BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254C15
Chromosome13 (Build37)
Map Location 91,223,822 - 91,271,453
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAtg10
Upstream geneXrcc4, Tmem167, LOC100043170, LOC624190, EG435376, Rps23
Downstream geneLOC100042959, Ssbp2, LOC666889, Acot12, Zcchc9, Ckmt2, Rasgrf2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254C15.bB6Ng01-254C15.g
ACCGA060705GA060706
length1,2411,175
definitionB6Ng01-254C15.b B6Ng01-254C15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,223,822 - 91,225,244)(91,270,290 - 91,271,453)
sequence
gaattcaaaatatagctgaaactattgaatgaacagtatgaaaaatgatc
attgtcactttggactaatctaaatgctcaataattgcacatagtgactt
cttacgtgtgtaaatgtgttgctcttctgtcactcactggaaatgcctcc
ttcctcttttcctttcttacaaaggtgcagaggaggaagcatcaggaaaa
gaaagcagctggatactcacttcctatgctttcctagatggacactcact
tcctatgctctcctagatggacactcacttcctatgatctcctagatgga
cgctcacttcctatgatctcctagatggacactcacttcctatgctctcc
tagatggacactcacttcctatgatctcctagacggacactcacttccta
tgatctcctagatggacgctcacttcctatgctctcctagacggacactc
acttcctatgatctcctagatggacgctcacttcctatgatctcctagat
ggacactcacttcctatgctctcctagatggacactcacttcctatgatc
tcctagacggacactcacttcctatgatctcctagatggacactcacttc
ctatgatctcctagacggacactcacttcctatgatctcctagatggaca
ctcacttcctatgatctcctagatggacgctcacttcctatgctctccta
gatggacactcacttcctatgatctccaagatggacgctcacttcctatg
atctcctagatggacactcacttcctatgatctcctagatggacactcac
ttcctatgatctcctagacggacactcacttcctatgatctcctagatgg
acactcacttcctatgatctcctagatggacgctcacttcctatgctctc
ctagatggacactcacttcctatgatctccaagatggacgctcacttcct
atgatctcctagatggacactcacttcctatgatctcctagatggacgct
cacttcctatgctctcctagatggacgcctcacttcctatgctcttccta
gatggacactcacttcctatgatctccttagatggaccgcctcacttcct
atggatcctcctagatggaacacctcacttcctatgatttctcctaagaa
tggaacctcacttccaatgctctccctgaaatggacaccttcacttcctt
attgattctctagaacggaacctcacttcctatggatctcc
gaattctttattcatctaacaggtcactgaattacgctatggcaaaagtt
gtaaactcttccataagccatggtcgttatgaagtattgaagaccaaccc
atgcaaaccaaggtaatctttcttttaaaaaagagaacatgtggctggaa
atgagaaacaaagtcaagagaatgaaggatatcaggagtgatgactctga
ctagtttgaaacatactgggtcttctttgaagttcatgggtgtgagggat
atcactgtcaagacaggtctcaggagttgctgaggatacaagatggagtc
tttagatgtggatggagaaccagatgggtctgtgattgacatgcttctcc
tggccctgctccttgtctatcccttcttcttcacctcttgctttgcagaa
ggcatctggtgagtcttttggatggcttgtggctggctattgccagtgtt
ggccagcagcaaagttggactttgctcagagctattggggagcagttgag
tggaagccatatgttttgggttattcaaccacatgttcataagttcaggg
cacatagcttatttcatagtatcttctcaggaaataatcctaaatgaatt
ttataatggaaagaatgttttaaacagcaatgaagttttaagttatggtc
cgtctttttaggacagtatcccctgtaggatagcaatcctacctatcccg
ctccccagcaggcgttttgtgaaataataaatcataaagagaatgcattg
tgaaagtctgttgtttgtagatgtgacaaagcatattaaaacaaaatttc
aatcaactacgtatcagagacctaaaaccacattttataggagagcgtta
tttagctcccacattggaactttacacatgactggtagtttagcactctc
ttaaaaagtaataaacaggtgaatgtttcaggaaatctgtgatagaccaa
atcaagtggagctgatttaatatgatgggataattacataattagtgctg
taaaaaaaataaactgtactattctgcttgatggactggggctgtgcgaa
ggaggtatgtaaatatacaatcagcagcctcctctcctatgccgatgccc
agctactctgtttccagcctgggctgaacagtagctttcccttcccttgg
tatttccctgctgctattttagagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_91223822_91225244
seq2: B6Ng01-254C15.b_50_1290

