BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252D17
Chromosome13 (Build37)
Map Location 72,269,504 - 72,376,649
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC627230, LOC100042360, Irx1
Downstream geneLOC100042828, LOC100042832, LOC100042836, Irx2, LOC621486
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252D17.bB6Ng01-252D17.g
ACCGA059285GA059286
length1,1881,184
definitionB6Ng01-252D17.b B6Ng01-252D17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,269,504 - 72,270,697)(72,375,445 - 72,376,649)
sequence
gaattcaggtctccctaagtgcgggtgctggggactaaactctagagcag
cacctactccaatgccccacaaccacttcctttaaatgtatgcataattt
gtttctctcatggagaacacagtatcaatccccatgtatgtattgagaga
tcctggaggagagctcagatcatgagcatatgcctttgagcaggctcttc
ccgttattcatatgataaaaaaacaaatagtgagtgtactggctggtttt
gtgtgccaacttaacacagctggagttatcacaaagaaaggtgcctccct
tgaggaaatgtctccatgagattcagtgtaaggcattttctcaagaggga
agggtctatccactgtgggtgctatcactgggctggtggtcttgggttct
acaagaaagcagactgagcaagccagagaaagcaagccagtaagcagcat
ccctatatgtcctctgcatcagctcctgcctccaagttcctgccctgtgt
gagttcctgtcttgacttcctttgatgatgaacatcaatatggaagtata
agctgaataagccctttcctctctaacttactccttggttgtgatgtttt
gtgcaggaatacaaaccctgactaagacagtgagcttacagtctatctta
attagaatacataactgaatgcacacatatcttttcaagtgtgtgtgtgt
gcacacgtgtgtgcgcgcacatgagctttttggagtacagatagcatccc
atctaagaaaactgctcacaataccaccggtgaattccaatgcctcatct
ttcccacatcatcacagtagagtcctgaatctgatgacatgacaggttta
aggccctctgctgatggctgagctttggaaactccaggagagcctatagc
aagtctgtggtagccatcttgagccttccctgaacccacagattccatgt
gccagggcaataaagaaacaggggcagcttgcttcaacaagcaagccttc
atcaccctcagccccagaaatcccatgactaactgcacacattgggctct
agttgggagcagaacactccatgcctttgttactggctccattgtgcaga
agtcttcttgcctggaagttagaccagctaaaaatcctgaaaagcaagca
gcctgaacgctagtagagatgttacatgtcacagatga

gaattctatagtttgaattctctgtggtttcctaagcccatgagtcacag
gcttggttcttagcttggcaatgatagaaagaaacggaacctgtaagaga
tgggaccgtgcaggaaggtgtaggtccttggttgttatcaggggagtctg
tactaccacatgttcctgccaggatagactgccttgccctgggcccaaaa
ggatcaaggctaactggccatagatagaaacttcgaagactaggtgcccc
acagagctctgttctttataagttgactgtctcaggtattttgttatagg
aagggtatgctgactgacatctttctctcacagaagtcctgatatgttta
catgacagagcctttggtccttattacctctgcctctctcctagttggta
cttttgttccacgtgttctgagctggagtttcctctttttttcacttctc
taaggtctagaaggatgtccggaggacatgttcattctccctgcattcat
atctaattagacattgtcatggacaccctgtgcctgcagtaagagtctca
ggaccagctttgcatttatgggttatactgggcccagggattccagccag
tacttagaaccattgccaagccctgtgttaacttaggacattagtactgg
gtgtaagataaaggtgctgtggggcaatgaggtcacgtgatacaacactt
agtgaaacccacagaatcttggggtacttcttcctcaggggcactggacc
tgtacaatcccttgtcaaatatctccttgttcttaactatttattagctt
tctgtttcctctccccaccgtcttctgacactctaccctttcatcaggct
ccctccgtagtactgtaactgaccattcctatacccacacagtcaaggtg
cagcaatagccttctaagtattcctcctggagatggggaagataagtgat
tgagagtctaaaatttctatccttaatgcagcagccagcactgggtatga
ctgtgtagcacctatgcctcagtacatggggaaagaaagataagaggata
gctgggcctcagcaacaccagccctagctcagtcaaagagaatgctgtct
caaaattaaaatttagtctgtcttgcctaatttccttggtctcatgaaac
acactttacgataccacgcctatataccacattc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_72269504_72270697
seq2: B6Ng01-252D17.b_47_1234

seq1  GAATTCAGGTCTCCCTAAGTGCGGGTGCTGGGGACTAAACTCTAGAGCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTCTCCCTAAGTGCGGGTGCTGGGGACTAAACTCTAGAGCAG  50

seq1  CACCTACTCCAATGCCCCACAACCACTTCCTTTAAATGTATGCATAATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTACTCCAATGCCCCACAACCACTTCCTTTAAATGTATGCATAATTT  100

seq1  GTTTCTCTCATGGAGAACACAGTATCAATCCCCATGTATGTATTGAGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTCTCATGGAGAACACAGTATCAATCCCCATGTATGTATTGAGAGA  150

seq1  TCCTGGAGGAGAGCTCAGATCATGAGCATATGCCTTTGAGCAGGCTCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGAGGAGAGCTCAGATCATGAGCATATGCCTTTGAGCAGGCTCTTC  200

seq1  CCGTTATTCATATGATAAAAAAACAAATAGTGAGTGTACTGGCTGGTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTATTCATATGATAAAAAAACAAATAGTGAGTGTACTGGCTGGTTTT  250

seq1  GTGTGCCAACTTAACACAGCTGGAGTTATCACAAAGAAAGGTGCCTCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCCAACTTAACACAGCTGGAGTTATCACAAAGAAAGGTGCCTCCCT  300

seq1  TGAGGAAATGTCTCCATGAGATTCAGTGTAAGGCATTTTCTCAAGAGGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAAATGTCTCCATGAGATTCAGTGTAAGGCATTTTCTCAAGAGGGA  350

seq1  AGGGTCTATCCACTGTGGGTGCTATCACTGGGCTGGTGGTCTTGGGTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCTATCCACTGTGGGTGCTATCACTGGGCTGGTGGTCTTGGGTTCT  400

seq1  ACAAGAAAGCAGACTGAGCAAGCCAGAGAAAGCAAGCCAGTAAGCAGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAAAGCAGACTGAGCAAGCCAGAGAAAGCAAGCCAGTAAGCAGCAT  450

seq1  CCCTATATGTCCTCTGCATCAGCTCCTGCCTCCAAGTTCCTGCCCTGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATATGTCCTCTGCATCAGCTCCTGCCTCCAAGTTCCTGCCCTGTGT  500

seq1  GAGTTCCTGTCTTGACTTCCTTTGATGATGAACATCAATATGGAAGTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCCTGTCTTGACTTCCTTTGATGATGAACATCAATATGGAAGTATA  550

seq1  AGCTGAATAAGCCCTTTCCTCTCTAACTTACTCCTTGGTTGTGATGTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAATAAGCCCTTTCCTCTCTAACTTACTCCTTGGTTGTGATGTTTT  600

seq1  GTGCAGGAATACAAACCCTGACTAAGACAGTGAGCTTACAGTCTATCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGGAATACAAACCCTGACTAAGACAGTGAGCTTACAGTCTATCTTA  650

seq1  ATTAGAATACATAACTGAATGCACACATATCTTTTCAAGTGTGTGTGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAATACATAACTGAATGCACACATATCTTTTCAAGTGTGTGTGTGT  700

seq1  GCACACGTGTGTGCGCGCACATGAGCTTTTTGGAGTACAGATAGCATCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACGTGTGTGCGCGCACATGAGCTTTTTGGAGTACAGATAGCATCCC  750

seq1  ATCTAAGAAAACTGCTCACAATACCACCGGTGAATTCCAATGCCTCATCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAGAAAACTGCTCACAATACCACCGGTGAATTCCAATGCCTCATCT  800

seq1  TTCCCACATCATCACAGTAGAGTCCTGAATCTGATGACATGACAGGTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACATCATCACAGTAGAGTCCTGAATCTGATGACATGACAGGTTTA  850

seq1  AGGCCCTCTGCTGATGGCTGAGC-TTGGAAACTCCAGGAGAGCCTATAGC  899
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCTCTGCTGATGGCTGAGCTTTGGAAACTCCAGGAGAGCCTATAGC  900

seq1  AAGTCTGTGGTAGCCATCTTGAGCCTTCCCTGAACCCACAGATTCCATGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGTGGTAGCCATCTTGAGCCTTCCCTGAACCCACAGATTCCATGT  950

seq1  GCCAGGGCAATAAGGAAACAGGGGCAGCTTGCTTCAACAAGCAAGCCTTC  999
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGGCAATAAAGAAACAGGGGCAGCTTGCTTCAACAAGCAAGCCTTC  1000

seq1  ATCACCCTCAGCCCCAGAAAATCCCATGACTAACTTGCACACATT-GGCT  1048
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  ATCACCCTCAGCCCCAG-AAATCCCATGACTAAC-TGCACACATTGGGCT  1048

seq1  CTAAGGTTGGGAGGCAG-ACACTCCATG-CTTTGGTACTGGCTCCATGGT  1096
      |||  ||||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||
seq2  CTA--GTTGGGA-GCAGAACACTCCATGCCTTTGTTACTGGCTCCATTGT  1095

seq1  GGCAGAGGTCCTTCTTGGCTGAAGTTTAGGAACAAGGGTAAAAAT-CTG-  1144
       ||||| || ||||||| ||| |  ||||  || | | ||||||| ||| 
seq2  -GCAGAAGT-CTTCTTGCCTGGAAGTTAG--ACCA-GCTAAAAATCCTGA  1140

seq1  AGAGCAAGGAGGCCTGAAGGGGAGGAAGAGGAGGGACATGTCACAGATGA  1194
      | |||||| | ||||||| |  | | ||||  |  |||||||||||||||
seq2  AAAGCAAGCA-GCCTGAACGCTA-GTAGAGATGTTACATGTCACAGATGA  1188


seq1: chr13_72375445_72376649
seq2: B6Ng01-252D17.g_69_1252 (reverse)

seq1  GAATGTGGTATATAGCTGT-GTATGGTATAAGTGTGTGTTTTCATGGAGG  49
      |||||||||||||||  || |||| ||| |||||||   |||||| ||| 
seq2  GAATGTGGTATATAGGCGTGGTATCGTA-AAGTGTG---TTTCAT-GAGA  45

seq1  CCAAAGGAGAATATAGGGCAGACCAGAACTTATATTTTTATTTTTTGAGA  99
      || ||||| ||| ||||  ||| ||||   || ||||| |  ||||||||
seq2  CC-AAGGA-AAT-TAGGCAAGA-CAGA--CTAAATTTTAA--TTTTGAGA  87

seq1  CAGCATCTCTTTTTGAACCTGGAGCTA-GGCTGGTGTTCCCTGA-GCCCA  147
      |||||| ||| |||||  || |||||| ||||||||||  |||| |||||
seq2  CAGCAT-TCTCTTTGA--CT-GAGCTAGGGCTGGTGTT-GCTGAGGCCCA  132

seq1  GCTAATCCTCTTATCTTTCTTTCCCCATGGTACTGGGGCATAGGTGCCTA  197
      ||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||
seq2  GCT-ATCCTCTTATCTTTCTTTCCCCAT-GTACTGAGGCATAGGTG-CTA  179

seq1  CACAGTCATACCCAGTGCTGGCTGCTTGCCATTAAGGGATAGAAATTTTA  247
      ||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||| 
seq2  CACAGTCATACCCAGTGCTGGCTGCT--GCATTAA-GGATAGAAATTTT-  225

seq1  AGACTCTCAATCACTTATCTTCCCCATCTCCAGGAGGAATACTTAGAAGG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCTCAATCACTTATCTTCCCCATCTCCAGGAGGAATACTTAGAAGG  275

seq1  CTA-TGCTGCACCTTGACTGTGTGGGTATAGGAATGGTCAGTTACAGTAC  346
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGCTGCACCTTGACTGTGTGGGTATAGGAATGGTCAGTTACAGTAC  325

seq1  TACGGAGGGAGCCTGATGAAAGGGTAGAGTGTCAGAAGACGGTGGGGAGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGGAGGGAGCCTGATGAAAGGGTAGAGTGTCAGAAGACGGTGGGGAGA  375

seq1  GGAAACAGAAAGCTAATAAATAGTTAAGAACAAGGAGATATTTGACAAGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACAGAAAGCTAATAAATAGTTAAGAACAAGGAGATATTTGACAAGG  425

seq1  GATTGTACAGGTCCAGTGCCCCTGAGGAAGAAGTACCCCAAGATTCTGTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTACAGGTCCAGTGCCCCTGAGGAAGAAGTACCCCAAGATTCTGTG  475

seq1  GGTTTCACTAAGTGTTGTATCACGTGACCTCATTGCCCCACAGCACCTTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCACTAAGTGTTGTATCACGTGACCTCATTGCCCCACAGCACCTTT  525

seq1  ATCTTACACCCAGTACTAATGTCCTAAGTTAACACAGGGCTTGGCAATGG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTACACCCAGTACTAATGTCCTAAGTTAACACAGGGCTTGGCAATGG  575

seq1  TTCTAAGTACTGGCTGGAATCCCTGGGCCCAGTATAACCCATAAATGCAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAGTACTGGCTGGAATCCCTGGGCCCAGTATAACCCATAAATGCAA  625

seq1  AGCTGGTCCTGAGACTCTTACTGCAGGCACAGGGTGTCCATGACAATGTC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGTCCTGAGACTCTTACTGCAGGCACAGGGTGTCCATGACAATGTC  675

seq1  TAATTAGATATGAATGCAGGGAGAATGAACATGTCCTCCGGACATCCTTC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAGATATGAATGCAGGGAGAATGAACATGTCCTCCGGACATCCTTC  725

seq1  TAGACCTTAGAGAAGTGAAAAAAAGAGGAAACTCCAGCTCAGAACACGTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCTTAGAGAAGTGAAAAAAAGAGGAAACTCCAGCTCAGAACACGTG  775

seq1  GAACAAAAGTACCAACTAGGAGAGAGGCAGAGGTAATAAGGACCAAAGGC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAAAGTACCAACTAGGAGAGAGGCAGAGGTAATAAGGACCAAAGGC  825

seq1  TCTGTCATGTAAACATATCAGGACTTCTGTGAGAGAAAGATGTCAGTCAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCATGTAAACATATCAGGACTTCTGTGAGAGAAAGATGTCAGTCAG  875

seq1  CATACCCTTCCTATAACAAAATACCTGAGACAGTCAACTTATAAAGAACA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCCTTCCTATAACAAAATACCTGAGACAGTCAACTTATAAAGAACA  925

seq1  GAGCTCTGTGGGGCACCTAGTCTTCGAAGTTTCTATCTATGGCCAGTTAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCTGTGGGGCACCTAGTCTTCGAAGTTTCTATCTATGGCCAGTTAG  975

seq1  CCTTGATCCTTTTGGGCCCAGGGCAAGGCAGTCTATCCTGGCAGGAACAT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGATCCTTTTGGGCCCAGGGCAAGGCAGTCTATCCTGGCAGGAACAT  1025

seq1  GTGGTAGTACAGACTCCCCTGATAACAACCAAGGACCTACACCTTCCTGC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTAGTACAGACTCCCCTGATAACAACCAAGGACCTACACCTTCCTGC  1075

seq1  ACGGTCCCATCTCTTACAGGTTCCGTTTCTTTCTATCATTGCCAAGCTAA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTCCCATCTCTTACAGGTTCCGTTTCTTTCTATCATTGCCAAGCTAA  1125

seq1  GAACCAAGCCTGTGACTCATGGGCTTAGGAAACCACAGAGAATTCAAACT  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAAGCCTGTGACTCATGGGCTTAGGAAACCACAGAGAATTCAAACT  1175

seq1  ATAGAATTC  1205
      |||||||||
seq2  ATAGAATTC  1184


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |