT  1098

seq1  G-AACATTTAAAACTCCGAGG--AGAG-ACGATTAA  1124
      | ||||||||||||| |||||  | || ||||||||
seq2  GAAACATTTAAAACT-CGAGGGAAAAGAACGATTAA  1133