seq1  GAATTCAAAATATAGCTGAAACTATTGAATGAACAGTATGAAAAATGATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAATATAGCTGAAACTATTGAATGAACAGTATGAAAAATGATC  50

seq1  ATTGTCACTTTGGACTAATCTAAATGCTCAATAATTGCACATAGTGACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCACTTTGGACTAATCTAAATGCTCAATAATTGCACATAGTGACTT  100

seq1  CTTACGTGTGTAAATGTGTTGCTCTTCTGTCACTCACTGGAAATGCCTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACGTGTGTAAATGTGTTGCTCTTCTGTCACTCACTGGAAATGCCTCC  150

seq1  TTCCTCTTTTCCTTTCTTACAAAGGTGCAGAGGAGGAAGCATCAGGAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTTTTCCTTTCTTACAAAGGTGCAGAGGAGGAAGCATCAGGAAAA  200

seq1  GAAAGCAGCTGGATACTCACTTCCTATGCTTTCCTAGATGGACACTCACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCAGCTGGATACTCACTTCCTATGCTTTCCTAGATGGACACTCACT  250

seq1  TCCTATGCTCTCCTAGATGGACACTCACTTCCTATGATCTCCTAGATGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATGCTCTCCTAGATGGACACTCACTTCCTATGATCTCCTAGATGGA  300

seq1  CGCTCACTTCCTATGATCTCCTAGATGGACACTCACTTCCTATGCTCTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCACTTCCTATGATCTCCTAGATGGACACTCACTTCCTATGCTCTCC  350

seq1  TAGATGGACACTCACTTCCTATGATCTCCTAGACGGACACTCACTTCCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGGACACTCACTTCCTATGATCTCCTAGACGGACACTCACTTCCTA  400

seq1  TGATCTCCTAGATGGACGCTCACTTCCTATGCTCTCCTAGACGGACACTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTCCTAGATGGACGCTCACTTCCTATGCTCTCCTAGACGGACACTC  450

seq1  ACTTCCTATGATCTCCTAGATGGACGCTCACTTCCTATGATCTCCTAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTATGATCTCCTAGATGGACGCTCACTTCCTATGATCTCCTAGAT  500

seq1  GGACACTCACTTCCTATGCTCTCCTAGATGGACACTCACTTCCTATGATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACTCACTTCCTATGCTCTCCTAGATGGACACTCACTTCCTATGATC  550

seq1  TCCTAGACGGACACTCACTTCCTATGATCTCCTAGATGGACACTCACTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGACGGACACTCACTTCCTATGATCTCCTAGATGGACACTCACTTC  600

seq1  CTATGATCTCCTAGACGGACACTCACTTCCTATGATCTCCTAGATGGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGATCTCCTAGACGGACACTCACTTCCTATGATCTCCTAGATGGACA  650

seq1  CTCACTTCCTATGATCTCCTAGATGGACGCTCACTTCCTATGCTCTCCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTTCCTATGATCTCCTAGATGGACGCTCACTTCCTATGCTCTCCTA  700

seq1  GATGGACACTCACTTCCTATGATCTCCAAGATGGACGCTCACTTCCTATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGACACTCACTTCCTATGATCTCCAAGATGGACGCTCACTTCCTATG  750

seq1  ATCTCCTAGATGGACACTCACTTCCTATGATCTCCTAGATGGACACTCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTAGATGGACACTCACTTCCTATGATCTCCTAGATGGACACTCAC  800

seq1  TTCCTATGATCTCCTAGACGGACACTCACTTCCTATGATCTCCTAGATGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTATGATCTCCTAGACGGACACTCACTTCCTATGATCTCCTAGATGG  850

seq1  ACACTCACTTCCTATGATCTCCTAGATGGACGCTCACTTCCTATGCTCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCACTTCCTATGATCTCCTAGATGGACGCTCACTTCCTATGCTCTC  900

seq1  CTAGATGGACACTCACTTCCTATGATCTCCAAGATGGACGCTCACTTCCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATGGACACTCACTTCCTATGATCTCCAAGATGGACGCTCACTTCCT  950

seq1  ATGATCTCCTAGATGGACACTCACTTCCTATGATCTCCTAGATGGACACT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATGATCTCCTAGATGGACACTCACTTCCTATGATCTCCTAGATGGACGCT  1000

seq1  CACTTCCTATGATCTCCTAGACGGAC-ACTCACTTCCTATGATC-TCCTA  1048
      ||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||||| || |||||
seq2  CACTTCCTATGCTCTCCTAGATGGACGCCTCACTTCCTATGCTCTTCCTA  1050

seq1  GATGGACACTCACTTCCTATGATCTCC-TAGATGGAC--GCTCACTTCCT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||
seq2  GATGGACACTCACTTCCTATGATCTCCTTAGATGGACCGCCTCACTTCCT  1100

seq1  ATG--CTCTCCTAGATGG-ACA-CTCACTTCCTATGA--TCTCC-AAG-A  1137
      |||    ||||||||||| ||| ||||||||||||||  ||||| ||| |
seq2  ATGGATCCTCCTAGATGGAACACCTCACTTCCTATGATTTCTCCTAAGAA  1150

seq1  TGGACGCTCACTTCCTATGATCTCC--TAGATGGACAC--TCACTTCCT-  1182
      ||||  ||||||||| ||| |||||   | ||||||||  ||||||||| 
seq2  TGGAACCTCACTTCCAATGCTCTCCCTGAAATGGACACCTTCACTTCCTT  1200

seq1  -ATGATCTCCTAG-ATGGACGCTCACTTCCTAT-GCTCTCCTAGATGGAC  1229
        ||||   |||| | |||  |||||||||||| | |||||         
seq2  ATTGATTCTCTAGAACGGAACCTCACTTCCTATGGATCTCC---------  1241

seq1  GCTCACTTCCTATGCTCTCCTAGATGGACACTCACTTCCTATGATCTCTT  1279
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1241

seq1  AGATGGACGCTCACTTCCTATGATCTCCTAGATGGACACTCACTTCCTAT  1329
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1241

seq1  GATCTCCTAGATGGACACTCACTTCCTATGCTCTCCTAGATGGACACTCA  1379
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1241

seq1  CTTCCTATGATCTCCTAGACGGACACTCACTTCCTATGATCTCC  1423
                                                  
seq2  --------------------------------------------  1241

seq1: chr13_91270290_91271453
seq2: B6Ng01-254C15.g_68_1242 (reverse)

seq1  CCTCTTAAATAACAGCA-GGAAATAC--AAGGAAGG--AAGCTACCTGTC  45
      ||||| ||||| ||||| ||||||||  | ||||||  |||||||   ||
seq2  CCTCTAAAATAGCAGCAGGGAAATACCAAGGGAAGGGAAAGCTACTGTTC  50

seq1  AGCCAAGGCT-GAAACAGGAGTAGCT-GGCATCGGCATAG--GAGGAGGC  91
      |||| ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||
seq2  AGCCCAGGCTGGAAACA-GAGTAGCTGGGCATCGGCATAGGAGAGGAGGC  99

seq1  TGCTGATTGTATAATTACATACCTCCTTCGCACAGCCCCAGTCCATCAAG  141
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGATTGTATATTTACATACCTCCTTCGCACAGCCCCAGTCCATCAAG  149

seq1  CAG-ATAGTACAGTTTA-TTTTTTTACAGCACTAATTATGTAATTAT-CC  188
      ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAGAATAGTACAGTTTATTTTTTTTACAGCACTAATTATGTAATTATCCC  199

seq1  ATCATATTAAATCAGCTCCACCTGATTTGGTCTATCACAGATTTCCTGAA  238
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATATTAAATCAGCTCCACTTGATTTGGTCTATCACAGATTTCCTGAA  249

seq1  ACATTCACCTGTTTATTACTTTTTAAGAGAGTGCTAAACTACCAGTCATG  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCACCTGTTTATTACTTTTTAAGAGAGTGCTAAACTACCAGTCATG  299

seq1  TGTAAAGTTCCAATGTGGGAGCTAAATAACGCTCTCCTATAAAATGTGGT  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGTTCCAATGTGGGAGCTAAATAACGCTCTCCTATAAAATGTGGT  349

seq1  TTTAGGTCTCTGATACGTAGTTGATTGAAATTTTGTTTTAATATGCTTTG  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGTCTCTGATACGTAGTTGATTGAAATTTTGTTTTAATATGCTTTG  399

seq1  TCACATCTACAAACAACAGACTTTCACAATGCATTCTCTTTATGATTTAT  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATCTACAAACAACAGACTTTCACAATGCATTCTCTTTATGATTTAT  449

seq1  TATTTCACAAAACGCCTGCTGGGGAGCGGGATAGGTAGGATTGCTATCCT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCACAAAACGCCTGCTGGGGAGCGGGATAGGTAGGATTGCTATCCT  499

seq1  ACAGGGGATACTGTCCTAAAAAGACGGACCATAACTTAAAACTTCATTGC  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGGATACTGTCCTAAAAAGACGGACCATAACTTAAAACTTCATTGC  549

seq1  TGTTTAAAACATTCTTTCCATTATAAAATTCATTTAGGATTATTTCCTGA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAAAACATTCTTTCCATTATAAAATTCATTTAGGATTATTTCCTGA  599

seq1  GAAGATACTATGAAATAAGCTATGTGCCCTGAACTTATGAACATGTGGTT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATACTATGAAATAAGCTATGTGCCCTGAACTTATGAACATGTGGTT  649

seq1  GAATAACCCAAAACATATGGCTTCCACTCAACTGCTCCCCAATAGCTCTG  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAACCCAAAACATATGGCTTCCACTCAACTGCTCCCCAATAGCTCTG  699

seq1  AGCAAAGTCCAACTTTGCTGCTGGCCAACACTGGCAATAGCCAGCCACAA  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGTCCAACTTTGCTGCTGGCCAACACTGGCAATAGCCAGCCACAA  749

seq1  GCCATCCAAAAGACTCACCAGATGCCTTCTGCAAAGCAAGAGGTGAAGAA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCCAAAAGACTCACCAGATGCCTTCTGCAAAGCAAGAGGTGAAGAA  799

seq1  GAAGGGATAGACAAGGAGCAGGGCCAGGAGAAGCATGTCAATCACAGACC  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGATAGACAAGGAGCAGGGCCAGGAGAAGCATGTCAATCACAGACC  849

seq1  CATCTGGTTCTCCATCCACATCTAAAGACTCCATCTTGTATCCTCAGCAA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGGTTCTCCATCCACATCTAAAGACTCCATCTTGTATCCTCAGCAA  899

seq1  CTCCTGAGACCTGTCTTGACAGTGATATCCCTCACACCCATGAACTTCAA  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGAGACCTGTCTTGACAGTGATATCCCTCACACCCATGAACTTCAA  949

seq1  AGAAGACCCAGTATGTTTCAAACTAGTCAGAGTCATCACTCCTGATATCC  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACCCAGTATGTTTCAAACTAGTCAGAGTCATCACTCCTGATATCC  999

seq1  TTCATTCTCTTGACTTTGTTTCTCATTTCCAGCCACATGTTCTCTTTTTT  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTCTCTTGACTTTGTTTCTCATTTCCAGCCACATGTTCTCTTTTTT  1049

seq1  AAAAGAAAGATTACCTTGGTTTGCATGGGTTGGTCTTCAATACTTCATAA  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAGATTACCTTGGTTTGCATGGGTTGGTCTTCAATACTTCATAA  1099

seq1  CGACCATGGCTTATGGAAGAGTTTACAACTTTTGCCATAGCGTAATTCAG  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACCATGGCTTATGGAAGAGTTTACAACTTTTGCCATAGCGTAATTCAG  1149

seq1  TGACCTGTTAGATGAATAAAGAATTC  1164
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTGTTAGATGAATAAAGAATTC  1175